Genmica y

Bioinformtica de
Ambientes Extremos
Pontificia Universidad Javeriana
Universidad Nacional Bogot
Universidad de Caldas
Universidad del Cauca
Universidad del Valle
ParqueSoft
Corpogen
Mara Mercedes Zambrano

Construir capacidades en genmica y bioinformtica

- Competitividad de sectores como la salud, la agricultura,
el medio ambiente y la industria nacional

Area estratgica: Metagenmica

- Estudio de los genomas de comunidades microbianas
- Amplia aplicacin
- Base de nuevas iniciativas de investigacin - conocer y
aprovechar aspectos de la diversidad microbiana y
funcional que posee el pas, dadas las ventajas
comparativas representadas en su megadiversidad

Grupos participantes
U Nacional

U Caldas
U Valle

Biodiversidad
Qumica

Bioinformtica
Genmica

U Javeriana

ParqueSoft
Bioinformica
Desarrollo

U Cauca
Bioinformtica
Biologa Molecular

Legislacin/propiedad
Genmica
Biologa Molecular
Biologa de suelos
Ambientes extremos

Corpogen

Bioinformica
Genmica
Biologa Molecular
Diversidad Microbiana
Bioqumica

Microbiologa
Diversidad Microbiana
Biologa Molecular

Asesores
Dr. Jon Clardy - Harvard U.
Dr. Roberto Kolter - Harvard U.
Dr. Vctor de Lorenzo
- CSIC, Madrid

Drs. Silvia Restrepo &

Adriana Bernal - U Andes
Dr. Felipe Rodriges Da Silva Embrapa
Dr. Eduardo Fernandes Formighieri U Estadual de Campinas
Dr. Gonalo A. Guimares Pereira U Estadual de Campinas

Ana Lorena Guevera

- INBio, CR

Dr. Alexander Garca Natl. B. Network - S. Africa

Dr.Martin Senger, IRRI Philippines

Colombia
Ventajas comparativas
Diversos ecosistemas
Hotspots de diversidad
(Andes Tropicales)
Gran diversidad - pas
megadiverso
(plantas/animales)

Diversidad microbiana

Diversidad microbiana
Carl Woese (70s):
filogenia universal (SSU)

Nuevas divisiones de vida

Gran diversidad microbiana

El mundo microbiano
Inmensa diversidad
Mayora no cultivable
Conocemos muy poco (cultivables)

Microorganismos son mayora

fundamentales para la vida: ciclaje de nutrientes,
biogeoqumicos
Inmensa capacidad metablica

Nuevos retos:
Cuanta diversidad hay?
Dnde estn y que funciones cumplen?

Biodiversidad
Microorganismos

Colombia
Diversidad microbiana:
Poco explorada
Gran reservorio metablico
Bioprospeccin incipiente
Ecosistemas nicos/estratgicos
Ambientes extremos

Ambientes extremos
Condiciones adversas para > organismos mesfilos

Naturales
Ecosistemas volcnicos y
geotermales (T > 100C)
Solfataras hot springs
Ecosistemas marinos
Fosas hidrotermales
Ecosistemas hipersalinos
(Lagos, salt springs, etc)
Zonas polares

Artificiales
Plantas generadores
de E geotrmica
Pilas de compostaje
Reactores anaerobios
para tto de desechos
Pilas de desechos de
carbn caliente (minas)

Organismos extremfilos

Microorganismos extremfilos
Mecanismos bioqumicos, procesos metablicos
T: termfilos y psicrfilos
pH: acidfilos y alcalfilos

Hbitats semejantes al
de la tierra en sus inicios

Salinidad: halfilos

Usos biotecnolgicos de
enzimas y biomolculas

Presin: Barfilos
Radiacin, sequedad

Conocimiento de nuevas
funciones

Extremozimas
Enzimas de microorganismos extremfilos
Enzimas adaptadas a especificidades industriales
(condiciones extremas)
Organismo
Termfilos
(50-110C)

Enzimas y metabolitos

Aplicaciones y productos

Amilasas

edulcorantes

Xilanasas

blanqueo de papel

ADN polimerasas

Ing. Gentica

Proteasas, lipasas

Aditivos para detergentes

Deshidrogenasas

Biocaptores

Acidfilos pH<2

Oxidacin de sulfuros

Desulfuracin de carbn y de
minerales

Alcalfilos pH >9

Celulasas, proteasas,
amilasas, lipasas

Aditivos de degradacin de
polmeros

Antibiticos

Ind. farmacutica

Carotenos

Ind. Agroalimentaria

Psicrfilos
( 0 20C )

Halfilos
3 20% sal

Ecosistemas estratgicos
Manglares

Areas desrticas Guajira

Choc biogeogrfico

Bosques alto
andinos
Amazona
Pramos

Termales
Nevados

Parque Nacional Natural Los

Nevados

Porqu este sitio?

