De acuerdo con la Estrategia Nacional para el Mejoramiento de la Calidad de los
Recursos Hídricos 2016, la Autoridad Nacional del Agua (ANA) identificó 41 unidades hidrográficas fuertemente contaminadas, donde la causa principal es el vertimiento de aguas residuales industriales, domésticas y municipales. La Dirección de Gestión de Calidad de los Recursos Hídricos de la ANA, por medio de un diagnóstico elaborado el año 2012, muestra las principales fuentes de contaminación y origen, una de las cuales es el vertimiento de aguas residuales municipales propias de la influencia de las actividades humanas en las ciudades. Otra fuente importante está relacionada con las actividades mineras informales y los pasivos ambientales mineros.