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MICROBIOMAS

Hay 10 veces ms clulas de bacterias en nuestro

cuerpo que clulas de humano

Gentica Microbiana Bio 430

Tres dominios de vida

Caractersticas Genmicas de
Procariotas
1. Bacteria
2. Archaea
3. Eukarya
Emphasizes the
differences between 3
main groups, based on their
phylogeny (the evolutionary
history of a group; how they are related to each other)

Freeman
2005

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Diferencias entre clulas eucariotas y procariotas

1.Organismo y designacin de la cepa

Piedra angular de la nomenclatura
bacteriana:
ICNP (International Code of Nomenclature of
Prokaryotes, Cdigo internacional de
nomenclatura de procariotas) enero/1980

Cells of eukaryotes (left) and prokaryotes (right). The top part of the figure shows a typical human cell and typical bacterium
drawn to scale. The human cell is 10 m in diameter and the bacterium is rod-shaped with dimensions of 1 2 m. The lower
drawings show the internal structures of eukaryotic and prokaryotic cells. Eukaryotic cells are characterized by their membranebound compartments, which are absent from prokaryotes. The bacterial DNA is contained in the structure called the nucleoid.

Gobierna el nombre cientfico de las bacterias

Publicacin oficial del Comit Internacional de
sistemtica de procariotas (ICSP, International
Committee on Systematics of Prokaryotes)
Publicado por la ASM (Asociacin americana de
microbiologa)

2002 Taylor & Francis

En contraste con la nomenclatura eucaritica,

no hay una clasificacin oficial de los procariotas
porque la taxonoma sigue siendo una cuestin
de criterio cientfico.
La clasificacin ms aceptada es la elaborada
por la oficina editorial del Manual Bergey de
Bacteriologa Sistemtica (Bergey's Manual of
Systematic Bacteriology) como paso preliminar
para organizar el contenido de la publicacin.
Esta clasificacin, conocida como "The
Taxonomic Outline of Bacteria and
Archaea" (TOBA), est disponible en Internet.

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Para bacterias se utiliza la designacin

de gnero y especie (Linnaeus)
presentado en conjunto con la de la
cepa
Aplicado por primera vez en microorganismos
en los aos 1880s por Robert Koch y otros
Utiliz la tincin y pruebas bioqumicas para
distinguir las cepas bacterianas
Clasificacin imprecisa,
especies con diferentes tipos, debido a propiedades
diferentes.
Por ej. E. coli que al igual que muchas especies
bacterianas incluye cepas con diferentes caractersticas
patognicas desde cepas poco peligrosas a letales

Hay tres mecanismos mediante los cuales los genes de

bacteria pueden pasar de una especie a otra
Conjugacin: Dos bacterias establecen contacto fsico y una
bacteria (la donante) transfiere DNA a la segunda bacteria
(recipiente). El ADN puede ser una copia de alguna parte o
posiblemente toda el ADN cromosomico de la bacteria donante o
un segmento del ADN cromosmico integrado en un plsmido. Esto
ltimo se llama transferencia de episoma.
Transduccin: transferencia de un segmento pequeo de DNA de
un donante a una clula recipiente va bacterifago.
Transformacin: La clula recipiente toma un fragmento del ADN
de su ambiente liberado por una clula donante
The relative importance of these processes in gene flow between
species is not known. Each mechanism was first recognized as a
means by which DNA can be transferred between Escherichia coli
strains, and the extent to which the equivalent forms of transfer can
occur between species has not yet been studied. The three
processes have been used experimentally to map the positions of
genes on bacterial genomes

Durante el siglo XX los bilogos redefinen el

concepto de especie en trminos evolutivos:
Grupo de organismos que se pueden
entrecruzar uno con otro.
En Procariotas, esto es ms problemtico porque hay
una variedad de mtodos por medio de los cuales los
genes pueden ser intercambiados entre procariotas
que, de acuerdo a sus propiedades bioqumicas y
fisiolgicas son especies diferentes
La barrera al flujo de genes (gene flow) que es
central al concepto de especie entonces no se
aplica a procariotas

