I.

- Replicacin del DNA:

LA REPLICACIN DEL ADN ES, CASI SIEMPRE, BIDIRECCIONAL.
Los experimentos de Meselson y Stahl verificaron de una manera clara la idea de que
durante la replicacin del DNA, cada hebra de la doble hlice sirve como molde para la
sntesis de una hebra complementaria nueva. A medida que los bilogos iban
desvelando los detalles moleculares de este proceso, fue quedando claro, que la
replicacin del DNA es un proceso complejo en el que participan numerosas enzimas y
otras protenas, e incluso el RNA. Examinaremos en primer lugar los aspectos
fundamentales de este mecanismo de replicacin, y despus nos centraremos en
alguno de sus detalles moleculares. Para ello, mencionaremos con frecuencia a la
bacteria Escherichia coli, en la que el mecanismo de replicacin se conoce
especialmente bien. No obstante, las investigaciones desarrolladas en algunos virus
de mamferos como SV40, y en la levadura Saccharomyces cerevisiae, han
comenzado a desvelar los detalles de la replicacin del DNA en los organismos
eucariotas. La replicacin del DNA parece ser un acto teatral cuya representacin y
sus actores moleculares son bsicamente los mismos en las clulas procariotas y en
las eucariotas. Esto no es sorprendente en un proceso tan fundamental, que debi
surgir al principio de la evolucin de la vida.
Los primeros experimentos en los que se logr visualizar directamente Ia replicacin
del DNA, fueron llevados a cabo por John Cairns. Cairns cultiv clulas de E. coli en
un medio con el precursor del DNA, H-timidina, durante varios periodos de tiempo, y
despus utiliz la autorradiografia para examinar las molculas de DNA capturadas
durante el acto de replicacin. Una de estas molculas se muestra en Ia. Las dos
estructuras con forma de Y, representan los sitios de la doble cadena en los que el
DNA se est replicando. Estas horquillas de replicacin se forman durante la
duplicacin, que comienza en un punto determinado del DNA y progresan a lo largo de
l, desenrollando la hlice y copiando ambas cadenas a medida que avanzan. El sitio
especfico donde comienza Ia replicacin contiene una secuencia de DNA especial
denominada origen de replicacin. Para comenzar Ia replicacin, un grupo
determinado de protenas iniciadoras debe unirse al origen y usando la energa
proveniente de la hidrlisis del ATP, desenrollan Ia doble hlice para permitir el acceso
de toda la maquinaria de replicacin al DNA de cadena simple.
En Ia mayora de los casos, la replicacin del DNA se lleva a cabo desde el origen, de
una manera bidireccional -es decir, se forman dos horquillas de replicacin que se
mueven en direcciones opuestas desde el origen-. En el DNA circular, este proceso se
denomina replicacin theta, porque se producen intermediarios que se asemejan a la
letra griega theta. Casi todas las molculas de DNA circular se replican de esta
manera, comenzando en un origen nico. La replicacin theta no slo tiene lugar en
los genomas bacterianos como E. coli, sino tambin en el DNA circular de las
mitocondrias, los cloroplastos, los plsmidos y algunos virus. Al final de un ciclo de
replicacin theta, los dos DNA circulares permanecen unidos y se requiere la accin de
la topoisomerasa para separar los dos crculos.
EN LA REPLICACIN DEL DNA EUCARIOTA INTERVIENEN MUCHOS
REPLICONES.A diferencia de lo que sucede en los cromosomas circulares bacterianos, en los cuales
Ia replicacin del DNA se inicia en un nico origen, la replicacin del DNA lineal de los
cromosomas eucariotas se inicia en muchos sitios, formndose mltiples unidades de
replicacin conocidas como replicones. El DNA de un cromosoma eucariota tpico
puede contener varios centenares de replicones, cada uno con una longitud de

