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Separacion de Biomoleculas PDF
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Bioquímica
Separación de biomoléculas
Métodos cromatográficos
Los métodos cromatográficos son aquellos en que los diferentes componentes de una mezcla
de biomoléculas se separan al interaccionar diferencialmente con una matriz porosa inmóvil
dentro de una columna. El medio móvil (solvente) puede ser líquido o gaseoso, dependiendo
de la técnica, y puede ser de composición constante o variable.
La nomenclatura básica no ha cambiado desde los primeros intentos hechos ya hace casi un
siglo por Tswett: se denomina columna cromatográfica al tubo en que se realiza la corrida,
eluente al líquido o gas usado como medio móvil y cromatograma al resultado del análisis
cromatográfico.
La cromatografía se emplea con fines analíticos, en microescala, o preparativos, ya sea en
procesos industriales o de laboratorio, para purificar diversas sustancias: proteínas, ácidos
nucleicos, medicamentos, etc.
Las columnas son tubos de vidrio, metal o plástico, dependiendo de la técnica empleada, de
diámetro constante y preferentemente de un material biocompatible, es decir que no cambie la
función biológica del material en estudio ni interaccione con el eluente.
Las interacciones que dan lugar a la separación se dan sobre la matriz o soporte y pueden ser
de diversa naturaleza. Así se tiene la cromatografía de intercambio iónico, de interacción
hidrofóbica, de filtración o exclusión molecular, de afinidad, etc.
Dependiendo de las
necesidades de Bomba
resolución, diferentes
técnicas pueden ser
empleadas para la Figura 1
cromatografía, tales
Columna
como HPLC (High
performance liquid
chromatography, FPLC Solvente
(fast protein liquid
chromatography), en
que varían la presión a
la que se administra la Acme Corp.
fase móvil, la 1
0
3
1
Bioquímica - Cromatografía 2
Un soporte muy común es la celulosa, fácilmente hidratable pero que no permite elevados
flujos debido a su compresibilidad. Está compuesto de fibras de celulosa purificadas. Además
de su compresibilidad, este soporte no es compatible con algunos solventes orgánicos ni
álcalis, que hidrolizan la celulosa.
De gran uso son las matrices derivadas de dextranos, de polisacáridos diversos que pueden
ser mezclados con otros sustancias para dar diferentes características a la matriz. Se
presentas como microesferas porosas con diferentes tamaños de partícula y poro.
Ejemplos de éstas son la Sepharose y el
Figura 2. Partículas de Sepharosa Sephadex. La primera está compuesta por
agarosa, un polímero lineal de residuos alternados
de D-Gal y 3,6 anhidro-L-gal. La agarosa es un
componente del agar, junto a la agaropectina. La
agarosa forma geles debido a la multiplicidad de
puentes H y es un excelente medio debido a su
biocompatibilidad. La técnica de fabricación permite
que se formen partículas esféricas, cuentas de
collar, de tamaño más o menos uniforme y alta
porosidad. El Sephadex, por su parte, es un
dextrano entrecruzado. Todos los dextranos son
susceptibles a valores extremos de pH, en especial
en el lado alcalino de la escala. Esto se debe a la labilidad de los enlaces glucosídicos a la
hidrólisis alcalina.
El Sephacryl se prepara por entrecruzamiento covalente de alildextrano con
N,N'metilenbisacrilamida, dando un gel rígido con resistencia a la compresión. El BioGel es un
polímero de acrilamida que es especialmente resistente a valores extremos de pH.
Cuando se requieren velocidades de flujo y presiones elevadas se utilizan matrices más
rígidas, constituidas por polímeros
sintéticos o sílica.
Especialmente en soportes para
intercambio iónico se usa poliestireno Fase móvil
entrecruzado con divinilbenceno, que
forma una estructura tridimensional
grande de forma esférica.
Separación en base al tamaño.
