REPLICACIN DEL ADN

Las propiedades fundamentales del proceso de replicacin del DNA y los

mecanismos utilizados por los enzimas que lo catalizan han demostrado que
son bsicamente idnticos en todos los organismos.
Reglas fundamentales
1. La replicacin del DNA es semiconservadora Durante la
replicacin del DNA cada hebra sir!e de molde para la s"ntesis de la
cadena complementaria. #l resultado son dos molculas de DNA
nue!as$ cada una con una cadena nue!a y una !ie%a. #ste proceso se
denomina replicacin semiconservadora.
2. La replicacin empieza en un punto de origen y transcurre de
forma bidireccional.
Las horquillas de replicacin son las zonas donde se desenrolla el DNA y las
cadenas separadas se replican rpidamente.
. La s!ntesis de DNA transcurre en direccin "#&# y es
semidiscontinua 'na cadena nue!a de DNA siempre se sintetiza
en la direccin "#&#. (i las dos cadenas de DNA se sintetizasen
continuamentea medida que se desplaza la horquilla de replicacin$
una tendr"a que ser sintetizada en direccin "#. Lo que ocurre es
que una de las cadenas de DNA se sintetiza en fragmentos cortos
)fragmentos de $%aza%i&. #s decir una cadena se sintetiza
continuamente y otra discontinuamente. La cadena continua o
conductora se sintetiza en la misma direccin que el mo!imiento de
la horquilla de replicacin. La cadena discontinua o rezagada se
sintetiza en direccin opuesta a la del mo!imiento de la horquilla.
Nucleasas
Los enzimas que hidrolizan los enlaces fosfodiester de los cidos nucleicos se
conocen como nucleasas.
Deso'iribonucleasas DNasasespec"ficas para DNA
(ibonucleasas (Nasasespec"ficas para RNA
Las nucleasas tambin se pueden clasificar como e'onucleasas y
endonucleasas.
Las e'onucleasas degradan los cidos nucleicos desde un e'tremo
de la molcula. Algunas act*an en la direccin "# #y otras en la
direccin #)*"#$ eliminando nucletidos del e+tremo ,-o del
.-respecti!amente.
Las endonucleasas act*an en posiciones internas de la cadena$
reducindola a fragmentos cada !ez ms peque/os.
ADN POLIMERASAS
La DNA polimerasa + de E. coli es un enzima con una sola cadena
polipept"dica de 01. 2D.
3ataliza la adicin paso a paso de las unidades deso+irribonucleot"dicas a la
cadena de DNA
,DNA&n - dN./,DNA&n-1- //i
La DNA polimerasa + requiere los siguientes componentes para sintetizar una
cadena de DNA
0. Las cuatro clases de deso'irribonuclesidos "#0trifosfato
dA./ d1./$ d../ y d2./. 4ambin se requiere la presencia de
5g67.
6. 'n molde la reaccin de polimerizacin est dirigida por una
cadena molde de DNA seg*n las reglas de apareamiento de
bases de 8atson y 3ric2.
.. 'n cebador la DNA polimerasa une deso+irribonucletidos a
un grupo .-9:; de una cadena pree+istente. Los cebadores a
menudo son cadenas de (NA en lugar de DNA. #nzimas
espec"ficos sintetizan estos cebadores donde y cuando son
requeridos.
Despus de a/adir un nucletido a una cadena de DNA$ la DNA polimerasa se
disocia o bien se traslada a lo largo del molde y a/ade otro nucletido. #l
n*mero de nucletidos a/adidos antes de que la polimerasa se disocie define
su procesividad.
La DNA polimerasa + tambin puede catalizar la hidrlisis del DNA as" como
su polimerizacin.
#l enzima contiene acti!idad e'onucleasa #"#que tiene una funcin
correctora de la polimerizacin.
La DNA polimerasa e+amina el resultado de cada adicin que cataliza antes de
la incorporacin del siguiente nucletido. (i se ha incorporado una base
errnea )no apareante<$ la DNA polimerasa elimina el residuo incorrecto del
e+tremo cebador antes de continuar con la polimerizacin.
#sta acti!idad e'onucleasa #"# me%ora en gran medida la e'actitud de la
replicacin del DNA. La DNA polimerasa solamente de%a tras de s" un error
cada 01= a 01> bases a/adidas.
La DNA polimerasa + puede tambin hidrolizar cidos nucleicos a partir del
e+tremo ,- de la cadena pues posee acti!idad e'onucleasa "#3localizada en
un dominio diferente.