Exploracin cientfica: Conocimiento y dinmica
de ecosistemas diversos y en peligro
- pocos estudios en microbiolga

Bioprospeccin: Bsqueda de genes con potencial

biotecnolgico
- Biocombustibles, industria oleoqumica, aplicaciones
agrcolas, nuevos compuestos bioactivos

PNN los Nevados

Ecosistemas nicos/en peligro
Ambientes extremos
(To, agua, radiacin)
Poco conocimiento del componente
microbiolgico
Bosques alto andinos

Volcanes, nevados

Pramos

Lagunas y termales

Informacin Biolgica
Plantas / animales
Diversidad microbiana pocos estudios
Difciles de estudiar
Mayora no cultivable
Requieren condiciones
extremas/desconocidas/complejas

Cmo estudiar estas comunidades?

Metagenmica:
Anlisis del contenido
genmico de una comunidad

Acceder a communidades difciles de estudiar

Realizar bioprospeccin
Informacin metablica
Reconstruccin de genomas

Estrategia Metagenmica
Ecosistema
(Extremo)

(PNN los Nevados)

Aguas

Suelos

Aislamiento ADN

Genotecas
Plsmidos

Tamizajes

Actividad
Secuencia

Productos potenciales

Fsmidos

Secuenciacin
Microarreglos

Caracterizacin
del ecosistema

Area de estudio:
Parque Nacional Natural Los Nevados

Area total : 58,300 ha

Elevacin: 400 - 5,321 m
Rango temp: -3 & 11C

Muestreo
2 sesiones de muestreo (lluvias & sequa)
4 Hbitats: nieves, pramo, superpramo, y
bosques alto-andinos
Area general

Transecto altitudinal

Procesamiento de muestras
Colecciones
Colecciones
MOs
MOs cultivables
cultivables

Extraccin DNA (4 hbitats)

& almacenamiento

Construccin genotecas (pramos)

insertos pequeos (plsmidos): 2
inserts medianos (fsmidos): 2

Genotecas

Tamizaje Funcional

Tamizajes - secuencia
Secuenciacin al azar

Tamizajes Funcionales
(Bsqueda de una actividad biolgica)

Lipasas y Esterasas
Aplicacin en industria oleoqumica
Celulasas y xilanasas
Degradacin de material
celulsico biocombustibles

Tamizajes basados en secuencia

Secuenciacin al azar de insertos
Molculas pequeas
PKS/NRPS - Molculas bioactivas con
potencial farmacutico
antibiticos, inmunosupresores
Identificacin de extremozimas
Anlisis bioinformticos
Nuevos bioproductos

Caracterizacin de compuestos
promisorios
Especificidad, estabilidad, expresin, actividad
antimicrobiana, estructura, etc.

Desarrollo de productos
Necesidades del mercado (Cenipalma)
Corpogen - Biotecnologa
Colaboracin con labs. locales/extranjeros

Caracterizacin de la comunidad
microbiana
Anlisis de genes conservados
16S rRNA - libreras y anlisis de secuencias
Diversidad microbiana
Que microorganismos estn presentes?
nifH - capacidad metablica presente

Caracterizacin de la comunidad
microbiana
Anlisis derivados de secuenciacin
Grupos funcionales
Rutas metablicas

Anlisis comparativos
Anotacin funcional (secuencia y
bioinformtica)
Anlisis Chip (Phylochip) - Procariotes presentes

Phylochip - microarreglo

16s rRNA

1000s de
spots

(Oligos)

Arreglo Robtico

Anlisis con Phylochip

Extraccin DNA/RNA

Amplificacin DNA

Anlisis datos

Marcaje

Hibridacin

Tincin/lavado

Lectura

Identificacin MOs

Bioinformtica
Establecimiento de una infraestructura de
hardware como soporte para el trabajo de lab.
Establecimiento de una infraestructura
distribuida lgica para el manejo de datos que
asegure calidad, disposicin y permanencia de
informacin.
Traer a Colombia un modelo para compilacin,
almacenamiento, anlisis y procesamiento de
datos metagenmicos.

