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Cintica enzimtica
1. Considerar una enzima industrialmente importante, que cataliza la conversin de un
sustrato para formar un producto mucho ms valioso. La enzima sigue el mecanismo de
Briggs-Haldane:
2. Las propiedades cinticas de la enzima ATPasa, aislado a partir de levadura, que cataliza
la hidrlisis de ATP para formar ADP y P i, se evalan mediante la medicin de las velocidades iniciales en solucin, con
diversas concentraciones de ATP S 0 y una ATPasa concentracin total E 0 = 0,60 m. A partir de estos
experimentos, se determina que
V max = 1.20 micras / s; K M = 40 M.
a. Calcular los valores de k gato y la eficiencia cataltica para la ATPasa bajo estas
condiciones.
segundo. Una molcula de inhibidor se aade a una concentracin de 0,1 mM, y los
experimentos se repiten. La aparente V max y K M ahora se encuentran para ser 0,6 micras / s,
y 20 mM, respectivamente. Especular sobre el funcionamiento de este inhibidor (es decir,
especificar qu especies estn comprometidos por el inhibidor).
3. La enzima luciferasa en lucirnagas cataliza la modificacin de luciferina, consumiendo
tanto luciferina y ATP, y la produccin de luz (probablemente se puede adivinar la funcin
de esta reaccin). Suponiendo ATP est en exceso, la reaccin sigue el mecanismo de
Briggs-Haldane, con la luciferina como sustrato limitante.
Se llevan a cabo una serie de experimentos en los que 5 mM enzima luciferasa se mezcla
con diversas concentraciones de sustrato S 0, y las velocidades de reaccin relativas se mide en trminos de las tasas de
emisin de luz, medida usando un tubo fotomultiplicador:
5 3554
10 6262
20 10115
40 14611
80 18786
200 22672
500 24718
1000 25484
a. A partir de los datos, estimar la V max (en RLU) y K M (en M).
segundo. Cuando la concentracin de sustrato es de 1000 m, y la produccin de luz se
controla durante un periodo de tiempo, la velocidad de reaccin se mantiene relativamente
constante durante aproximadamente 5,0 minutos (300 segundos), despus de lo cual
disminuye rpidamente a casi cero.
Estimar el k gato (en s -1) y la eficiencia cataltica.
3 0,138
10 0,137
30 0,127
100 0,080
300 0,033
1000 0,010
a. Despreciando la resistencia a la transferencia de masa externa, muestran que la enzima
exhibe una cintica de reaccin (limitado) intrnsecos cuando d <10 micras, y estimar la
eficiencia cataltica k cat / K M (M -1 s -1) para la enzima incrustada.
segundo. Demostrar que hay una fuerte resistencia a la difusin intrapartculas cuando d>
300 micras y estimar el coeficiente de difusin del sustrato en la partcula D p (m 2 / s).
7. Una enzima est incrustado uniformemente dentro de una membrana permeable (espesor
de 2 L = 180 m). La membrana se incuba con diferentes concentraciones de sustrato S 0, y de
la formacin de producto tasa de V 0 se mide en cada caso. Este experimento se repite para diferentes
cargas de enzimas. La velocidad de reaccin es proporcional a S 0 para todas las
condiciones ensayadas, y los resultados son como sigue:
E 0 (M) V0/S0
(s-1)
0.1 0.0012
0.2 0.0023
0.4 0.0041
0.8 0.0069
16 0.0108
3.2 0.0158
6.4 0.0226
a. Demostrar que la velocidad de reaccin refleja la cintica de enzimas intrnsecas cuando
E 0 = 0,1 M, mientras que es sometida a una fuerte resistencia a la difusin intrapartculas
cuando E 0 = 6,4 mM.
segundo. Basndose en la informacin, en parte, y despreciando la resistencia a la
transferencia de masa externa, estimar la k cat / K M ratio (M -1 s -1) y el coeficiente de difusin sustrato D p
(m 2 / s) en la membrana.
9. Considere una enzima industrialmente relevante, que acta sobre una pequea molcula
sustrato con las siguientes propiedades catalticas (medido en solucin):
k cat = 5 s -1
KM=2M
La enzima se incrusta de manera uniforme en partculas esfricas (0,5 mm de dimetro), a
una concentracin de 10 mM en funcin del volumen de las partculas, y procesa sustrato
con mayor concentracin de 100 mM. En estas condiciones, la velocidad de reaccin
inicial se encontr que 5 micras / s (base de volumen de partculas).
a. Demostrar que la tasa observada es mucho menor de lo que cabra esperar sobre la base
de la cintica de solucin.
segundo. Qu dos efectos distintos podran contribuir a la tasa ms baja observada?
do. Usando razonamiento cuantitativo, especular sobre lo importante que cada uno de estos
efectos es en la contribucin a la tasa ms baja observada.
