Aminocidos

Es esencial tener un conocimiento bsico acerca de la qumica de las protenas,

para entender la nutricin y otros conceptos del metabolismo. Las protenas se
componen de carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno y a veces, azufre. Los tomos
de estos elementos suelen formar subunidades moleculares denominadas
aminocidos.

Los veinte tipos distintos de aminocidos que se encuentran en condiciones

normales en las protenas contienen un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-
COOH) unidos al mismo tomo de carbono, llamado carbono alfa. Los aminocidos
difieren en su grupo R o cadena lateral unida al carbono alfa. La glicina, el
aminocido ms simple presenta un hidrgeno como grupo R o cadena lateral; la
alanina un grupo metilo (-CH3).

Los aminocidos puestos en una solucin de pH neutro se comportan como iones

dipolares. Esta es la forma en que se comportan en el pH celular. El grupo amino (-
NH2) acepta un protn hasta convertirse en -NH3+ y el grupo carboxilo dona un
protn convirtindose en -COO- disociado. Segn se mencion, la solucin de un
cido y su base conjugada sirve de amortiguador y resiste cambios en el pH cuando
se agrega un cido o una base. Gracias a los grupos amino y carboxilo de una
protena, al encontrarse sta en una solucin, resiste cambios en la acidez o
alcalinidad y, por lo tanto, desempea las funciones de un importante amortiguador
biolgico.

El carbono alfa de un aminocido es un carbono asimtrico. Por tanto, cada

aminocido puede presentarse en dos enantimeros distintos, o imgenes en
espejo. Ambas imgenes se Ilaman L-ismero y D-ismero. Cuando se sintetiza un
aminocido en el laboratorio se produce una mezcla de ismeros L y D. Sin
embargo los de los seres vivos son casi exclusivamente L-ismeros. Una excepcin
seran los pocos aminocidos D presentes en los antibiticos producidos por los
hongos.

Los aminocidos se agrupan en la figura segn las propiedades de sus cadenas

laterales. Los aminocidos con cadenas laterales no polares son hidrfobos, en
tanto que aqullos con cadenas laterales polares son hidrfilos. Los aminocidos
cidos tienen cadenas laterales con un grupo carboxilo. En el pH celular, el grupo
carboxilo se disocia de manera que el grupo R tiene una carga negativa. Los
aminocidos bsicos tienen carga positiva debido a la disociacin del grupo amino
en su cadena lateral. Las cadenas laterales cidas o bsicas son inicas y por tanto,
son hidrfilas. Adems de los veinte aminocidos conocidos, algunas protenas
contienen otros aminocidos menos comunes. Estos se producen por la
modificacin de aqullos, al formar parte de una protena. Por ejemplo, la lisina y la
prolina pueden convertirse en hidroxilisina e hidroxiprolina respectivamente
despus de incorporarse al colgeno. Estos aminocidos dan origen a enlaces
cruzados entre las cadenas peptdicas del colgeno. Dichos enlaces aportan la
firmeza y la fuerza de las molculas del colgeno, que es uno de los principales
componentes del cartlago, del hueso y de otros tejidos conectivos.

Con excepciones, las plantas sintetizan todos sus aminocidos a partir de

sustancias ms simples. Las clulas humanas y animales fabrican algunos de
importancia biolgica, aunque no todos, si cuentan con la materia prima necesaria.
Aquellos que los animales no pueden sintetizar, deben obtenerlos en la dieta: stos
son los llamados aminocidos esenciales. Los animales tienen distintas capacidades
de biosntesis; lo que para un animal es un aminocido esencial, para otro puede no
serlo.

Las cadenas de polipptidos se forman a partir de aminocidos

Los aminocidos se combinan por medios qumicos unos con otros enlazando el
carbono del grupo carboxilo de una molcula con el nitrgeno del grupo amino de
otra. El enlace covalente que une dos aminocidos se denomina enlace peptdico.
Cuando dos aminocidos se combinan, se forma un dipptido; una cadena ms
larga recibe el nombre polipptido. El elaborado proceso por medio del cual se
sintetizan polipptidos se tratar ms adelante.

Un polipptido contendr cientos de aminocidos unidos en un orden lineal

especfico. Una protena se forma por una o varias cadenas de polipptidos. Puede
formarse una variedad casi infinita de molculas protenicas. Debe aclararse que
una protena difiere de otra en cuanto al nmero, tipo y secuencia de los
aminocidos que la conforman. Los veinte tipos que se encuentran en las protenas
biolgicas podran considerarse como letras de un alfabeto de protenas, de manera
que cada protena sera una palabra formada por distintas letras.

