Jorge Merino Pérez

TAREA 3: Cuantificación de levaduras mediante PCR

cuantitativa a tiempo real

1.- Queremos cuantificar unas muestras de vino para ver que población de levaduras
tenemos, para ello se envían estas muestras a analizar a un laboratorio y se realiza una
PCR cuantitativa a tiempo real. Las muestras se analizaron por triplicado. Los
resultados obtenidos son los mostrados en la siguiente tabla:

WELL TYPE PRIMER/PROBE Ct QTY

A1 STND LEV 17,36 1,00e+007
A2 STND LEV 17,92 1,00e+007
A3 STND LEV 18,17 1,00e+007
A4 STND LEV 21,58 1,00e+006
A5 STND LEV 21,76 1,00e+006
A6 STND LEV 21,33 1,00e+006
A7 STND LEV 25,37 1,00e+005
A8 STND LEV 24,99 1,00e+005
A9 STND LEV 25,65 1,00e+005
A10 STND LEV 29,44 1,00e+004
A11 STND LEV 29,47 1,00e+004
A12 STND LEV 28,89 1,00e+004
B1 STND LEV 32,52 1,00e+003
B2 STND LEV 32,61 1,00e+003
B3 STND LEV 31,99 1,00e+003
B4 STND LEV 35,29 1,00e+002
B5 STND LEV 34,04 1,00e+002
B6 STND LEV 35,95 1,00e+002
B7 NTC LEV 38,98
B8 NTC LEV 38,12
B9 NTC LEV 38,75
B10 UNKN LEV 22,58
B11 UNKN LEV 22,49 ¿?
B12 UNKN LEV 23,01
C1 UNKN LEV 30,43
C2 UNKN LEV 30,25 ¿?
C3 UNKN LEV 30,65
C4 UNKN LEV 38,43
C5 UNKN LEV 38,25 ¿?
C6 UNKN LEV 39,65
C7 UNKN LEV 25,17
C8 UNKN LEV 26,25 ¿?
C9 UNKN LEV 19,65

STND: muestras de población conocida para poder construir la recta patrón; NTC
blancos de la técnica (sin presencia de DNA); UNKN: muestras a analizar (muestra 1:
B10, B11, B12; muestra 2: C1, C2, C3; muestra 3: C4, C5, C6; muestra 4: C7, C8, C9).

- Construye la recta patrón (teniendo en cuenta que en el eje de las X

representareis el log de la concentración y en el eje de las Y la Ct)
- ¿Cuál es la población presente en cada una de las muestras problema?
WELL TYPE PRIMER/PROBE Ct QTY QTY Ct

A1 STND LEV 17,36 1,00E+07 7 17,36

A2 STND LEV 17,92 1,00E+07 7 17,92
A3 STND LEV 18,17 1,00E+07 7 18,17
A4 STND LEV 21,58 1,00E+06 6 21,58
A5 STND LEV 21,76 1,00E+06 6 21,76
A6 STND LEV 21,33 1,00E+06 6 21,33
A7 STND LEV 25,37 1,00E+05 5 25,37
A8 STND LEV 24,99 1,00E+05 5 24,99
A9 STND LEV 25,65 1,00E+05 5 25,65
A10 STND LEV 29,44 1,00E+04 4 29,44
A11 STND LEV 29,47 1,00E+04 4 29,47
A12 STND LEV 28,89 1,00E+04 4 28,89
B1 STND LEV 32,52 1,00E+03 3 32,52
B2 STND LEV 32,61 1,00E+03 3 32,61
B3 STND LEV 31,99 1,00E+03 3 31,99
B4 STND LEV 35,29 1,00E+02 2 35,29
B5 STND LEV 34,04 1,00E+02 2 34,04
B6 STND LEV 35,95 1,00E+02 2 35,95
B7 NTC LEV 38,98
B8 NTC LEV 38,12
B9 NTC LEV 38,75
B10 UNKN LEV 22,58 5,7345 Promedio Promedio
B11 UNKN LEV 22,49 5,7602
B12 UNKN LEV 23,01 5,6119
5,7022 503749,49
C1 UNKN LEV 30,43 3,4962
C2 UNKN LEV 30,25 3,5475
C3 UNKN LEV 30,65 3,4334
3,4923 3107,05
C4 UNKN LEV 38,43 1,2150

C5 UNKN LEV 38,25 1,2663 Fuera del límite

de detección.

