Cap 3 Material Hereditario

Cap 3
Naturaleza y Funcin del Genoma Procariota y Eucariota

Prof. Mara del Rosario Castro Muoz Dpto de Biologa UNALM
cidos Nucleicos
Una molcula de cido nucleico es un polmero lineal en el cual los monmeros (nucletidos) estn unidos por medio de puentes o uniones fosfodister.
Conocimiento de la Qumica del Acido Nucleico es esencial para entender la estructura del ADN
Nucletidos: Construyendo los Acidos Nucleicos
Nucletido
Bases Pirimidnicas
|
Bases Puricas
Figure 10-9a
Copyright 2006 Pearson Prentice Hall, Inc.
Ribosa
Desoxirirbosa
Figure 10-9b
Figure 10-10
Nucleotidos Difosfatados y Trifosfatados
Figure 10-11
Polinucleotidos
Figure 10-12
Figure 10-12a
Figure 10-12b
Polinucletido
Polimerizacin de un ARN
Los puentes fosfodister unen el carbono 3 de la pentosa de un nucletido al carbono 5 en la pentosa del nucletido adyacente.
Doble Hlice de ADN
EXTREMO 5 P
HO P OH O P OH O P O - CH2 OH O O OH O O P OH O P O CH2 OH P OH O P OH O P OH O OH O P OH O P OH OH O O O O O O O O O O O O O O O OH CH2 O HO HO P O O O P OH O O OH P OH O HO HO P
NH2 C H-C N H-C N C O
EXTREMO 5 P
H N C O N C C
NH2 C N C
P OH
H
H3C C O C N N-H C O
P OH
H-C
OH P OH O
H N C O N C C
NH2 C N C
Pirofosfato
P O CH2
OH P OH
H
H3C C O C N
N-H C O
EXTREMO 3 OH
Realizado por Dr. A. Martnez-Conde & Dra P. Mayor Dep. Bioqumica y Biologa Molecular Fac. Medicina Universidad Complutense de Madrid
O CH2 OH
H-C
EXTREMO 3 OH
La Estructura Primaria de una cadena de DNA es la secuencia de Nucleotidos ( o de Bases ), tomadas en direccin 5P a 3OH
NH2 C HC N O O O
C HC N O HO P O P O P O - CH2 O OH OH OH O O O P OH C N CH2 O H N NH2 C C N C C N
Esta secuencia se podra representar as :
pCpApTpApT
En la Prctica se suprimen las p cuando se utilizan metodologas in silico puesto que se representan las Bases :
O O CH2 O O O O O
P OH HC
NH2 C N
C HC N O O
H N C N
P OH CH2 O
NH2 C C N C C N
CATAT
Manteniendo la direccin 5P a 3OH
H NH2 P OH HC C N O
C HC N O CH2 O
OH
Existen otras formas de representacin de la molcula de DNA monocatenario. Uno de los ms utilizados ha sido el sistema de palos :
C 3 P P
A 3 P
T 3 P
A 3 P
T 3 OH
pCpApTpApT
CATAT
La Estructura Secundaria del DNA es la Doble Hlice Vamos a ver algunos antecedentes al descubrimiento de la doble hlice 1868 : Friedrich Miescher descubre el DNA en ncleos de clulas de pus recogidas de unos vendajes. 1928: Griffith, F. Demostracin de la Transformacin Bacteriana utilizando Streptococcus pneumoniae 1943 : Avery, Macleod y McCarty transforman bacterias virulentas con el DNA de bacterias patgenas muertas. Al inyectarlas en un ratn causan su muerte. 1950 : Chargaff publica sus Reglas 1952 : Hershey-Chase realizan un experimento en bacterias demostrando que el DNA es la molcula portadora de la informacin gentica. 1953 : Watson and Crick publican su modelo de la estructura secundaria del DNA.
Estructura del ADN
ADN
Figure 10-14
ADN
Tipos de ADN
Tipos de ADN
Demostracin de la Transformacin Bacteriana
Colonia Lisa S (encapsuladas) vivas
Colonia Rugosa R (no encapsuladas) vivas
Experimento de F. Griffith, 1928, utilizando Streptococcus pneumoniae
Colonia R (no encapsuladas) vivas
Ratn muere Ratn vive
Colonia S (bacterias encapsuladas) previamente matados por el calor
Evidencia favoreciendo al ADN como el material Gentico fu primero obtenido durante el estudio de bacterias y bacterifagos
Transformacin: El experimento de Avery, MacLeod, and McCarty . 1944
Figure 10-4
Demostracin de que el ADN es el agente transformante
muerto
Polisacridos
Lpidos
Protena
Clulas R vivas
Experimento de O. Avery, M Mac Leod y M . Mc Carthy, 1944
Demostracin de que el material gentico del fago es ADN

