Informacin general

Este wiki es un intento de vincular a la comunidad de usuarios que utilizan TNT . En particular, nos esforzamos por ampliar y clarificar la ayuda de la aplicacin, proporciona un archivo de cdigo escrito en un lenguaje de scripting de TNT, y poner de relieve el uso de cortar el borde del software.

Qu es TNT?
TNT es un programa para el anlisis filogentico con parsimonia . TNT (anlisis del rbol de utilizar las Nuevas Tecnologas) es un proyecto conjunto de Goloboff, Farris y Nixon que se origin en 2000 como una versin beta (en su mayora citado como Goloboff, P., Farris, J., Nixon, K. 2003 TNT:. Anlisis del rbol Utilizando la nueva tecnologa) hasta la versin actual con conexin de licencia . Usted puede encontrar ms informacin sobre su historia aqu . TNT incorpora la bsqueda rpida de rbol algoritmos como Ratchet (Nixon, 1999), bsquedas sectoriales, de rbol a la deriva-, y la fusin de los rboles (Goloboff, 1999). Para aquellos que prefieren utilizar otros criterios de optimalidad de parsimonia TNT an pueden ser de utilidad. El software contiene poderosas herramientas de manipulacin de los rboles, y puede ser escrito para explorar una amplia gama de datos y propiedades relacionados con los rboles. Para aquellos que estudian grandes conjuntos de datos sigue siendo la herramienta ms rpida para generar toplogies de partida para posteriores enfoques ML rpidas. Como se seal en Goloboff et al., 2008 TNT es ahora gracias a software libre Willi Hennig Society. Cualquiera puede descargar de forma gratuita. Las actualizaciones de TNT son regulares (por lo general cada 2 meses o as) por lo tanto, se recomienda que compruebe con frecuencia para nuevas versiones.

Portal de la comunidad
Para aumentar la interaccin entre los usuarios de TNT que hemos creado grupo de Google en el que cualquiera puede hacer preguntas sobre cualquier cosa relacionada con el programa. Para ser miembro del grupo en este enlace: http://groups.google.com.ar/group/tnt-tree-analysis-using-new-technology

Una nota sobre el uso de

Este wiki es estrictamente para ayuda en el uso del software de TNT. Es , no un foro para la promocin de la parsimonia en ML , mtodos bayesianos o de otro tipo, ni TNT en PAUP *. Las citas y aclaraciones breves que abordan estos temas fuera de lmite puede ser permitida si

se pretenden aclarar los enfoques metodolgicos. Como regla general, si suena filosfico, no es de aqu.

Las instrucciones para procesar los resultados de Goloboff et al. (2009 , Cladstica , 25:211-230) en una mquina Windows (alrededor de 1 GB de memoria RAM necesaria) siguen a continuacin. PREPARACIN: 1) bajar el lmite de la versin no-taxn de TNT 2) bajar e instalar (por ejemplo, el Panel de control, Fuentes, en Instalar nueva fuente), la fuente de Tred . 3) descargar y extraer el conjunto de datos y los rboles . 4) descarga los scripts para manejar los rboles . 5) extraer el contenido de todos los cuatro pasos anteriores en el mismo directorio (por ejemplo C: \ TNT), de ejecucin de TNT, y aceptar los trminos de la licencia. UNA VEZ EN TNT: 6) Abrir el archivo Taxon_Names_Only.tnt 7) Abrir el rbol de archivos (tres archivos, *. Tre de extensin) y seleccione el rbol a la vista. Por ejemplo, para procesar el mejor rbol para el conjunto de datos combinados: seleccione Archivo / OpenInputFile seleccione trees_molecules-morphology.tre tipo en la lnea de comandos: "tchoose 17" 8) conjunto de bfer de pantalla (esquina inferior derecha de la configuracin / memoria) a 15000 9) asegurarse de que tiene la "bsqueda" de la herramienta tan visible, haga clic en Configuracin / Herramientas / ChooseTools, a continuacin, seleccionar el que tiene la lupa (la ltima). Nota: Los pasos 8 y 9 tienen que ser hechas slo una vez (TNT recuerda entre sesiones). PROCEDIMIENTO PARA VER LOS GRUPOS uno por uno en modo de texto: primero asegrese de pre-visualizacin de los rboles est apagado (con el formato / PreViewTrees, no debe estar marcada), y luego se escribe en la lnea de comandos: " Dohi _Taxon_ " Por gneros, omita el primer guin. El cursor se posicionar en el grupo ms cercano en el rbol (si es que existe, de lo contrario recibir un mensaje). Los nmeros mostrados en la rama son el nmero de taxones del grupo de referencia presente en el rbol, seguido por el nmero de taxones extraas (+) incluido en el grupo ms cercano, y el nmero de miembros excluidos (-). Vase Goloboff et al. 2009 para ms detalles. El ltimo nmero es el nmero de SPR se mueve necesario para que el grupo monofiltico de referencia.

Si usted busca la cadena "AAAA" se encuentran los taxones extraos incluidos en el grupo, y si la bsqueda de "ZZZZ", excluidos los miembros. La cadena "XXXX" marca el grupo ms cercano. Si escribe: " Dohi _Taxon_ fullnames " TNT mostrar la cadena completa de los nombres (esto ayuda a saber lo que se mete dentro o cuando los miembros excluidos ir!). PROCEDIMIENTO PARA GRUPOS DE COLORES especfica en el rbol: que asegurarse de pre-visualizacin de los rboles est en ON, y luego escribe, por ejemplo: " colorgroups _ Mammalia_ _Aves_ _Squamata_ " Una vez que el rbol se muestra, pulse "N" para no mostrar los nombres de taxones y luego en "F" para adaptarse a la pantalla de rboles. Mover rbol con las teclas de direccin (y el hogar / final). Presione F5-F6 y F3-F4 para reducir / ampliar rbol. Si pulsa "G" y haga clic en un nodo, el grupo correspondiente a ese nodo se mostrar en la pantalla. Pulse la tecla "M" para salvar los rboles diagrama para un metarchivo. Pulse la tecla "C" para cambiar la visualizacin de los cdigos de colores para los diferentes grupos. Pulse la tecla "H" (ayuda) para ms opciones.