La acti!idad e'onucleasa "##%uega un papel cla!e en la replicacin del DNA
porque elimina el (NA cebador.
As"$ una hebra de RNA apareada al molde de DNA es degradada por la
acti!idad e+onucleasa ,-.-de la DNA polimerasa ? y simultneamente
reemplazada por DNA por la acti!idad polimerasa del mismo enzima.
La s"ntesis de DNA comienza en una mella )un enlace fosfodister roto que
de%a un .-9:; libre y un fosfato en ,- libre<.
La DNA polimerasa e+tiende la hebra de DNA y desplaza la mella a lo largo de
la cadena. #ste proceso se denomina traslado de la mella. @osteriormente$
otros enzimas se encargan de sellar este hueco en el DNA.
Aunciones
DNA polimerasa + B #liminacin del RNA cebador y reparacin del DNA
DNA polimerasa ++ B Auncin de reparacin del DNA
DNA polimerasa +++ B #s la principal enzima que sintetiza DNA en procariotas
La DNA polimerasa +++ es mucho ms comple%a que la DNA polimerasa +. (e
trata de una prote"na multimrica con diez tipos de subunidades diferentes.
La replicacin en E. coli requiere$ adems de la DNA polimerasa$ de 24 o m5s
enzimas y prote!nas diferentes$ cada una con una tarea espec"fica. #l
con%unto completo se denomina sistema DNA replicasa o replisoma
@ara tener acceso a las hebras de DNA que act*an como molde$ se deben
separar las dos cadenas parentales. #sto se consigue mediante enzimas
llamadas helicasas que se trasladan a lo largo del DNA y separan las cadenas
utilizando energ"a qu"mica del A4@.
La separacin de las cadenas crea una tensin en la estructura helicoidal del
DNA que se elimina por accin de las topoisomerasas.
Las cadenas separadas se estabilizan mediante prote!nas fi6adoras de DNA.
Los cebadores deben estar presentes antes de que las DNA polimerasas
puedan sintetizar DNA. Los cebadores suelen ser fragmentos cortos de (NA
sintetizados por las primasas.
Los cebadores han de ser eliminados y reemplazados por DNA. #n E. coli esta
funcin la realiza la DNA polimerasa +. 4ras su accin queda una mella en el
DNA en forma de enlace fosfodister roto. #stas mellas son selladas por las
DNA ligasas.
La molcula de DNA polimerasa es m!il y se mantiene unida al DNA mediante
una abrazadera deslizante )sino solo sintetizar"a fragmentos peque/os de
DNA<. La abrazadera a!anza gracias al cargador de la abrazadera que
hidroliza A4@ como energ"a para el a!ance de la abrazadera.
La s"ntesis de una molcula de DNA se puede di!idir en tres etapas
+niciacin$ elongacin y terminacin$ que lo !amos a estudiar en el modelo
procariota de E. coli.
Iniciaci n
#sta etapa consiste en abrir la h7lice de DNA para cebar RNA y proceder a la
s"ntesis de DNA. #l origen de replicacin de E. coli, )ori2& de 6C, pb$ contiene
tres repeticiones de una secuencia de 1 pb y cuatro repeticiones de una
secuencia de 8 pb.
'n comple%o de 61 molculas de la prote"na DnaA se une a las cuatro
repeticiones de D pares de bases. (eguidamente se desnaturalizan las tres
repeticiones de 0. pares de bases$ ricas en AE.. #ste proceso requiere de
A./ y la prote"na 9:.
A continuacin$ un he'5mero de la prote"na Dna; )helicasa< se une a cada
hebra con ayuda de la prote"na Dna2.
La acti!idad helicasa de DnaF desenrolla aun ms el DNA$ preparndolo para
el cebado y la replicacin.
Las cadenas separadas son estabilizadas por la prote"na de unin al DNA
<<;.
La DNA girasa$ que es una topoisomerasa$ ali!ia la tensin creada por el
desenrollamiento del DNA.
Elongaci n
La fase de elongacin consiste en la s!ntesis de la cadena conductora y de
la cadena rezagada.
La s"ntesis de la cadena conductora comienza con la s"ntesis de un cebador
de (NA corto )01 a =1 nucletidos< por la primasa en el origen de replicacin.
A continuacin la DNA polimerasa +++ adiciona dN./s a este cebador. 'na !ez
iniciada$ la s"ntesis de la hebra conductora transcurre continuamente al ritmo
de a!ance de la horquilla de replicacin.
