La anemia perniciosa surge cuando la deficiencia de vitamina B12 altera el metabolismo del acido folico, lo que lleva a deficiencia de folato funcional que altera la eritropoyesis, y hace que se liberen precursores inmaduros de eritrocitos hacia la circulacin (anemia megaloblastica). La causa mas frecuente de la anemia perniciosa es el fracaso de la absorcion de vitamina B12 mas que deficiencia en la dieta. Esto puede ser el resultado del fracaso de la secrecion de factor intrinseco causado por enfermedad autoinmunitaria que afecta las celulas parietales, o por produccin de anticuerpos antifactor intrinseco. En la anemia perniciosa hay degeneracion irreversible de la medula espinal como resultado de fracaso de la metilacion de un residuo arginina sobre la proteina basica de mielina. Esto es el resultado de deficiencia de metionina en el sistema nervioso central, mas que de deficiencia de folato secundaria.