C6 UNKN LEV 39,65 0,8671

1,1161 13,07
C7 UNKN LEV 25,17 4,9960
C8 UNKN LEV 26,25 4,6881
C9 UNKN LEV 19,65 6,5700 5,4180 261831,02
Tabla 1. Cálculo de recta patrón.
2.- Queremos cuantificar unas muestras de vino (G1-G9) para ver si están contaminadas
con bacterias acéticas, para ello se envían estas muestras a analizar a un laboratorio y se
realiza una PCR cuantitativa a tiempo real. Las muestras se analizaron por duplicado.
Los resultados obtenidos son los mostrados en la siguiente tabla:

WELL SAMPLE TYPE Ct QTY

A1 Standard 18,2852 1,00E+06
A2 Standard 21,5723 1,00E+05
A3 Standard 24,5995 1,00E+04
A4 Standard 27,4403 1,00E+03
A5 Standard 30,2661 100
A6 NTC 31,3298
B1 Standard 18,6565 1,00E+06
B2 Standard 21,7438 1,00E+05
B3 Standard 24,4422 1,00E+04
B4 Standard 27,9658 1,00E+03
B5 Standard 30,9312 100
B6 NTC 30,5337
C1 Standard 17,0373 1,00E+06
C2 Standard 20,9209 1,00E+05
C3 Standard 24,7772 1,00E+04
C4 Standard 27,5493 1,00E+03
C5 Standard 29,1133 100
C6 NTC 28,9382
E1 G1 Unknown 20,1669
E2 G2 Unknown 32,8217
E3 G3 Unknown 27,9688
E4 G4 Unknown 29,9991
E5 G5 Unknown 21,077
E6 G6 Unknown 25,9697
E7 G7 Unknown 22,3357
E8 G8 Unknown 26,6601
E9 G9 Unknown 24,4651
F1 G1 Unknown 20,3473
F2 G2 Unknown 31,6543
F3 G3 Unknown 28,1979
F4 G4 Unknown 29,1569
F5 G5 Unknown 21,075
F6 G6 Unknown 26,0403
F7 G7 Unknown 22,4674
F8 G8 Unknown 27,0332
F9 G9 Unknown 24,7148

- Construye la recta patrón (teniendo en cuenta que en el eje de las X

representareis el log de la concentración y en el eje de las Y la Ct)
- ¿Cuál es la población presente en cada una de las muestras problema (G1-G9)?
0 SAMPLE TYPE Ct QTY Log (Qty) Ct
A1 Standard 18,2852 1,00E+06 6 18,2852
A2 Standard 21,5723 1,00E+05 5 21,5723
A3 Standard 24,5995 1,00E+04 4 24,5995
A4 Standard 27,4403 1,00E+03 3 27,4403
A5 Standard 30,2661 100 30,2661
A6 NTC 31,3298 31,3298
B1 Standard 18,6565 1,00E+06 6 18,6565
B2 Standard 21,7438 1,00E+05 5 21,7438
B3 Standard 24,4422 1,00E+04 4 24,4422
B4 Standard 27,9658 1,00E+03 3 27,9658
B5 Standard 30,9312 100 30,9312
B6 NTC 30,5337 30,5337
C1 Standard 17,0373 1,00E+06 6 17,0373
C2 Standard 20,9209 1,00E+05 5 20,9209
C3 Standard 24,7772 1,00E+04 4 24,7772
C4 Standard 27,5493 1,00E+03 3 27,5493
C5 Standard 29,1133 100 29,1133
C6 NTC 28,9382
E1 G1 Unknown 20,1669 5,3547 Promedio Promedio *10
E2 G2 Unknown 32,8217 1,4210 5,3267 2,12E+05
E3 G3 Unknown 27,9688 2,9295
E4 G4 Unknown 29,9991 2,2984 2,8939 7,83E+02
E5 G5 Unknown 21,077 5,0718
E6 G6 Unknown 25,9697 3,5509 5,0721 1,18E+05
E7 G7 Unknown 22,3357 4,6805 3,5399 3,47E+03
E8 G8 Unknown 26,6601 3,3363 4,6601 4,57E+04
E9 G9 Unknown 24,4651 4,0186 3,2783 1,90E+03
F1 G1 Unknown 20,3473 5,2986 3,9798 9,55E+03
F2 G2 Unknown 31,6543 1,7839
F3 G3 Unknown 28,1979 2,8583 Fuera del límite
F4 G4 Unknown 29,1569 2,5602 de detección.
F5 G5 Unknown 21,075 5,0724
F6 G6 Unknown 26,0403 3,5290
F7 G7 Unknown 22,4674 4,6396
F8 G8 Unknown 27,0332 3,2203
F9 G9 Unknown 24,7148 3,9410
Tabla 2. Cálculo de recta patrón.