Bioinformática 2017-II

UNIVERSIDAD NACIONAL MAYOR DE SAN MARCOS

(Universidad del Perú. DECANA DE AMÉRICA)
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS
ESCUELA PROFESIONAL DE GENÉTICA Y BIOTECNOLOGIA
DEPARTAMENTO ACADÉMICO DE BIOLOGÍA CELULAR Y GENÉTICA

SYLLABUS
2017 - II
I. DATOS GENERALES:

1.1 Nombre del curso : BIOINFORMÁTICA

1.2 Código del curso : B02031
1.3 Créditos : 3
1.4 Año de estudios : 6to Ciclo – 3er Año
1.5 Número de horas : 4
1.5.1 Teóricas : 2
1.5.2 Laboratorio : 2
1.6 Pre requisito : GENÉTICA MOLECULAR
1.7 Horarios y Ambientes :

Teoría : Miércoles 02:00pm – 04:00pm (2 horas) (Lab. Computo 2)

Laboratorio A : Miércoles 04:00pm – 06:00pm (2 horas) (Lab. Computo 2)

Miércoles 06:00pm – 08:00pm (2 horas) (Lab. Computo 2)

1.8 Responsable del curso : Blgo. DANIEL SAÚL ORÉ CHÁVEZ Mg(c)
1.9 Ayudante de curso : Bachiller Miguel Alexander Tineo Guevara
(Facultad de Ciencias Biológicas)

II. SUMILLA:
El curso aborda la teoría y métodos usados para análisis de secuencias de
DNA/RNA, y los aminoácidos en una proteína, mediante el desarrollo de técnicas
empíricas para explotar bases de datos de genoma y proteínas y entendimiento de
métodos para aplicaciones a genómicas y proteómica.

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.
III. OBJETIVOS:

OBJETIVO GENERAL:
Comprender los conceptos fundamentales de la bioinformática para poder emplear
el computador como una herramienta en la solución de problemas biológicos.

OBJETIVOS ESPECIFICOS:
Al finalizar el curso el alumno será capaz de:
1. Navegar por las principales bases de datos del NCBI (TAXONOMY,
NUCLEOTIDE, POPSET, PUBMED, GENE, OMIM).
2. Usar las herramientas que ofrece la plataforma NCBI (BLAST, GENOME
VIEWER), NSEMBLE (SINTENIA).
3. Comprender el proceso algorítmico que ejecuta un software para dar
solución a un problema biológico valorando sus ventajas y desventajas.
4. Construir y diseñar sus propios cebadores de PCR rutinario según las
necesidades de una investigación.
5. Articular diferentes software tratados en la asignatura para dar solución a un
problema de investigación.

IV. SISTEMA DE EVALUACIÓN:

La evaluación es continua mediante ejercicios que se realizan en la sesión de clase,
realización de lecturas y exposiciones. Se realizaran dos evaluaciones teóricas y dos
evaluaciones prácticas a mitad y al final del curso. Durante el curso se realizará un
proyecto de investigación grupal.
EVALUACIÓN TEÓRICA: La asignatura se desarrolla con un sistema de
evaluación continua que comprende el desarrollo de actividades
de comprensión de los conceptos teóricos desarrollados. Así
mismo se desarrollará dos evaluaciones teóricas cancelatorias,
pasos de clase, actividades de lectura y exposiciones teóricas.
La evaluaciones se calificaran de 00 a 20, la falta a una
evaluación se corresponde a la mínima nota. El sistema de
calificación es la siguiente

EVA-T1 : 8va Semana

EVA-T2 : 16ta Semana

TEORIA : (EVA-T1 + EVA-T2) / 2

EVALUACIÓN PRÁCTICA: Comprende dos evaluaciones prácticas cancelatorias,

exposiciones e intervenciones durante el desarrollo de las actividades de clase.
EVA-P1 : 8va Semana
EVA-P2 : 16ta Semana
EJER : promedio de ejercicios de clase.
PROYECTO : proyecto de investigación
PROM.PRA : (EVA-P1 + EVA-P2) / 2

PRACTICA : (0.4*PROM.PRA) + (0.4*PROYECTO) + (0.2*EJER)

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PROMEDIO FINAL DEL CURSO: (PRÁCTICA + TEORÍA) / 2

Las diferentes evaluaciones prácticas no tienen carácter sustitutorio. Las

inasistencias que superen el 30% de las sesiones prácticas programadas, hacen
que el alumno desapruebe el curso, correspondiéndole la nota de CERO (00).
V. DESARROLLO TEÓRICO

SEMANA 1
INTRODUCCIÓN A LA BIOINFORMÁTICA
Desarrollo Histórico de la Bioinformática. Conceptos Generales. Repositorios de
Información Molecular.