35S
La mayor parte de la radiactividad recuperada aqu
Cubierta del fago

32P
La mayor parte de radiactividad recuperada en la bacteria y pasada a la progenie del fago bacteria Experimento de Hershey y Chase, 1952
Figure 10-6
Las Reglas de Chargaff

En 1950 Chargaff publica una serie de relaciones matemticas sobre las proporciones de los diferentes nucleotidos constituyentes del DNA Primera Regla : Todos los tejidos tienen el mismo % de los 4 nucleotidos
Segunda Regla : El % de Purinas es igual al % de Pirimidinas :
A+G=T+C
Tercera Regla : El % de Adenina es igual al de Timina, y el % de Guanina es igual al de Citosina :
A=T
G=C
Tres Caractersticas de la doble Cadena de DNA : Las Cadenas son Complementarias La columna vertebral est formada por azucar y fosfato Las Cadenas son Antiparalelas
Una consecuencia de la complementariedad : Se cumplen las Reglas de Chargaff
Complementariedad de las bases Complementariedad de las Cadenas
El DNA puede existir en forma monocatenaria, pero su estructura universalmente extendida es la forma bicatenaria. La existencia de DNA bicatenario viene permitida por la posibilidad de formar uniones ( puentes de hidrgeno ) entre bases pricas y pirimidnicas.
H N C N H C
H N C N
.. C ..
Adenina
Timina
Enlaces Puentes de Hidrgeno
Estructura Terciaria DNA circular y DNA lineal Superenrollamientos del DNA
Superenrollamientos del DNA

( superhlices o superretorcimientos )
Existe una forma de estructura terciaria que recibe el nombre de estructura en superhlice, superretorcimiento o superenrollamiento. La topologa estudia este tipo de estructuras e introduce formas de cuantificacin de los mismas. As, para describir una molcula, los toplogos moleculares utilizan tres parmetros llamados : Nmero de Enlace ( L o Link ). Nmero de giro ( T o Twist ). Nmero de torsin ( W o Writhe ). L es el nmero de veces que una hebra de DNA gira alrededor del eje de la hlice, cuando este eje de la hlice se encuentra en un plano..
Supongamos que la molcula de DNA circular de la figura inferior tiene un total de 1.000 bp. Esto significa que suponindole una estructura de B-DNA tendr 100 vueltas de hlice ( realizamos el clculo tomando 10 bp / vuelta para simplificarlo ) . Esto es, cada cadena da 100 vueltas completas. El nmero de Giro T = 100. Cuando la hlice es dextrgira le asignamos signo positivo. T = + 100
T = + 100
Podemos tomar la molcula y ponerla sobre un plano de forma que el eje de la doble hlice se encuentre en un solo plano. El nmero de vueltas en estas condiciones se llama nmero de Enlace L = + 100 ( en este caso T = L ).
Ahora procedemos a cortar la molcula
T = + 100
T = + 100 La molcula ahora linearizada tiene el mismo nmero de pares de bases : 1.000 bp, y el mismo nmero de vueltas que cuando era circular. Es decir, una cadena da 100 vueltas completas alrededor de la otra, y por lo tanto T = +100 , L = +100
Ahora vamos a girar las cadenas hacia la derecha una vuelta. Esto causar disminucin del nmero de vueltas ( apertura de la doble hlice en su interior )
la
1.000 bp
T = 100
1.000 bp
T = 99
Obviamente se ha realizado una fuerza de la mano sobre la cadena y ahora la cadena ejerce una fuerza sobre la mano. Pero podemos decir que una cadena da 99 vueltas sobre la otra, si bien la molcula no est relajada.
Si volvemos a girar las cadenas hacia la derecha otra vuelta. Esto causar la disminucin del nmero de vueltas hasta 98 ( T = 98 ), con un aumento del tamao de la burbuja en la cadena.
1.000 bp
T = 100
1.000 bp
T = 99
1.000 bp
T = 98
La fuerza sobre la mano ser cada vez mayor. Pero podemos decir que una cadena da ahora 98 vueltas sobre la otra, si bien la molcula no est relajada. Si retirsemos la mano la doble cadena volvera a su configuracin ms estable n = 100,
La fuerza sobre la mano ser cada vez mayor. Pero podemos decir que una cadena da ahora 98 vueltas sobre la otra, si bien la molcula no est relajada. Si retirsemos la mano la doble cadena volvera a su configuracin ms estable n = 100,
T = 98
L = 98
Si permitimos que se recuperen las 100 vueltas sin soltar los extremos, se formar espontaneamente un par de lazos, llamados superenrollamientos.
Estos lazos o superenrollamientos se cuantifican con el nmero de Torsin W

