Tema 10.

Introduccin al metabolismo

Bioqumica y Biologa Molecular

TEMA 10

INTRODUCCIN AL METABOLISMO
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. Introduccin al metabolismo Concepto de anabolismo y catabolismo Mtodos de estudio de las rutas metablicas Clasificacin de los organismos atendiendo a su metabolismo Ciclo energtico en las clulas El flujo de C, O, N y energa en la biosfera Regulacin de las rutas metablicas

1. Introduccin al metabolismo El metabolismo es el conjunto de reacciones qumicas que se dan en un organismo, cada una de ellas est catalizada por un sistema enzimtico y su finalidad es el intercambio de materia y energa entre la clula y el entorno. Las enzimas son claves para que se den los procesos metablicos y para su regulacin. Las finalidades del metabolismo son cuatro: 1. Obtencin de energa qumica de molculas combustibles o de la luz solar absorbida (esto ltimo en organismos fotosintticos). 2. Conversin de principios nutritivos exgenos en precursores de los componentes macromoleculares. 3. Ensamblaje de estos materiales para formar protenas, cidos nucleicos y otros componentes celulares. 4. Formacin y degradacin de las biomolculas necesarias para las funciones especializadas de la clula. El metabolismo intermediario comprende mapas enzimticos aparentemente muy complejos (Figura 1), pero la forma y funcin de las rutas metablicas centrales no resultan de difcil comprensin. Adems, las rutas centrales del metabolismo son muy parecidas en la mayora de las formas de vida.

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Consideraremos en este captulo la procedencia de los principios nutritivos y de la energa necesaria para la vida celular, las principales rutas por las que se sintetizan y degradan los componentes celulares y la ruta de transferencia de la energa celular.

Figura 1. Esquema de las rutas metablicas centrales.

2. Rutas anablicas, catablicas y anfiblicas El metabolismo consta de dos grandes bloques de rutas: anabolismo y catabolismo. El catabolismo es la fase degradativa del metabolismo, en el cul molculas complejas y relativamente grandes (glcidos, lpidos y protenas) que provienen bien del entorno o de los propios depsitos celulares de reserva se degradan para producir molculas ms sencillas como cido lctico, cido actico, dixido de carbono, amonaco o urea. El catabolismo va acompaado de la

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liberacin de la energa qumica inherente a la estructura de las molculas orgnicas nutritivas y a su conservacin en forma de ATP. El anabolismo constituye la fase biosinttica del metabolismo, por la que tiene lugar la biosntesis enzimtica de los componentes moleculares de las clulas, tales como nucleicos, protenas, polisacridos o lpidos, a partir de sus precursores. La biosntesis de estas macromolculas orgnicas, necesita del consumo de energa qumica aportada por el ATP generado durante el catabolismo. La separacin entre catabolismo y anabolismo es puramente formal, fisiolgicamente ambas se desarrollan simultneamente en el tiempo y en el espacio, pero lgicamente se regulan de manera independiente. Los productos intermedio del metabolismo se denominan metabolitos. Cada ruta anablica o catablica est constituida por numerosas etapas enzimticamente catalizadas, a veces hasta 20 de ellas. La razn fundamental de sto es que la naturaleza adapta sus procesos a la moneda energtica; una ruta de 20 etapas requerira, entre gasto y consumo, el movimiento de una cantidad de energa muy superior a la que una molcula de ATP puede mover. Estudiando las rutas metablicas puede concluirse que la naturaleza se ha adaptado para producir la transformacin de un precursor en otra molcula producto en tanto pasos como sean necesarios en funcin de los quantum o movimientos de energa libre inherente al grupo fosfato del ATP. Es decir, dicho de manera sencilla, las transformaciones metablicas de un compuesto en otro implicarn un movimiento de energa que sea mltiplo de la moneda energtica, el enlace entre el segundo y tercer fosfato en el ATP. La degradacin enzimtica de cada uno de los elementos nutritivos mayoritarios de las clulas, a saber, polisacridos, lpidos y protenas, tiene lugar por medio de cierto nmero de reacciones enzimticas consecutivas organizadas en tres fases principales (no se incluyen nucleicos al no ser utilizados como fuente de energa por la mayor parte de los organismos). En la Fase I del catabolismo (Figura 2) las grandes molculas nutritivas se degradan, liberando los sillares qumicos sobre las que fueron construidas. As, los polisacridos se degradan rindiendo hexosas o pentosas, los lpidos producen cidos grasos, glicerina y otros componentes, y las protenas se

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desintegran en sus componentes aminocidos. En la Fase II del catabolismo, todos los productos anteriores se convierten en un nmero menor de intermediarios ms sencillos. As, las hexosas, pentosas y glicerina, se degradan pasando por el cido pirvico, intermediario de tres carbonos, para rendir una especie ms sencilla, de dos carbonos, el grupo acetilo del acetilCoA. De igual forma, los diversos cidos grasos y aminocidos se escinden para formar acetil-CoA y unos pocos productos finales diferentes. Finalmente, el grupo acetilo del acetil-CoA, as como los productos de la Fase II se canalizan hacia la Fase III, ruta catablica final comn, en la que en ltimo trmino pueden ser oxidados a dixido de carbono y agua. En este sentido, el catabolismo es convergente.