SEMANA 2
EL PROBLEMA DEL ALINEAMIENTO
Problema Biológico: Alineamiento de Secuencias. Elementos de un alineamiento.
Matrices de sustitución y puntuación. Algoritmos de Needleman-Wush y Smith-
Waterman. Alineamiento en pares y múltiple.

SEMANA 3
ELEMENTOS DE SECUENCIA EN EL ADN
Secuencias de reconocimientos de las enzimas de restricción: perfiles de restricción.
Secuencias repetitivas: Los microsatélites.

SEMANA 4
PROPUESTAS DE PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN
Formación de grupos de investigación y del tema de investigación.

SEMANA 5
EL SECUENCIAMIENTO DE ACIDOS NUCLEICOS.
Fundamento del Secuenciamiento de Sanger. Secuencia Forward y Reverse. El
Problema de Fase. Homoplasmia y heteroplasmia. Los Numts.

SEMANA 6
AMPLIFICACION IN VITRO DE ADN
La Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR): Etapas. Criterios para el Diseño de
Cebadores de PCR.

SEMANA 7
LA HOMOLOGÍA EN LOS GENES
Genes Homólogos: Ortología y Homología. Bloques de Genes Conservados: Sintenia.

SEMANA 8
EVALUACIÓN

UNIDAD 2: EL ADN UNA MOLECULA QUE ALMACENA INFORMACIÓN

SEMANA 9
BASES DEL ANALISIS FILOGENETICO
Modelos Evolutivos de Secuencias. Métodos de construcción de árboles filogenéticos.

SEMANA 10
RED DE HAPLOTIPOS

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Definición y Formación de un Haplotipo. El problema de fase Los Haplogrupos. El

Proyecto Genografico.

SEMANA 11
EL GEN.
Diferencias entre un gen procariote y eucariote. Criterios para la predicción de un gen.
Los SNPs. De la mutación nucleotídica al cambio aminoacídico.

SEMANA 12
EL TRANSCRIPTOMA
Técnicas para obtener el Transcriptoma Bases de Datos de Expresión. Ontología de
genes (GO): El proceso de anotación. KEGG Database.

SEMANA 13
ESTRUCTURA SECUNDARIA DE ACIDOS NUCLEICOS
La conformación secundaria de una secuencia nucleotídica. Métodos de predicción por
homología y ab-initio. Energía libre.

SEMANA 14
ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS
Proteómica. La estructura y organización de las proteínas. Formato PDB. Técnicas
Experimentales para la determinación de la Estructura Proteíca: resonancia magnética
nuclear y difracción de rayos X. Gráfico de Ramachandran.

SEMANA 15
BIOINFORMATICA FUNCIONAL
Los Motivos y Dominios Proteícos. Métodos computacionales para la predicción de la
función de una protéina. Bloques de aminoácidos. Predicción de la estructura
secundaria y terciaria de una proteína. Métodos por homología y ab-initio. Docking:
predicción del acoplamiento proteína-proteína.

SEMANA 16
EXPOSICIONES DE PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN
EVALUACION FINAL

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VI. LABORATORIO.

Semana 1 LAS BASES DE DATOS MOLECULARES (NCBI, EMBL, DDBJ).

Búsqueda y Obtención de Datos Entrez (Taxonomy, Genome, Gene,
Nucleotide, OMIM, MapViewer).
OMIA (Base de Datos de Enfermedades Mendelianas en Animales)

Semana 2 ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS I

Lecturas de secuencias de ADN de un genoma haploide (pe.
Secuencias
mitocondriales). Lectura e interpretación de cromatogamas.

Semana 3 ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS II.

Lecturas de secuencias de ADN de un genoma diploide (pe. Secuencias
intrónicas). Lectura e interpretación de cromatogamas. Identificación de
mutaciones puntuales.

Semana 4 ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS III.

