Leccin 3 GENOMAS VRICOS

1. Tipos y peculiaridades de los genomas vricos Bases inusuales Extremos cohesivos Redundancia o repeticin terminal Permutacin terminal Repeticiones invertidas Circularizacin mediada por protenas ADN circular Genomas segmentados Peculiaridades del genomio de los Herpes virus Organizacin del genomio de algunos Virus de ARN 1C (-) Solapamiento de genes Transcripcin inversa 2. 3. Taxonoma de los virus Clasificacin de Baltimore

EJEMPLOS DE VIRUS*
Desnudos

1c lineal (+) Microviridae 2c circular 2c lineal Papillomaviridae Adenoviridae Hepadnaviridae Herpesviridae

Icosadricos Con envoltura 2c circular 2c lineal

ADN

Desnudos Helicoidales Con envoltura Desnudos Complejos Con envoltura

1c lineal (+) Inoviridae 2c circular 2c lineal 2c lineal Baculoviridae Myoviridae Poxviridae

Los dibujos o fotografas de los ejemplos de virus no estn a escala

EJEMPLOS DE VIRUS*
Desnudos Icosadricos 2c segmentado Reoviridae 1c lineal (+) Con envoltura Picornaviridae

1c lineal (+) Flaviviridae 1c lineal (2 copias) Retroviridae 1c lineal (+) Tobamovirus

ARN

Desnudos

1c lineal (+) Crinivirus segmentado 1c lineal (+) Coronaviridae

Helicoidales Con envoltura

1c lineal (-)

Rhabdoviridae

1c lineal (-) Orthomyxoviridae segmentado

Los dibujos o fotografas de los ejemplos de virus no estn a escala

Tipos y peculiaridades de los cidos nucleicos encontrados en los virus

1. BASES INUSUALES

Ej. fago PBS1

OH-CH3 U

Ej. fago SP8

Virologa

OH-CH3 C

Ej. fago T4

2.

EXTREMOS COHESIVOS
ADN

Fago

GGGC CG GGCG ACCT GCCC CG CGCC GCTG GC GA

Circularizacin del cormosoma de . Los extremos cohesivos del cormosoma de est formado por 12 bases de cadena simple que sobresalen en cada uno de los extremos de la molcula lineal de ADN. Estos extremos se unen espontneamente y enzimas de la bacteria une las cadenas produciendo una molcula de ADN circular de doble cadena.

3.

REDUNDANCIA TERMINAL EN EL FAGO T4

A B C D E F G H I A B A B C D E F G H I A B

Demostracin de la redundancia terminal

A B C D E F G H I A B A B C D E F G H I A B A B C D E F G H I C D E F G H I A B

Exonucleasa III
C D BC D A E I H F G H G E
Virologa

B A I

Ligacin

4.

PERMUTACIN CIRCULAR EN EL FAGO T4

Mapa gentico del fago T4

Demostracin de la permutacin circular de los genes en el fago T4 Desnaturalizacin A B C D E F G H I A B del ADN

A B C D E F G H I A B C D E F G H I A B C D C D E F G H I A B C D E F G H I A B C D E F E F G H I A B C D E F

Apareamiento de las cadenas

A B C D E F G H I A B E F G H I A B C D E F C D E F G H I A B C D A B C D E F G H I A B E F G H I A B C D E F
Virologa

C D E F G H I A B C D

5.

REPETICIONES INVERTIDAS

Deteccin de terminaciones repetidas e invertidas mediante la formacin de crculos de ADN1c (Ejemplo: Adenovirus)

A B CD A B C D

D C B A D C B A
C D B A

D C B A

Desnaturalizacin del ADN

A B C D D C B A

DCBA DCBA

Apareamiento de las cadenas simples

6.

