Antes del comienzo preliminar de Iquitos, existió un conjunto de “reducciones”
entre 1638 a 1769, donde varias tribus indígenas, entre ellas los iquitos, fueron albergadas y administrada por misioneros jesuitas, perteneciente a la orden religiosa de la Compañía de Jesús. El catolicismo es la religión más predominante, quitos también es hogar de una comunidad peruano-judía que practica el judaísmo, y que asiste a sinagogas. La Iglesia Adventista del Séptimo Día también está presente en Iquitos, y existen templos dedicados a su práctica.