Es por ello que no resulta extrao que, cuando en 1834 se comienza a hablar de los

candidatos para el segundo perodo presidencial (1835-1839), se fijen en l todas las miradas,
especialmente las de aquellos hombres que representan la clase intelectual.
Haba obviamente en esta seleccin un sentimiento o una reaccin
antimilitarista. Venezuela se encontraba, hacia 1835, con la presencia personal viva de
muchos de los jefes que haban tomado parte en la independencia de Venezuela y de los
otros pases bolivarianos. La mayora de estos jefes militares eran hombres que oscilaban en
el promedio de los 40 aos, y estaban todos activos en sus rangos militares.
Venezuela vea con desconfianza esa multitud de hombres que tenan lgicas ambiciones
polticas y de poder, y las clases intelectuales trataron de anteponer a ellos, como recurso
para un posible reforzamiento del poder civil, la personalidad de Vargas. Es por ello que, a
sabiendas de que a ste no le atraa la figuracin poltica y que prefera el gabinete tranquilo
del estudio, hicieron todo lo posible para vencer su resistencia.
La opinin pblica caraquea y nacional lo presiona en forma sistemtica para que acepte la
primera magistratura. Vargas insiste repetidas veces en no ser el candidato, ni ser el hombre
que puede conjurar los peligros que acechan a la Repblica en esa poca, pero al fin cede
ante la universal presin que lo lleva en una forma casi unnime al solio presidencial. Fue
electo presidente en las elecciones de 1834, voto ratificado por el Congreso el 6 de febrero de
1835 y se posesion de la presidencia el da 9.
El 7 de junio siguiente estall la llamada Revolucin de las Reformas que lo depuso del cargo
y lo envi exiliado a Saint Thomas. Pez, facultado para ello por el presidente Vargas, asume
la direccin del ejrcito constitucional y en pocas semanas expulsa de la capital a los rebeldes
y repone a Vargas como presidente constitucional. Contina en el ejercicio del cargo hasta
abril de 1836 cuando renuncia irrevocablemente. Despus de esta experiencia se dedica
durante el resto de su vida exclusivamente a la causa de la educacin.
Asume la presidencia de la Direccin general de Instruccin Pblica, la cual ejercer
desde 1839 hasta 1852. Contina dando en la Universidad sus clases de anatoma y ciruga y
funda en 1842 la ctedra de qumica. Preside la comisin encargada de exhumar en Santa
Marta los restos del Libertador y conducirlos a la Patria, misin que queda cumplida en
diciembre de 1842.
Escribi en estos aos numerosos trabajos cientficos. En agosto de 1853, sintindose
enfermo, viaja a Estados Unidos, donde reside primero en Filadelfia y luego en Nueva York,

donde muere. En 1877, sus cenizas fueron tradas a Caracas y sepultadas en el Panten
Nacional el 27 de abril de ese mismo ao.