La s"ntesis de la hebra rezagada se realiza a intervalos La primasa sintetiza
un cebador para un fragmento de $%aza%i.
La DNA polimerasa e'tiende el cebador hasta el fragmento de :2aza2i
anterior. 'n nuevo cebador se sintetiza$ pr+imo a la horquilla de replicacin$
y el proceso se repite.
Ambas hebras son sintetizadas por el mismo comple%o DNA polimerasa +++.
@ara ello$ la cadena que sir!e de molde para la hebra rezagada forma un
bucle que la sit*a en la posicin adecuada para que tenga lugar la
polimerizacin en sentido "##.#l proceso permite la s"ntesis de unos 0.111
nucletidos por segundo en ambas hebras )conductora y rezagada<.
3uando un fragmento de :2aza2i est completo$ se elimina el cebador de
RNA por la DNA polimerasa + )utilizando su acti!idad e+onucleasa ,-.-< y se
reemplaza con DNA por el mismo enzima. La mella restante es sellada por la
DNA ligasa.
Terminaci n
#l cromosoma de una clula de E. coli es una =nica mol7cula circular de
DNA de doble hebra. La replicacin se inicia en el origen y transcurre de forma
bidireccional hasta que las dos horquillas de replicacin alcanzan una regin
terminal en la parte del cromosoma diametralmente opuesta al origen.
La regin terminal contiene m*ltiples copias de una secuencia de 61 pares de
bases denominada Ter. Las secuencias Ter son sitios de unin para una
prote!na llamada .us.
3uando una horquilla de replicacin topa con un comple6o .us0Ter se
detiene. La otra horquilla se detiene cuando se encuentra con la primera
horquilla ya detenida. Los pocos centenares de bases entre las dos horquillas
son replicados a continuacin$ mediante un mecanismo toda!"a desconocido.
#l resultado son dos cromosomas circulares entrelazados o encadenados.
La separacin de los cromosomas encadenados requiere la accin de la
topoisomerasa +>. Los cromosomas separados son segregados en las clulas
hi%a en la di!isin celular.
Aspectos especficos en la replicacin de eucariotas.
Los rasgos esenciales de la replicacin del DNA son los mismos en
eucariotas que en procariotas. (in embargo$ e+isten algunas diferencias
9 5ientras los genomas de los procariotas son circulares$ los cromosomas de
los eucariotas son lineales. La terminacin de la replicacin de los
cromosomas lineales incluye la s"ntesis de unas estructuras especiales
denominadas telmeros en los e+tremos del cromosoma.
9 Las molculas de DNA de las clulas eucariotas son considerablemente
mayores que las de las bacterias.
9 La velocidad del mo!imiento de la horquilla de replicacin en los eucariotas
)unos ,1 nucletidos por segundo< es 01 !eces inferior a la de E. coli. De
acuerdo a esto$ la replicacin de un cromosoma eucariota promedio
)apro+imadamente 0,1 millones de pares de bases<$ que transcurriera a partir
de un *nico origen de replicacin$ tardar"a un mes en completarse. (in
embargo$ este proceso solo requiere de unas horas )><. #sto se debe a que la
replicacin en eucariotas tiene lugar a partir de m=ltiples or!genes de
replicacin$ separados entre s" una distancia de entre .1.111 y .11.111 pares
de bases.
Al igual que en las bacterias$ en las clulas eucariotas hay !arios tipos de DNA
polimerasas
La DNA polimerasa G es un enzima con C subunidades. 'na de
las subunidades tiene accin primasa y la subunidad mayor
contiene la acti!idad de polimerizacin. (in embargo$ este
enzima carece de la acti!idad e'onucleasa #"#$ lo que la hace
inadecuada para la s"ntesis fiel del DNA. La DNA polimerasa G
act*a solamente en la s!ntesis de cebadores para los
fragmentos de $%aza%i de la hebra retardada.
La DNA polimerasa H presenta 6 subunidades. #ste enzima se
encuentra asociado con una prote"na por la que es estimulada$
el ant!geno nuclear de proliferacin celular ,/2NA&$ que se
encuentra en grandes cantidades en el n*cleo de las clulas en
proliferacin. La DNA polimerasa H$ que tiene acti!idad
e'onucleasa #"#$ lle!a a cabo la s!ntesis de las hebras
conductora y rezagada.