En el caso del DNA circular sera an mas patente :
L = 100 T = 100 W=0
L = 98 T = 98 W=0
1.000 bp DOS TOPOISMEROS DIFERENTES
L = 98
FORMAS GEOMTRICAS DIFERENTES DEL MISMO TOPOISMERO
T = 98 W=0
L = 98
T = 100
W=-2
Enzyme Bacterial topoisomerase I (v protein) Vaccinia virus topoisomerase I Eukaryotic topoisomerase I Reverse gyrase Topoisomerase V DNA gyrase Topoisomerase IV
Type I I I I I II II
Source E. coli Vaccinia virus Calf thymus Thermophilic bacteria Hyperthermophilic bacteria E. coli E. coli
Properties Relaxation of negative but not positive supercoils Relaxation of positive and negative supercoils Relaxation of positive and negative supercoils Introduces positive supercoils into DNA Relaxation of positive supercoils Introduces negative supercoils into DNA DNA relaxation and potent decatenation Relaxation of positive and negative supercoils and decatenation Relaxation of positive and negative supercoils and decatenation
T4 topoisomerase II
II
Bacteriophage T4
Eukaryotic topoisomerase II
II
S. cerevisiae
Table 1. Algunos miembros de las familia de las Topoisomerasas y sus propiedades.

Fuente : http://www.maich.gr/natural/staff/sotirios/topo.html
Informacin sobre el virus Vaccinia y smallpox ( viruela) : http://www.hhs.gov/smallpox/LiveVirusSpanish.html

TOPOISOMERASA HUMANAS
TOPOISOMERASA I, MITOCONDRIAL; TOP1MT TOPOISOMERASA, DNA, I; TOP1 (
( tipo I )
tipo I ) ( tipo II )
TOPOISOMERASA, DNA, II, ALPHA; TOP2A TOPOISOMERASA, DNA, II, BETA; TOP2B
( tipo II ) tipo I ) tipo I )
TOPOISOMERASA, DNA, III, BETA; TOP3B (
TOPOISOMERASA, DNA, III, ALPHA; TOP3A (
Antibiticos : Cumarinas como la Novobiocina, Los cidos Nalidixico y Oxolnico, y las Fluoroquinolonas (FQ) son inhibidores de la Girasa bacteriana ( Topoisomerasa II que introduce superenrollamientos negativos ). Las Quinolonas tambin inhiben la Topoisomerasa IV bacteriana.
Los cidos Ribonucleicos (ARNs)

Son una clase de cidos nucleicos caracterizada por la presencia del azcar ribosa y la pirimidina uracilo; incluye ARNpm , mARN, tARN , snARN, rRNA y ARN am. El ARN o RNA es el material gentico de muchos virus .
Tipos de ARN
ARN pre mensajero (ARNpm): es el que se forma durante la transcripcin de eucariontes. ARN mensajero (ARNm) : es el que resulta de la maduracin del ARN pm ARN de transferencia (ARNt) : se unen a los aminocidos para transportarlos al ribosoma durante la sntesis proteica. ARN ribosomal (ARNr): forma parte de la estructura de los ribosomas.
ARNt
Ribozimas: son ARNs con actividad cataltica. Su actividad se basa en transesterificacin e hidrlisis
del enlace fosfodister. Se han descrito ribozimas en virus, en procariotas y en eucariotas.(En 1981 Thomas Cech y Sidney Altman describieron por primera vez este fenmeno en el ciliado Tetrahymena, observando cmo una secuencia intrnica de un ARNr es capaz de escindirse sola, sin la intervencin de una enzima proteica).
ARNs nucleares pequeos (snARN): de 100 a 250 nucletidos. Forman parte de las ribonucleoprotenas pequeas que participan en la eliminacin de los intrones. ARNs antimensajeros (ARN am): contienen secuencias complementarias a la de algunos ARNm, se unen y bloquean su accin.
RNA r : RNA ribosomal
Comparacin del ARN y el ADN
Muchas Tcnicas Analticas han sido tiles durante la investigacin del ADN y del ARN
Electroforesis de Acidos Nucleicos
Pocillos
Figure 10-27
Concepto de Gen
Clsico: Unidad hereditaria. Es un factor que determina una caracterstica.
El gen mendeliano es una unidad de funcin, estructura, transmisin, mutacin y evolucin que se distribuye ordenada y linealmente en los cromosomas. La palabra gen fue acuada en 1909 por el botnico dans Wilhelm Ludwig Johannsen a partir de una palabra griega que significa "generar", refirindose a la unidad fsica y funcional de la herencia biolgica.
Hacia 1950, se impuso el concepto de gen como la cadena de ADN que dirige la sntesis de una protena. ste es un concepto que proporciona una naturaleza molecular o estructural al gen. El gen codifica protenas y debe tener una estructura definida por el orden lineal de sus tripletes.
Ms tarde surge el concepto de gen como la cadena de ADN capaz de dirigir la sntesis de un polipptido. Este concepto surge al comprobar que la mayora de las protenas estn formadas por ms de una cadena polipeptdica y que cada una de ellas est codificada por un gen diferente. que puede heredarse.
Actualmente se sabe que algunos genes codifican ms de un polipptido y que una protena puede ser codificada por el conjunto de diferentes genes. La existencia de genes solapantes y el procesamiento alternativo rebaten la hiptesis de un gen -> un polipptido.
Ms bien debe proponerse la relacin inversa, un polipptido -> un gen. Adems existen algunos genes que no codifican protenas sino ARN con funcin propia (ARN transferentes y ARN ribosmicos, por ejemplo) y que no se traducen, por lo que no es necesaria la traduccin para que un gen tenga una funcin determinada. El gen es, pues, la unidad mnima de funcin gentica,
GEN
Concepto molecular del Gen
La secuencia entera de cido nucleico que es necesaria para la sntesis de un ARN funcional. Un gen involucra no solo a la regin codificante, sino tambin a todas las secuencias de ADN que se requieren para la sntesis de un ARN transcripto. La mayora de los genes son transcritos a ARNm y codifican protenas, pero algunas secuencias de ADN son transcritas en otras molculas de ARN como por ejemplo el ARNt y el ARNr.
Un Gen una Protena

