Diversidad y Ecologa

Microbiana
UNIDAD 1

Biodiversidad
La biodiversidad o diversidad biolgica es la variedad de
la vida. Este reciente concepto incluye varios niveles de la
organizacin biolgica. Abarca a la diversidad de
especies deplantas,animales
ymicroorganismos(bacterias, hongos, arqueas,
protozoos,etc) que viven en un espacio determinado, a
suvariabilidad gentica, a losecosistemasde los
cuales forman parte estas especies y a
lospaisajesoregionesen donde se ubican los
ecosistemas. Tambin incluye los procesos ecolgicos y
evolutivos que se dan a nivel de genes, especies,
ecosistemas y paisajes.
En cada uno de los niveles, desde genes hasta paisaje o
regin, podemos reconocer tres atributos: composicin,
estructura y funcin.

Biodiversidad/Diversidad
Biolgica
El concepto fue acuado en 1985, en
el Foro Nacional sobre la Diversidad
Biolgica de Estados Unidos.
Edward O. Wilson (1929 - ),
entomlogo de la Universidad de
Harvard y prolfico escritor sobre el
tema de conservacin, titul la
publicacin de los resultados del foro
en 1988 como Biodiversidad.

Importancia de la diversidad
Aumenta la estabilidad del
ecosistema.
Interviene en varios procesos del
ecosistema (e.g., productividad,
reciclaje de nutrientes).
Provee servicios para los humanos.
Las especies forman parte de la
cadena trfica y flujo de energa del
ecosistema.

Dos componentes
de la diversidad
Riqueza = cantidad de especies en
un rea (densidad de especies).
Equitabilidad /Equitatividad=
medida de la distribucin de la
abundancia de las especies.
Los ndices de diversidad intentan
medir:
Riqueza
Equitabilidad/Equitatividad
Riqueza + equitabilidad (p. ej., ndice de
Shannon)

Cmo medirla?
Riqueza , Equitabilidad
Muestra 1

Muestra 2

Especie1

300

20

Especie 2

335

49

Especie 3

365

931

Total N
Individuos

1000

1000

Los microorganismos
Microorganismo es un trmino que incluye distintas
formas de vida que comparten la caracterstica
comn de tener un tamao menor de 200 m. Estas
formas de vida pueden pertenecer a cualquiera de
los tres dominios de la vida que existen en nuestro
planeta, Archaea, Bacteria y Eukarya (Woese et al.,
1990), e incluye desde procariotas (bacterias y
arqueas) hasta eucariotas (algas y protistas
fagotrofos), tanto auttrofos como hetertrofos.
Asimismo, se incluyen dentro del mbito del estudio
de la Microbiologa los virus y otros agentes
subvricos que no presentan estructura celular.

Bacteria
Eukarya

Archaea

LUCA
Last Universal Common
Ancestor

Comunidades Microbianas
La comunidad microbiana es asumida como un
ensamblaje de poblaciones de microorganismos que
interaccionan entre ellas y con el ambiente, espacial y
temporalmente.
Estas interacciones dependen de las poblaciones que la
conforman y la distribucin de las mismas en el espacio,
confirindole a la comunidad atributos mediante los
cuales es caracterizada en estructura y funcin.
La estructura de la comunidad puede ser medida y
descrita en trminos de composicin de especies
(diversidad), las cuales cumplen con funciones
especializadas dentro del ecosistema.

Comunidades
Microbianas

Diversidad microbiana
En trminos de conocimiento, la diversidad microbiana
constituye un captulo de naturaleza multidisciplinaria
que cruza lateralmente por variadas disciplinas
cientficas sistemtica, ecologa, bioqumica, biologa
molecular, etc, las cuales sirven como soporte cientfico
para el desarrollo de la investigacin dentro de los
programas de manejo, conservacin y uso sostenible de
los recursos biolgicos.
Estos programas pueden soportar los proyectos de
inventarios, estudios ecolgicos a largo plazo ,
etnomicrobiologa, bioprospeccin, restauracin de
paisajes y biotecnologa que se llevan a cabo en
diversas instituciones cientficas.