La secuenciacin del genoma ha

enfatizado la dificultad en aplicar el
concepto de especie a procariotas.
Es claro que las diferentes cepas de una
misma especie tienen genomas con
diferentes secuencias e inclusive grupos
de genes, cepa especficos
Ej. Dos cepas de Helicobacter pylori tiene
genomas de diferente tamao: 1.67 Mb y 1.64 Mb
con 1552 genes y 1495 genes respectivamente.
1406 de estos genes presentes en ambas cepas.
O sea 6-7% del genoma es nico

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E. coli K12 y O157:H7 (altamente patognica)

tienen 4.64 Mb y 5.53 Mb respectivamente.

Megabase: Unidad de largo de fragmento de igual a un milln de

nucletidos.

El DNA extra presente en islas de patogenicidad o

islands distribuidos en el genoma en 200 posiciones
separadas y con 1387 genes no presentes en K12 los
cuales codifican para toxinas y otras protenas
requeridas para la patogenicidad
K12 contiene K islands con 234 segmentos de su
DNA nico y 528 genes ausentes en O157:H7
Esta situacin establece una diferencia entre ambas
cepas, con genes especficos, los cuales
corresponden a 26% en O157:H7 y 12% en K12
Esta variacin es substancialmente mayor a lo
que el concepto de especies en organismos
superiores puede ser aplicado y difcil de
reconciliar con la definicin de especie para
microorganismos.

Las dificultades se hacen mas agudas cuando

los genomas de otras bacterias y archaeas son
examinados
Debido a la facilidad del flujo de genes entre
procariotas, se pudo anticipar que los mismos genes
se pueden encontrar en diferentes especies pero la
extensin de la transferencia lateral de genes
(transferencia de genes de una especie a otra) fue
una sorpresa
La mayora de los genomas contienen unos cuantos
cientos de Kb de DNA adquirido de especies diferentes y
en algunos casos mayormente. Ej. E. coli K12
La sorpresa fue mayor cuando se observ que la
transferencia lateral ocurri entre especies muy
diferentes como las archaeas y bacterias en ambas
direcciones
La bacteria Thermatoga maritima tiene 1877 genes de los
cuales 451 provienen de archaeas
Procariotas que viven en ambiente similares intercambian
genes unos con otros para incrementar su sobrevivencia y
mantenimiento en un ambiente en particular

The impact of lateral gene transfer on the content of prokaryotic genomes. The chart shows the DNA
that is unique to a particular species in blue and the DNA that has been acquired by lateral gene
transfer in red. The number at the end of each bar indicates the percentage of the genome that derives
from lateral transfer. Note that intergenic regions are omitted from this analysis. Redrawn from Ochman
et al. (2000).

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La transferencia lateral de genes ha

tenido un rol importante en la evolucin
de los procariotas.
A diferencia de organismos superiores, la
historia evolutiva de las bacterias y archaea no
pueden ser descritas como un patrn simple
ramificado, en vez debe incorporar la
transferencia horizontal de genes entre
especies.
Los microbilogos se enfrentan con la
necesidad de reevaluar la validez de los
esquemas evolutivos que fueron establecidos
en la era pre-genoma

Lateral gene transfer obscures the

evolutionary relationships between
species. In (A) a group of eight modern
species has evolved from an ancestor
without lateral gene transfer. The
evolutionary relationships between the
species can be inferred by comparisons
between their DNA sequences, using the
molecular phylogenetics techniques
described in Chapter 16. In (B) extensive
lateral gene transfer has occurred. The
evolutionary histories of the modern
species cannot now be inferred by
standard molecular phylogenetics
because one or more of the species may
have acquired the sequences that are
being compared by lateral gene transfer
rather than by inheritance from a direct
ancestor.

