QUIMICA BIOLOGICA

2013

Dra. Mara de la Luz Zapata de Basilico

LABORATORIO DE MICROBIOLOGIA 1 PISO - FIQ

mbasili@fiq.unl.edu.ar

MOLECULAS BIOLOGICAS

Elementos Fundamentales para los seres vivos

H, C, N, O, Na, Mg, P, S, Cl, K, Ca

Elementos Traza esenciales para los seres vivos

Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo

B, F, Al, Si, As, Br, Sn, I, W

10 8

Abundancia Relativa (Log)

0 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90

-2

-4

-6

Nmero Atmico

Enlaces Qumicos
Enlaces Fuertes: mantienen a los tomos unidos dentro de molculas
Enlaces COVALENTES: Se comparten electrones entre tomos de una molcula.
NO POLAR si los electrones se comparten por partes iguales POLAR si se comparten en forma desigual

Enlaces dbiles: permiten interacciones entre molculas

Enlaces Inicos: entre iones positivos y negativos
R-COO+H N-R 3

Puentes de Hidrgeno: entre un tomo de hidrgeno que participa en un enlace covalente polar y otro tomo que participa en otro enlace covalente polar
R-OH NH2-R

Interacciones Hidrofbicas: las interacciones entre molculas hidrofbicas excluyen a las molculas de agua, son importantes en medio acuoso.
R-CH3 H3C-R

Patrones de enlace de los principales tomos componentes de las molculas biolgicas

EL AGUA
Es el componente ms abundante de los seres vivos
Es una molcula polar y altamente cohesiva por su capacidad de formar puentes hidrgeno En consecuencia: Posee elevados punto de fusin, de ebullicin, calor de vaporizacin y tensin superficial Es un disolvente de molculas inicas (Ej. NaCl) y de molculas polares (Ej. azcares, alcoholes, ....) Produce interacciones hidrofbicas con molculas no polares formando micelas (Ej. Aceite en agua)

FLUJO DE LA INFORMACION GENETICA

CIDOS NUCLEICOS
ADN
REPLICACIN
TRANSCRIPCIN

ARN
TRADUCCIN

Protenas

Tamaos de ADN de diferentes organismos

Nucletido
5 1 3

Bases Pricas

desoxirribosa

Bases Pirimdicas

Extremo 5

Extremo 3

Estructura Primaria Dos cadenas antiparalelas

La secuencia de bases es la caracterstica mas importante de la estructura primaria de los cidos nucleicos
5

Apareamiento de las bases por uniones Puente Hidrgeno

Vista Transversal

Las bases apareadas del DNA no son perfectamente coplanares.

Estn inclinadas una con respecto a la otra, como las palas de una hlice.

Sentido de

Sentido de

giro
levgiro

giro
dextrgiro

Estructura Secundaria
La Doble Hlice dextrgira

Ejemplo de molcula de ADN circular

ADN circular en procaritas

ADN girasa Relajado Super enrollado

SUPERENROLLAMIENTO EN EUCARIOTAS
la estructura terciaria, conduce a la formacin de los cromosomas: CROMATINA (cadena flexible de nucleosomas enlazados como las cuentas de un rosario)

NUCLEOSOMA (140 pares de bases enroscados alrededor de un octmero de protenas de carcter bsico, llamadas HISTONAS)

El siguiente nivel de organizacin se propuso como un modelo de cromatina en selenoide con dimetro de 36 estabilizado por protenas no histnicas que contiene 6 nucleosomas por cada vuelta de hlice.

Modelo Selenoidal

Proceso de replicacin del ADN

Semiconservativo y Bidireccional

Hebra Molde

Eliminacin del ARN cebador y rellenado por DNA polimerasa I

Ensamblaje por DNA ligasa

Hebra Hija Completa

Holoenzima ADN polimerasa III

Es un dmero asimtrico para poder replicar las 2 hebras del ADN parenteral en el mismo lugar y al mismo tiempo, pero de manera diferente

Subunidad dimrica que forma un anillo deslizante que permite el desplazamiento sin desprenderse del DNA

COMIENZO DE LA REPLICACIN
Helicasa
Girasa

Primasa

Hebra gua

Fragmento de Okazaki

Hebra retrasada

ADN parenteral

Hebra retrasada

Leading strand template: hebra molde Lagging strand: hebra retrasada DNA polymerase III: sintetiza ambas hebras Helicasa: desenrolla la doble hlice Primasa: sintetiza el RNA Primer o RNA cebador Single-strand DNA-binding proteins: permite las hebras molde estn disponibles para la accin de la Primasa y de la DNA polimerasa III

REPLICACIN BIDIRECCIONAL del ADN

Procariotas Eucariotas origen

origen Estadio temprano de replicacin

Estadio avanzado de replicacin Horquilla de replicacin

Replicacin completada

Los errores en la replicacin tiene una frecuencia de 109 1010

Detectados y corregidos por la actividad exonucleasa 3 5

de la DNA polimerasa I
Reparacin incorrecta del ADN
Hebra Molde

Mutacin
Bases erroneamente apareadas

CANCER

Sitio de hidrlisis de la exonucleas

DNA polimerasa I

A R N(s)
cidos Ribonucleicos

Los principales tipos de RNA celular son:

RNA mensajero: (mRNA)
es el que transporta desde el ADN la informacin especfica para la estructura primaria de las protenas

RNA de transferencia: (tRNA)

actan como adaptadores entre el lenguaje de 4 bases de los cidos nucleicos y el lenguaje de 20 aminocidos de las protenas

RNA ribosomales: (rRNA)

tienen una funcin estructural, de marco de referencia para que se fijen y ensamblen ciertas protenas y formar as los Ribosomas, una funcin cataltica en la formacin del enlace peptdico.

