Tutorial de Docking con AutoDock

A continuacin se reproducir el docking realizado en un artculo cientfico, haciendo uso de UCSF Chimera, Avogadro, AutoDockTools y AutoDock.

Primero, se identificarn las molculas con las que se trabaj el Docking en el artculo cientfico.

Ahora, se proceder a obtener esas molculas de las bases de datos en internet. (Protein Data Bank, Drug Bank)

Luego que se han descargado las molculas, se procede a limpiarlas y optimizarlas para su posterior uso. (UCSF Chimera, Avogadro)

En este punto se comienza con el docking. Esta parte se detallar un poco ms.

Se ejecuta AutoDockTools y se abre la macromolcula.

Se aaden todos los hidrgenos y se quitan aquellos que no forman puentes de hidrgeno. Luego, se le da color para la mejor identificacin de los tomos.

Se esconde la macromolcula momentneamente para comenzar el trabajo de preparacin del ligando.

Se abre el ligando, se detecta su centro y se seleccionan los enlaces rotables. Posteriormente, se guarda esta ya en formato PDBQT.
Ac se guard no solo la molcula, sino todas sus cargas, su centro y enlaces rotables para que en el docking se considere esta informacin.

Se trabajar con una macromolcula rgida, lo cual significa que no se considerarn los movimientos de esta al entrar el ligando en ella. Por eso, se ignorar a los residuos flexibles.

Se procede, entonces, con la preparacin del Grid. Se selecciona entonces la macromolcula.

La macromolcula tendr que guardarse como PDBQT en este proceso y para ello se le asignarn nuevas cargas a cada tomo.
En este caso, se guard la macromolcula con cargas nuevas para que cuando se haga el docking, se pueda considerar la carga electrosttica como un factor.

Ahora se selecciona el tipo de mapa (el ligando) a utilizarse y posteriormente se establece el tamao y posicin del grid.

Se guardan las modificaciones y se guarda todo en un archivo GPF. Es momento de correr el grid.
Lo que se est haciendo es que crea una red de posibles posiciones para los tomos del ligando en el espacio establecido dentro de la macromolcula.

Una vez terminado el grid, se procede a prepara el docking.

Sin embargo, antes de comenzar a preparar el docking, es conveniente limpiar el rea de trabajo para continuar slo con las molculas que ya se han guardado.

Primero, se abre la macromolcula y el ligando con que se va a trabajar (los PDBQT).

Luego, se selecciona el algoritmo de bsqueda que se utilizar para el docking (el gentico es el ms coneniente en la mayora de los casos).

Posteriormente, se establece algn otro parmetro. En este caso, se solicitar que se calcule la energa electrosttica.

Por ltimo, se guarda la configuracin del docking con un algoritmo gentico Lamarckiano como un archivo DPF.

Se corre el docking.
En este momento el ordenador busca diferentes maneras de colocar el ligando dentro de la macromolcula. Se evalan diferentes conformaciones de la molcula al ir rotando sus enlaces y calculando qu conformacin lleva a un complejo de mnima energa.

Una vez terminado, se limpia el rea de trabajo para poder realizar una buena interpretacin de resultados.

Para realizar la interpretacin de resultados, se carga el archivo generado por el docking y se escoge una macromolcula.

Ya en el anlisis las opciones son distintas:

Se puede analizar por energa de enlace Se puede analizar por conformacin ms comn Se puede ver qu puentes de hidrgeno se formaron Se puede ver qu aminocidos fueron los que interaccionaron con el ligando

Esto se deja a criterio de quien est realizando el docking.

Eso fue todo. Gracias y feliz da.