La DNA polimerasa I puede reemplazar a la DNA polimerasa H
en algunas situaciones$ como la reparacin del DNA. @uede
actuar tambin en la horquilla de replicacin$ eliminando los
cebadores de los fragmentos de $%aza%i.
@ueden tener lugar alteraciones en el DNA producidas por
agentes ambientales )modificacin qu"mica de nucletidos$
radiacin 'JA$ o+idacin...<$ defectos de s!ntesis )errores de
replicacin...<$ etc.
#s imprescindible repararlas porque la informacin gentica debe transmitirse
de manera intacta de clula a clula en la di!isin celular o la reproduccin.
La estabilidad metablica del DNA est mantenida por
0< 'n proceso de replicacin muy e+acto
6< 5ecanismos que corrigen la informacin da/ada en el DNA.
3uando no se reparan los da/os en el DNA se producen
mutaciones que pueden tener como consecuencia la muerte
celular y el c5ncer.
Algunas mutaciones no confieren da?os. (i la mutacin afecta a
DNA no esencial o tiene un efecto despreciable en la funcin de
un gen se denomina mutacin silenciosa.
Reparacin del ADN
La reparacin del DNA es posible debido a que la informacin gentica est
almacenada en las dos hebras de la doble hlice. La lesin en una cadena es
eliminada y reemplazada de forma precisa empleando la hebra
complementaria como molde.
#+isten numerosos sistemas de reparacin$ muchos de los cuales son
procesos con gran gasto energ7tico.
4res v!as de reparacin
1. (eparacin directa
2. (eparacin por escisin de bases
. (eparacin por escisin de nucletidos
Reparaci n directa
3uando se irradia el DNA con luz :> se producen fotoproductos. #ntre ellos
los d!meros de bases pirimid!nicas intrahebra estn constituidos por dos
pirimidinas unidas entre s" por un anillo de ciclobutano. Kstos se obser!an
con mayor frecuencia entre residuos adyacentes de timina. 'n segundo tipo de
d"mero$ llamado fotoproducto @0A tambin se forma durante la irradiacin 'J.
#stos d!meros de pirimidina son biolgicamente muy importantes porque la
super!i!encia del organismo a la radiacin 'J est directamente relacionada
con la capacidad del mismo por eliminar este tipo de fotoproductos.
La formacin de d"meros de timina produce la distorsin en la doble hlice y
se interrumpe la replicacin a partir de ese punto.
La reparacin directa de los d"meros de pirimidina es lle!ada a cabo por el
enzima DNA fotoliasa o enzima fotorreactivadora que repara los d"meros en
presencia de luz visible. #l enzima se une a los d"meros y utiliza la energ"a
pro!eniente de la luz absorbida para romper las uniones entre pirimidinas.
La fotoliasa contiene dos cromforos uno de ellos es el BAD9 )centro de
reaccin fotoqu"mica< y el otro es un folato )factor de captacin de luz<.
3onstituye un sistema presente en muchos eucariotas$ pero no en c7lulas
humanas.
Reparaci n por escisi n
Las DNA glucosilasas reconocen lesiones frecuentes en el DNA )los d"meros
de 4$ los productos de desaminacin de 3 y A<. La base afectada se elimina
por rotura del enlace N0 glucos!dico entre la base y el anillo de la
deso+iribosa.
Resultado <itio apur!nico o apirimid!nico en el ADN$ conocido como sitio
A/.
'na !ez formado el (itio A@$ otro grupo de enzimas debe repararlo. La A/
endonucleasa corta la cadena fosfodiester donde est el sitio A@.
La DNA polimerasa + inicia la reparacin desde el .-9:; de la mella$
eliminando una porcin de la hebra da/ada y sustituyndola por DNA nue!o.
Ainalmente la DNA ligasa sella la mella.
Reparaci n por escisi n de nucle tidos
Las lesiones que producen grandes distorsiones en la estructura del ADN se
reparan por este sistema. #sencial para la super!i!encia de los organismos.
#n general$ un enzima multim7rico hidroliza dos enlaces fosfodi7ster$ uno a
cada lado de la lesin.
#n E. coli el enzima encargado es la A;2 e'cinucleasa que rompe el quinto
enlace fosfodister en el lado .- del da/o y el octavo en direccin ,-.
#l fragmento resultante de 0690. nucletidos es eliminado por la helicasa
:vrD.
#l hueco es rellenado por la DNA polimerasa +. La DNA ligasa repara la
mella.