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El ser humano ha logrado propiciar en unos pocos siglos cambios que de no haber sido por este se hubiesen conservado por miles o millones de aos. Las consecuencias de estos cambios estn todava por verse. Algunos de los efectos de las actividades o interaccin humana con los ecosistemas son: Destruccin y fragmentacin de hbitat. Cambio climtico. Contaminacin. Especies introducidas. Sobreexplotacin.
Respecto a la flora en su mayora corresponde al grupo llamado sabana y bosque tropical, en este ltimo predominan especies como el huanacaxtle, cedro, caoba, mangle, palmera y los amates. En la zona del altiplano prevalece la vegetacin del tipo bosques mixtos de pino-encino y de otras variedades como el fresno y el nogal. En la zona serrana sobresalen las conferas, vegetacin de clima templado.
El estado cuenta con grandes recursos naturales, el litoral del sur tiene playas con caractersticas que satisfacen al gran turismo; el vasto litoral le hace poseer inmensos recursos pesqueros de captura y las posibilidades de desarrollo de la acuacultura. La Llanura Costera del Pacfico presenta suelos de alta productividad que actualmente tienen un papel muy importante en la produccin de alimentos. Son relevantes los recursos forestales y las zonas de pastizales para la explotacin ganadera. Adems se tienen yacimientos de minerales varios.