B→C), incluso aquellas con bajas energías de activación, rara vez son instantáneas.

El esquema
3.23 representa una progresión de los cambios que tienen lugar en un elemento de volumen
arbitrario en una solución acuosa de reactivos y producto. Moléculas de agua representado
como óvalos grises, y los reactivos A y B en rojo y azul, respectivamente. Estos reactivos se
deben "encontrar" (es decir, colisionar entre ellos) unos a otros, requiriéndoles que pasen
inadvertidamente en forma de difusión traslacional y rotacional por impulso de transferencias
hacia y desde la colisión moléculas. A medida que los reactivos avanzan y retroceden, se
mueven al azar a través del laberinto intermedio de moléculas de solvente, separando
moléculas de agua individuales, así como los grupos de ellos, y solo de vez en cuando se
conectan el uno al otro.

Aunque este proceso incluye una región libre de difusión cuando las moléculas están muy
separadas, una vez cerca una de la otra, las moléculas con carga opuesta experimentan una
atracción electrostática direccional. Se cree que el acoplamiento hidrodinámico entre las
moléculas de enzimas y sustratos pueden ser apreciable a corto plazo y escalas de longitud,
incluso antes que las interacciones directas están completamente establecidas. La primera
interacción potencialmente productiva en el Esquema 3.23 es el evento asociativo conocido
como encuentro difusional (A→B). Un encuentro de difusión entre las moléculas reactantes
puede tener éxito en el desplazamiento de moléculas de disolvente suficientes, de modo que A
y B pueden formar un complejo de encuentro (A→B). En este punto, los reactivos A y B están a
punto de sufrir una reacción química. Sin embargo, si las moléculas que chocan poseen energía
excesiva, el complejo de encuentro resultante simplemente puede romperse. Como se señaló
anteriormente, se cree que algunos complejos de encuentro en el agua se mantienen unidos
por las cadenas de moléculas de solvente adyacentes al hidrógeno que forman una jaula de
solvente que los favorecen, pero de ninguna manera aseguran la eventual reacción química de
A con B. Si los reactivos A y B permanecen en contacto unos con otros, y si su orientación
mutua y sus energías son correctas, entonces una interacción productiva favorecerá la
reacción química, y se producirá C (se muestra en verde).

El movimiento de los reactivos A y B está determinado en gran parte por sus energías térmicas,
sus concentraciones locales y los potenciales de gradientes de energía afectados tanto por las
interacciones de corto alcance con las moléculas de agua circundantes, como por las
interacciones electrostáticas de largo rango entre iones macromoleculares y de bajo peso
molecular. Para reacciones nucleofílicas, el complejo de encuentro debe deshacerse de
cualquier solvatación desfavorable. A medida que se reorientan mutuamente, una pequeña
fracción de los complejos de encuentro logra alcanzar el estado de transición (AB) en un
proceso que implica una pérdida de movimiento y una entropía de orientación. Tales
reordenamientos pueden ser energéticamente desfavorables, pero pueden ser compensados
por la energía de enlace liberada por las interacciones hidrofóbicas, las interacciones de van
der Waals y, en menor grado, por la unión de hidrógeno y la formación de puentes salinos.

Juntos, estos reactivos elementales definen las etapas (Esquema 3.24) de una ruta de reacción
en la senda de energía libre:

Es probable que la ruta real de la reacción vaya a lo largo de un camino marcado por pasajes
que se asemejan a colinas y valles (más a menudo denominados colls o saddle-points en
cinética química). La ruta preferida (dominante) será la ruta de menor resistencia, que
corresponde a la ruta de energía más baja que conecta los reactivos y el producto (s).

También se pueden tomar otros caminos, pero inevitablemente serán más lentos y, por lo
tanto, representan una interconversión de muchos menos productos. Como se describe en la
Sección 3.6, cualquier conjunto individual de moléculas que reaccionan es apto para tener
energías que están por debajo o por encima de alguna energía promedio.

Esos pares que están por debajo de la energía promedio tendrán acceso a la ruta de reacción
en un punto de menor energía, y estas moléculas tardarán más en llegar a la cima. Aquellos
que poseen energías sustancialmente superiores a la media tienden a reaccionar rápidamente
entre sí, porque pueden ingresar a la trayectoria de la reacción en un punto más alto. Tales
afirmaciones requieren que el par de reactivos se oriente de manera similar a la que están
dispuestos a reaccionar.

El límite superior para una constante de velocidad bimolecular de difusión limitada k, como se
estimó primero por Smoluchowski, puede escribirse de la siguiente manera:

donde dAB es el diámetro de colisión de la esfera dura (o distancia de encuentro) que a

menudo se toma en la teoría de colisiones como la mayor distancia de aproximación
cercana, permitiendo que los reactivos interactúen débilmente, f es un factor de
potencial electrostático (es decir, f~1 para efectos electrostáticos neutros, f <1 para
interacciones electrostáticas repulsivas y f> 1 para interacciones electrostáticas
atractivas), DA y DB son los coeficientes de difusión para A y B, y L es el número de
Avogadro. Considere el caso de un elemento de bajo peso molecular que tiene una
difusividad de 5x10-10 m2 . s-1 y un elemento de alto peso molecular, digamos B, con
una difusividad de 5x10-11 m2. s-1. En este caso, kon ~ 7x109 M-1 . s-1, si f = 1 y dAB = 2
nm, poniendo el límite superior de k a 109-1010 M-1. seg-1. El valor correspondiente para
una reacción en fase gaseosa es aproximadamente mayor de 100x. Para la unión de
elementos de bajo peso molecular (por ejemplo, iones metálicos, coenzimas, glucosa y
ATP) a las macromoléculas, las constantes de velocidad bimolecular generalmente no
superan 108-109 M-1 seg-1. (Alberty y Hammes, 1958). Obviamente, el valor de k será
menor si la proteína primero se isomeriza de una conformación no vinculante E” a la
forma activa E. Lo mismo sería cierto si MgATP2- primero debe perder su ion metálico
para permitir que ATP2- se una a un ya formado Complejo E . Mg2+ para formar un
complejo E . Mg . ATP2-.