Posicin filogentica
Estudios de Filogenia molecular han mejorado la
perspectiva sobre la biodiversidad
microbiolgica
Se basa en la construccin de rboles
filogenticos basados en secuencias de genes,
los cuales permiten articular el fugaz concepto de
biodiversidad
Anlisis de los genes ribosomales: rRNA de la
subunidad pequea 16S o 18S (SSU RNA, small subunit
rRNAs)
Establecen tres dominios principales de la vida:
Bacteria, archea y eucariota

Figure 10-30. A ribosome contains a large and a small subunit. Each subunit contains both rRNA of varying
lengths and a set of proteins (designated by different shapes and shading). There are two principal rRNA
molecules in all ribosomes. (a) Ribosomes from prokaryotes also contain one 120-base-long rRNA that sediments
at 5S. (b) Eukaryotic ribosomes have two small rRNAs: a 5S RNA molecule similar to the prokaryotic 5S, and a
5.8S molecule 160 bases long. The large subunit proteins are named L1, L2, and so forth, and the small subunit
proteins are named S1, S2, and so forth. (From H. Lodish, D. Baltimore, A. Berk, S. L. Zipursky, P. Matsudaira, and
J. Darnell, Molecular Cell Biology, 3d ed. Copyright 1995 by Scientific American Books, Inc.)

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La mayor biodiversidad de la tierra es

microbiolgica, limitado su conocimiento por
slo organismos cultivables (99% no son
cultivables)
El dominio bacteriano (cultivable) comprende
grupos no relacionados llamados: reino, phyla
o divisiones (Woese, 1987)
Divisin: Linaje que consiste de dos o ms secuencias
de 16sRNA que son reproduciblemente monofilticas
(del griego, de una rama, que desciende de un ancestro
comn y los descencientes estn incluidos en el grupo)
(pertenecientes a un solo taxn) y que no estn afiliadas
con los grupos de otras divisiones.
Sin embargo la nomenclatura con el nivel de Divisin no
ha sido consistente en las diferentes publicaciones,
algunas divisiones son nombradas con ms de una
asignacin
Ej.G+C gram+ es sinnimo de Actinobacteria

FIG. 1. Evolutionary distance tree of the bacterial domain showing currently recognized divisions and putative
(candidate) divisions. The tree was constructed using the ARB software package (with the Lane mask and Olsen
rate-corrected neighbor-joining options) and a sequence database modified from the March 1997 ARB database
release (43). Division-level groupings of two or more sequences are depicted as wedges. The depth of the wedge
reflects the branching depth of the representatives selected for a particular division. Divisions which have
cultivated representatives are shown in black; divisions represented only by environmental sequences are shown
in outline. The scale bar indicates 0.1 change per nucleotide.

FIG. 2.
Relative representation in selected cosmopolitan bacterial
divisions of 16S rRNA sequences from cultivated and uncultivated
organisms. Results were compiled from 5,224 and 2,918 sequences from
cultivated and uncultivated organisms, respectively

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Fig. 1. Increase in the number of genomes completed per year separated by bacterial phylum.

Lagesen K et al. Microbiology 2010;156:603-608

SGM

Next Generation Sequencing

Secuenciadores de 2nda generacin (lavado sincronizado
de reactivos trifosfatos de nucleotidos seguido de imagen
ptica (Niedringhaus et al 2011).

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DIAP 2

COMPARACION DE GENOMAS CUYA SECUENCIA INICIAL SE HA COMPLETADO

Species

DIAP 3

Relacin entre el nmero de genes y el tamao del genoma en Bacterias.