Importancia de la Diversidad
Microbiana
Los microorganismos son un grupo hiperdiverso de
importancia biolgica por su antigedad en el
planeta, participacin en los ciclos biogeoqumicos,
interaccin con otros grupos de organismos y
porque constituyen una fuente de innovacin en
biotecnologa y de estabilidad para los ecosistemas.
Los microorganismos son excelentes bioindicadores
climticos y antropognicos por ser sensibles a los
cambios ambientales, . Adems, son la base de la
cadena trfica y repercuten en la calidad de vida
humana y de otros grupos biolgicos.

Importancia del estudio de la

Diversidad Microbiana

El nmero de procariotas y la cantidad total de su carbono

celular en la tierra se estima es 4-6 1030 clulas y 350550 Pg deC (1 Pg = 1015g).
As la cantidad total del carbono procariota es el 60-100%
del total de carbono estimado para las plantas y la
inclusin del carbono procariota en los modelos globales
doblara el estimado de la cantidad de carbono
almacenada en los organismos vivientes.
Los procariotas del planeta contienen adems 85-130 Pg
N y 9-14
PgProkaryotes:
de P, ( 10 The
veces
msmajority.
de este PNAS
nutriente
que
W.B. de
Whittman
et al.
unseen
Vol 95:6578-6583

Diversidad de microorganismos en
el suelo
Los microorganismos del suelo
representan un enorme reservorio de
diversidad gentica, un significante
reservorio de nutrientes y un
catalizador de las transformaciones
de nutrientes.

Factores que afectan la biodiversidad

del suelo

Varias estimaciones del nmero de especies microbianas

en el suelo

Soil ecosystem
parameter

Biodiversity

C-cycling

N-cycling

Microbial indicator

Ready-to-use methods

Future methods

Genetic diversity

PCR-DGGE

Functional diversity

BIOLOGTM

T-RFLP
Enzyme patterns
Diversity of mRNA
Oligo-/copiotrophs

Marker lipids

PLFA

Soil respiration

CO2-production or O2consumption

Metabolic quotient (qCO2)

C resp/Cbiomass

Decomposition of organic matter

Litterbags

Soil enzyme activity

Enzyme assays

Methane oxidation

Methane measurements

Methanotrophs

MPN PLFA

N-mineralisation

NH4 +-accumulation

Nitrification

NH4 +-oxidation assay

Denitrification
N-fixation: Rhizobium
N-fixation: Cyanobacteria
Microbial biomass: Direct methods
Microbial biomass: Indirect methods

Microbial biomass

Microbial quotient
Fungi

Wood sticks

FISH

Acetylene inhibition assay

Pot test
MPN Nitrogenase activity

Molecular methods

Microscopy PLFA
CFI,CFE SIR
Cmicro / Corg
PLFA Ergosterol

Fungal-bacterial ratio

PLFA

Protozoa

MPN

Bacterial DNA synthesis

Thymidine incorporation

MPN-PCR

Componentes del estudio de la

Diversidad Microbiana
La diversidad de la comunidad
microbiana puede ser mejor
interpretada utilizando tres enfoques:
diversidad taxonmica,
diversidad gentica
diversidad funcional.

Diversidad Taxonmica, Gentica y

Funcional
La diversidad taxonmica se refiere a la riqueza o nmero total de
especies de microorganismos que se encuentran en un lugar
determinado.
La diversidad gentica se refiere al conjunto total de genes presentes
en los microorganismos de un lugar determinado. Estos genes
expresan un potencial de las capacidades metablicas de ese
ambiente y puede estimarse segn el nmero de genomas distintos
presentes.
La diversidad funcional comprende el conjunto de capacidades
metablicas microbianas presentes en un ambiente. Esta es una
informacin que no repara en taxa y no requiere de conocimientos
detallados acerca de la identidad de los microorganismos
involucrados, pero expresa su actividad fisiolgica dentro del
ecosistema.

