Introduccin a la Bioinformtica

Dr. Eduardo A. RODRGUEZ TELLO

CINVESTAV-Tamaulipas

16 de mayo del 2013

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Introduccin a la Bioinformtica

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Bioinformtica Introduccin Qu es bioinformtica? Un poco de historia Datos biolgicos Objetivos mbito Aplicaciones prcticas reas de investigacin Limitantes

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Bioinformtica

Introduccin

Bioinformtica Introduccin Qu es bioinformtica? Un poco de historia Datos biolgicos Objetivos mbito Aplicaciones prcticas reas de investigacin Limitantes

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Introduccin

Bioinformtica

Introduccin

Las herramientas cuantitativas son indispensables en la biologa moderna

Actualmente la mayora de la investigacin biolgica implica la aplicacin de algn tipo de matemticas, estadstica, o de herramientas computacionales Esto con el n de ayudar a sintetizar los datos registrados e integrar diversos tipos de informacin en el proceso de responder a una pregunta biolgica

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Introduccin

Bioinformtica

Introduccin

Por ejemplo, la enumeracin y la estadstica son necesarias para evaluar los experimentos cotidianos de laboratorio, como contar colonias de bacterias

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Introduccin

Bioinformtica

Introduccin

Un ejemplo clsico en la historia de la gentica es el de Gregor Mendel (Austria, 1866) y Thomas Morgan (USA, 1910) Quienes al contar variaciones genticas de plantas y moscas de la fruta, fueron capaces de descubrir los principios de la herencia gentica

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Introduccin

Bioinformtica

Introduccin

Un uso ms elaborado de instrumentos cuantitativos puede implicar el empleo de clculo diferencial, por ejemplo para establecer un modelo cintico de la catlisis enzimtica

O el uso de un gran nmero de ecuaciones diferenciales parciales no lineales para modelar el ujo sanguneo cardaco
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Introduccin

Bioinformtica

Introduccin

Evidente las herramientas matemticas y computacionales hoy en da se han convertido en parte integral de la investigacin biolgica Sin embargo, ninguno de los ejemplos mencionados del uso de herramientas cuantitativas en biologa pueden ser considerados como parte de la bioinformtica A continuacin describiremos a detalle qu es la bioinformtica

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Bioinformtica

Qu es bioinformtica?

Bioinformtica Introduccin Qu es bioinformtica? Un poco de historia Datos biolgicos Objetivos mbito Aplicaciones prcticas reas de investigacin Limitantes

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Qu es bioinformtica?

Bioinformtica

Qu es bioinformtica?

La bioinformtica es un rea de investigacin interdisciplinaria: matemtica aplicada, estadstica, ciencias computacionales, inteligencia articial, qumica y bioqumica

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Qu es bioinformtica?

Bioinformtica

Qu es bioinformtica?

Estudia el desarrollo de mtodos computacionales y tcnicas estadsticas para resolver problemas prcticos y tericos derivados del almacenamiento, extraccin, manipulacin y distribucin de informacin relacionada con datos biolgicos (principalmente de macromolculas)

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Bioinformtica

Un poco de historia

Bioinformtica Introduccin Qu es bioinformtica? Un poco de historia Datos biolgicos Objetivos mbito Aplicaciones prcticas reas de investigacin Limitantes

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Un poco de historia

Bioinformtica

Un poco de historia

El desarrollo de la bioinformtica es el resultado de los avances tanto en biologa molecular como en ciencias computacionales a lo largo de los ltimos 30-40 aos Haremos un resumen de los eventos que han tenido mayor impacto en el desarrollo de la bioinformtica

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Un poco de historia

Bioinformtica

Un poco de historia

Tiene su origen en los aos 1950s cuando se logr comprender la estructura tridimensional del ADN, la molcula responsable de transmitir la herencia gentica
Mayo de 1952, Rosalind Franklin obtiene la famosa fotografa 51, una imagen del ADN obtenida mediante difraccin de rayos X Abril de 1953, James D. Watson y Francis Crick reportan la estructura tridimensional del ADN (modelo de doble hlice)

http://en.wikipedia.org/wiki/Rosalind_Franklin Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Introduccin a la Bioinformtica 16 de mayo del 2013 14 / 37

Un poco de historia

Bioinformtica

Un poco de historia

Probablemente el primer proyecto Bioinformtica fue llevado a cabo por Margaret Dayhoff en 1965, quien desarroll la primera BD de secuencias de protenas

Imgenes tomadas de Wikipedia Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Introduccin a la Bioinformtica 16 de mayo del 2013 15 / 37

Un poco de historia

Bioinformtica

Un poco de historia

Al inicio de los aos 1970, el Laboratorio Nacional de Brookhaven (USA) estableci el Banco de Datos de Protenas para almacenar estructuras de protenas en 3D (12 al inicio, 90,611 al da de hoy)

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Un poco de historia

Bioinformtica

Un poco de historia

El primer algoritmo para alineamiento de secuencias fue desarrollado por Needleman y Wunsch en 1970 Este fue un paso fundamental en el desarrollo del campo de la bioinformtica, que abri el camino para las comparaciones de secuencias y bsquedas en BD de rutina realizadas por los bilogos modernos El primer algoritmo para prediccin de estructuras de protenas fue desarrollado por Chou y Fasman en 1974 Los aos 1980 vieron el establecimiento del GenBank y el desarrollo de rpidos algoritmos para bsquedas en BD como FASTA de William Pearson y BLAST de Stephen Altschul et al.

