Los peroxisomas tienen un papel esencial en el metabolismo lipdico, en especial
en el acortamiento de los cidos grasos de cadena muy larga, para su completa oxidacin en las mitocondrias, y en la oxidacin de la cadena lateral del colesterol, necesaria para la sntesis de cidos biliares; tambin interviene en la sntesis de steres lipdicos del glicerol (fosfolpidos y triglicridos); tambin contienen enzimas que oxidan aminocidos, cido rico y otros sustratos utilizando oxgeno molecular con formacin de agua oxigenada. Uno de las enzimas importantes es La catalasa es tambin capaz de utilizar el perxido de hidrgeno para reacciones de oxidacin, como por ejemplo, la oxidacin de sustancias txicas como los fenoles, etanol, formaldehdo, entre otros, las cuales son posteriormente eliminadas. Tal es el mecanismo de detoxificacin realizada por el hgado y los riones, por ejemplo. En las plantas son el asiento de una serie de reacciones conocidas como fotorrespiracin.