50.000-300.000 pares de bases. En el centro de cada replicn se encuentra un origen

de replicacin donde la sntesis de DNA se inicia por un proceso en el que participan
varios grupos de protenas iniciadoras. En primer lugar, se une al origen un complejo
multiproteico conocido como Complejo de Reconocimiento de Origen (ORC). El
siguiente componente que se une es eI complejo MCM, que contiene varias enzimas
denominadas helicasas del DNA, que facilitan la replicacin del DNA, desenrollndolo.
Para el reclutamiento del complejo MCM al sitio de origen, se requiere un tercer grupo
de protenas, conocido como cargadores de helicasas, que median la unin de las
protenas del MCM al ORC. En este momento, el grupo completo de protenas unidas
al DNA se denomina complejo de pre replicacin y se dice que el DNA est
<autorizado> para replicarse. Sin embargo, la replicacin no comienza hasta que se
incorporan varias protenas adicionales, incluidas las enzimas que catalizan la sntesis
del DNA.
Las secuencias del DNA que funcionan como orgenes de replicacin presentan una
gran variabilidad en los eucariotas. Dichas secuencia se identificaron por primera vez
en levaduras ( S. cerevisiae),aislando fragmentos de DNA e insertndolos en otras
molculas de DNA, que no eran capaces de replicarse. El fragmento de DNA insertado
se denomin secuencia de replicacin autnoma o ARS, cuando confera a la
molcula la capacidad de replicarse en la levadura. El nmero de elementos ARS que
se han detectado en los cromosomas de las levaduras normales es parecido al
nmero total de replicones, lo que sugiere que los elementos ARS funcionan como
orgenes de replicacin.
Los elementos ARS de S. cerevisiae tienen una longitud de 100-150 pares de bases y
contienen una secuencia central comn de 11 nucletidos, formada principalmente por
pares AT, flanqueada por secuencias auxiliares que contienen regiones adicionales
ricas en AT. Debido a que la doble hlice de DNA debe desenrollarse cuando se inicia
la replicacin, la presencia de tantos pares de bases AT en los orgenes de replicacin
es muy til, ya que las bases AT estn unidas por dos puentes de hidrgeno, y son
ms fciles de romper que los pares de bases GC, que se unen mediante tres puentes
de hidrgeno. Los orgenes de replicacin de los organismos pluricelulares eucariotas
son generalmente ms grandes y variables que los elementos ARS de S. cerevisiae,
pero tambin contienen regiones que son ricas en AT.
Despus de que se haya iniciado la sntesis del DNA en un origen de replicacin, las
dos horquillas de replicacin continan Ia sntesis en direcciones opuestas desde el
origen, formando una burbuja de replicacin, que aumenta de tamao a medida que
avanza en ambas direcciones. Cuando la burbuja de replicacin creciente de un
replicn se encuentra con la burbuja de un replicn adyacente, se une el DNA
sintetizado por cada replicn. De esta manera, el DNA sintetizado en varios sitios de
replicacin se une finalmente para formar dos molculas hijas de doble hebra, cada
una de las cuales tiene una hebra parental y otra de nueva sntesis.
Por qu la replicacin del DNA en eucariotas posee varios sitios de replicacin y en
los procariotas no? Dado que los cromosomas eucariotas contienen ms DNA que los
bacterianos, les llevara mucho ms tiempo replicar sus cromosomas en el caso de
que la sntesis de DNA se iniciase desde un nico origen de replicacin. Es ms, la
tasa a la que la horquilla de replicacin sintetiza DNA en eucariotas es menor que en
bacterias (presumiblemente porque la presencia de nucleosomas frena e proceso de
replicacin). La medida de la longitud de DNA radiactivo sintetizado por clulas
expuestas a 3H timidina durante periodos variables de tiempo, ha mostrado que la
horquilla de replicacin de los eucariotas sintetiza DNA con una tasa de 2.000 pares
de bases por minuto, en comparacin con los 50.000 pares de bases por minuto de las
bacterias. Como un cromosoma humano medio contiene cerca de 10 8 pares de bases,
se tardara ms de un mes en replicar un cromosoma en el caso de que slo tuviese
un origen de replicacin!