GENOMAS SEGMENTADOS (VIRUS DE ARN)

Constitucin y polaridad del genoma Transcriptasa en los viriones Infecciosidad del ARN

Crculo de ADN1c

Familia vrica

ARN2C
Reoviridae 10-12 segmentos

ARN1C ( - )
Ortomyxoviridae 8 segmentos Bunyaviridae 3 segmentos Arenaviridae 2 segmentos

ARN1C ( + )
Bromoviridae 3 segmentos en 3 partculas vricas

Virologa Virologa

7.

PECULIARIDADES DEL GENOMIO DE LOS HERPESVIRUS

(ejemplo: virus herpes simplex, HSV)

(a) TRL kpb 0 (b)

UL IRL 50 UL 100 US IRS

US TRS 152

(a) El genoma de los herpesvirus consiste en dos secciones unidas covalentemente: secciones UL y US, cada una de ellas unidas a repeticiones invertidas.

(b) Esta organizacin permite la formacin de 4 formas ismeras distintas del genomio.

Demostracin de la organizacin de las secuencias repetidas

ADN2C Desnaturalizacin del ADN ADN1C Apareamiento de la cadena simple: Estructura tipo A

Apareamiento de la cadena simple: Estructura tipo B

ABCDE ABCDE

EDCBA BAFGH EDCBA BAFGH

HGFAB HGFAB

Deteccin de las secuencias invertidas y repetidas en el ADN del virus herpes simplex (HSV) tipo 1. La secuencia AB aparece en los extremos de ambas secuencias

Virologa

8.

ORGANIZACIN DEL GENOMA DE ALGUNOS VIRUS DE ARN1C ( - )

3 segmentos
5

Gn Phlebovirus y Tospovirus (Bunyaviridae):

3

L 8,5 kb
5

M 5,7 kb

S 0,9 kb

Fam. Arenaviridae:
3

2 segmentos
5

L 5,7kb

S 2,8kb

9.

Solapamiento de genes

Genomio del fago MS2 (ARN1C), 3,5 kb

Protena A Cpsida Lisis

Replicasa

Genomio del fago X174 (ADN1C), 5,386 kb

Virologa

10. TRADUCCIN INVERSA

Dogma central de la Biologa Molecular
Replicacin ADN ARNm Traduccin (Sntesis de protenas)

Ribosoma Transcripcin (Sntesis de ARN) Protena ADN ADN ARN ARN

Protena Protena

RETROVIRUS

Howard Temin

David Baltimore

Transcriptasa inversa ARNADN

CICLO DE MULTIPLICACIN DEL VIH

Virus de Inmunodeficiencia humana (VIH)

Virologa

HEPADNAVIRUS (vertebrados) CAULIMOVIRUS (plantas)

Virus de la Hepatitis B

Taxonoma de los virus

The International Committee on Taxonomy of Viruses (http://www.ncbi.nlm.nib.gov/ICTVdb/)
1. 2. 3. 4. Este comit agrupa a los virus teniendo en cuenta los siguientes criterios: La naturaleza del genoma viral N de cadenas del genoma viral Algunos virus realizan transcripcin inversa Polaridad del genoma vrico De esta forma se crean 7 grupos de virus y un total de 56 familias y 233 gneros Orden (-virales) Familia (-viridae) Subfamilia (-virinae) Gnero (-virus) Especie Ej. Caudovirales Herpesviridae Alphaherpesvirinae Simplexvirus Human herpesvirus 1

Virologa

http://www.virustaxonomyonline.com Como ejemplo de esta taxonoma de virus, a continuacin se muestran slo los nombres de algunos virus que se mencionan en este curso

rden

Familia/Subfamilia

Gnero

Especie-tipo

Hospedador

Virus de ADN 1. Virus de ADN 2c CAUDOVIRALES Myoviridae Siphoviridae Podoviridae Poxviridae Chordopoxvirinae Herpesviridae Alphaherpesvirinae Betaherpesvirinae Gammaherpesvirinae Adenoviridae Polyomaviridae 2. Virus de ADN 1C Inoviridae Microviridae Parvoviridae Parvovirinae Inovirus Microvirus Parvovirus Enterobacteria phage M13 Enterobacteria phage X174 Mice minute virus Bacteria Bacteria Vertebrados

