Curso de Biotecnologia Médica -- 2011

FARMACOGENÓMICA

Benjamín Paz Aliaga

Profesor Principal de la Facultad de Ciencias
Farmacéuticas, Bioquímicas y Biotecnológicas.
UCSM, Arequipa
FARMACOGENETICA
La observación documentada que
la respuesta de los individuos a
los fármacos depende de la
estructura de los genes se
reconoció hace más de 50 años y
marcó el nacimiento de la
farmacogenética
FARMACOGENOMICA
 Posteriormente, en los
últimos años y gracias al
desarrollo del Proyecto
Genoma Humano llegamos
a la farmacogenómica
El reto de la farmacogenómica es:

Dilucidar los determinantes

genéticos que tienen que ver con la
respuesta de los individuos a los
fármacos
HISTORIA DE LA
FARMACOGENOMICA (I)
La primera observación relacionada a la
farmacogenética fue hecha por Pitágoras en Crotona
(500 años AC).
Durante la Segunda Guerra Mundial se encontró que
algunos soldados negros a quienes se les administró
profilácticamente primaquina, como antimalárico,
desarrollaban anemia hemolítica.

Años después se demostró que las diferencias

interindividuales e interraciales en la actividad de la
enzima glucosa 6 fosfato deshidrogenasa explicaba lo
anterior. (Carson, 1956)
HISTORIA DE LA
FARMACOGENOMICA (II)

Desde ese momento quedó establecida la

presencia frecuente de reacciones
inesperadas de sensibilidad, toxicidad y
resistencia a fármacos a pesar de seguir
rigurosamente los esquemas de tratamiento.
Se demostró que en algunos casos estas
respuestas inesperadas podían ser muy
graves, como en el caso de la warfarina,
codeina, azatiopurinas, etc.
HISTORIA DE LA
FARMACOGENOMICA (III)

En 1956 Kalow describe las bases genéticas de la

deficiencia de la colinesterasa que explicaba una
serie de respuestas anormales a ciertas drogas.

En 1959 se acuña el término de

FARMACOGENETICA (Friederich Vogel) para
explicar las diferencias entre individuos y razas
en cuanto al metabolismo de drogas
HISTORIA DE LA
FARMACOGENOMICA (IV)
En 1960 , Price Evans caracteriza el polimorfismo en la
acetilación de ciertas sustancias

A fines de los 80’ se hace el clonaje y la caracterización del

primer gen humano cuyo polimorfismo afectaba el
metabolismo de algunos fármacos.

En los 90’ se avanzó mucho en el conocimiento de los genes

responsables de las diferencias hereditarias en el metabolismo
y la acción de las drogas. Se encontró el polimorfismo en los
genes que codifican para transportadores y blancos de drogas
HISTORIA DE LA
FARMACOGENOMICA (V)
El término de FARMACOGENOMICA es de
reciente adquisición y es usado para incorporar
todo el conocimiento existente en torno a las
diferencias genéticas en los sistemas de
transporte, metabolismo de drogas y a la
estructura y afinidad de los receptores.

Mientras la genética estudia los genes individuales

y sus efectos, la genómica (acuñado hace dos
décadas) estudia el genoma entero.
 BIOQUIMICA

BIOLOGIA
MOLECULAR GENETICA
ING.
GENETICA
FA
RM
AC
OG FARMACOLOGIA
GENOMICA EN
OM
IC
A
GENES Y DROGAS

UN GEN UNA DROGA

VARIOS GENES UNA DROGA

 POLIMORFISMO DE TIPO
MONOGENICO

AZATIOPURINA Y
MERCAPTOPURINA

EN LOS DEFICIENTES EN TPMT TPMT (Tiopurina S-

SE ACUMULAN AZATIOPURINA Y metil transfersa)
MERCAPTOPURINA Y DETERMINA
SUPRESION HEMATOPOYETICA

6-METIL MERCAPTOPURINA
(METABOLITO INACTIVO)
TIOPURINA METIL TRANSFERASA
TPMT (thiopurine (TPMT)
methyl transferase)

Polimorfismo alèlico

A
C
T
I Baja Intermedia Alta muy alta
V TPMT TPMT TPMT TPMT
I 1/300 11% 89%
D
A
D

Supresion Alto Riesgo bajo Muy bajo

medular riesgo de riesgo y
osea severa supresiòn respuesta
medular pobre
++ --
RESPUESTA CLINICA
 FASE I FASE II