La relacin entre la velocidad de replicacin de un cromosoma y el nmero de

replicones queda reflejada perfectamente si se comparan las tasas de sntesis de DNA
de clulas embrionarias y clulas adultas de la mosca de la fruta Drosophila. Durante
el desarrollo del embrin, cuando la divisin celular debe de tener lugar muy
rpidamente, las clulas embrionarias utilizan simultneamente un gran nmero de
replicones activos que poseen slo unos cientos de pares de bases de longitud. Como
consecuencia, el DNA se replica muy rpidamente y la fase S slo dura unos minutos.
Las clulas adultas, por su parte, emplean menos replicones espaciados a intervalos
de decenas, centenares o millares de pares de bases, haciendo que la fase S tarde
casi 10 horas en completarse. Ya que la tasa de sntesis de DNA en cualquier
horquilla de replicacin es prcticamente la misma en las clulas embrionarias y en las
adultas, est claro que la duracin de la fase S viene determinada por el nmero de
replicones y la frecuencia con la que son activados, y no por la velocidad a la que cada
replicn sintetiza DNA.
Los replicones no se activan todos al mismo tiempo durante la fase S del ciclo celular
de una clula eucariota tpica. En vez de eso, ciertos grupos de replicones suelen
replicarse al inicio de la fase S, mientras que otros lo hacen ms tarde. La informacin
relacionada con el orden en el que los replicones son activados, se obtuvo de
experimentos en los que se incubaron clulas en diferentes momentos del a fase S,
con S-bromodeoxiuridina (BrdU), una sustancia que se incorpora al DNA en lugar de la
timidina. El DNA marcado se puede separar del normal por centrifugacin en equilibrio
de gradiente de densidad, puesto que el DNA que tiene BrdU es ms denso que el
DNA normal. Despus se analiza el DNA marcado con BrdU mediante su hibridacin
con diferentes sondas especficas para determinados genes. Estos estudios han
mostrado que los genes que se expresan activamente en un determinado tejido se
replican en la fase S antes que los genes que estn inactivos, que lo hacen ms tarde
durante la fase S. Si se analiza el mismo gen en dos tipos celulares, uno de los cuales
tiene eI gen activo y el otro no, se observa una replicacin temprana slo en el tipo
celular en el que el gen se est transcribiendo.
LAS DNA POLIMERAZAS CATALIZAN LA ELONGACIN DE LAS CADENAS DE
DNA.
Cuando se propuso por primera vez el modelo de la replicacin semiconservativa a
principios de la dcada de 1950, los bilogos pensaron que el proceso de replicacin
era tan complejo, que slo poda ser llevado a cabo en clulas intactas. Sin embargo
unos aos ms tarde, Arthur Kornberg descubri que una enzima que habla aislado de
bacterias poda copiar molculas de DNA en un tubo de ensayo. Esta enzima, a la que
denomin DNA polimerasa, necesitaba una pequea cantidad de DNA que actuase
como molde. En presencia de dicho molde, la polimerasa catalizaba la elongacin de
las cadenas de DNA usando como sustratos a los derivados de los nuclesido
trifosfato de las cuatro bases que componen el DNA (dATP dTTP dGTP y dCTP). A
medida que estos sustratos se incorporan en la cadena de DNA recin formada, se
liberan sus dos grupos fosfato terminales. Los desoxinuclesidos trifosfatos son
compuestos de alta energa cuya energa libre de hidrlisis es comparable a la del ATR
por lo que la energa liberada cuando estos enlaces fosfato se rompen, dirige lo que de
otro modo sera una reaccin de polimerizacin termodinmicamente desfavorable.
En la reaccin de la DNA polimerasa, los nucletidos entrantes estn unidos
covalentemente al extremo 3' de la cadena de DNA en crecimiento. Cada nucletido
adicional est unido a la cadena en crecimiento por un enlace fosfodister entre el
grupo fosfato de su carbono 5' y el grupo hidroxilo del carbono 3' del nucletido que
fue aadido en el paso anterior. En otras palabras, la elongacin de la cadena tiene
lugar en el extremo 3' de una hebra de DNA, y se dice por lo tanto que Ia hebra crece
en direccin 5' --->3'.