ADN

Transcripcin

ARN

Sntesis de la hebra de RNA sobre la Hebra Molde del ADN, mediante la RNA Polimerasa

ADN ARN

Procesos de Maduracin de los ARN mensajeros, de transferencia

Maduracin del ARN mensajero (mRNA) en

eucariotas

ATP

PP

INTRONES
Y

EXONES

Caractersticas comunes de las molculas de RNA de Transferencia (tRNA):

Son cadenas sencillas de 73 93 ribonucletidos Contienen bases poco comunes, de 7 a 15 por molcula El extremo 5 est fosforilado y generalmente la base terminal es G

La secuencia del extremo 3es CCA, el aminocido se unir a un OH de la Adenina

Aproximadamente 50% tiene bases apareadas formando doble hlice. Si embargo presenta 5 regiones no apareadas bien definidas:

* Regin terminal 3 * Lazo DHU * Lazo ANTICODON

* Lazo TC * Brazo Adicional

tARN inmaduro

Otras Bases presentes en los ARN(s)

tRNA
Estructura Espacial

tARN
Estructura Espacial

Ribosomas
Son orgnulos celulares formados 2/3 por rRNA(s) y 1/3

por Protenas Coordinan las interacciones entre los tRNA cargados con los aa y el mRNA dando como resultado la formacin de los enlaces peptdicos

Estn compuestos por 2 subunidades, una Mayor y otra Menor

La Subunidad menor contienen un rRNA (16 S) que selecciona el marco de lectura del mRNA La Subunidad mayor contiene un rRNA (23 S) que es esencial para la formacin del enlace peptdico

Ribosomas de Procariotas
Subunidades 30 S y 50 S

30 S:
RNA 16 S + 21 pptidos

50 S:
RNA 23 S + RNA 5 S + 34 pptidos

RIBOSOMAS EN EUCARIOTAS
Basicamente son semejantes a los de Procariotas
Subunidad 40 S: contiene un rRNA 18 S Subunidad 60 S: contiene 3 rRNA: 5 S, 28 S y 5,8 S (este ltimo caracterstico slo de eucariotas)

RIBOSOMA 80 S

Ribosoma
Modelizado

Ribozimas: pueden plegarse sobre si mismos y catalizar

algunas reacciones qumicas. Su estructura espacial se asemeja a la de protenas

Protena

Ribozima

Resumiendo:

ADN ARN

Traduccin

Cada regin de iniciacin, en procariotas, tiene una secuencia rica en purinas situada a ms de 25 nucletidos de distancia del extremo 5

Ejemplos de conservacin de la secuencia

CODIGO GENTICO
(F. Crick & S. Brenner, 1961)
Un grupo de 3 bases del ADN: CODON, codifica para 1 amino cido (aa) Es universal: basicamente es el mismo en virus, bacterias y eucariotas. Lo que permite por Ej. Que el ADN recombinante humano pueda ser ledo por sistemas bacterianos No presenta solapamientos ni espacios en blanco

ABCDEFGHIJKL
aa 1 aa 2 aa 3 aa 4

secuencia de bases

 De los 64 tripletes posibles 61 codifican para aminocidos, los 3 restantes indican finalizacin de la lectura del RNA m (seales de stop)

A ciertos aa le corresponden mas de un codon:

Ej.: Leu, Arg, Ser le corresponden 6 codones a c/u La degeneracin del Cdigo Gentico, reduce al mnimo los efectos nocivos de errores y/o mutaciones Las excepciones de la universalidad del Cdigo se observan en mitocondrias y protozoos ciliados

Smbolos de los AMINOCIDOS

Alanina Arginina

Ala Arg

A R

Asparagina
c. Asprtico Cistena Glutamina

Asn
Asp Cys Gln

N
D C E

c. Glutmico
Glicocola

Glu
Gly

E
G

Histidina
Isoleucina

His
Ile

H
I

Leucina
Lisina

Leu
Lys

L
K

Metionina
Fenilalanina

Met
Phe

M
F

Prolina
Serina

Pro
Ser

P
S

Treonina
Triptofano

Thr
Trp

T
W

Tirosina
Valina

Tyr
Val

Y
V

Cdigo Gentico

La base vacilante del anticodn es el extremo 5 que forma un enlace de hidrgeno con la ltima base del codn del mRNA

Reparacin de Errores
Por escincin de nucletidos:
Por Ej de un dmero de Timina, mediante la accin secuencial de una enzima especfica, la DNA polimerasa I y una DNA ligasa

Reparacin de Errores
De emparejamientos incorrectos Ej. G-T en E. coli Reconocimiento mediante protenas especficas, escincin y eliminacin de una porcin de la hebra que contiene la base erronea, resntesis del fragmento por DNA polimerasa III