Panchana Carolina J.

Biología Molecular I

Universidad de las Fuerzas Armadas – ESPE

DEPARTAMENTO CIENCIAS DE LA VIDA

BIOLOGÍA MOLECULAR I

Nombre: Carolina Jacqueline Panchana Torres

NRC: 4329

Tema: Estructura y función del Ribosoma

I. OBJETIVOS

 Estudiar la estructura y función del ribosoma eucariota y procariota.

 Determinar las diferencias entre un ribosoma eucariota y procariota.
 Determinar las técnicas que se usaron para el estudio de los componentes
ribosómicos.

II. RESUMEN

Todos los ribosomas están compuestos de dos subunidades las cuales se construyen a partir de
ARN y proteínas, por ejemplo la Escherichia coli contiene una pequeña subunidad (SSU)
compuesto de ARN 16S ribosomal (rRNA) y 21 proteínas ribosomales (r-proteínas) y una
subunidad grande que contiene 5S y 23S ARNr y 33 r-proteínas.

Se ha determinado que la Termus thermophilus,, Haloarcula marismortui, Deinococcus

radiodurans y Echerichia coli revela compleja arquitectura que se da en la red de interacciones
que conecta los r-proteínas individuales entre sí con el rRNAs. Haciendo un estudio más profundo
en el ARN 16s ribosomal este se puede dividir en cuatro dominios, que junto con el r-proteínas
constituyen los puntos de referencia estructurales de los dominios con proteínas S4, S5, S12, S16,
S17, S20 constituyen el cuerpo de menor importancia SSU.

En contraste con sus homólogos bacterianos, ribosomas eucariotas son mucho más grandes y
más complejo, que contiene rRNA adicional en la forma de los llamados segmentos de expansión
(ES) así como muchos r-proteínas adicionales y r-pro- extensiones proteica, los primeros modelos
estructurales ribosomales se construyeron usando criomicroscopía electrón (crio-ME) y mapas
equipados con las estructuras de la SSU bacteriana y arqueas LSU identificando así la ubicación
de un total de 46 r-proteínas eucarióticas con bacteriana y arqueas homólogas. Recientes
reconstrucciones crio-EM de 80S de plantas y levaduras en la traducción de los ribosomas han
permitido la colocación correcta de seis y 10 r-proteínas adicionales en la SSU y LSU,
respectivamente, así como el trazado de muchas extensiones específicas de la proteína eucariota.
En términos de rRNA, las principales diferencias entre ribosomas bacterianos y eucariotas es la
presencia en eucariotas de cinco segmentos de expansión (ES3S, ES6S, ES7S, ES9S y ES12S).
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Comparación de las secuencias de rRNA de diversa organismos, que van desde las bacterias hasta
los mamíferos revela que las principales diferencias en la ES se limitan a cuatro sitios en la LSU, a
saber, ES7 L, L ES15, ES27 L y ES39 L. El papel del ES sigue siendo poco clara. Su presencia en los
ribosomas eucarióticos puede reflejar el aumento de la complejidad en la regulación de la
traducción en células eucariotas, como es evidente para el montaje, la traducción iniciación, y el
desarrollo, así como el fenómeno de la traducción localizada.

Sitios RNAt vinculante para los ribosomas eucariota : Los sitios de unión para el aminoacil
transferenc ia ARN (ARNt) (sitio), peptidil-ARNt (sitio P), y ARNt desacilado (salida o E sitio) en la
ribosoma bacteriano están compuestos predominantemente de rRNA. Este rRNA se conserva en
los ribosomas eucariotas y archaeal, lo que sugiere que el mecanismo básico por el cual el
ribosoma distingue el tRNA de los ARNt afines miopía o no en el sitio durante la decodificación
también es probable que se conserve. Sin embargo, muchos r-proteínas invaden los sitios de
unión ARNt y parecen jugar un papel importante en la decodificación, alojamiento, y la
estabilización de los ARNt R-proteínas

