La ecologa microbiana es un campo cientfico que se ha desarrollado durante la segunda mitad del siglo XX.

Como disciplina cientfica con entidad propia, surgi de la integracin de subdisciplinas como la microbiologa del suelo, la microbiologa acutica, la microbiologa molecular, la microbiologa de los alimentos, etc. La ecologa microbiana trata fenmenos y procesos naturales, interacciones entre microorganismos, con otras especies y con el medio. El conocimiento que proporciona contribuye al avance de la ciencia, a la vez que ofrece vas para responder y hallar soluciones a muchos de los problemas ms acuciantes a los que se enfrentan las sociedades humanas modernas.
http://datateca.unad.edu.co/contenidos/358006/contLinea/captulo_5_ecologa_microbiana.html

Los microorganismos como agentes de biorremediacin ( David esto es mas bien una aplicacin y nos puede servir para el tema 1.4, que trata de las aplicaciones).
La legislacin y la tecnologa orientada a la limpieza del ambiente y la prevencin de su deterioro han sido dos de los mayores avances de finales del siglo XX y han propiciado el nacimiento de la tecnologa de la biorremediacin. Dicha tcnica se basa en la existencia de microorganismos cuyo metabolismo es capaz de transformar los hidrocarburos, convirtiendo los componentes txicos y mutagnicos del petrleo en productos no txicos, los cuales pueden integrarse en los ciclos biogeoqumicos naturales. El xito de la tcnica depende de la existencia, en el lugar contaminado, de microorganismos con las capacidades metablicas apropiadas, concentraciones adecuadas de oxgeno y nutrientes, as como de las caractersticas del petrleo vertido (Leahy y Colwell, 1990). Cuando es aplicable, la biorremediacin suele ser un medio rentable para restablecer la calidad del medio ambiente. No obstante, y a pesar de la relativamente larga historia de la investigacin en el campo de la biorremediacin de vertidos de petrleo, sta contina siendo una disciplina esencialmente emprica, en la cual muchos de los factores biolgicos que controlan los procesos no han sido adecuadamente comprendidos (Korda et al., 1997). Los vertidos de petrleo tienen un profundo impacto sobre la estructura de las comunidades

microbianas naturales, el cual se suele traducir en una reduccin de la diversidad, la biomasa y la actividad (Macnaughton et al., 1999). Se ha visto que en los ambientes sometidos a una contaminacin crnica tienden a predominar las poblaciones de microorganismos capaces de utilizar los compuestos contaminantes o con capacidad de sobrevivir en su presencia; pero que bajo condiciones normales dichos grupos de microorganismos estn presentes a bajas concentraciones.