Beadle y Tatum realizaron experimentos en los que pudieron demostrar que un cambio en un solo gen da como resultado un cambio en una sola enzima.
Experimento de Beadle y Tatum

a) Las ascosporas de Neurospora crassa son sacadas por diseccin y transferidas a un medio de cultivo. Estas esporas provienen de cruzamientos entre cepas normales y cepas previamente sometidas a rayos X para aumentar la tasa de mutacin. Medio completo
b) Cada espora es transferida a un medio enriquecido, que contiene todo lo que la Neurospora necesita normalmente para su crecimiento, adems de aminocidos suplementarios. c) Se prueba la capacidad del moho para crecer en medio mnimo. Si no se observa crecimiento en el medio mnimo, puede haber ocurrido una mutacin que torna a este mutante incapaz de producir un aminocido particular. d) Las conidias de los cultivos que no crecen en el medio mnimo son despus probadas en una variedad de medios suplementarios.
Medio mnimo
e) La adicin de Arginina al medio mnimo restaura el crecimiento
Genes en Procariotas Los genes que codifican enzimas que estn involucradas en una funcin relacionada, a menudo estn localizados uno a continuacin de otros. Estos grupos de genes comprende unidades de transcripcin simple llamadas operones. RNA que codifica varios pptidos se dice que es policistrnico.
Genes en Eucariotas
Los segmentos de ADN que codifican protenas (exones) estn interrumpidos por secuencias llamadas intrones. Las regiones codificantes tienen regiones promotoras y regiones intensificadoras.
Estructura del Gen en Eucariota
En los genes eucariotas

Las regiones intensificadoras pueden estar localizadas a 50 kb o ms de la regin codificante pueden estar insertas dentro de un gen. Otras regiones no codificadores son las regiones que especifican la ruptura, la poliadenilacin y el empalme de los transcriptos primarios. Muchos RNAm en eucariotas codifican un solo polipptido (mono- cistrnicos).
En Eucariotas
Las unidades de transcripcin pueden ser simples y complejas . Los genomas de eucariotas contienen: mucho ADN no funcional El contenido del ADN celular no est correlacionado con la filogenia. Los genes que codifican protenas pueden estar solitarios o pueden pertenecer a familias de genes.
DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGA MOLECULAR
ADN
ARN
Protenas
Replicacin
Asegurar la continuidad
Producir organismos multicelulares
Replicacin Semiconservativa del ADN
Experimento de Meselson y Stahl, 1958, que sirvi para demostrar que la replicacin era semi-conservativa
Figure 11-5a
Figure 11-5b
Figure 11-5c
El ADN es reproducido por Replicacin Semiconservativa
Orgenes, horquillas y Unidades de Replicacin
Replicacin Bidireccional del Cromosoma de E. coli. Las flechas finas sealan el avance de la replicacin.
Figure 11-6
La Sntesis del ADN en la Bacteria Involucra Cinco Polimerasas as como otras enzimas
ADN Polimerasa I
Aade un nico Nucletido a la cadena en crecimiento, complementaria al molde de ADN, utilizando como substrato a un nucletido trifosfatado
Figure 11-7 Copyright 2006 Pearson Prentice Hall, Inc.
Figure 11-8
Table 11-1
Sintesis del ADN DNA Polimerasa II, III, IV, y V
Table 11-2
ADN Polimerasa III