Figura 2. Fases del metabolismo.

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La biosntesis tiene igualmente lugar en tres etapas (Figura 2). En la Fase III se generan molculas precursoras que en la Fase II se convierten en molculas sillares. Estas, a su vez, se ensamblan en la Fase I para constituir macromolculas. Por ejemplo, la biosntesis de protenas comienza en la Fase III con la formacin de ciertos oxocidos, que son los precursores de los aminocidos, por aminacin de los primeros. Finalmente, en la Fase I se ensamblan los aminocidos para constituir las cadenas polipeptdicas. Las rutas biosintticas o anablicas son por tanto divergentes. Las rutas catablicas y anablicas no son inversas, aunque pueden tener algn paso comn. Aunque la existencia de dos conjuntos de rutas metablicas, una para el catabolismo y otra para el anabolismo, pueda parecer un despilfarro, esta ordenacin posee ventajas importantes. La regulacin de ambos tipos de rutas es independiente, puesto que enzimticamente estn controladas por catalizadores enzimticos diferentes, y as mismo pueden estar ocurriendo en localizaciones distintas dentro de clulas eucariotas. Aunque las correspondientes rutas del catabolismo y anabolismo no son idnticas, la Fase III constituye un punto de cita central o de ruta asequible al catabolismo y al anabolismo. Esta ruta central comn, designada a veces como ruta anfiblica, posee una doble funcin; as, la ruta puede utilizarse catablicamente para producir la degradacin completa de pequeas molculas que se derivan de la Fase II del catabolismo, o bien anablicamente para suministrar a las reacciones biosintticas molculas pequeas utilizables como precursores.

3. Mtodos de estudio de las rutas metablicas. Cuando se estudia el metabolismo es necesario conocer los intermediarios metablicos, las enzimas implicadas en la ruta y su regulacin. Hay tres formas clsicas para estudiar el metabolismo: Aislamiento y caracterizacin de las enzimas y los intermediarios implicados en la ruta. Uso de mutantes auxtrofos (mutantes que necesitan la presencia de un nutriente en el medio para sobrevivir). Esto permite determinar el orden en que se suceden los precursores de la ruta. Uso de precursores isotpicamente marcados (istopos son elementos con el mismo nmero atmico pero distinta masa atmico). Por ejemplo,

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los istopos radiactivos son facilmente detectables porque son inestables y emiten partculas subatmicas (32P, 14C y 3H). La resonancia magntica nuclear (RMN) detecta istopos especficos por las caractersticas de su spn nuclear (1H, 13C, 31P).

4. Clasificacin de organismos segn su metabolismo Hay muchos tipos de metabolismo, adaptados a los distintos hbitats de la tierra. Podemos clasificar a los organismos segn su metabolismo de acuerdo a los siguientes criterios: a) En funcin del aceptor de electrones de la cadena respiratoria: Aerobios. Tienen como aceptor de e- en la cadena respiratoria el O2 (formando agua). Anaerobios. Tienen como aceptor de e- en la cadena respiratoria nitrato (formando N2), sulfato (formando H2S) CO2 (formando metano).

b) En funcin de la fuente de carbono: Auttrofos. Utilizan el CO2 como fuente de carbono (plantas, algas, cianobacterias). Hetertrofos. Utilizan compuestos orgnicos como fuente de carbono.

c) En funcin de la fuente de energa: Fototrofos o fotoergnicos. Obtienen la energa de la luz (las plantas, algas y cianobacterias). Quimiotrofos o quimioergnicos. Obtienen la energa de las sustancias qumicas. Dentro de estos podemos distinguir: Litotrofos. La energa proviene de la oxidacin de sustancias qumicas inorgnicas. Organotrofos. La energa proviene de sustancias qumicas orgnicas.