Genome (Mb)

Approx. num of genes

References

Arabidopsis thaliana (plant)

125

25 500

AGI (2000)

Caenorhabditis elegans

97

19 000

CESC (1998)

Drosophila melanogaster fly)

180

13 600

Adams et al. (2000)

Homo sapiens (human)

3200

30 00040 000

Venter et al. (2001)

Saccharomyces cerevisiae (yeast)

12.1

5800

Goffeau et al. (1996)

Escherichia coli K12

4.64

4400

Blattner et al. (1997)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

4.41

4000

Cole et al. (1998)

Mycoplasma genitalium

0.58

500

Fraser et al. (1995)

Pseudomonas aeruginosa PA01

6.26

5700

Stover et al. (2000)

Streptococcus pneumoniae

2.16

2300

Tettelin et al. (2001)

Vibrio cholerae El Tor N16961

4.03

4000

Heidelberg et al. (2000)

Yersinia pestis

4.65

4100

Parkhill et al. (2001)

Archaeoglobus fulgidus

2.18

2500

Klenk et al. (1997)

Methanococcus jannaschii

1.66

1750

Bult et al. (1996)

Eukaryotes

Bacteria

circular genome

linear genome
3.27 Mb

Archaea

Buchnera sp. Genoma pequeo

DIAP 4

Carsonella ruddii es una gamma-proteobacteria

DIAP 5

con el genoma ms pequeo que hasta el momento

se ha caracterizado.

Tamao del genoma = 159,662 bp

182 ORFs (97% densidad de genes)

3 genes especficos para rRNA

28 genes especficos para tRNA

Bacterial symbiont on psyliid on hackberry

Buchnera sp (-protobacteria)

Bacteriocito

Afido (Cinara cedri)

Buchnera es un simbionte endocelular presente en muchos fidos

La bacteria se encuentra en adipocitos especializados llamados bacteriocitos
localizados en el intestino
La simbiosis se estableci hace 200-250 millones de aos
Ambos organismos dependen uno del otro para la sobrevivencia
(mutualismo absoluto)
Genoma de Buchnera:
Buchnera sp. APS = 650 Kb
Buchnera sp. CCE = 450 kb
Posee genes para la sntesis de aminocidos esenciales
Carece de genes de reparacin de daos al DNA por UV,de protenas
reguladoras que le permiten adaptarse a cambios en el ambiente

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DIAP 6

DIAP 7

Bacillus megaterium

La mayora de los genomas procarioticos tienen un tamao menor de 5 Mb. Una excepcin es B.
megaterium cuyo tamao es de 30 Mb. Esta bacteria suele ser 100 veces mas grande que E. coli.
Hoy da la bacteria se utiliza mucho en la industria como un sistema para la expresin de protenas.

DIAP 8
VISION TRADICIONAL DEL CROMOSOMA BACTERIANO
Loops superenrrollado
(40-50 [aprox. 100 Kb])

DIAP 9

1.VISION TRADICIONAL DEL CROMOSOMA BACTERIANO: E.coli

1:400

Borrelia burgdorferi (Lyme disease)

LINEALESB. burgdorferi

Loops no superenrrollado

E. coli
1.6 mm (cromosoma)
1.0 x 2.0 (clula)
Relacin 1 a 1600

Nucleoid associate proteins

(NAPs)
H-NS
HU
IHF
Fis

E. coli

UNICO
CIRCULAR

Streptomyces coelicolor (Se utililiza para producir la mayora de los

antibiticos que se usan con el hombre y con animales, antiparasticos y herbicidas).

Unico en las bacterias por presentar una fase esporulante micelial.

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DIAP 10

Los Procariotas no poseen

grandes cantidades de DNA
no codificante.

La gran mayora de las
bacterias, poseen un alta
densidad de genes ~90% del
genoma codifica para
protenas.

DIAP 11

COMPARACION DE GENOMAS

Cromosoma III S. cerevisiae

1. Ms genes/regin (26)
2. Poco DNA repetitivo largo (5)
3. Genes continuos (no intrones)

DIAP 12

Excepciones: Parsitos
intracelulares



Rickettsia prowazekii


(tifus)


(24% noncoding DNA)

Mycobacterium leprae


(Hansen's disease, a.k.a. lepra)


(51% noncoding DNA)

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