Poco despus del descubrimiento de Kornberg, se descubrieron otras DNA

polimerasas en clulas procariotas y eucariotas. La enzima descubierta por Kornberg
en E. coli result no ser Ia responsable del a replicacin del DNA en clulas intactas.
Este hecho fue descubierto cuando Peter Delucia y John Cairns publicaron que ciertas
cepas mutantes de la bacteria que no tenan la enzima de Kornberg, eran capaces de
replicar su DNA y reproducirse normalmente. En ausencia de la enzima de Kornberg,
era posible detectar varias enzimas de origen bacteriano que sintetizaban DNA. Estas
otras enzimas se numeran usando nmeros romanos (por ejemplo, DNA polimerasas
II, III, IV y V) para distinguirlas de la enzima original de Kornberg, denominada DNA
polimerasa I. Cuando se compar por primera vez las tasas de replicacin de varias
DNA polimerasas en un tubo de ensayo, se encontr que slo la DNA polimerasa III
funcionaba lo suficientemente rpido para satisfacer la tasa de replicacin de DNA de
las clulas intactas, que incorpora como media 50.000 pares de bases por minuto en
las bacterias.
Estas observaciones sugeran que la DNA polimerasa III es la enzima principal en la
replicacin del DNA de bacterias, pero la evidencia resultara ms convincente si se
demostrase que las clulas que no tienen DNA polimerasa III son incapaces de
replicar su DNA. Cmo es posible cultivar y estudiar clulas que han perdido la
habilidad de llevar a cabo una funcin tan esencial como es la replicacin del DNA?
Una estrategia muy acertada se basa en el empleo de mutantes sensibles a la
temperatura, que son clulas que producen protenas que funcionan adecuadamente a
una temperatura normal, pero que sufren daos considerables cuando aumenta
ligeramente la temperatura. Por ejemplo, se han aislado bacterias mutantes en las
que la DNA polimerasa III funciona correctamente a 37 C, pero que pierde su funcin
cuando la temperatura se eleva a 42 C. Estas bacterias crecen normalmente a 37 C,
pero pierden la capacidad de replicar su DNA cuando la temperatura alcanza los 42
C, lo que indica que la DNA polimerasa III desempea un papel crucial en el proceso
normal de replicacin.
A pesar de que las observaciones anteriores indican que la DNA polimerasa III es
esencial para la replicacin del DNA en bacterias, no es la nica enzima implicada.
Como veremos a continuacin, se requieren muchas otras protenas para la
replicacin del DNA, incluyendo la DNA polimerasa I. Los otros tipos principales de
DNA polimerasa de las bacterias (II, III y IV) desempean un papel ms especializado
en fenmenos relacionados con la reparacin del DNA.
Al igual que las bacterias, las clulas eucariotas disponen de varias DNA polimerasas.
Hasta la fecha, se han identificado ms de una docena de enzimas diferentes, cada
una de ellas denominada con una letra griega distinta. Dentro de este grupo, las
polimerasas (alfa), (delta) y (psilon) estn implicadas en la replicacin del DNA
nuclear. La DNA polimerasa y (gamma) se encuentra nicamente en la mitocondria
y es la principal polimerasa usada en la replicacin del DNA mitocondrial. La mayora
de las polimerasas eucariotas restantes participan, tanto en la reparacin del DNA,
como en la replicacin entre las regiones de DNA daado.
EN LA SNTESIS DE DNA SE FORMAN SEGMENTOS DISCONTINUOS QUE SE
ENSAMBLAN POR MEDIO DE LA DNA LIGASA.
El descubrimiento de la DNA polimerasa constituy el primer paso en la elucidacin del
mecanismo de replicacin del DNA. Uno de los primeros problemas conceptuales
surgi del descubrimiento de que las DNA polimerasas sIo pueden catalizar la
incorporacin de nucletidos al extremo 3' de una cadena de DNA existente; en otras
palabras, las DNA polimerasas sintetizan DNA en la direccin5 ' --->3 ' exclusivamente.