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5. Ciclo energtico en las clulas Cuando una molcula orgnica relativamente compleja como la glucosa se oxida con oxgeno molecular para formar 6 molculas de dixido de carbono y 6 de agua, sus tomos de carbono experimentan un incremento en el grado de libertad, se separan unos de otros en forma de CO2 y pueden adoptar as muchas posiciones diferentes unos con relacin a otros. Como resultado de esta transformacin, la molcula de glucosa experimenta una prdida de energa libre, es decir, de la forma de energa capaz de realizar trabajo bajo temperatura y presin constantes (que es, a fin de cuentas, energa contenida en los enlaces). Dicha energa perdida es parcialmente capturada por las clulas en forma de energa de enlace (en la molcula de ATP) energa redox (en NADH / FADH2). Las oxidaciones biolgicas son esencialmente combustiones sin llama, a baja temperatura. La energa libre de los combustibles celulares se conserva en forma de energa qumica inherente a los enlaces covalentes de los grupos fosfato terminales del trifosfato de adenosina, ATP, que se produce enzimticamente a partir de difosfato de adenosina (ADP) y de fosfato inorgnico (Pi) mediante reacciones enzimticas de transferencia del grupo fosfato, que estn qumicamente acopladas a etapas de oxidacin especficas del catabolismo. El ATP as formado puede difundirse entonces hacia aquellos lugares de la clula en los que se necesita energa, constituyendo una forma de transporte de la energa libre. Cierta cantidad de la energa qumica transportada por el ATP es transferida, junto con el grupo fosfato terminal del ATP, a ciertas molculas especficas aceptoras, las cuales adquieren un mayor contenido en energa y resultan energetizadas, pudiendo entonces actuar como precursores de biomolculas mayores en cuya sntesis intervienen como donadores de energa. Los electrones son otro vehculo importante para la transferencia de energa qumica procedente de las reacciones que liberan energa del catabolismo a las reacciones biosintticas que precisan de tal energa. En la biosntesis de algunas molculas ricas en hidrgeno, por ejemplo, colesterol y cidos grasos, se necesitan electrones (o tomos de hidrgeno) para la reduccin de los dobles enlaces a enlaces sencillos. Los electrones son enzimticamente transportados desde las oxidaciones liberadoras de electrones del catabolismo hasta los grupos que requieren electrones, tales como los dobles enlaces

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carbono-carbono o carbono oxgeno. Esto se consigue normalmente mediante coenzimas transportadoras de electrones. El coenzima ms importante es el nicotinamida adenndinucletido fosfato (NADP). Esta coenzima acta por tanto como transportador de electrones (en forma de NADPH) desde las reacciones catablicas hasta las reacciones anablicas que precisan de electrones.

6. Ciclos del carbono, oxgeno, nitrgeno y energa en la biosfera Los organismos vivos son interdependientes en el aspecto nutritivo, debido principalmente a la existencia de ciclos de elementos bsicos en la biosfera como son los del carbono, nitrgeno y oxgeno, gracias a los cuales las clulas fotosintticas y las hetertrofas se alimentan literalmente unas a otras, relacin conocida con el nombre de sintropa. Las clulas fotosintticas producen compuestos orgnicos tales como glucosa, a partir del CO2 y del agua, y a expensas de la energa solar. Las clulas hetertrofas utilizan compuestos orgnicos producidos por las clulas fotosintticas, como la glucosa, oxidndolos y produciendo dixido de carbono que puede nuevamente ser utilizado por las clulas fotosintticas. Acompaa al ciclo del carbono el intercambio de oxgeno entre los organismos fotosintticos y hetertrofos (Figura 3). La mayor parte de los organismos fotosintticos producen oxgeno, que es utilizado a su vez por los hetertrofos para oxidar los combustibles.

Figura 3. Ciclo del oxgeno en la biosfera.

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Figura 4. Ciclo del nitrgeno en la biosfera.

El nitrgeno, componente elemental de las protenas, los cidos nucleicos y otras biomolculas importantes, se cicla tambin a travs de los organismos vivos en la biosfera (Figura 4). Aunque el nitrgeno molecular (N2 ) se halla en gran cantidad en la atmsfera, no puede ser utilizado por la mayor parte de las formas vivas. La gran mayora de organismos lo obtienen de una forma combinada, como nitrato, amoniaco o formas ms complejas como aminocidos. Estas formas son muy escasas en aguas superficiales y experimentan un intercambio continuo. La mayor parte de los vegetales obtienen su nitrgeno del suelo en forma de nitrato, al que reducen para formar amonaco, aminocidos y otros productos reducidos. Todos estos productos son elaborados para formar los componentes nitrogenados de la clula, tales como las protenas. Los organismos hetertrofos utilizan a continuacin las protenas de las plantas como elementos nutritivos y devuelven el nitrgeno al suelo en forma de productos finales de excrecin o como productos de la putrefaccin despus de su muerte, generalmente en forma de amonaco. Los microorganismos del suelo, a su vez, oxidan el amoniaco para formar nitrito (bacterias nitrificantes como Nitrosomonas) y nitrato (bacterias nitrificantes como Nitrobacter), que pueden ser utilizados de nuevo por los vegetales. Solamente algunas formas de vida pueden reducir el nitrgeno atmosfrico y utilizarlo as como suministro biolgico de nitrgeno (bacterias fijadoras de

