BUSQUEDA DE DISTRIBUCION COMFORMACIONAL AUTOMATICA Y MANUAL (Ejercicio de

práctica)

1. Para empezar la práctica se debe dibujar la molécula del fármaco de interés a trabajar
siguiendo los pasos ya vistos en los anteriores tutoriales (Tutorial 1), en esta nueva
ocasión el compuesto a trabajar es el Ácido Fumárico.

2. A continuación, se procede a realizar la búsqueda de distribución conformacional

automática con un método Semi-Empirical(PM6) y tipo de cálculo “Comformer
Distribution”:

 Hacer click en “Setup→Calculations”, posterior a esto suministrar las condiciones

del cálculo en el recuadro como aparece en la imagen.
3. Finalizado el cálculo hacer click en el icono de “Spreadsheet”.

4. Aparece un recuadro con los diferentes conformeros encontrados, para añadir las
respectivas energía se hace click en “Add”, posterior a esto seleccionar energía relativa
(rel.E), se especifica las unidades Kcal/mol y se hacer click izquierdo en “Ok”.
5. Aparece la siguiente tabla donde se observa los diferentes conformeros con sus
respectivas energías relativas. Encerrado en rojo el valor de la energía de la forma más
estable.

6. Se procede a eliminar las demás energía y dejando únicamente la más estable. Pará
eliminar las otras energía se seleccionan con la tecla “shift + las flechas del teclado ↓”,
luego se hace click en “Delete” y listo como resultado nos queda la forma estable.
BUSQUEDA CONFORMACIONAL MAUAL

OPTIMIZACION DE LA ENERGIA

7. Tomando la forma más estable del compuesto se procede a agregar las etiqueta de los
átomos que conforman a este, haciendo click en “Model →Labels”.

8. Para iniciar la optimización, primero se debe medir el ángulo dihedral, para esto se hace
click en las opciones “Geometry → Measure dihedral”, posterior a esto se seleccionan los
siguientes átomos que conforman el dihedro (H1,C2,C3,H2).
Se procede a cambiar el ángulo, el cual es inicialmente de 180.00° a un ángulo 0°, el cual se
modifica en el recuadro donde aparece el ángulo en la parte inferior derecha de la pantalla.

Angulo antes (180.00°).

Angulo después (0°).

9. Posterior a esto antes de empezar el cálculo se realiza las restricciones “Constrain

Dihedral”, para esto se hace click en: ①“Geometry → Constrain Dihedral” que se
encuentra en la parte superior de la barra de herramientas ,②después seleccionar los
átomos elegidos en el punto #8 manteniendo el orden (H1,C2,C3,H2),③en la parte inferior
derecha proporcionar las condiciones tal cual se muestra en la imagen, de ante mano hacer
 click en el icono del candado , de lo contrario no se habilitaran los recuadros para
suministrar la información.

10. Continuando, para empezar la búsqueda de los diferentes conformeros, se hace click
izquierdo en las siguientes opciones “Setup →Calculations” que se encuentran en la barra
de herramientas, posterior a esto cuadrar las condiciones del cálculo en el recuadro como
se observa en las siguientes imágenes y hacer click en “Submit”.

Setup →Calculations
Calculations

11. Finalizado el cálculo, se procede a hacer click nuevamente en “Geometry → Constrain

Dihedral” luego seleccionar “ Constrain” haciendo click izquierdo sobre este.

12. Posterior a esto se hace click en el icono de “Spreadsheet” que se encuentra en la barra
de herramientas en la parte superior.
 Instantáneamente se desplegara la siguiente tabla con los conformeros:

Luego se procede a hacer click izquierdo en el siguiente icono que se encuentra en

la parte inferior derecha, de inmediato se despliega una columna con los valores de
“Constrain” en la tabla como se observa en la imagen de izquierda. Posterior a esto se hace
click izquierdo en “ADD” y se selecciona “rel.E” lo cual generara una columna con la energía
relativa de los 13 “steps” o pasos en español que se observa en la imagen de la derecha.

13. Por ultimo ir a “Display→Plots”, aparece una venta en la que se hace click izquierdo en el
icono , aparece un recuadro en el cual definir para el eje X=Constraint y para el eje
Y=rel.E, luego click izquierdo en “ADD”.
Aparece instantáneamente un gráfico que representa “rel.E Vs Constraint” de la molécula.

Si se hace click en el icono se puede configurar el estilo del grafico en esta ocasión
se escoge la configuración “Smooth”
Luego si se hace click en el icono se puede mostrar la relación del gráfico con
las distintas conformaciones de la molécula de trasfondo…