T4-like viruses -like viruses T7-like viruses Orthopoxvirus Simplexvirus Varicellovirus Cytomegalovirus Lymphocryptovirus Mastadenovirus Polyomavirus

Enterobacteria phage T4 Enterobacteria phage Enterobacteria phage T7 Vaccinia virus Human herpesvirus 1 Human herpesvirus 3 Human herpesvirus 5 Human herpesvirus 4 Human adenovirus C Simian virus 40

Bacteria Bacteria Bacteria Vertebrados Vertebrados Vertebrados Vertebrados Vertebrados Vertebrados Vertebrados

3. Virus de ARN y ADN con transcriptasa inversa Hepadnaviridae Retroviridae Virus de ARN Orthohepadnavirus Alpharetrovirus Lentivirus Hepatitis B virus Avian leukosis virus Human immunodeficiency virus 1 Vertebrados Vertebrados Vertebrados

4. Virus de ARN 2c Reoviridae Orthoreovirus Mammalian orthoreovirus Vertebrados

Virologa

rden

Familia/Subfamilia

Gnero

Especie-tipo

Hospedador

5. Virus de ARN 1C(-) MONONEGAVIRALES Filoviridae Paramyxoviridae Paramyxovirinae Marburg-like viruses Marburg virus Ebola-like-viruses Zaire Ebola virus Respirovirus Morbillivirus Rubulavirus Influenzavirus A Influenzavirus B Arenavirus Vertebrados Vertebrados

Orthomyxoviridae Arenaviridae

Sendai Virus Vertebrados Measles Virus (Sarampin) Vertebrados Mumps virus (Paperas) Vertebrados Influenza A virus Vertebrados Influenza B virus Vertebrados Lymphocytic choriomeningitis virus Vertb.

6. Virus de ARN 1C(+) Leviviridae Picornaviridae Levivirus Enterovirus Rhinovirus Aphtovirus Comovirus Enterobacteria phage MS2 Bacteria Poliovirus Vertebrados Human rhinovirus A Vertebrados Foot-and-mouth disease virus Vertebr. Cowpea mosaic virus Plantas

Comoviridae NIDOVIRALES Coronaviridae Flaviviridae Togaviridae

Coronavirus Flavivirus Hepacivirus Rubivirus Tobamovirus

Infectious bronchitis virus Yellow fever virus Hepatitis C virus Rubella virus Tobacco mosaic virus

Vertebrados Vertebrados Vertebrados Vertebrados Plantas

7. Viroides

Virologa

CLASIFICACIN DE BALTIMORE Clasificacin de los virus basada en el modo de replicacin de los genes y su expresin. En ella el ARNm juega un papel central, de modo que cada grupo de virus sigue el mismo camino para la sntesis del ARNm

Clase I: ADN 2c

Genoma ADN

ADN

ARNm + Clase II: ADN 1c

Protenas

Ej. Adenoviridae Herpesviridae Poxviridae

ADN -

ADN

Genoma ADN +

ADN +

ARNm + Clase III: ARN 2c

Protenas

Ej. Microviridae

Genoma ARN

ARNm +

Protenas

ARN Clase IVa: ARN 1c(+)

Ej. Reoviridae

Poliprotena Genoma (ARN +) ARN Virologa Ej. Picornaviridae

Clase IVb: ARN 1c(+)

Protenas

Genoma (ARN +) ARN Clase V: ARN 1c(-) EnzV ARN + Genoma (ARN -) ARN + Protenas

Ej. Togaviridae

ARN -

Ej. Orthomyxoviridae Paramyxoviridae

Clase VI: ARN 1c(+)/ADN EnzV Protenas Genoma (ARN +) ADN ADN

ARN +

Ej. Retroviridae
Clase VII: ADN 2c / ADN

Protenas

Genoma (ADN )

ADN ARN +
Virologa

ADN -

ADN

Ej Hepadnaviridae