X1 CONJUGACION

X2 oxidación
X3
reducción CONJUGACION
X4
hidrólisis

EXCRECION

METABOLISMO DE LOS XENOBIOTICOS

CONSECUENCIA DEL
METABOLISMO DE LAS DROGAS
 Se forman productos inactivos
 Se forman metabolitos activos
 Se forman metabolitos de acción similar a la
droga padre
 Se forma una droga más activa que la droga
padre
 Aparece una nueva acción
 Aparecen metabolitos tóxicos
 LA PRINCIPAL ENZIMA QUE OXIDA A LOS
XENOBIÓTICOS ES EL CITOCROMO P450
 En 1955 se descubrió el citocromo P450, como
la principal enzima que oxida a los
xenobióticos.
 Esta enzima tiene requerimientos de tanto un
oxidante ( oxígeno molecular) y un reductor que
es el NADP reducido (NADPH + H).
 Por la razón anterior fue denominada como
oxidasa de función mixta
Funcionamiento del Citocromo P-450 en el
metabolismo ( oxidación) de los fármacos
 Citocromo P450
Reductasa

2 e-
Citocromo b5
NADPH FAD 2e - ?

FMN 2 e-
Fe

Fe

Citocromo P450

Componentes del Sistema Citocromo P450 del

Retículo Endoplásmico ( microsomal )
ISOENZIMAS DEL CITOCROMO P-450

Nomenclatura
Raíz: CYP
•Familia: CYP 2
•Subfamilia: CYP 2D
•Gen individual: CYP 2D6
Todas los isoenzimas de CYP de la misma familia
tienen por lo menos una semejanza estructural
del 40%, y de ellos, para la misma subfamilia,
tienen una semejanza estructural de al menos
60%
Isoenzimas del P450 más activas
Más el de 90% de la oxidación de drogas en
humanos es debido a seis isoenzimas del Citocromo P-450
•1A2 2C9
•2C19 * 2D6 *
•2E1 3A4 **
* Muchos antidepresivos y medicaciones antipsicóticas son
metabolizadas por CYP 2C19 o CYP 2D6. Esto da lugar a
menudo a interacciones droga-droga con significado clínico, al
tratar un individuo (e.g. depresión psicopática)con un
antidepresivo y un antipsicótico.
CITOCROMO P450 3A
 RESPONSABLE DEL METABOLISMO DE:
 La mayoría de bloqueadores de los canales de calcio
 La mayoría de benzodiazepinas
 La mayoría de inhibidores de la proteasa del HIV
 La mayoría de inhibidores de la HMG reductasa
 Ciclosporina
 La mayoría de antihistamínicos no sedantes
 Es el más abundantemente expresado (CYP3A4)

 Presente en el intestino e hígado

INDUCTORES E INHIBIDORES DEL
CYP3A

INDUCTORES: INHIBIDORES:
Carbamazepina Ketoconazole
Rifampina Itraconazole
Rifabutina Cimetidina
Ritonavir Eritromicina
CITOCROMO P450 2D6
 Ausente en el 7% de caucásicos
 Hiperactivo en un 30% de africanos del este
 Inhibido por:
 Fluoxetine, Haloperidol, Paroxetine, Quinidina,etc.
 Cataliza el metabolismo de:
 Codeina
 Muchos beta bloqueadores
CITOCROMO P450 2C19

 Ausente en 20 a 30% de asiáticos

 Ausente en 3 a 5% de caucásicos
 Metaboliza : Diazepán, Omeprazole y Fenitioina
 Inhibido por: Isoniazida y Omeprazole
 CITOCROMO
P450

METABOLISMO
DEL ALCOHOL
there are over 1.4 million single
nucleotide polymorphisms (SNPs) in
the human genome, with over 60 000
of these residing in the coding region
of human genes, and the number of
SNPs will grow as more humans are
studied. Some of
LOS SNPS
 Variaciones que ocurren en la secuencia del ADN
cuando un solo nucleótido está alterado
 Deben estar presentes por lo menos en un 1% de la
población para ser considerados un SNPs
 Ocurren cada 300 bp a lo largo de los tres mil
millones de pares de bases que tiene el genoma
humano
 Puede no tener efecto sobre la función celular pero
algunos pueden determinar riesgo de enfermedad o
variaciones en la respuesta a las drogas
LOS SNPS EN LOS CROMOSOMAS

SNP

Chromosome

Gene
IDENTIFICACION Y DETECCION DE LOS SNPS

• Si el SNPs crea o elimina un palíndromo lo

puedo detectar por RFLP ( usando southern
blotting)
• Si se conoce la secuencia del SNPs se puede usar
PCR para detectarlo en una población
• Si no se conoce la secuencia se puede usar PCR
para amplificar la región de interés y secuenciar
el producto
Genetic polymorphism of
CYP2C9 and CYP2C19 in a
quechua peruvian population.