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Un poco de historia

Bioinformtica

Un poco de historia

El inicio del proyecto del genoma humano a nales de los aos 1980 propici un rpido desarrollo de la bioinformtica
Por su parte el uso masivo de Internet en los aos 1990 hicieron posible el acceso inmediato, intercambio y diseminacin de datos biolgicos En trminos generales la bioinformtica gan prominencia como una disciplina debido al avance en los estudios sobre el genoma que produjeron grandes cantidades de datos biolgicos

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Un poco de historia

Bioinformtica

Un poco de historia

La explosin de informacin sobre secuencias genmicas generaron una demanda de herramientas computacionales ecientes para manejar y analizar los datos El desarrollo de estas herramientas dependi del conocimiento generado en disciplinas tan diversas como las matemticas, la estadstica, las ciencias computacionales, las tecnologas de la informacin y la biologa molecular La mezcla de estas disciplinas cre un campo orientado a la informacin en la biologa, el cual es conocido como bioinformtica A continuacin describiremos a detalle qu es la bioinformtica

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Bioinformtica

Datos biolgicos

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Datos biolgicos
Protenas

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Datos biolgicos

Secuencias de aminocidos cada uno representado por una de 20 posibles letras: A, R, N, D, ... Ejemplo: Insulina MHHHHHHAAGIPMNNPAIKRIGNHITKSPEDKREYRGLE LANGIKVLLISDPTTDKSSAALDVHIG...

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Datos biolgicos
Genomas

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Datos biolgicos

Secuencias de ADN formadas por las letras A, T, C, G Cada letra representa la base nitrogenada de un nucletido de la secuencia (Adenina, Timina, Citosina, Guanina) Ejemplo: Bacteria E. Coli GATTCGAACTCGGCCCACGACTTAGAAGTTCTAGAA CGACATTTTAAGTCAACAACTTACCGCGCCATCTCT...

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Datos biolgicos

Bioinformtica

Datos biolgicos

Las secuencias de las protenas contienen en promedio entre 100 y 5000 aminocidos Las secuencias de ADN son mucho ms grandes que las de protenas Por ejemplo, el ADN de la bacteria E. Coli tiene 4.7 millones de bases y el del humano 3.3 billones de bases

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Datos biolgicos

Bioinformtica

Datos biolgicos

Una gran cantidad de informacin, cada da aumenta ms

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Bioinformtica

Objetivos

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Objetivos

Bioinformtica

Objetivos

El objetivo principal de la bioinformtica es lograr entender mejor las clulas y la manera en que funcionan a nivel molecular
Esto es realizado mediante el anlisis de secuencias moleculares en bruto y datos estructurales De esta manera la investigacin en bioinformtica puede generar nuevas ideas y ofrecer una perspectiva global de las funciones clulares

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Bioinformtica

mbito

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mbito

Bioinformtica

mbito

La bioinformtica consta de dos subcampos:

El desarrollo de herramientas computacionales y BD La aplicacin de estas herramientas y BD en la generacin de conocimiento biolgico para comprender mejor los sistemas vivos

Estos dos subcampos son complementarios entre s

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mbito

Bioinformtica

mbito

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Aplicaciones prcticas

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Aplicaciones prcticas

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Aplicaciones prcticas

La bioinformtica se ha convertido en algo esencial para la investigacin en genmica y biologa molecular Adems tambin est teniendo un gran impacto en muchas reas de la biotecnologa y de las ciencias biomdicas Algunas aplicaciones
Diseo de frmacos basados en conocimiento Anlisis forenses de ADN Biotecnologa agrcola

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Bioinformtica

reas de investigacin

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reas de investigacin

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reas de investigacin

Algunas de las principales reas de investigacin en bioinformtica incluyen:

Alineamiento de secuencias Prediccin de genes Prediccin de la estructura de protenas Prediccin de la expresin gnica Interacciones protena-protena Modelado de la evolucin

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Bioinformtica

Limitantes

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Limitantes

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Limitantes

Hemos visto el gran potencial de la bioinformtica, pero es tambin importante reconocer sus limitaciones para evitar sobreestimar esta disciplina La bioinformtica y la biologa experimental son actividades independientes, pero complementarias
La bioinformtica depende de la ciencia experimental para producir datos primarios para el anlisis.

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Limitantes

Bioinformtica

Limitantes

A a su vez la bioinformtica, proporciona la interpretacin de los datos experimentales e importantes pistas para seguir la investigacin experimental Las predicciones hechas en bioinformtica no son pruebas formales de cualquier concepto No sustituyen a los mtodos tradicionales de investigacin experimental que prueban en realidad las hiptesis

Adems, la calidad de las predicciones de bioinformtica depende de la calidad de los datos y la sosticacin de los algoritmos utilizados

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Limitantes

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http://www.tamps.cinvestav.mx/~ertello ertello@tamps.cinvestav.mx

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