Alineamiento de secuencias usando CLUSTAL W en BIOEDIT. Empleo
de la herramienta BLAST.
Identificación e interpretación de match, mismatch, gaps, score.
Contigs: Ensamblaje con CAP3 en el entorno de BIOEDIT.

Semana 5 PROPUESTAS DE PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN

Herramienta para buscar microsatélites WEBSAT y herramienta para
ensayos de restricción NEBCUTTER.
Diseño de cebadores para PCR.
Formación de grupos de trabajo y orientación para la ejecución del
proyecto.

Semana 6 ENSAMBLAJE DE SECUENCIAS y HERRAMIENTAS ENSEMBL.

Herramientas de visualización de sintenia, árbol de ganancia y pérdida
de genes, árbol de homología (Ensemble).

Semana 7 INFERENCIAS DE RELACIONES EVOLUTIVAS.

Modelo de Saturación de mutaciones en una secuencia (DAMBE).
Modelos de sustitución nucleotídica
Arboles filogéneticos y redes de haplotipos.

Semana 8 EVALUACION

Semana 9 PROBLEMA DE DEFINICION DE UN HAPLOTIPO.

Programa PHASE: Reconstrucción filogenética de un haplotipo.

Semana 10 PREDICCION DE GENES y SITIOS DE UNION DE FACTORES DE

TRANSCRIPCION
ORFINDER, TESCODE, GENESCAN, CODON USAGE.

Semana 11 PREDICCION DE ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ARN

RNA folding: predicción de estructuras secundarias de ARN (mFold,
GeneBEE). Riboswitch.
GTRNAdb: base de datos de ARNt en genomas. (tRNA Scan)

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Semana 12 PREDICCIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA Y SECUNDARIA DE

UNA PROTEÍNA.
Predicción de estructuras de proteínas por homología y ab-initio.
SWISS-PROTEIN, QUARK, RAMPAGE.

Semana 13 PREDICCIÓN DE DOMINIOS Y MOTIVOS FUNCIONALES

PROTEÍCOS
Herramientas para la detección e identificación del Péptido Señal,
Dominios Transmembrana, Motivos Funcionales, Localización de
Proteínas. Database Signal Peptide.

Semana 14 ANOTACION DE UNA SECUENCIA

Anotación de una secuencia en GENBANK.

Semana 15 EXPOSICIONES FINALES DE PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN.

Exposición del trabajo final.

Semana 16 EVALUACION

VII. REFERENCIAS
LIBROS
 Barnes, M. R., & Gray, I. C. (Eds.). (2003). Bioinformatics for geneticists. John Wiley &
Sons.
 Baxevanis, A. D., & Ouellette, B. F. (2004). Bioinformatics: a practical guide to the
analysis of genes and proteins (Vol. 43). John Wiley & Sons.
 Claverie, J. M., & Notredame, C. (2011). Bioinformatics for dummies. John Wiley &
Sons.
 Gibas, C. y Jambeck, P. (2001). Developing bioinformatics computer skills. " O'Reilly
Media, Inc.".
 Jones, N. C., & Pevzner, P. (2004). An introduction to bioinformatics algorithms. MIT
press.
 Krane, D. E. (2003). Fundamental concepts of bioinformatics. Pearson Education India.
 Lesk, A. (2013). Introduction to bioinformatics. Oxford University Press.
 Mount, D. W. (2004). Sequence and genome analysis. Bioinformatics: Cold Spring
Harbour Laboratory Press: Cold Spring Harbour.
 Xiong, J. (2006). Essential bioinformatics. Cambridge University Press.

ARTÍCULOS
 Fenstermacher, D. (2005). Introduction to bioinformatics. Journal of the American
Society for Information Science and Technology, 56(5), 440-446.
 Ghiurcuta, C. G., & Moret, B. M. (2014). Evaluating synteny for improved comparative
studies. Bioinformatics, 30(12), i9-i18.
 Gogarten, J. P., & Olendzenski, L. (1999). Orthologs, paralogs and genome
comparisons. Current opinion in genetics & development, 9(6), 630-636.
 Ji, S. (1999). The cell as the smallest DNA-based molecular
computer. BioSystems, 52(1), 123-133.
 Koonin, E. V. (2005). Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics 1. Annu. Rev.
Genet., 39, 309-338.
 Passarge, E., Horsthemke, B., & Farber, R. A. (1999). Incorrect use of the term
synteny. Nat Genet, 23(4), 387.

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