Velocidad de S 0 (M) = 1 10 1 10
agitacin (rpm)
11. Considrese una enzima incrustada de manera uniforme dentro bien caracterizados,
partculas permeables con una relacin volumen / rea superficial de 0,050 cm (500
micras) y un coeficiente de difusin eficaz de sustrato 2x10 -7 cm 2 / s. Estos datos de
velocidad iniciales fueron tomadas para iniciales, a granel concentraciones de sustrato S
(0); las tasas iniciales, V 0, se expresan sobre una base de volumen por partculas:
S (0), M V 0 (M / min,)
10 2.0
30 5.9
500 33.0
a. Para cada uno de los tres puntos de datos anteriores, caracterizara el grado de resistencia
a la difusin intrapartcula como mnimo, intermedio o fuerte?
segundo. Estimar los valores de V max y K M para esta enzima inmovilizada (el grfico de
factor de eficacia vs. mdulo observable puede ser til aqu, aunque puede que no sea
necesario).
7. Este problema se ocupa del anlisis de butrico bacterias del cido de fermentacin,
como se considera en ms detalle por Papoutsakis (Biotechnol Bioeng.., 26: 174-187
(1984)). Se supone que estas bacterias consumen glucosa y sales que contienen nitrgeno
anaerbicamente para formar: biomasa, expresada como un reducido frmula emprica CH
p O n N q, butirato de (C 4 H 8 O 2), acetato de (C 2 H 4 O 2 ), CO 2, H 2 y H 2 O. Otros productos que o bien
no se acumulan o se producen en cantidades insignificantes.
La va metablica, teniendo en cuenta slo las especies que contienen carbono, se puede
simplificar y se escribe como sigue:
C 6 H 12 O 6 ---> 6 CH p O n N q
C 6 H 12 O 6 ---> 2 AcCoA + 2 CO 2
AcCoA ---> C 2 H 4 O 2
AcCoA + C 2 H 4 O 2 ---> C 4 H 8 O 2
Un anlisis ms detallado se basa en las siguientes observaciones:
1) La biomasa es generalmente 46,2% de carbono en peso.
2) El grado de reductancia de la biomasa es generalmente igual a 4,29.
3) El coeficiente de rendimiento para la biomasa es 40,0 g de glucosa DCW / mol.
4) La relacin molar de H 2 / CO 2 producido se encuentra que es 1,20.
a. Determinar el peso molecular emprica de la biomasa, MW B (g DCW / mol).
segundo. Dar a los grados de reductancia para todas las especies distintas de la biomasa.
do. Estimar los coeficientes de rendimiento de acetato y butirato (mol / mol de glucosa) en
estas condiciones.
Biorreactores
1. Un microorganismo se cultiva en un biorreactor lote 10 L, que contena inicialmente 100
sustrato g / L de crecimiento (considerado como una concentracin de "alto") y 0,2 g / L de
biomasa. Le dicen por un colega que el tiempo de duplicacin para este cultivo (en fase
exponencial) es muy reproducible, con
t d = 1,25 horas.
Despus de 6 horas en total en la cultura, se mide la densidad celular y la concentracin de
sustrato:
t = 6 h: x = 1,24 g / L; S = 73 g / L.
Estimar:
a. La tasa de crecimiento especfica mxima, max (h -1).
segundo. El coeficiente de rendimiento, Y X / S (g biomasa / g de sustrato).
do. La densidad celular en la fase estacionaria (g / L).
re. El tiempo total de cultivo requerido para alcanzar la fase estacionaria (h).
mi. El tiempo de retraso aparente, t lag (h).
5 0 10
a. Estimar la glucosa coeficiente de rendimiento Y X / S (g biomasa / glucosa moles).
segundo. Suponiendo que la cintica de crecimiento Monod, estimar la tasa de crecimiento
especfico mxima max (h -1) y la Monod constante K S (mM).
0.05 1.58
0.10 2.17
0.15 2.47
0.20 2.65
0.25 2.76
0.30 2.83
0.35 2.86
0.40 2.84
0.45 2.74
0.50 2.25
0.52 1.32
0.53 0
a. Explica por qu la densidad celular puede aumentar a medida que aumenta la velocidad
de flujo, como se muestra aqu con D <0,35 h -1.
segundo. A qu tasa de dilucin en caso de que opere el chemostat para optimizar la
productividad de un estricto crecimiento asociada producto? Explicar la base para su
respuesta.
do. A qu tasa de dilucin en caso de que opere el chemostat para optimizar la
productividad de una estricta no-crecimiento asociada producto? Explicar la base para su
respuesta.