Por lo tanto, las dos hebras de la doble hlice de DNA corren en direcciones
opuestas. As que, cmo puede una enzima que slo funciona en la direccin 5' --->3
' sintetizar ambas hebras de DNA en una horquilla de replicacin, cuando slo una de
las cadenas discurre en direccin 5' --->3 ' ,y Ia otra lo hace en direccin3 ' --->5 '?
La solucin a este problema fue propuesta en 1968 por Reiji Okazaki, cuyos
experimentos sugirieron que el DNA se sintetiza en pequeos fragmentos que se unen
posteriormente. Okazaki aisl el DNA de bacterias que haban sido expuestas
brevemente a un sustrato radiactivo que se incorporaba a las hebras de DNA de nueva
sntesis. El examen de este DNA revel que gran parte de la radiactividad se
localizaba en pequeos fragmentos de DNA con una longitud de unos miles de
nucletidos. Despus de exposiciones ms prolongadas la, radiactividad se
encontraba asociada a molculas ms grandes. Estos resultados llevaron a Okazaki a
pensar que los fragmentos ms pequeos de DNA, conocidos hoy en da como
fragmentos de Okazaki, son los precursores de molculas de DNA ms Iargas de
nueva formacin. En investigaciones posteriores se puso de manifiesto que la
conversin de los fragmentos de Okazaki en molculas de DNA ms grandes no tena
lugar en bacterias mutantes que no tenan la enzima DNA ligasa, que une los
fragmentos de DNA, catalizando la formacin de un enlace fosfodister dependiente
de ATP, entre el extremo 3' de una cadena de nucletidos y el extremo 5' de otra.
La DNA polimerasa slo sintetiza DNA en la direccin 5' --- 3'. Segn este modelo, la
sntesis en la horquilla de replicacin es continua para una hebra, en la direccin del
movimiento de la horquilla de replicacin, pero discontinua para la otra hebra en la
direccin contraria. De esta manera las dos hebras hijas se pueden diferenciar por su
modo de crecimiento. Una de las dos hebras nuevas, denominada cadena conductora,
se sintetiza de una manera continua porque crece en la direccin5' -->3'. La otra hebra
de nueva formacin, denominada cadena retrasada, debe crecer en la direccin 3'
-->5', ya que las dos cadenas de DNA estn orientadas de manera opuesta. Como la
DNA polimerasa no es capaz de incorporar nucletidos en la direccin3 ' 5', la hebra
retrasadas se forma como una serie de pequeos fragmentos de Okazaki discontinuos
que se sintetizan en la direccin5 ' 3'. Estos fragmentos se juntan mediante una
DNA ligasa para fabricar una nueva hebra continua de DNA 3' 5'. Los fragmentos de
Okazak tienen una longitud de unos 1.000-2.000 nucletidos en sistema bacterianos y
virales, pero slo de diez en clulas eucariotas. En E. coli, se utiliza la misma
polimerasa, la polimerasa III, para sintetizar tanto los fragmentos de Okazaki de Ia
cadena retrasada como la cadena conductora completa. En los eucariotas se cree que
las DNA polimerasas y estn implicadas en la sntesis de ambas cadenas, la
conductora y la retrasada.
LA ACTIVIDAD EXONUCLEASA 35 de la DNA ES RESPONSABLE DEL
CONTROL DE CALIDAD.
En vista de la complejidad del modelo anterior, cabe plantearse la pregunta de por qu
las clulas no han desarrollado simplemente una enzima que sintetice DNA en la
direccin 3' 5'. Una posible respuesta se encuentra en la necesidad de corregir los
errores durante la replicacin del DNA. Alrededor de 1 de cada 100.000 nucletidos
que se incorporan durante la replicacin del DNA no est apareado correctamente con
la hebra molde del DNA. Estos errores se reparan habitualmente gracias a un
mecanismo corrector de errores de apareamiento, en el que actan las mismas
molculas de DNA polimerasa que catalizan la sntesis de DNA. La correccin de
errores de apareamiento es posible debido a que adems de catalizar la sntesis de
DNA, casi todas las DNA polimerasas muestran actividad exonucleasa 3 5'. Una
exonucleasa es una enzima que degrada cidos nucleicos (normalmente DNA) desde
un extremo, a diferencia de las endonucleasas que realizar cortes internos. Una
exonucleasa 3 5' es aquella que corta los nucletidos desde el extremo 3' de una