Estructura de las protenas: niveles de organizacin

Las cadenas de polipptidos que forman una protena se encuentran enrolladas o

plegadas de modo que forman una macromolcula con una conformacin
especfica, tridimensional. Esta conformacin determina la funcin de la protena.
Por ejemplo, la conformacin nica de una enzima le permite "identificar" y actuar
sobre su sustrato, sustancia que dicha enzima regula. La forma de una protena
hormonal le permite combinarse con su receptor en el sitio de la clula blanco. (La
clula sobre la cual la hormona est diseada para actuar.)

Las protenas se clasifican en fibrosas o globulares. En las protenas fibrosas, las

cadenas de polipptidos estn dispuestas en lminas largas; en las protenas
globulares las cadenas de polipptidos se encuentran plegadas en forma estrecha a
fin de producir una molcula compacta, de forma esfrica. La mayor parte de las
enzimas son protenas globulares. Hay varios niveles de organizacin en una
molcula protenica: primario, secundario, terciario y cuaternario.
Estructura primaria

La secuencia de aminocidos en una cadena de polipptidos determina su

estructura primaria. Esta secuencia, se especifica por la informacin gentica.
Utilizando mtodos analticos ideados al inicio del decenio de 1950, algunos
investigadores determinaron la secuencia exacta de los aminocidos que
constituyen una molcula de protena. La insulina, hormona secretada por el
pncreas, que se utiliza en el tratamiento de la diabetes, fue la primera protena
cuya secuencia de aminocidos en la cadena polipeptdica pudo determinarse. La
insulina contiene 51 unidades de aminocidos unidos en dos cadenas enlazadas.

Estructura secundaria

La estructura secundaria de las

protenas implica que las cadenas se
pliegan y forman un hlice u otra
estructura regular. Esta uniformidad se
debe a las interacciones entre los
tomos del esqueleto regular de la
cadena peptdica. Los grupos
funcionales no intervienen en la
formacin de enlaces de la estructura
secundaria. Las cadenas peptidicas no
suelen encontrarse aplanadas ni se
pliegan al azar sino que se pliegan y
dan lugar a una estructura
tridimensional especfica. Una
estructura secundaria que se observa
con frecuencia en las molculas de
protena es la llamada hlice alfa. Esto
abarca la formacin de espirales de una
cadena peptdica. La hlice alfa es una
estructura geomtrica muy uniforme y
en cada giro se encuentran 3,6
aminocidos. La estructura helicoidal se
determina y mantiene mediante
puentes de hidrgeno entre los
aminocidos en los giros sucesivos de
la espiral. En la estructura
alfahelicoidal, los puentes de hidrgeno
ocurren entre tomos de una misma
cadena peptdica.La hlice alfa es la
unidad estructural bsica de las protenas fibrosas como la lana, cabello, piel y
uas. Las fibras son elsticas porque los enlaces de hidrgeno pueden reformarse.
Este es el motivo por el cual el cabello humano puede estirarse hasta cierto largo y
luego recupera su longitud.
 Otro tipo de estructura
secundaria es el
denominado lmina
plegada beta. En stas
los puentes de hidrgeno
pueden ocurrir entre
diferentes cadenas
polipeptdicas (lmina
intercatenaria); cada
cadena en forma de
zigzag est
completamente
extendida y los enlaces
de hidrgeno ocasionan
la formacin de la
estructura en forma de
lmina. Pero tambin se
pueden formar lminas
plegadas entre regiones
diferentes de una misma
cadena peptdica (lmina
intracatenaria). Esta
estructura es ms flexible
que elstica. La fibrona,
la protena de la seda,
est caracterizada por
una estructura de lmina
plegada beta; el ncleo
de muchas protenas
globulares tambien est formado por lminas beta.

Las estructuras laminares intracatenarias ocurren sobre todo en protenas

globulares, en tanto que las intercatenarias entre las fibrosas. En ambos casos son
posibles dos formas laminares, segn el alineamiento de las diferentes cadenas o
segmentos: si stos se alinean en la misma direccin (de extremo N- a C-terminal,
por ej.) la disposicin es una lmina beta paralela, en tanto que si estn alineados
en sentido opuesto, la lmina es beta antiparalela. Si bien ambos casos ocurren en
la naturaleza, la estructura antiparalela es ms estable porque los dipolos C=O y N-
H estn mejor orientados para una interaccin ptima.

En las protenas fibrosas la estructura es exclusivamente helicoidal (colgeno) o

exclusivamente laminar, pero en las protenas globulares la estructura secundaria
siempre tiene una porcin que no es ni helicoidal ni laminar, denominada aleatoria
(zonas de conexin); estas protenas pueden ser parcialmente helicoidales y
aleatorias, parcialmente laminares y aleatorias, totalmente aleatorias o una mezcla
variable de partes de ordenamiento helicoidal, laminar y aleatorio.