Cromatografía de exclusión molecular Moléculas pequeñas: difusión
Dirección de flujo
(CEM) libre en la fase estacionaria
Figura 2
Las biomoléculas de diferente naturaleza
y tamaño pueden separarse en base a su
tamaño en columnas de filtración
molecular o filtración en gel. Esta técnica Moléculas medianas:
se basa en las propiedades separativas difusión en una fracción limitada
del soporte
de partículas esféricas, porosas, de
diámetro pequeño y más o menos
constante. Las biomoléculas que pasan a
través de estos geles tienen a su
disposición caminos de diferente longitud
de acuerdo con su tamaño. Así, las Moléculas grandes:
exclusión de fase estacionaria
moléculas pequeñas capaces de penetrar
los poros de la matriz se verán retardadas
en comparación con aquellas de mayor
tamaño, que son excluidas del interior de
Figura 3. Cromatografía 2
de exclusión molecular
Bioquímica - Cromatografía 3
la partícula y por lo tanto verán su tránsito a través de la columna acelerado. El tamaño mínimo
que debe poseer una molécula para incluirse, entrar a los poros, se denomina límite de
exclusión. P.ej. un límite de exclusión de 106 significa que moléculas con tamaño mayor a 106
kDa no serán incluidas. Esta técnica separa no solamente moléculas muy grandes de
moléculas muy pequeñas, como en el ejemplo anterior, sino que además permite la separación
de moléculas con tamaños parecidos. Esta última característica hace que uno pueda calibrar
una columna con patrones de tamaño (peso molecular) conocido, los cuales eluirán siempre en
la misma forma, y luego utilizar esta información para construir una curva de calibración. La
cromatografía se realiza sembrando la muestra y eluyendo con un buffer de composición
constante. 1
No se utiliza el volumen de elución Figura 4
directamente sino el coeficiente de
partición, que es la relación:
Abs 280
Kav=(Ve-Vo)/(Vt-Vo)
0.5
Donde:
• Vo es el volumen vacío o de
exclusión, el espacio que queda
por fuera de las partículas del gel,
el único disponible para las 0
Vo Ve1 Ve2
macromoléculas que no se
incluyen en el gel.
• Ve es el volumen de elución de la macromolécula, medido en la altura máxima del pico
(ver Fig. 4)
• Vt es el volumen total de la columna
400
angostas, de modo de maximizar el número 300 Figura 5
de platos teóricos, una medida de su 200
capacidad de resolución. Una limitación de
esta técnica es que el volumen sembrado 100
En este tipo de cromatografía, la matriz contiene un grupo cargado que puede interaccionar
con la macromolécula en estudio de forma de unirse a ella por interacciones electrostáticas.
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Bioquímica - Cromatografía 4
Los grupos iónicos se hallan unidos en forma covalente a la matriz. Por ejemplo, una proteína
con punto isoeléctrico menor a 7 o un ácido nucleico estarán cargados negativamente a pH 7.0.
De esa manera, si se tiene una matriz con sustituyentes cargados positivamente, por ejemplo
una amina cuaternaria, las macromoléculas se unirán a los sustituyentes con una fuerza
proporcional a la carga que detenten al pH al que se realiza la corrida y al número y naturaleza
de los sustituyentes presentes en la matriz. Dado que las proteínas son iones multivalentes, las
resinas pueden ser de intercambio aniónico o catiónico, de acuerdo a la carga neta que
posean. Dependiendo de la macromolécula en estudio se usará una u otra. Los más comunes
son:
Figura 7. Cromatograma obtenido en una CIO de una mezcla de proteínas. Luego de la siembra se observa
un pico de Absorbancia (la técnica de detección puede ser otra) que corresponde a la fracción de proteínas
que no se unen a la matriz. Luego de lavar con el mismo buffer de siembra hasta eliminar aquello que no se
une a la matriz, se comienza a elevar la fuerza iónica en el buffer y se observa la aparición de picos que
corresponden a macromoléculas unidas. El primero es un pico doble que contiene al menos dos proteínas que
eluyen a fuerzas iónicas parecidas.
Sephadex, etc. Más recientemente se han agregado las matrices con tentáculos,
prolongaciones de 15 a 20 monómeros a los cuales se une el grupo iónico. Estas matrices
evitan el impedimento estérico que puede ofrecer el soporte para la unión de proteínas grandes
y evitan otros fenómenos como los cambios locales de pH que ocurren en el interior de las
partículas en otras matrices. Al respecto, las resinas macroporosas, que poseen poros 10 a
100 veces mayores que los microporos de 10-30 Å presentes en intercambiadores basados en
geles de dextrano, facilitan el movimiento de los iones y macromoléculas, poseen mayor
capacidad de unión de ligandos y velocidades de flujo elevadas.
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Bioquímica - Cromatografía 6
Interacción hidrofóbica (CIH)
Figura 9
% buffer B
Abs 280 nm
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Bioquímica - Cromatografía 8
• Activación por tioles: tiene un espaciador de glutatión que permite unir a través de
grupos tioles
Figura 11 NH
La elución se puede realizar incrementando OH O C NHR
la concentración de sal en el medio de CNBr Derivado de
lavado, por la adición del ligando en forma tiourea
soluble (más frecuente) o por cambios en el
pH de la solución. RNH2
OH OH
La técnica consiste en cargar la columna con el ión metálico, p.ej. una solución 1 M de Cl2Zn,
luego equilibrar con el buffer, cargar la muestra, y luego eluir con una solución (o establecer un
gradiente) de EDTA, un quelante que secuestra el Zn y despega por tanto a la proteína.
