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de rboles filogenticos.
Introduccin
En esta prctica conoceremos los fundamentos de los anlisis filogenticos por
medios informticos. Principalmente cubriremos el uso de algunas de las
herramientas bioinformticas ms conocidas y la manera de crear filogramas y
cladogramas con ellas.
Para seguir adelante con esta prctica, es fundamental que conozca la manera de recuperar secuencias y
cmo crear alineamientos mltiples con estas. Si encuentra alguna dificultad en esto, por favor remitase a
las dos prcticas anteriores: BLAST y recuperacin de secuencias biolgicas, Alineamiento mltiple e
identificacin y bsuqeda de motivos.
Nota: estas prcticas se basan en la premisa de que se conoce el marco terico general sobre el cual stas
se basan, de esta manera no se pretende que estas prcticas sean un tutorial en s mismas, sino ms bien un
complemento fundamental para poner en prctica los conceptos recibidos en las clases tericas. Sin
embargo, eventualmente encontrar descripciones y explicaciones de conceptos que as lo requieran, estos
se encuentran encerrados en marcos de color verde.
Una vez realizado el alineamiento, preste atencin al rbol gua calculado por
clustalw, recuerde que este NO es un rbol filogentico. Entonces , cul es el
significado de este rbol gua?
Esta vez clustalw, entender que hemos ingresado un AM y que no debe crear
uno nuevamente! Sin embargo debemos darle algunas indicaciones antes de
continuar. Lo primero que debemos decirle es el tipo de mtodo que utilizaremos
para la creacin de nuestro rbol:
Seleccione NJ en el men desplegable: TREE TYPE, de la seccin
PHYLOGENETIC TREE.
Con esta opcin hemos decidido crear nuestro rbol mediante el mtodo
Neighbor Joining, que es tal vez el mtodo de mayor aceptacin para este tipo
de anlisis.
Cabe anotar que se crea por defecto un rbol Phylip, adems del que hemos
pedido (NJ).
Por defecto tambin, clustalw muestra primero un cladograma, que se ubica al
final de la pgina de resultados:
Esta vez nos interesa conocer las distancias relativas de las ramas en nuestros
rboles y no solamente su topologa, as que hes ms conveniente que veamos el
rbol como un filograma:
Compare este rbol con el rbol gua creado por clustalw al realizar el
alineamiento. Encuentra diferencias y/o similitudes entre ellos? De qu manera
se organizan lo OTUs en cada uno de estos?
Puede ser interesante guardar nuestro rbol para futuros anlisis y tal vez la
idea de tomar capturas de pantalla cada vez que queramos guardar nuestros
rboles no resulte muy atractiva. Clustalw nos ofrece la opcin de guardar
nuestro rbol en un formato conocido como Newick.
Despus de unos segundos ser llevado a una pgina web en la cual nuestro
rbol ha sido convertido a dicho formato, que se caracteriza por su gran cantidad
de parntesis.
Creacin de rboles filogenticos mediante Phylip
Como fue mencionado anteriormente, clustalw es bsicamente una herramienta
para alineamiento mltiple de secuencias, sin embargo hemos visto que es
posible realizar muy buenos rboles mediante su utilizacin.
Para el mundo de la filogenia, sin embargo, existen otros programas mucho ms
usados, y que de alguna manera podemos caracterizar como de gama alta, es
decir son programas (y suites) especficamente desarrollados para este
propsito, generalmente reservados para los gures en este tipo de anlisis.
Dentro de esta gama alta de programas contamos con PAUP y PHYLIP. En esta
oportunidad trabajaremos con este ltimo.
El nmero de rplicas por lo general debe ser como mnimo 100. Esto implica sin
embargo una gran carga para el servidor, por ahora dejaremos este nmero en
2, as obtendremos nuestros resultados mucho ms rpido y, en general, el
concepto se podr comprender igualmente.
Despues de unos minutos llegar una serie de correos a la direccion que ingres
anteriormente.
Siga el enlace que dice Bootstrap options, y llene los campos de acuerdo a la
siguiente imgen.
Seleccione la opcin drawtree del men desplegable, justo debajo de los dos
primeros enlaces y presione el botn ubicado a la derecha de este.
Esta vez utilizaremos las opciones por defecto (archivo en formato postscript y
cladograma).
Presione el botn Run drawtree. Asegrese de que su direccin de correo
electrnico se encuentra en la casilla.
Gua elaborada por Andrs M. Pinzn V., del Centro de Bioinformtica del Instituto de Biotecnologa en la Universidad Nacional de
Colombia y est distribuida bajo licencia:
Creative Commons
ampinzonv@unal.edu.co andrespinzon@gmail.com