La difusión está fuertemente influenciada por el tamaño y la forma de una molécula,

así como por la temperatura y la viscosidad del disolvente, y la difusión tiene
componentes tanto de traslación como de rotación.
Para reactivos de bajo peso molecular, la rotación es rápida y rara vez afecta la
velocidad de reacción. No puede decirse lo mismo para la difusión de las
macromoléculas, especialmente aquellas con forma de barra. Del mismo modo, la
difusión puede verse influenciada por las interacciones electrostáticas y, dependiendo
de la fuerza iónica, un ion experimentará fuerzas de arrastre ejercidas por un
disolvente polarizable y cualquier ión de soluto cercano. En una reacción controlada
por difusión (o limitada por difusión), la velocidad solo depende del tiempo necesario
para formar un complejo de encuentro. Dos moléculas reaccionantes vecinas pueden
colisionar entre sí varias veces, porque la mayoría de los encuentros se estabilizan al
menos débilmente por las moléculas del disolvente circundante. Eventualmente,
pueden reaccionar, pero también pueden disociarse fácilmente.

Si bien inferimos que un complejo de encuentro es débil, hay sorprendentemente

pocos datos seguros sobre las constantes de disociación para los complejos de
encuentro. En su estudio de las interacciones anticuerpo-antígeno, Pecht y Lancet
(1977) sugieren que el complejo de encuentro de una proteína con su ligando puede
tener una constante de disociación del orden de 1 M. Para una unión de ligandos en
dos pasos (Reacción-1: A + B⇋AB, con constante de velocidad directa k1 y constante
de velocidad inversa k-1; Reacción-2: AB⇋C,con constante de velocidad directa k2 y
velocidad inversa constante k-2), el sistema a menudo se comporta como un solo
elemento de la forma A + B ∫ C, con kon = k1k2 / (k-1 + k2) y koff = k-1k-2 / (k-1 + k2) (Eigen,
1964). Cuando k-1 >> k2, kon = k1k2 / k-1 = k1k2, y koff = k-2, y k2 >> k-1, kon = k1 y koff = k-1
k-2 / k2 = k-1 / k2. El primer caso describe un pre-equilibrio rápido entre A + B y AB, con
alrededor de 1 M, y en el segundo caso, la tasa de asociación es igual a la tasa de
formación del complejo de encuentro (Pecht y Lancet, 1977).

Cualquier reacción química en fase de solución puede tratarse como un proceso en

serie, digamos Difusión➝Encuentro➝Reacción, con cada paso tendrá sus
correspondientes constantes de velocidad kdiff, kenc y kchem. Según su
comportamiento de velocidad observado, se dice que las reacciones químicas son: (a)
difusión limitada (también denominada difusión controlada), lo que indica que el
proceso es tan rápido que los reactivos solo necesitan colisionar entre sí para que
ocurra la reacción química; (b) encuentro limitado (también denominado control de
encuentro), lo que indica que, antes de que pueda producirse cualquier reacción, los
reactantes colisionantes deben someterse a cierto grado de reorganización,
típicamente reorientación y / o desolvatación, antes de la reacción; o (c) limitado a la
reacción (también denominado control de la reacción), denominado así para indicar
que la reacción química en sí es el paso más lento. El valor de la constante de
velocidad observada global sería: 1 / kobs = 1 / kdiff = 1 / kencounter + 1 / kchem, y como se
describió anteriormente para la ecuación 3.46, el tiempo de reacción general 1 /
kobserved estará dominado por el paso que tenga la tasa más baja constante. Cuando
kdiff es más pequeño, decimos que el proceso general es limitado por difusión, y para
dos pequeñas moléculas neutras, los kobs serán ~ 109-1010 M-1 . s-1. Cuando kenc es
más pequeño, decimos que el proceso general se encuentra controlado, y para dos
pequeñas moléculas neutras, kobs será ~ 108-109 M-1 . s-1.Y cuando kchem es más
pequeño, se dice que el proceso general es limitado por la reacción, y los k obs
generalmente serán menores que ~ 107 M-1 . s-1.

En la búsqueda de un ligando de bajo peso molecular por movimiento Browniano, la

posición promedio de una proteína no cambia en el tiempo, pero la longitud cuadrática
de sus excursiones (es decir, el desplazamiento cuadrado medio (r2 (t) D) crece
linealmente en el tiempo, con un factor previo que depende de la dimensión d del
espacio de búsqueda y del coeficiente de difusión D, de modo que (r2 (t) D) es igual a
2dDt, o simplemente 6Dt para la difusión en la solución a granel. La velocidad de las
reacciones de asociación de difusión limitada en los sistemas biológicos está
fuertemente influenciada por la dimensionalidad en la que operan los reactivos. En un
modelo de fase de solución simple, la dimensionalidad es tres, y el tiempo medio de
difusión t3D (en segundos) para alcanzar un objetivo de radio b en el medio de una
celda de radio r (donde r >> b) puede escribirse de la siguiente manera:

Para una molécula que va al azar a lo largo de una superficie, digamos la superficie
interna o externa de la membrana periférica de la célula,