Además, las extensiones carboxi terminales de r-proteínas S19 y S9 / S13 tramo desde dominios
globulares se encuentran en la cabecera de la SSU para interactuar con anticodon tallo-bucle
(ASL) regiones de A y P-ARNt, respectivamente, mientras que S7, y en menor medida S11,
interactúa con el ASL de E-ARNt Aunque estas interacciones ARNt son probabilidades de
mantenerse en eucariotas 80S ribosomas, interacciones adicionales son probables en la SSU
debido a la presencia de extensiones de cuatro r-proteínas eucariotas que se acercan a la tRNA
sitios de unión, a saber, el amino-terminal extensiones de S30e y S31e que llegan en el sitio A;
S25e, que se coloca entre los sitios P y E; y S1e en el sitio E S31e se expresa con un amino terminal
de la ubiquitina, lo que sugiere que la letalidad de la falta de escisión surge debido a la
incapacidad de ARNt y / o de iniciación a factores que se unen a la SSU.

El papel en la iniciación de la traducción iniciativa factor de la eIF6 no está tan claramente definida.
Se ha propuesto ser un factor anti asociación que impide la asociación prematura de los dos
subunidades ribosomales, y que también actúa en las etapas finales de los años de pre-60S
montar. En la reciente estructura cristalina de rayos X de la subunidad 60S y como se observó se
une a la elF6 centro GTPasa, la región de la LSU, donde GT-pasas son los responsables de la
decodificación de ARNm.

EL TÚNEL DE RIBOSÓMICO: Los ribosomas eucarióticos a medida que la cadena de polipéptido

naciente (NC) está siendo sintetizado, pasa a través de un túnel dentro de la LSU y emerge en el
lado solvente, donde se produce el plegamiento de proteínas. Cryo-EM reconstrucción de rayos
X y estructuras de cristalografía de bacteriana, archaeal, y citoplasma eucariota ribosomas han
puesto de manifiesto la universalidad de la dimensiones del túnel ribosomal. El túnel ribosomal
es 80 A ̊ de largo, 10 - 20 A ̊ amplio, y predominantemente compuesta de núcleo rRNA

Durante muchos años el túnel ribosomal fue pensado sólo como un conducto pasivo para la
etapa de replicación, sin embargo, la evidencia creciente indica que el túnel juega un papel más
activo en la regulación la tasa de la traducción, en la prestación de un ambiente para eventos de
plegamiento de proteínas tempranas, y en la contratación de factores de traducción a la salida
del sitio túnel, largos tramos de carga positiva residuos, tales como arginina o lisina, en un NC
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puede reducir o detener la traducción, muy probablemente a través interacción con el rRNA
cargado negativamente en el túnel. Más especificaciones de sistemas de regulación también
existen en bacterias y eucariotas, en el que se cale durante la traducción de marcos de lectura
abierta aguas arriba (uORFs de el citomegalovirus gp48 y arginina).

La estabilización adicional de tRNA de unión es observado a través de la interacción entre LSU r-

proteínas con las regiones de codón de tRNAs, a saber, la A y P-ARNt, a través del contacto con
la región conservada r-proteínas L16 y L5, respectivamente. El extremo carboxilo de la bacteriuria
proteína r-específica rial L25p también interactúa con la región del codón de A-tRNA. Esta
proteína r está ausente en archaeal y ribosomas eucariotas. En la peptidil transferasa centro
FERASE (PTC) de la LSU, el CCA termina de la A y P-ARNt se estabilizan a través de interacción
con la A- conservada y P-bucles del rRNA 23S, posicionando así el grupo a-amino de la A-ARNt
para el ataque nucleofílico en el carbono carbonilo de la peptidil-ARNt. La secuencia alta de
conservación estructural de la PTC y del sustratos ARNt sugiere que la visión del mecanismo de
la formación del enlace peptídico adquirida en el estudio de RI- arqueas y bacterias ribosomales
son transmobiliarios a los ribosomas eucariotas. A pesar de eso, variando la especificidad para la
unión de los antibióticos a la PTC de bacterias frente a eucariota LSU indica que las diferencias
sutiles, de hecho, existe. Además de las diferencias en la conformación de los nucleótidos de ARNr,
una de las principales diferencias entre la bacteria y célula eucariota PTC está relacionada con r-
proteínas. Las células eucariotas L16 contienen un bucle altamente conservado que alcanza en el
PTC y contacta con el extremo CCA del P-ARNt. Este bucle está ausente en las bacterias, y en lugar
del espacio está ocupado por la extensión amino-terminal de la bacteriana r-proteínas L27P. El
sitio de unión del extremo CCA de la E-tRNA en la eucariota LSU se asemeja a la archaeal, en lugar
de las bacterias.