Carpio José, Paz Benjamín

and López Marco
IDENTIFICACIÓN DE LOS
POLIMORFISMOS DE
NUCLEOTIDO ÚNICO (SNP) DEL
CITOCROMO P450 : CYP2C9 Y
CYP2C19 EN LA
FARMACOGENOMICA DE UNA
POBLACIÓN QUECHUA DEL
PERÚ
Tesis de José Carpio. UCSM 2010
Genetic polymorphism of
CYP2C9 and CYP2C19 in a
quechua peruvian pupulation.
Carpio José, Paz Benjamín and López Marco
OBJETIVO
 IDENTIFICAR LOS SNPs DE
LOS ALELOS *2 Y*3 DE
CYP2C9 Y CYP2C19
MEDIANTE LA TÉCNICA DEL
RFLP Y PCR A TIEMPO REAL
Genetic polymorphism of
CYP2C9 and CYP2C19 in a
quechua peruvian population.
Carpio José, Paz Benjamín and López Marco
METODOLOGÍA
Recolección y Toma de
Muestras.

La Recolección de Muestras se
realizó en la Comunidad de
Cantería, Provincia de Lampa,
Puno.
Ubicada en la zona centro
occidental de Puno.
A una altitud de 3930 m.s.n.m.

 Se realizaron frotices en la
parte interna de la boca, con la
ayuda de un Citocepillo estéril.
Se usé el método de lasa perlas magnéticas para el aislamiento y
purificación del ADN de las células de la mucosa oral
IDENTIFICACIÓN DEL POLIMORFISMO DE NUCLEÓTIDO
ÚNICO (SNP), CYP2C19 EN UNA POBLACIÓN QUECHUA.

Población Nº de sujetos *1 *2 *3 P de Chi Cuadrado

Estudiada
CYP2C19

Quechuas Peruanos 60 97.22 (95-100) 2.78 (3-5) 0.0(0)

Bolivia 778 92.2(91-93) 7.8(6-9) 0.1(0-0.4) < 0.00 s

Indios nativos de 114 80.9(75-86) 19.1(14-25) 0.0(0-2) < 0.00 s

Canadá

Germano 328 84.0(81-87) 15.9(13-19) 0.2(0-1) < 0.00 s

Portugués 153 87.0(83-90) 13.0(10-17) 0.0(0-2) < 0.00 s

Japonés 217 61.8(44-56) 27.4(23-44) 10.8(8-14) < 0.00 s

Chino 121 50.0(44-56) 45.5(39-52) 4.5(2-8) < 0.00 s

Egipto 114 88.8(86-92) 11.0(8-14) 0.2(0-1) < 0.00 s

Aborígenes 227 50.1(45-55) 35.5(31-40) 14.3(11-18) < 0.00 s

australianos

Comparación de la Frecuencia Alélicas de los Polimorfismos de Nucleótido Único (SNPs) CYP2C19 con
otras poblaciones. NS = no significativo
 MEDICINA PERSONALIZADA
CYP2C9 tipo 1 (*1)
 El 91.7% METABOLIZA RÁPIDAMENTE :
Antiinflamatorios No esteroideos como:
Ibuprofeno, Naproxeno, Piroxican y
Paracetamol.
Antiepilépticos como: La Fenitoina
Anticoagulantes como: La S-warfarina.

CYP2C9 tipo 3 (*3)

 El 8.3%METABOLIZADOR LENTO :
El CYP2C9 tipo 3 (*3) al parecer es el
alelo de mayor riesgo hemorrágico,
requiriéndose así de dosis menores de
anticoagulantes como la S-warfarina y
Acenocumarol por tener complicaciones
hemorrágicas.
 CYP2C19 TIPO 1(*1)

 El 95% son METABOLIZADORES

RAPIDOS de:
El Enalapril, Captopril, Lozartan y
Propranolol, utilizados en el tratamiento de
la Hipertensión Arterial.
También metaboliza el Diazepam, usado
para tratar estados de ansiedad y tensión.