2. Un cultivo aerbico debe ser llevado a cabo en un reactor discontinuo de tanque agitado
100 L. El reactor se roci con aire enriquecido [C g (O 2) = 20 mM] a un caudal F g = 20 L / min., Y
de la constante de la Ley de Henry modificado para O 2 es M = 40. Los microorganismos
consumen 20 mmol O 2 / g DCW / h, y se le dijo que la tasa de transferencia de masa
constante, medido bajo condiciones de proceso, es k L un '= 0,02 s -1.
a. Calcular la densidad celular mxima (g DCW / L) que se lograr antes de oxgeno se
hace limitante para el crecimiento.
segundo. Ahora desea ampliar el proceso para 10.000 L, manteniendo el mismo k L un 'y F
g / V. Estimar las siguientes relaciones, donde II se refiere a la escala de 10.000 L e I se
refiere a la escala de 100 L:
d t, II / d t, I
N i, II / N i, I
(P / V) II / (P / V) I
Re i, II / Re i, I
5. An, biorreactor de tanque agitado con aire burbujeado se opera en modo por lotes. Tras
una fase inicial de retraso, las clulas en el reactor crecen exponencialmente. Las
condiciones son tales que el oxgeno disuelto en ltima instancia, limitar el crecimiento
celular, pero la muerte celular y el mantenimiento en condiciones limitadas de oxgeno son
despreciables.
Verdadero o Falso (debe justificar su respuesta):
Cuando la concentracin de oxgeno disuelto cae por debajo de los niveles crticos, la tasa
de crecimiento absoluto de las clulas (r x) se reducir, y poco despus, la densidad celular se mantendr constante.
6. Considere un cultivo discontinuo rociado con aire (F g / V = 0,50 min -1; C g = 8,0 mM;
C L * = 0,20 mM). En un momento durante el crecimiento exponencial, el flujo de gas se
apaga durante 60 segundos, y la concentracin de oxgeno disuelto (C L) se monitoriza como una funcin
del tiempo:
Despus de que el aire se vuelve a encender, la concentracin de oxgeno disuelto es encaja
bien por
C L (mM) = 0.173 - 0.133exp (-0.083 t), donde t es el tiempo en segundos.
a. En el momento de este experimento, la densidad celular se determina que es 0,50 g
DCW / L. Estimar la densidad celular en el que la cultura dejar de crecer de forma
exponencial.
segundo. La velocidad de agitacin, N i, se incrementa en un factor de 3. Por qu factor
estar el k L un 'cambio? Cambiar la mxima velocidad de transferencia de oxgeno en
aproximadamente el mismo factor? Justifica tu respuesta.
do. El proceso debe ser reducido por un factor de 10 en trminos de volumen. Usted decide
mantener el mismo tiempo de circulacin (determinado por N i) y k L a "valores. Qu
variable del proceso tendr que ser ajustado, y aproximadamente en qu factor? Por qu
esto no es una buena estrategia?
3. La lnea celular HT-2 es una lnea de clulas T de ratn que prolifera en respuesta a la
citocina, interleucina 2 (IL-2). Un matraz de clulas se inocul en 3x10 4 clulas / ml, y el
medio contena inicialmente una dosis saturante (100 pM) de IL-2. En varias ocasiones,
una parte alcuota de la suspensin celular fue sacado y la densidad celular se cuantific.
Los datos del curso de tiempo se muestran a continuacin en parcelas semi-log lineales y:
La constante de velocidad de internalizacin de IL-2 / IL-2 complejos de receptores se ha
medido (0,1 min -1), y se supone que todas las molculas de ligando internalizados se degradan. Tambin puede
presumirse que el crecimiento celular est limitado por IL-2 de concentracin.
a. Estimar el valor de max (h -1) en estas condiciones.
segundo. Estimar el nmero mximo, en estado estacionario de IL-2 / IL-2 complejos de
receptores por clula para esta lnea celular.
2. Una separacin cromatogrfica produce dos picos. Para una columna de 5 cm de largo,
los picos presentan las siguientes caractersticas:
Pico 1 Pico 2
Tiempo medio de residencia 15 40
(min.):
La desviacin estndar 5 10
(min.):
a. Calcular el valor de la resolucin, R s, de estos dos picos, y hacer comentarios sobre la posibilidad de lograr tanto un alto
rendimiento y alta pureza.
segundo. Para la separacin cromatogrfica se describe en la Parte A, estimar el nuevo
valor de la resolucin si la longitud de la columna se extiende a 10 cm, mientras se
mantiene la misma velocidad de flujo.
3. Una columna de afinidad se utiliza para separar una protena llamada protena X
especfica del medio de cultivo gastado. Una protena contaminante, Protena Y, tambin se
encuentra en el medio. Las perlas esfricas para ser utilizados en la columna son
impermeables, lo que significa que ni la protena X ni Y Protein puede penetrar las
partculas. En experimentos piloto, se aaden pulsos de la protena X o Protena Y a la
columna, que est lleno de perlas que son o bien no conjugado (sin unirse a la protena X o
Protena Y) o ligando conjugado (se unen especficamente a la protena X). Se obtienen los
siguientes resultados:
No conjugada -Ligando conjugado
5. Una columna de afinidad (100 ml de volumen total) se utiliza para separar una protena
especfica llamada protena B del medio de cultivo gastado. Una protena contaminante, la
protena A, tambin se encuentra en el medio. Los cromatogramas se adquieren en dos
caudales diferentes:
Q = 2 mL / min. Q = 10 ml / min.