Un concepto muy utilizado en la estructura tridimensional de una protena es el

dominio, que corresponde a una zona de la molcula que tiene caractersticas
estructurales definidas. En una molcula de protena puede haber ms de un
dominio y este hecho est relacionado con la funcin de la misma. Los dominios
suelen ser muy conservados a lo largo de la evolucin: las proteasas tipo papana
de virus, bacterias, plantas y animales tienen una estructura compuesta de dos
dominios entre los cuales se ubica el sitio activo de la enzima.
Estructura terciaria

La estructura terciana de una molcula de protena est determinada por la forma

que adopta cada cadena polipeptdica. Esta estructura tridimensional est
determinada por cuatro factores que se deben a interacciones entre los grupos R:

1. Puentes de hidrgeno entre los grupos R de las subunidades de aminocidos en

asas adyacentes de la misma cadena de polipptidos.

2. Atraccin inica entre los grupos R con cargas positivas y aqullos con cargas
negativas.

3. Interacciones hidrfobas derivadas de la tendencia de los grupos R no polares

para asociarse hacia el centro de la estructura globular, lejos del Iquido que los
rodea.

4. Los enlaces disulfuro, que son

covalentes (-S-S-), unen los
tomos de azufre de dos
subunidades de cistena. Estos
enlaces pueden unir dos porciones
de una misma cadena o dos
cadenas distintas.

Estructura cuaternaria

Las protenas compuestas de dos

o ms cadenas de polipptidos
adquieren una estructura
cuaternaria: cada cadena muestra
estructuras primaria, secundaria y
terciaria y forma una molcula
protenica biolgicamente activa.
La hemoglobina, protena de los
glbulos rojos encargada del transporte de oxgeno, es un ejemplo de protena
globular con estructura cuaternaria. La hemoglobina est compuesta por 574
aminocidos dispuestos en cuatro cadenas polipeptdicas: dos cadenas alfa
idnticas y dos cadenas beta idnticas entre s. Su frmula qumica es
C3032H48160872S8Fe4

La estructura de las protenas determina su funcin

La estructura de las protenas determina la actividad biolgica de stas. De entre

las innumerables conformaciones tericamente posibles de una protena,
generalmente hay una que predomina. Esta conformacin es generalmente la ms
estable y en ese caso se dice que la protena se encuentra en estado nativo
(protena nativa).

La actividad biolgica de una protena puede ser afectada por cambios en la

secuencia de aminocidos o en la conformacin de la protena. Cuando ocurre una
mutacin (cambio qumico en un gen) que ocasiona un cambio en la secuencia de
aminocidos de la hemoglobina, puede producirse un trastorno: anemia de cIulas
falciformes. Las molculas de hemoglobina en una persona con anemia de clulas
falciformes tienen el aminocido valina, en vez de cido glutmico en la posicin 6,
es decir, el sexto aminocido del extremo terminal de la cadena beta. La sustitucin
de la valina con una cadena lateral sin carga por glutamato con una cadena lateral
con carga hace que la hemoglobina sea menos soluble y ms propensa a formar
estructuras en forma de cristal, lo que provoca un cambio en la forma de los
glbulos rojos.

Los cambios en la estructura tridimensional de una protena tambin alteran su

actividad biolgica. Cuando una protena se calienta o se trata con algunas
sustancias qumicas, su estructura terciaria se distorsiona y la cadena peptdica en
espiral se desdobla para dar lugar a una conformacin ms al azar. Este
desdoblamiento se acompaa de una prdida de su actividad biolgica; por ejemplo
de su capacidad de actuar como enzima. Este cambio en la forma de la protena y
la prdida de su actividad biolgica se Ilama desnaturalizacin. En general, la
desnaturalizacin no puede revertirse; sin embargo, en determinadas condiciones,
algunas protenas que han sido desnaturalizadas recuperan su forma original y su
actividad biolgica cuando se restauran las condiciones normales del medio.

Las protenas no son eternas y en las clulas es frecuente que las molculas de
protena se sinteticen y se degraden de acuerdo a las necesidades celulares. La
degradacin de una protena es llevada a cabo por proteasas o peptidasas que
hidrolizan algunas o todas las uniones peptdicas, con lo que la protena puede
quedar reducida a sus unidades constitutivas, los aminocidos, que pueden luego
ser utilizados para construir molculas de la misma o de otra protena. El proceso
de hidrliisis destruye la estructura primaria y en el laboratorio puede ser llevado a
cabo por la accin de enzimas o por cidos o lcalis concentrados y a elevadas
temperaturas.