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nitrgeno como Klebsiella, Rizobium o Azotobacter y cianobacterias). Y slo algunas bacterias son capaces de convertir el nitrato en nitrgeno gaseoso mediante el proceso de desnitrificacin (bacterias anaerobias que usan el nitrato como aceptor de electrones de la cadena respiratoria, reducindolo a nitrgeno. En la biosfera existe un flujo masivo de energa que est muy emparejado con el ciclo del carbono. Los organismos fotosintticos capturan la energa solar, convirtindola en la energa qumica de la glucosa y otros compuestos orgnicos. Los organismos hetertrofos utilizan estos productos como precursores de sus biomolculas estructurales y como combustibles ricos en energa para ejecutar sus actividades que precisan energa. La energa solar es, por lo tanto, la fuente nica de energa para casi todos los organismos, ya sean auttrofos o hetertrofos. Sin embargo, es importante observar que la energa no se cicla en la biosfera, sino que fluye en una sola direccin. El flujo comienza con la energa solar, capturada por las clulas fotosintticas y convertida en la energa qumica de los productos fotosintticos. Estos productos son empleados despus por los hetertrofos para desempear las diversas formas de trabajo celular. En el curso de estos procesos, la energa qumica se degrada hasta formas de energa biolgicamente intiles, tales como el calor, que se disipa hacia el entorno. El flujo energtico en la biosfera es de proporciones enormes. Se emplean anualmente unas 1019 kcal de energa solar para convertir el dixido de carbono en biomasa por medio de los organismos fotosintticos de la biosfera, unas 20 veces ms que toda la energa empleada por todas las mquinas manufacturadas por el hombre sobre la tierra. Todo esto lo consiguen con una eficiencia fotosinttica del 0,3 %. Del 100 % de energa que llega a la tierra, solo un 0,3 % queda fijada por los fotosintticos como energa qumica de enlace, el resto son perdidas.

7. Regulacin de las rutas metablicas La velocidad del catabolismo viene controlada por las necesidades de ATP (energa) de la clula en cada momento, y no por la concentracin de sustratos. Las clulas slo consumen su combustible en la medida que les es necesario para proporcionar la energa requerida para sus actividades en un instante

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determinado. Anlogamente, la velocidad de biosntesis de los componentes celulares se ajusta a las necesidades inmediatas. Es el principio de la mxima economa el que preside todos los aspectos del metabolismo. La regulacin de cualquier ruta metablica, es decir, los mecanismos que controlan su actividad, puede ocurrir a diversos niveles. Primer nivel. La velocidad de reaccin de cada una de las reacciones enzimticas de la ruta depender del pH y de las concentraciones intracelulares de sustratos o productos y del cofactor, que son los elementos primarios para regular la actividad enzimtica y que directamente afecta a la velocidad del proceso catalizado. Segundo nivel. Tal como se estudi en el tema de enzimologa, la actividad puede regularse de forma muy sensible gracias a las enzimas reguladoras. Muchas enzimas son inhibidas por el producto final de la reaccin, mientras que otras son estimuladas por algn metabolito o protena reguladora. Ejemplo de ello son las enzimas alostricas. Tercer nivel. Se realiza a travs del control gentico de la velocidad de sntesis del enzima. Las enzimas que estn siempre en cantidades casi constantes en una determinada clula reciben el nombre de enzimas constitutivas, mientras que aquellas que se sintetizan solamente en respuesta a la presencia de ciertos sustratos se llaman enzimas inducibles. Los genes que especifican la sntesis de estas ltimas enzimas se encuentran generalmente bajo represin, y se desreprimen solamente en presencia de un agente inductor. Una secuencia completa de enzimas puede ser reprimida o inducida como si fuera un grupo, es decir, su sntesis est codificada por un conjunto de genes consecutivos en el ADN, llamado opern, que puede ser reprimido o desreprimido en conjunto. Cuarto nivel. En organismos multicelulares habra que apuntar un ltimo nivel de regulacin, el hormonal, molculas que actan como mensajeros qumicos, trasladndose por la sangre hasta ciertos tejidos, donde activan o inhiben de forma especfica determinadas rutas metablicas.

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