Recursos Informticos
Cassia

to
C
n
o
e
i
m
Disks
LIMS
m
u
a
n
n
Arrangement
e
ica
c
a
Tavern
s
ci
m
l
A
a
- Tape -

Data
formats

Parallel
Computin
g

Procesamiento

LIMS
Laboratory information management system
Compartir datos e informacin
Define modelos de experimentacin con
especificaciones tcnicas, protocolos, fuentes y
flujos de trabajo para ser utilizados en los
procesos de investigacin. Basado en estos
modelos, se pueden crear proyectos y hacerles
seguimiento usando diagramas de Gantt y los
grupos de trabajo pueden estar continuamente
informados por e-mail.

Taverna
Facilitador de flujos de trabajo
El proyecto Taverna proporciona un lenguaje y
herramientas de software para facilitar el uso de flujos
de trabajo y la tecnologa computacional distribuida
dentro de la comunidad cientfica.
Taverna le permite a investigadores con recusos
tcnicos y entrenamiento en computacin limitados
llevar a cabo anlisis complejos usando datos
pblicos o privados y recursos computacionales desde
un PC, sistema UNIX or computador Apple.
http://taverna.sourceforge.net/

Catalgo de Metadatos
Esta herramienta gua la documentacin de
metadatos que hace parte de Catlogo Nacional de
Metadatos. Establece estndares para el tipo de
datos requeridos para describir la biodiversidad.
Permite acceder, buscar, identificar y condicionar el
uso de datos disponibles en el Sistema de
Informacin en Biodiversidad de Colombia (SIB). El
estndar es compatible con iniciativas globales para
procesar informacin biolgica, asegurando acceso
fcil para bsquedas e intercambios de metadatos.
http://www.siac.net.co/sib.

CMS
Content Management System
El CMS permite comunicacin al interior del
GeBiX y entre el Centro y los no-participantes
por medio de un portal web.
Permite el manejo administrativo de documentos
en flujos de trabajo, as como de procesos
de documentacin, mtodos y tutoriales
Es el repositorio del conocimiento del Centro.

Procesamiento
Depuracin y ensamblaje de secuencias
Celera Assembler, JAZZ
Bsquedas de marcos abiertos de lecturas:
GLIMMER o FGENESB
Comparaciones con bases de datos
BLAST, COG, KEGG
Anotacin e identificacin de grupos funcionales y
rutas metablicas
Alineamientos y rboles filogenticos

Manejo de Informacin y
Desarrollo
Datos

Muestras
Biodiversidad
Genotecas ...
Info

Reportes
Administracin
Protocolos ...

CMS

LIMS

CASSIA
Taverna

U. Valle

RUAV

Parquesoft

U. Cauca
RENATA

10 Mb/s
RUP

U. Javeriana

/s
b
M b/s
5
1
M
0
3

Imagen por Carlos Manuel Estvez-B karel@javeriana.edu.co

Conectividad

U. Nacional
U. Caldas

RUMBO
15 Mb/s

Corpogen

Aspectos Legales
Anlisis sobre polticas y legislacin en biodiversidad
Valoracin legal de la bioprospeccin
Valoracin de bienes intangibles y distribucin de
beneficios
Proteccin de informacin y propiedad intelectual
Transferencia de tecnologa y negociaciones
(contratos, MTA, acuerdos de confidencialidad)
Construir capacidad en ABS y IPR

Marco para trabajo futuro

Interconexin de actividades
Libreras
metagenmicas

Muestreo

Secuenciacin

Caracterizacin
comunidad

Tamizajes por
actividad

Confidencialidad,
permisos

Tamizajes por
secuencia

Anlisis bioinformtico
y desarrollos

ID & anlisis
de productos

Prop. Intelectual,
Acuerdos de transf.

Impactos/Resultados
Cientfico/Tecnolgico
Generacin de nuevo conocimiento - ecosistema,
diversidad, potencial gentico
Ambiente: polticas de conservacin, recursos
naturales
Consolidacin de la comunidad cientfica genmica y bioinformtica
Desarrollos tecnolgicos

Capacitacin
Estudiantes (maestras, PhD, SENA, Extensin)
Jvenes investigadores

Impactos/Resultados
Social y Econmico
Bioprospeccin - valor a los recursos
naturales
Diseminacin de resultados a la comunidad
Polticas del Parque - conservacin y manejo

Legal
Marco poltico y legal para bioprospeccin
Capacidad de negociacin y transferencia de
tecnologa

Muchas gracias
Patricia Vlez
Pedro Moreno
Irene Tischer
Fernando Barraza
Luis Miguel Alvarez
Esperanza Torres
Ma. Isabel Chacn

Camilo Lpez
Gabriel Nemog
Sandra Baena
Diana Alvarez
Yvonne Venegas
Carlos Manuel Estvez-Bretn
Mara Mercedes Zambrano