Su forma activa llamada Holoenzima, est formada un dmero de 10 cadenas polipeptdicas distintas
Cargar la enzima sobre el molde en la orquilla
Table 11-3
Muchos Cuestiones Complejas se deben resolver durante la replicacin
El ADN debe ser desenrrollado
Desespiralizacin de la hlice de ADN durante la replicacin mediado por AdnA, AdnB y AdnC. Los sitios de ADN que contienen secuencias repetidas de 9 nucletidos , denominadas 9 meros.
La iniciacin de la Sntesis del ADN requiere un Cebador (primer) de ARN
Figure 11-10
Las Cadenas antiparalelas precisan de sntesis de ADN continua y discontinua
Figure 11-11
La Sntesis en las cadenas adelantada y retrasada es simultnea
Figure 11-12
La Correccin de pruebas y eliminacin de errores son parte integral de la replicacin del ADN
Un modelo coherente resume la replicacin del ADN
Figure 11-13
Replicacin del ADN
La replicacin es controlada por variedad de Genes
Table 11-4
La sntesis de ADN en eucariotas es parecida a la sntesis en procariotas, aunque ms compleja
Mltiples Orgenes de Replicacin
Burbuja de replicacin
ADN Polimerasas eucariticas

La velocidad de la sntesis del ADN polimerasa eucaritica es mucho ms lenta que en procariotas. Slo 2000 nucletidos por minuto. Una velocidad 25 veces menor que la enzima equivalente bacteriana
Horquilla de replicacin eucaritica que muestra la presencia de nucleosomas con protenas histnicas en ambos brazos.
A los orgenes de replicacin en levaduras se han denominado secuencias de replicacin autnomas (ARSs). Durante la fase G1 del Ciclo Celular todas las ARSs se encuentran unidas a un grupo de protenas especficas que forman el denominado complejo de reconocimiento de orgen (ORC).
Dado que estos complejos de reconcimiento se forman durante la G1, pero la sntesis no empieza hasta la fase S, hay otras protenas implicadas en la seal real de iniciacin. De estas, las ms importantes son quinasas especficas, implicadas en fosforilacin. Cuando se unen a la ORC se forma el compeljo de prereplicacin que es accesible a la ADN polimerasa
La activacin de estas quinasas sirve para completar el complejo de iniciacin, las cuales dirigen la desespirilizacin localizada del ADN y estimulan su sntesis. Esta activacin tambin inhibe la formacin de nuevos complejos de prerrplicacin cuando la sntesis de ADN se ha completado en cada replicn.
Table 11-5
Los extremos de los cromosomas eucariticos son problemticos durante la replicacin
Esquema que muestra la dificultad encontrada durante la replicacin de los extremos de los cromosomas lineales. Queda un hueco (--b--) despus de la sntesis de la cadena retrasada.
Figure 11-16
La telomerasa dirige la sntesis de la secuencia TTGGGG, que da por resultado la formacin de una estructura en horquilla. De este modo puede llenarse el hueco y, tras cortar el extremo de la horquilla, el proceso evita la creacin de un hueco durante la replicacin de los extremos de los cromosomas lineales.
Figure 11-17
Un lazo en la cadena molde retrasada permite que un dmero de la holoenzima polimerasa III se site en la horquilla de replicacin y fabrique las dos cadenas hermanas.
Los Genes tienen tambin:
Transcripcin de la Informacin Gentica
Transcripcin
Transcripcin
El ARN mensajero
Es el cido ribonucleico que contiene la informacin gentica procedente del ADN para utilizarse en la sntesis de protenas, es decir, determina el orden en que se unirn los aminocidos. El ARN mensajero es un cido nucleico monocatenario, al contrario que el ADN que es bicatenario.
En un mamifero una clula cualquiera puede expresar unas 5000 proteinas diferentes a partir de ~35000 genes. La mayor parte de estas protenas son necesarias para cualquier tipo celular y normalmente se expresan en forma constitutiva (housekeeping proteins housekeepingen). Otras solo se encuentran presentes en algunos tipos celulares.
Como se regula este proceso?
TRANSCRIPCION: SINTESIS ENZIMATICA DE RNA UTILIZANDO UNA MOLECULA DE DNA COMO TEMPLADO. LA ENZIMA QUE REALIZA ESTA SINTESIS ES LA RNA POLIMERASA.
Eucarionte
Procarionte
1. 2. 3. 4. 5.
Exon-intron-exon 5 cap 3 poli AAAA Nucleo-citoplasma 3 tipos de RNA polimerasa
3 RNA Polimerasas
RNA polymerase I transcribes most rRNA genes RNA polymerase II transcribes all protein-coding genes RNA polymerase III transcribes tRNA genes and 5S rRNA genes
rRNAs FORMAN PARTE ESTRUCTURAL DE LOS RIBOSOMAS mRNAs CODIFAN PARA PROTEINAS tRNAs TRANSPORTAN AMINOACIDOS AL RIBOSOMA
mRNAs CODIFAN PARA PROTEINAS rRNAs FORMAN PARTE ESTRUCTURAL DE LOS RIBOSOMAS tRNAs TRANSPORTAN AMINOACIDOS AL RIBOSOMA
En procariontes (bacterias) un RNA puede codificar para mas de un gen
DONDE SE INICIA Y TERMINA LA TRANSCRIPCION
Promotor: secuencia ro arriba del inicio de la transcripcin donde se une el complejo de transcripcin incluyendo la RNA polimerasa. Factor de transcripcin: protenas que regulan la expresin gnica, se unen a secuencias del DNA ro arriba del sitio de inicio de la transcripcin o al complejo de transcripcin, estimulando o reprimiendo la actividad del complejo.
DONDE SE INICIA Y TERMINA LA TRANSCRIPCION
Factores generales de transcripcin: TFIID: 2 subunidades (TBP y 1complejo de 10 TAFs) TFIIB: (1 protena) media la interaccin entre TFIID y la Polimerasa TFIIF: (4 protenas) estabiliza el complejo DNATBP-TFIIB. TFIIE: (4 proteinas) regula TFIIH y en conjunto promueven la formacin la adicin del primer nucleotido del RNA. TFIIH: es el complejo de mayor tamao (9 subunidades) actividad La RNA polimerasa (12 helicasa y de reparacin de subunidades) requiere de DNA. estos factores Dominio CTD
Posicionar correctamente
la enzima Para regular su actividad
El complejo: RNA polimerasa y los factores generales de la transcipcin, es suficiente para realizar transcripcin especificamenten en regiones que contienen un promotor.
Sin embargo se requiere de otros factores (proteinas) que activen o desactiven este proceso.
Existen complejos de protenas que integran seales de regulacin tanto de otros factores de transcripcin como de seales provenientes de la clula
Procesamiento del ARN mensajero