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Bioquímica - Cromatografía 9
Otros
Detección
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pueden detectarse por absorción a 260 nm y las proteínas también a 254 nm (enlace
peptídico). Los hidratos de carbono pueden detectarse haciendo uso de cambios en el índice
de refracción. También pueden tomarse alícuotas de los tubos recogidos y hacer allí la
determinación de la concentración de la macromolécula en cuestión ya sea por sus
propiedades ópticas, por su actividad biológica (actividad enzimática) o por alguna reacción
específica (p.ej. por Coomassie en caso de proteínas).
Con respecto a este parámetro, la administración del solvente se puede realizar por gravedad
o con bombas. El primer caso es posible sólo cuando el soporte es suficientemente laxo como
para permitir el flujo sin necesidad de presión adicional. En este caso entran la mayoría de
medios cromatográficos basados en Sephadex. En el segundo caso, pueden usarse equipos
totalmente automatizados que permiten variar el flujo en forma muy controlada y realizar
automáticamente los gradientes. La velocidad de flujo está en estrecha relación con la
resolución de la técnica, de modo que este punto se amplía en el siguiente apartado.
En general, se pretende que las corridas duren el menor tiempo posible para minimizar la
pérdida de actividad biológica, pero sin sacrificar la resolución del método.
La distribución de las macromoléculas en una columna durante la elución hace que se detecten
a su salida de la columna como picos, 1
caracterizados por su altura y su anchura. Lo
ideal es que cada pico sea tan angosto como Figura 14
sea posible, para separarlo de sustancias
Abs 280
que eluyan en la vecindad. En la Fig. 14 se
observa una separación completa de los
0.5
picos 1 y 2. Sin embargo, existe un
solapamiento de los picos 3 y 4 , por lo que
las fracciones intermedias entre ambos
contendrán ambos componentes, y
obviamente la purificación no es en este 1 2 3 4
caso perfecta.
0
Dos procesos causan el ensanchamiento del
pico: la difusión y la turbulencia. La difusión Volumen
es el proceso por el cual la macromolécula, que se concentra en una banda a medida que se
separa de los otros componentes, tiende a difundir hacia atrás y adelante hacia zonas en que
su concentración es menor. La difusión depende del tiempo, por lo tanto puede controlarse con
corridas cortas, aumentando la velocidad de flujo. Sin embargo, esto causará que el flujo
alrededor de las partículas no sea laminar, formándose turbulencias en el lado de la partícula
cercano a la salida que ensancharán el pico. Por otra parte, muchos soportes no aceptan
velocidades muy altas debido a que al aumentar el flujo aumenta la resistencia al avance y en
consecuencia la presión. Con ello la fase inmóvil tiende a comprimirse, dificultando aún más el
flujo y aumentando mas la presión.
La turbulencia puede controlarse haciendo la partícula cada vez más chica. A su vez, al achicar
la partícula se aumenta la superficie, aumenta el rozamiento con el solvente y esto hace que se
requiera más presión para poder lograr un flujo determinado. Para esto se usa un equipo
especializado llamado HPLC (High performance liquid chromatography). En HPLC se utiliza un
sistema de bombas de alta precisión, capaz de entregar flujos muy precisos y constantes a
diferentes velocidades y a elevada presión. Este factor determina que se utilicen cañerías y
columnas de acero u otros materiales capaces de soportar hasta 6000 psi (400 atm). Los
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soportes utilizados en HPLC también poseen características especiales para permitirles
soportar presiones elevadas. Uno de los materiales más comunes es la sílica, aunque también
se encuentran polímeros sintéticos de alta resistencia.
El HPLC tiene usos como herramienta analítica pero también se puede trabajar en escala
preparativa.
La técnica de FPLC es un intermedio entre los sistemas de baja presión y el HPLC. En este
caso también es posible controlar muy exactamente el flujo mediante un sistema de bombas de
precisión, pero el sistema está limitado a presiones medias, hasta un máximo de 5 MPa. Se
pueden acoplar columnas de diverso tamaño y con una variedad de soportes más amplia que
en el caso del HPLC, aunque no se alcanza la misma resolución. Su uso se inclina más a la
parte preparativa (purificación de proteínas, péptidos y ac. nucleicos) que a la analítica.
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