Interacciones entre la subunidades ribosomales: Durante la traducción del ribosoma se somete

reordenamientos conformacionales globales que son requerido para la decodificación de ARNm,
ARNm y ARNt translocación, terminación y recicla- ribosoma adherirse. Estos cambios implican la
rotación interna así como de giro del dominio de cabeza de la SSU (Fig. 5A). Las interacciones
entre las subunidades ribosomales, o "puentes", el cambio con cada uno de estos
reordenamientos, y están por lo tanto, dinámico en la composición. El puente internacional de
subunidades fueron asignadas originalmente en un modelo bacteriano de alta resolución SSU y
LSU estructuras en reconstrucciones crio-EM, estructuras cristalinas de rayos X de baja resolución
y en más reciente de alta resolución estructuras de los ribosomas bacterianos intactos

Considerando que el ribosoma preferencial bacteriano adopta el estado sin rotar de las dos
subunidades, el ribosoma eucariótico parece adoptar estados giradas más fácilmente. Una posible
razón de esta diferencia de comportamiento es el hecho de que la superficie de interacción entre
los dos subunidades ribosomales casi se ha duplicado en los eucariotas en comparación con las
bacterias, principalmente debido a la aparición de numerosos puentes adicionales en la periferia
de la interfaz de subunidad. Estos nuevos puentes se componen principalmente de proteína y
rRNA contactos, algunos de los más notables que implican extensiones largas de la LSU en
contacto con el cuerpo y la plataforma de la SSU, puentes EB12 y eB13. Una excepción notable a
esta tendencia general es una nueva derecha puente en el centro de la interfaz de subunidad,
cerca del punto de rotación. Este puente, EB14 denominado, se compone de una solo péptido
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helicoidal, designado L41e, que está casi totalmente enterrado en un bolsillo integrado por 18S
rRNA en la SSU. Sorprendentemente esta bolsa es muy conservadas en eucariotas y en bacterias,
pero no corresponde en bacterias se ha identificado la importancia de este péptido en eucariotas
sigue siendo desconocido.

III. CONCLUSIONES

El ribosoma de un eucariota a diferencia de un procariota es mucho más grande y complejos

debido que contienen rRNA adicional en forma de los llamados segmentos de expansión.

Proteínas ribosomales de los ribosomas eucariotas, el ribosoma 80S levadura contiene 79 r-

proteínas homólogos Arqueales bacterianos, mientras que 32 (SSU, 12; LSU, 20) tiene homo única
archaeal. Así, 12 (SSU, 6; LSU, 6) r-proteínas de los 80S levadura son específicos para los eucariotas
citoplasmáticos 80S ribosomas de Tetrahymena y eucariotas superiores, tales como los humanos,
contienen una proteína r adicional LSU, L28e, y por lo tanto tienen 13 r-específica eucariota
proteínas y 80 (SSU, 33; LSU, 47) en total.

Los últimos años han sido testigos de una oleada de nueva estructuras del ribosomas de bacterias
y eucariotas algunos en diferentes etapas del ciclo de traducción.

Las recientes estructuras cristalinas de rayos X de la T. thermophila 40S y 60S subunidades

ribosomales y 80S levadura ribosoma ahora proporcionan un marco sin precedentes para la
interpretación de los muchos reconstrucciones crio-EM del ribosoma eucariota y conocimientos
bioquímicos sobre el mecanismo de traducción en eucariotas.

En unos años, no es difícil imaginar que muchos de los pasos en la traducción eucariótica se
entenderá en detalle atómico basado en nueva ténica crio-ME y de rayos X estructuras cristalinas
de los ribosomas eucariotas.

IV. COMENTARIO

Hoy en día se puede estudiar de mejor manera la estructura de un ribosoma y sus mecanismos
de traducción, mediante técnicas como crioelectrónica rayos X, etc. Este review explica la
complejidad del ribosoma, basándose en los componentes de las dos subunidades que poseen,
este paper también recalca que falta investigación para poder entender con mayor claridad el
proceso de traducción.

V. BIBLIOGRAFÍA

 Cold Spring Harb Perspect Biol 2012;4:a011536