El ARN mensajero se sintetiza en el ncleo celular en eucariotas mediante el proceso llamado transcripcin del ADN. Inicialmente el ARN se conoce como transcrito primario o ARN precursor (pre-ARN), que en la mayora de los casos no se libera del complejo de transcripcin en forma totalmente activa, sino que ha de sufrir modificaciones antes de ejercer su funcin (procesamiento o maduracin del ARN). Entre esas modificaciones se encuentran la eliminacin de fragmentos, la adicin de otros no codificados en el DNA y la modificacin covalente de ciertas bases nitrogenadas.
Procesamiento del RNA primario
Estructura del Sitio de Terminacin para la RNA polimerasa
El procesamiento del ARN en eucariotas comprende las siguientes fases:
1.
Adicin al extremo 5' de la caperuza (cap) que es un nucletido modificado de guanina, 7-metilguanosina, que se aade al extremo 5' de la cadena del ARNm transcrito primario (ubicado an en el ncleo celular). Esta caperuza es necesaria para el proceso normal de traduccin del ARN y para mantener su estabilidad; esto es crtico para el reconocimiento y el acceso apropiado del ribosoma. Poliadenilacin: es la adicin al extremo 3' de una cola poli-A, una secuencia larga de poliadenilato, es decir, un tramo de RNA cuyas bases son todas adenina. Su adicin est mediada por una secuencia o seal de poliadenilacin (AAUAAA), situada unos 20-30 nucletidos antes del extremo 3' original. Esta cola protege al ARNm frente a la degradacin, aumentando su vida media en el citosol, de modo que se puede sintetizar mayor cantidad de protena.
2.
3.
En la mayora de los casos, el ARN mensajero sufre la eliminacin de secuencias internas, no codificantes, llamadas intrones. El proceso de retirada de los intrones y conexin o empalme de los exones se llama corte y empalme (en ingls, splicing). A veces un mismo transcrito primario o pre-ARNm se puede ayustar de diversas maneras, permitiendo que con un solo gen se obtengan varias protenas diferentes; a este fenmeno se le llama Splicing alternativo. Ciertas enzimas parecen estar involucrados en editar el RNA antes de su exportacin fuera del ncleo, intercambiando o eliminando nucletidos errneos.
Estructura de Genes de Eucariotas
Mecanismo de Corte y Empalme
Maduracin del RNAm
Transcripcin
Capuchn y poliadenilacin
El corte y empalme elimina 5 intrones
Eliminacin de dos intrones ms. ARN mensajero maduro de albmina
4.
El ARN mensajero maduro es trasladado al citoplasma de la clula, en el caso de los seres eucariontes, a travs de poros de la membrana nuclear. El ARN mensajero en el citoplasma se acopla a los ribosomas, que son la maquinaria encargada de la sntesis proteica. Despus de cierta cantidad de tiempo el ARNm se degrada en sus nucletidos componentes, generalmente con la ayuda de ribonucleasas.
5.
6.
Protenas
Una protena es un polmero construdo de monmeros de aminocidos
Estructura de un aminocido
Grupo Amino
Grupo Carboxilo
Ejemplos de Aminocidos
Hidrofbico
Hidroflico
Aminocidos
AA hidrfobos
AA polares
AA bsicos
AA cidos
Enlace Peptdico
Grupo Carboxlico
Grupo Amino Deshidratacin Sntesis
Enlace Peptdico
Dipptido
Estructuras Proteicas
Estructura primaria
Las protenas tienen mltiples niveles de estructura. La bsica es la estructura primaria. La estructura primaria de una protena es simplemente el orden de sus aminocidos. Por convencin el orden de escritura es siempre desde el grupo amino-terminal hasta el carboxilo final.
Estructura secundaria
La estructura secundaria de una protena es la que adopta espacialmente. Existen ciertas estructuras repetitivas encontradas en las protenas que permiten clasificarlas en dos tipos: hlice alfa y lmina beta.
Estructura de la Protena
EL Cdigo Gentico
Cdigo Gentico
Sntesis de Protenas
Activacin de AA Sntesis del aminoacil-tRNA
Traduccin : Inicio
Transacciones del Ribosoma
Traduccin: Elongacin
Traduccin: terminacin
Sntesis de Protenas:
Diferencias entre Procariotas y Eucariotas
Ruta Proteoltica mediada por la ubiquitina
La incorporacin de un aminocido desestabilizante en N-t a una protena de vida larga, acorta significativamente su vida media. Arg, trp, phe, leu( aa estabilizantes) y met, ala, thr, ser (aa desestabilizantes).
Regulacin de la Expresin Gnica