cadena de nucletidos. Por lo tanto, la actividad exonucleasa 3' --->5 ' de Ia DNA
polimerasa le permite retirar los nucletidos incorrectamente incorporados desde el
extremo 3' de una cadena de DNA en crecimiento. Esta capacidad de retirar los
nucletidos incorrectos puede mejorar la fidelidad de la replicacin del DNA, dejndola
en slo unos pocos errores por cada mil millones de pares de bases replicadas.
Si las clulas tuviesen una enzima capaz de sintetizar DNA en la direccin 3' --> 5' , no
sera posible la correccin de errores de apareamiento, ya que la cadena de DNA en
crecimiento poseera un nucletido trifosfato en su extremo 5' .Si el nucletido en 5'
fuese una base incorrecta que necesitase ser eliminada, su retirada eliminara tambin
el grupo trifosfato que proporciona la energa libre que permite a la DNA polimerasa
incorporar nucletidos a la cadena de DNA en crecimiento, y por lo tanto la cadena no
podra elongarse posteriormente.
LA REPLICACIN DEL DNA SE INICIA CON CEBADORES DE RNA.
Si la DNA polimerasa slo puede incorporar nucletidos a una cadena de nucletidos
preexistente, cmo se inicia la replicacin en una doble hlice de DNA? Poco
despus de que se descubriese en los fragmentos de Okazaki, los investigadores
propusieron la implicacin del RNA en el proceso de iniciacin, tras las siguientes
observaciones: ( I ) Ios fragmentos de Okazaki con frecuencia presentan fragmentos
de RNA, con una longitud entre 3 y 10 bases, en su extremos 5' . (2) La DNA
polimerasa pueden catalizar la incorporacin de nucletidos al extremo 3' tanto de
cadenas de RNA como de DNA. (3) Las clulas poseen una enzima denominada
primasa que sintetiza fragmentos de RNA de una longitud aproximada de l0 bases
utilizando como molde el DNA, y (4) a diferencia de la DNA polimerasa, que slo
incorpora nucletidos en los extremos de cadenas preexistentes, la primasa puede
iniciar la sntesis de RNA desde cero uniendo dos nucletidos.
Estas observaciones condujeron a la conclusin de que la sntesis de DNA se inicia
travs de la formacin de pequeos cebadores de RNA. La primasa sintetiza los
cebadores de RNA, utilizando una nica cadena de DNA, como molde para guiar la
sntesis de un fragmento complementario de RNA. La primasa es un tipo especial de
RNA polimerasa, que participa nicamente en la replicacin del DNA. Como las dems
RNA polimerasas, y a diferencia de las DNA polimerasas, las primasas pueden iniciar
la sntesis de una cadena de nucletidos nueva, complementaria a una cadena molde,
sin la necesidad de un cebador.
La primasa de E. coli es prcticamente inactiva a menos que est acompaada de
otras seis protenas, formando un complejo llamado primosoma. Las otras protenas
del primosoma tienen la funcin de desenrollar el DNA parental y de reconocer las
secuencias de DNA diana donde debe iniciarse la replicacin. La situacin en
eucariotas es ligeramente diferente, por lo que no se usa el trmino primosoma. La
primasa de eucariotas no est asociada de manera tan ntima a protenas
desenrollantes , sino que est estrechamente unida a la DNA polimeras alfa, que es la
principal polimerasa implicada en la iniciacin de la replicacin del DNA.
Una vez que se ha fabricado un cebador de RNA, puede comenzar Ia sntesis del
DNA, y la DNA polimerasa III (o la DNA polimerasa alfa, seguida por la DNA
polimerasa en eucariotas) comienza a incorporar, sucesivamente, desoxinucletidos
al extremo 3' del cebador. En el caso de la hebra conductora, la iniciacin a travs de
un cebador de RNA slo tiene lugar una nica vez, despus de que se haya formado
la horquilla de replicacin; la DNA polimerasa puede incorporar nucletidos en la
direccin 5' --->3 ' d una manera continua. Por su parte, la hebra retrasada se sintetiza
como una serie de fragmentos de Okazaki discontinuos, cada uno de los cuales

