DETERMINACIÓN DE DESCRIPTORES POSIBLES PARA LA INHIBICIÓN DE UNA

ANHIDRASA CARBÓNICA (CA, EC 4.2.1.1) PROVENIENTE DEL PATÓGENO DE

LA BRUCELOSIS PORCINA A PARTIR DE SULFONAMIDAS Y SULFAMATOS
María Mercedes Molano Losada; Brayanne Alexis Ceballos Rivera
ma.molano@udla.edu.co; b.ceballos@udla.edu.co
Universidad de la Amazonia; Facultad de ciencias básicas; programa de química; séptimo
semestre; Diseño de fármacos computacionales
Fecha de entrega: 04 de Marzo del 2019

RESUMEN
Este trabajo se baso a partir de un artículo, el cual tenían como objetivo buscar una inhibición
de la anhidrasa carbónica (CA, EC 4.2.1.1) proveniente de la brucelosis porcina, la cual
clonaron, purificaron y caracterizaron cinéticamente. Para ello, postularon diferentes
moléculas pertenecientes al grupo sulfonamidas y sulfamatos, las cuales dieron como
resultado una constante de inhibición entre 7.3 nM-8.6 µM, siendo algunas
sulfanilamidas glicosiladas, sulfamatos alifáticos y sulfanilamidas halogenadas las más
inhibidoras. Nuestro trabajo consistió en determinar cuáles descriptores nos podrían servir
para la predicción de futuras moléculas a partir de la propiedades estructurales y reactivas de
las moléculas más inhibidoras en el artículo. Tomamos 22 moléculas y procedimos a
construirlas por medio de procesos computacionales, se optimizaron y se realizaron los
análisis conformacionales, para posterior a eso obtener los descriptores más relevantes.

Palabras claves: Anhidrasa carbónica, inhibición, Brucelosis.

ABSTRACT

This work was based on an article, which had an objective and an inhibition of carbonic
anhydrase (CA, EC 4.2.1.1) from porcine brucellosis, which was cloned, purified and
characterized kinetically. To do this, the different entities belonging to the sulfonamides and
sulfamates group, as a result of a constant of inhibition between 7.3 nM-8.6 μM, being some
Glycosylated sulfanilamides, aliphatic sulfamates and halogenated sulfanilamides are the
most inhibitory. Our job was to determine the descriptors that can be predicted in the future.
We take 22 methods to build a means of computational processes, optimize and perform
conformational analysis, to later obtain the most relevant descriptors.

Key words: Carbonic anhydrase, inhibition, Brucellosis.

INTRODUCCIÓN

El descubrimiento de fármacos es un proceso complejo y costoso en el cual convergen

diversas áreas del conocimiento. En años recientes métodos computacionales se han
integrado a este esfuerzo multidisciplinario. En un proyecto determinado, la aplicación de
estrategias de cómputo depende de la información disponible del sistema y de los objetivos
específicos del estudio. A la fecha, los métodos computacionales han contribuido, entre otras
aplicaciones, al análisis eficiente de datos, el filtrado colecciones de compuestos para
seleccionar moléculas para evaluación experimental, la generación de hipótesis para ayudar
a entender el mecanismo de acción de fármacos y el diseño de nuevas estructuras químicas.
Además, los métodos de cómputo han tenido aportaciones significativas para desarrollar
medicamentos que se encuentran en uso clínico. Sin embargo, quedan muchos retos que
afrontar, mismos que estimulan la innovación y mejoramiento de métodos que se integren al
esfuerzo multidisciplinario del desarrollo de fármacos. [1]

Las infecciones bacterianas constituyen un problema de salud alarmante. en todo el mundo.

La aparición generalizada de resistencia y multirresistencia a los antibióticos entre los
patógenos bacterianos representa una mayor amenaza y requiere una carrera permanente para
nuevas moléculas. [2]

La brucelosis, también llamada fiebre de Malta, fiebre mediterránea, fiebre ondulante,

o enfermedad de Bang, es una enfermedad infecciosa de distribución mundial, producida por
bacterias del género Brucella, que ataca a varias especies de mamíferos, dentro de los cuales
se encuentra el ser humano, en el cual produce un cuadro febril inespecífico. [3]

La Brucelosis porcina es una enfermedad causada por la bacteria Brucella suis, la cual
presenta 5 biovariedades, de las cuales, sólo generan la infección en cerdos las biovariedades
1, 2 y 3. La bacteria es un cocobacilo gram-negativo e intracelular facultativo. Existen otras
especies bacterianas del género Brucella que pueden infectar a cerdos tales como: Brucella
abortus y Brucella mellitensis. La importancia de esta enfermedad radica en las pérdidas
económicas generadas por fallas reproductivas en la producción de cerdos. Es zoonótica,
genera una enfermedad crónica en humanos, la que en la mayoría de los casos ocurre por
exposición ocupacional. [4]

El objetivo de este proceso fue determinar algunos descriptores posibles a partir de moléculas
inhibidoras de la anhidrasa carbónica (CA, EC 4.2.1.1) proveniente de la brucelosis porcina,
para poder predecir futuras moléculas con mayor actividad inhibidora y poder implementarla
en diferentes mamíferos.