Ncleo Citosol
Control del transporte de ARN Control de la traduccin Control de la actividad de la protena Protena inactiva
RNA Inmaduro Control de la transcripcin Control del procesamiento del ARN
protena
Poro nuclear Envoltura nuclear
Control de la Transcripcin
SISTEMAS CONSTITUTIVOS Y SISTEMAS ADAPTATIVOS

aquellos que codifican las enzimas necesarias para el metabolismo bsico celular, se expresan de forma constitutiva o continua. Estos genes estn sometidos a un tipo de regulacin que hace que se estn expresando siempre. Los genes constitutivos codifican para sistemas enzimticos constitutivos, que se necesitan siempre para la actividad normal de la clula. necesitan en momentos concretos. A este tipo de genes se les llama genes adaptativos y a las enzimas codificadas por ellos, sistemas enzimticos adaptativos. Se denominan as pensando en que se expresan cuando la clula se adapta a una determinada situacin ambiental.
Los genes constitutivos o "genes que guardan la casa" son
Los genes adaptativos codifican para enzimas que solamente se
El modelo del Opern en Bacterias

El proceso de regulacin gnica en bacterias, fue estudiado por los franceses F. Jacob y J. L. Monod, que propusieron un modelo de regulacin para procariotas que les vali el premio Nobel.
Este modelo supone la existencia de una regin prxima al gen que se necesita transcribir denominada REGIN PROMOTORA o simplemente PROMOTOR, que es el lugar donde se une la enzima RNA-polimerasa que va a transcribir el gen. Prxima al promotor, incluso formando parte de l, existe otra regin llamada REGIN OPERADORA u OPERADOR, a la cual se puede unir o no una protena especial denominada REPRESOR que se fabrica en otra zona del genoma a partir de un gen especial llamado GEN REGULADOR. Ciertas sustancias qumicas actan bloqueando al represor para que deje libre al operador, recibiendo entonces el nombre de INDUCTORES, ya que permiten la transcripcin.
Interfase Cascada de seales (MAPK, p38)
Metafase
transcripcin
Condensacin
Splicing Alternativo
Splicing alternativo
Es un mecanismo mediante el cual la expresin de un gen puede dar lugar a diferentes protenas, a travs de mecanismos de substitucin o insercin/delecin de determinados fragmentos de la secuencia de la protena. Estudios recientes muestran que es una importante fuente de variabilidad en el proteoma de los eucariotas, ya que afectara a ms de un 40 % de las protenas del organismo. Su contribucin vara de un tejido a otro, destacando su importancia en el sistema nervioso. El efecto del splicing alternativo sobre la variabilidad de las protenas puede llegar a ser enorme, como por ejemplo en el caso de la protena DSCAM en D.melanogaster, para la cual se ha postulado la existencia de ms de 38000 isoformas posibles, un nmero superior al total de genes predicho para Drosophila. Aunque estas cifras son extremas, nos dan una idea de la capacidad del splicing alternativo para generar variabilidad. Sin embargo, y a pesar de su importancia, todava no se sabe prcticamente nada de la manera en la que el splicing alternativo modula la funcin de las protenas.
Corte y empalme (Splicing) alternativo
Splicing alternativo del gen de la tropomiosina
Exones ARNs procesados Msculo estriado Msculo liso
Intrones
Expresin de la Ig M y
la Ig D
Introduccin
Silenciamiento gnico :
gen
RNA RNAevitando
protena
DNA evitando la expresin del gen (SGT)