necesita ser iniciado por un cebador diferente. Para cada cebador, la DNA polimerasa
III incorpora nucletidos hasta que el fragmento en crecimiento alcanza el fragmento
de Okazaki adyacente. En este punto, ya no es necesario el fragmento de RNA y se
elimina. Para rellenar el espacio que deja, se sintetizan nucletidos de DNA. Los
cebadores de RNA en E. coli se eliminan por la actividad exonucleasa 5 ' 3' de la
DNA polimerasa I (que es diferente de Ia actividad exonucleasa 3 ' --->5 ' correctora).A
l mismo tiempo, la DNA polimerasa I sintetiza DNA en la direccin 5' ---> 3' habitual
para rellenar los huecos resultantes. Los fragmentos adyacentes se unen
posteriormente a travs de una DNA ligasa.
Por qu las clulas usan cebadores de RNA que deben ser eliminados
posteriormente en vez de usar simplemente un cebador de DNA desde el principio? De
nuevo, la pregunta se responde por la necesidad de la correccin de errores. Ya
hemos visto que la DNA polimerasa posee una actividad exonucleasa direccin 3' 5'
que le permite eliminar los nucletidos que no sean correctos del extremo 3' de una
cadena de DNA. De hecho, la DNA polimerasa nicamente elongar una cadena de
DNA si el nuclotido que se encuentra en eI extremo 3' est correctamente apareado.
Pero una enzima que inicia la sntesis de una nueva cadena no puede llevar a cabo
dicha funcin correctora, porque no se trata de unir un nucletido a un extremo con
bases apareadas preexistente. Como consecuencia las enzimas que inician la sntesis
de cidos nucleicos no son muy buenas corrigiendo errores. Utilizando RNA en vez de
DNA para comenzar la sntesis, las clulas se aseguran que cualquier base incorrecta
que se inserte durante la iniciacin se encuentra restringida a las secuencias de RNA,
que posteriormente sern eliminadas por la DNA polimerasa I.
EL DESENRROLLMIENTO DE LA DOBLE CADENA DE DNA REQUIERE LA
PARTICIPACIN DE HELICASAS, TOPOISOMERASAS, Y PROTENAS DE UNIN
A DNA DE CADENA SENCILLA.
Durante la replicacin, las dos hebras del DNA deben desenrollarse en cada horquilla
de replicacin con el fin de exponer las cadenas sencillas a las enzimas responsables
de su duplicacin. Existen tres clases de protenas con funciones diferentes que
facilitan el proceso de desenrollamiento: DNA helicasas, topoisomerasas,protenas de
unin al DNA de cadena sencilla.
Las protenas directamente responsables de desenrollar eI DNA, son las DNA
helicasas. Usando la energa de hidrlisis del ATP, las helicasas desenrollan el DNA
por delante de la horquilla de replicacin, rompiendo los puentes de hidrgeno a
medida que avanzan. Al menos dos helicasas estn implicadas en la replicacin del
DNA en E. coli; una se une a Ia cadena patrn retrasada y se mueve en direccin5 '
3', y la otra se une a la cadena patrn conductora y se mueve en direccin 3' 5'. Las
dos forman parte del primosoma, pero la helicasa 5 ' -->3 ' es ms importante para el
desenrollamiento del DNA en la horquilla de replicacin.
El desenrollamiento asociado a la replicacin del DNA podra provocar el
superenrollamiento y embrollamiento en el resto del DNA, si no fuese por la accin de
las topoisomerasas.Estas protenas crean puntos de giro en la molcula de DNA
realizando cortes en una o ambas cadenas de la doble hlice, para despus repararlas
rpidamente. De las aproximadamente10 topoisomerasas descritas en E coli, la que
parece ms importante en la replicacin del DNA es la DNA girasa, una topoisomerasa
de tipo II (una enzima que corta ambas cadenas del DNA). La DNA girasa introduce
sobreenrollamientos negativos y relaja as los positivos, utilizando la energa derivada
del ATP. La DNA girasa funciona como eI principal pivote que previene el
sobreenrollamiento (sobreenroscamiento positivo) del DNA por delante de la horquilla
de replicacin. Esta enzima tiene adems una funcin en la iniciacin y la finalizacin
de la replicacin del DNA en E. coli, abriendo la doble hlice en el origen de replicacin
y separando los dos DNAs circulares de las cadenas hijas, al final del proceso. Este

fenmeno no se conoce tan bien en eucariotas, aunque se han aislado

topoisomerasas de ambos tipos.
Una vez que ha comenzado la separacin de las hebras, las protenas de unin al
DNA de cadena sencilla (SSB) se unen rpidamente a dichas cadenas sencillas
manteniendo as desenrollado al DNA y por lo tanto accesible, a la maquinaria de
replicacin. Despus de que un fragmento de DNA se haya replicado, las molculas de
SSB se despegan y son recicladas unindose al siguiente fragmento de cadena
sencilla.