METODOLOGIA

Construcción de moléculas computacionalmente:

Se procedió a la construcción de las siguientes 22 moléculas:

Este procedimiento se llevo a cabo con el programa Gabedit, el cual se logro mediante
coordenadas en un archivo de blog de notas, teniendo en cuenta los valores de ángulos y
distancias entre cada elemento de cada molécula como se observa en la siguiente imagen:
Donde en los lugares que dicen b1, a1, d1… poseen valores establecidos en la parte inferior,
como se observa en la siguiente imagen:

Optimización de las moléculas y análisis conformacional:

Para la optimización de las moléculas, se llevó a cabo por medio del programa Orca, el cual
se realizó por medio de un método semi empírico am1. Para el análisis conformacional se
llevó a cabo por medio del mismo programa.

Determinación de descriptores:

Para este proceso, se llevo a cabo gracias al programa Dragon online. Primero se sometieron
las moléculas a un cambio de formato, se pasaron de .log a .xyz y posterior a eso, se pasaron
a formato .hin por medio del programa OpenBabel. Se procedió a realizar el debido proceso
con cada molécula en cada uno de los descriptores, guardando los resultados obtenidos en
carpetas separadas por cada descriptor. Se abrieron los resultados con Excel, para posterior a
eso, realizar una regresión lineal para poder determinar los descriptores con R2 superior a 0.5,
con el fin de saber cuáles descriptores tocaba descartar.

RESULTADOS
Hasta el momento, se ha hecho la regresión lineal de 6 diferentes descriptores, los cuales
fueron 2DAutocorre, 2DBinary, 2DFrecuency, 3DMorse, Atom-Centred y Burden.

Para el caso del 2DAutocorre, se encontraron 3 descriptores que poseían valores superiores
a 0.5 en el R2, los cuales fueron:
 Descriptor Pearson R2
MATS4v -1 1
MATS4p -1 1
GATS8m -0,99416 0,988354

Para el caso del 3DMorse, se encontraron 11 descriptores que poseían valores superiores a
0.5 en el R2, los cuales fueron:

Descriptor Pearson R2
Mor04u 0,8587025 0,73737
Mor09u 1 1
Mor12u -0,855063 0,7311334
Mor14u 0,8589497 0,7377946
Mor18u 0,8782324 0,7712922
Mor10m 0,745995 0,557948
Mor17m -1 1
Mor25m -0,969306 0,929555
Mor09e -0,989311 0,978737
Mor14e 0,750098 0,562647
Mor15e -1 1
Mor25e -0,968988 0,938937

Para el caso de Burden, se encontraron 4 descriptores que poseían valores superiores a 0.5 en
el R2, los cuales fueron:

Descriptor Pearson R2
BELv6 -0,731134 0,5345576
BELe4 -0,938481 0,8807471
BELe5 1 1
BELp6 -1 1

Para los casos de 2DBinary, 2DFrecuency, y Atom-Centred, no se encontraron descriptores

posibles.

BIBLIOGRAFIA

[1] (2019). Retrieved from https://www.acs.org/content/dam/acsorg/events/spanish-

webinars/slides/2016-04-27-sqm-slides.pdf
[2] Fernández Camacho, Eddy; Gómez Villalobos, Fernando (2009). «Brucelosis. (Revisión
bibliográfica)». Revista médica de Costa Rica y Centroamérica (en inglés) (Costa
Rica) 67 (590): 399-404. Consultado el 1 de octubre de 2013.

[3] Payne, D. J.; Gwynn, M. N.; Holmes, D. J.; Pompliano, D. L. Nat. Rev. Drug Disc. 2007,
6, 29; (b) Fischbach, M. A.; Walsh, C. T. Science 2009, 325, 1089; (c) Devasahayam, G.;
Scheld, W. M.; Hoffman, P. S. Expert Opin. Invest. Drugs 2010, 19, 215.

[4] (2019). Retrieved from

https://www.sag.gob.cl/sites/default/files/f_tecnica_brucelosis_porcina.pdf