que sea traducido (SGPT)
Silenciamiento a nivel del RNA dsRNA formacin de RNAs pequeos este proceso se encuentra altamente conservado a lo largo de la evolucin. ANIMALES: RNA de interferecia (RNAi) HONGOS: quelling PLANTAS: silenciamiento gnico post-transcripcional (PTGS)
Introduccin
REGULACIN DE GENES ENDGENOS: regulando la expresin diferencial de genes durante el desarrollo miRNA MECANISMO DE DEFENSA: eliminacin de cidos nucleicos extraos siRNA siRNA
miRNA
Introduccin
MECANISMO DE DEFENSA: eliminacin de cidos nucleicos extraos siRNA
Cmo ocurre este mecanismo de defensa mediado por siRNA
Modelo de silenciamiento gnico post-transcripcional

VIRUS
Introduccin
ssRNA
Silenciamiento del virus
(RISC) Defensa
Plasterak, R.H.A. (2002) Science 296:1263296:1263-1265
Modelo de silenciamiento gnico post-transcripcional

VIRUS
Introduccin
ssRNA
Silenciamiento del virus Amplificacin de la seal de silenciamiento
(RISC) Defensa
Plasterak, R.H.A. (2002) Science 296:1263296:1263-1265
Introduccin
siRNA
* Presentan un apareamiento perfecto con su gen blanco * son generalmente de 21-24 nts * poseen un 2 nts libres en el extremo 3 * luego del corte con DICER, se fosforilan en sus extremos 5 * Al ser reconocidos por RISC, inducen el silenciamiento del gen blanco
CONTRACONTRA -DEFENA viral
VIRUS
Otra Propiedad de los Genes:

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Cap 3

Naturaleza y Funcin del Genoma Procariota y Eucariota

Nucletidos: Construyendo los Acidos Nucleicos

Copyright 2006 Pearson Prentice Hall, Inc.

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Nucleotidos Difosfatados y Trifosfatados

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Doble Hlice de ADN

NH2 C H-C N H-C N C O

C HC N O HO P O P O P O - CH2 O OH OH OH O O O P OH C N CH2 O H N NH2 C C N C C N

Esta secuencia se podra representar as :

Estructura del ADN

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Demostracin de la Transformacin Bacteriana

Colonia Lisa S (encapsuladas) vivas

Colonia Rugosa R (no encapsuladas) vivas

Experimento de F. Griffith, 1928, utilizando Streptococcus pneumoniae

Colonia R (no encapsuladas) vivas

Ratn muere Ratn vive

Colonia S (bacterias encapsuladas) previamente matados por el calor

Transformacin: El experimento de Avery, MacLeod, and McCarty . 1944

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Demostracin de que el ADN es el agente transformante

Experimento de O. Avery, M Mac Leod y M . Mc Carthy, 1944

Demostracin de que el material gentico del fago es ADN

La mayor parte de la radiactividad recuperada aqu

Cubierta del fago

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Las Reglas de Chargaff

Segunda Regla : El % de Purinas es igual al % de Pirimidinas :

Una consecuencia de la complementariedad : Se cumplen las Reglas de Chargaff

Complementariedad de las bases Complementariedad de las Cadenas

Enlaces Puentes de Hidrgeno

Estructura Terciaria DNA circular y DNA lineal Superenrollamientos del DNA

Superenrollamientos del DNA

Ahora procedemos a cortar la molcula

Estos lazos o superenrollamientos se cuantifican con el nmero de Torsin W

En el caso del DNA circular sera an mas patente :

L = 100 T = 100 W=0

1.000 bp DOS TOPOISMEROS DIFERENTES

Table 1. Algunos miembros de las familia de las Topoisomerasas y sus propiedades.

Informacin sobre el virus Vaccinia y smallpox ( viruela) : http://www.hhs.gov/smallpox/LiveVirusSpanish.html

( tipo II ) tipo I ) tipo I )

TOPOISOMERASA, DNA, III, BETA; TOP3B (

TOPOISOMERASA, DNA, III, ALPHA; TOP3A (

Los cidos Ribonucleicos (ARNs)

RNA r : RNA ribosomal

Comparacin del ARN y el ADN

Electroforesis de Acidos Nucleicos

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Concepto molecular del Gen

Un Gen una Protena

Experimento de Beadle y Tatum

e) La adicin de Arginina al medio mnimo restaura el crecimiento

Estructura del Gen en Eucariota

En los genes eucariotas

DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGA MOLECULAR

Producir organismos multicelulares

Replicacin Semiconservativa del ADN

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