Cmo cambian los genes en

los microorganismos?

El 24% de la arquea Termotoga maritima

tiene homlogos a protenas de
bacterias termfilas

Diversidad funcional de los

microorganismos
Es el nmero, tipo, actividades y tasa a las
cuales son utilizados una serie de
sustratos por las comunidades
microbianas.
Actividades enzimticas como indicadores
de la diversidad funcional.
Nexo con los procesos que estabilizan el
ecosistema
Alcance a los microorganismos no
cultivables

Grupos funcionales de microorganismos en

un suelo cultivado

http://youtu.be/IHEvdUn
6VWk

ffff

Appl Microbiol Biotechnol (2002) 59:125

134

Un consorcio microbiano: un grupo

funcional
Consorcio: Es el conjunto de
microorganismos ms directamente
relacionados que tienen una
caracterstica funcional comn, ejm:
contribuyendo cada uno con sus
enzimas para completar una va
metablica.

Diversidad de los procariotas

marinos
Hoy en da todava no es posible el aislamiento y
crecimiento en cultivo puro de la mayor parte de los
procariotas presentes en el medio marino.
El estudio de genes que pueden ser directamente
amplificados a partir de la biomasa procaritica
presente en la muestra marina, representa la mejor
herramienta para el estudio microbiano de este
ambiente.
Muchos microorganismos del ambiente marino viven en
simbiosis o en algn tipo de interaccin con la flora y
fauna marina.
Varios de los productos marinos de utilidad en medicina
tienen su origen metablico en la accin microbiana.

La mayora sino todos los invertebrados marinos albergan microorganismos

que incluyen bacterias, cianobacterias y hongos en sus tejidos en donde ellos
residen en el espacio intra o intercelular. En algunos casos los microorganismos
asociados constituyen ms del 40% de la biomasa del invertebrado. As tambin
muchos microorganismos constituyen el alimento de los invertebrados
incorporndoles nutrientes y en varios casos los precursores de los compuestos

Red trfica ocenica y rol de los

Nmero de procariotas en ambientes

acuticos

Microorganismos no cultivables, parte

importante de la Diversidad microbiana

Por qu algunos microorganismos

no son cultivables?

Cultivo y deteccin de microorganismos

Cultivo en mnima cantidad
de nutrientes
Incubaciones largas (30d)
Proteccin contra perxidos
Incluir cidos hmicos en el
medio y compuestos de
sealizacin.
Ambiente aerbico
Ambiente hipxico (1-2%
O2)
Ambiente anxico
Con 5% de CO2

Stevenson et al., New Strategies for Cultivation and Detection of Previously Uncultured Microbes (2004)
Appl Environ Microbiol, 70, 4748- 4755

Cultivo de microorganismos en microgotas

encapsuladas en gel

Construccin
de libreras
metagenmic
as
El trmino
metagenmica se
refiere al anlisis
genmico de
comunidades
microbianas,
independiente de
cultivo, en un nicho
ambiental particular.

Handelsman. Microbiol. Mol. Biol.

Rev. 2004, 68(4):669.

Bioprospeccin
Donde buscar?

Cmo buscar?

Bioprospeccin
La bioprospeccin es la bsqueda sistemtica,
clasificacin e investigacin para fines
comerciales u holsticos de nuevas fuentes de
compuestos qumicos, genes, protenas,
microorganismos y otros productos con valor
econmico actual o potencial, que forman parte
de la biodiversidad.
Tambin se define como la bsqueda dirigida de
(micro)- organismos con capacidades econmicas
tiles, como la produccin de nuevos frmacos
(antibiticos), enzimas, nutrientes, etc.

Bioprospeccin
Diseo de estrategia de muestreo
( al azar o rerpresentativa)
Escala ( macro vs microambiente)
Ambientes extremos
Productos buscados (Impacto en el
mercado)
Mtodos de cultivo
Herramientas moleculares