CYP2C19 TIPO 2 (*2)

 El 5% son Metabolizadores lentos para:

Anticoagulantes como el Clopidogrel que
inhibe la formación de coágulos en la
enfermedad arterial coronaria, enfermedad
vascular periférica, y enfermedad
cerebrovascular.
CONCLUSIONES

1.Se ha identificado en el SNP CYP2C9 los alelos *1 y *3. La frecuencia alélica de *1 y

*3 fue de 95.0% y 5.0% respectivamente, no habiéndose encontrado en esta
población el alelo *2.

2. Para el SNP CYP2C19 se logro identificar los alelos *1 y *2, además de sus variantes
genotípicas *1/*1 y *1/*2. La frecuencia alélica de *1 y *2 fue de 97.22% y 2.78%
respectivamente, no habiéndose encontrado en esta población el alelo *3.

3.La técnica de PCR en tiempo real y la PCR convencional son herramientas

confiables, altamente sensibles y especificas en el estudio de las variantes alélicas
del citocromo P450 y que se relacionan con el metabolismo de fármacos.
4. Se obtuvo una calidad de DNA entre 1.5 y 2.0 unidades y una concentración de
DNA entre 90.0 y 120.0 ng/ul, todas las muestras estuvieron libres de
contaminantes.

5. Concluimos que al comparar la técnica de PCR en tiempo real con la de RFLPs

para el diagnóstico de CYP2C9 *2 y *3, estas técnicas muestran concordancias en
los resultados.
 En un futuro muy cercano
podremos ofrecer:

 El Medicamento Adecuado
 Para el Paciente Adecuado
 Para la Enfermedad
Adecuada
 En el Tiempo Adecuado
 Con la Dosis Adecuada
Table 4
Partial list of recent publications in which one or very few SNPs “are associated with” a complex disease, also
termed multiplex phenotype (P-values between <0.05 and 0.001).a

Phenotype Gene P value(s) Reference

Lung cancer and NQO1 0.048 (Rosvold et al., 1995)

smoking

Induced CYP1A2 CYP1A2 <0.05 (Nakajima et al., 1999)

metabolic activity

Risk of colorectal SULT1A1 0.009 (Bamber et al., 2001)

cancer

Myocardial infarction GCLM <0.001 (Nakamura et al., 2002)

Ethnic differences in ADRA2C, ADRB1 <0.001, 0.004 (Small et al., 2002)

risk of heart failure
Successful weight reduction by sibutramine GNB3 0.031, 0.004 (Hauner et al., 2003)

Vulnerability to illegal drug abuse HTR2B 0.0335 (Lin et al., 2004)

Caffeine metabolism CYP1A2 0.036, 0.038 (Chen et al., 2005)

Risk of young onset, late onset Parkinson disease NAT2 0.003 (Chaudhary et al., 2005)

Coffee intake and risk of myocardial infarction CYP1A2 0.04 (Cornelis et al., 2006)

Smoking and obesity in prostate, lung, colorectal and DRD2 0.02, 0.007 (Morton et al., 2006)
ovarian cancer patients

Antidepressant efficacy in depression patients GNB3 0.02, 0.03 (Wilkie et al., 2007)

Risk of aspirin-intolerant asthma PTGER2, PTGER3, PTGIR, TBXA2R 0.023, 0.038 (Kim et al., 2007)

Gefitinib responsiveness in non-small-cell lung cancer EGFR 0.014, 0.029 (Han et al., 2007)

Risk of atherosclerosis CYP2J2 0.036 (Lee et al., 2007)

Risk of toxic liver injury ABCC2 0.04 (Choi et al., 2007)

Risk of primary lung cancer ERCC1 0.034 (Ma et al., 2007)

Induction of extrapyramidal symptoms by RGS2 0.003, 0.009 (Greenbaum et al., 2007)

antipsychotics

Fracture risk (bone mass) after estrogen treatment P2RX7 <0.01, 0.02 (Ohlendorff et al., 2007)
 James S. Green, PharmD, MSEd, MBA, d Laura A. Adams, PharmD,e Robert B. Squire,
abc

PharmD,f Grace M. Kuo, PharmD, MPH,gh and Alan McKay, PhDd

Am J Pharm Educ. 2010 February 10; 74(1): 7.
Pharmacogenomics in the Curricula of Colleges and Schools of Pharmacy in
the United States
John E. Murphy, PharmD,