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Explorando cómo son las proteínas por dentro

y cómo se mueven: historia, actualidades y retos


del grupo de Bioquímica Estructural del IBt
Enrique Rudiño Piñera
Palabras clave: alosterismo, biología estructural, rayos X, cristalografía de proteínas, enzimas

El Dr. Enrique Rudiño Piñera es investigador titular C del Instituto de Biotecnología de la UNAM y responsable
del grupo de Bioquímica Estructural del IBt.
Contacto: enrique.rudino@ibt.unam.mx

En búsqueda de una pasión


Soy parte de la primera generación en mi familia que plemente poética. Y cuando se hablaba de biología
tuvo la oportunidad, y el apoyo, para llegar a la univer- estructural en la época que yo estaba iniciando mis
sidad, y eso, siempre me llenará de orgullo. Pero tam- estudios doctorales, eso quería decir que debías em-
bién debo confesar que lo que pasó después me llenó prender el —a veces tortuoso— camino de compren-
de dudas por períodos largos. En particular, cuando der y dominar a la cristalografía de proteínas utilizan-
terminé mi licenciatura me quedó claro que no había do técnicas de difracción de rayos X para descifrar la
encontrado un tema que me apasionara, uno de esos estructura interna que se logra en un cristal; el arre-
que me dejara la tranquilidad emocional de dedicar- glo espacial de las cadenas polipeptídicas, conocer y
me a él durante el resto de mi vida profesional. localizar los elementos de organización que hay en-
Ese tema apareció durante mis estudios de posgrado tre varias copias de proteínas similares (oligómeros),
y se llama biología estructural: esa área de la ciencia saber dónde hay una estructura llamada alfa-hélice, y
moderna que permite amalgamar a la física, las ma- donde otra conocida como una hebra beta, etc. [Fig.
temáticas, la computación, la química y, por supuesto 1]. Lo que seguía en mi carrera era claro: ahora que
a la biología, de una manera que a mis ojos es sim- había encontrado mi pasión debía hallar donde espe-
cializarme.
Biotecnología en Movimiento / Núm. 32-8 Número especial

Figura 1: Equipo de difracción de rayos X localizado en el Instituto de Química de la UNAM en la Ciudad Universitaria de
la CdMx. En la figura se ven los diversos equipos que permiten posicionar, preservar y colectar datos de difracción, que
posteriormente darán lugar a una estructura tridimensional. [Foto: MC. Angela Escudero García].

Ya aceptado en un programa de doctorado en Dina- centro de muchas investigaciones y desarrollos tanto


marca, me enteré de que había un grupo de investi- teóricos como prácticos, desde principios de los años
gación en el Instituto de Biotecnología, en el campus 60 del siglo XX; desarrollos y descubrimientos que le
Morelos de la UNAM, que trabajaba con un tipo de permitieron a Jacques Monod ser laureado con el pre-
proteínas llamadas ‘alostéricas’ (por la naturaleza de mio Nobel de Medicina en 1965. Lo novedoso esta-
otros factores y sitios en la molécula, que regulan su ba en usar a la cristalografía para comprender “visual-
actividad). Este grupo lo dirigía el Dr. Eduardo Horja- mente”, como ocurrían los fenómenos alostéricos. Es
les Reboredo; un personaje entrañable y de trato ru- decir, el interés por estas enzimas alostéricas radica
do pero que me compartió su pasión: tratar de enten- en que tienen una especie de ‘botón de encendido y
der mediante estudios de cristalografía —el análisis de apagado’ para cambiar de un estado activo (estado
moléculas idénticas, apiladas ordenadamente en una R) a otro inactivo (estado T). Dentro de este grupo de
estructura que llamamos cristal—, el comportamiento enzimas teníamos acceso a estudiar la glucosamina
de una enzima alostérica. Lo novedoso no era traba- 6-fosfato desaminasa, (abrev. GlcN6PDea), de Esche-
jar con enzimas alostéricas, ya que estas habían sido richia coli.

Una entrevista decisiva


Conseguí una cita con el Dr. Horjales y por más de ra poder cristalizar a una proteína: toda una colección
dos horas me habló del proyecto que me ofrecía para de protocolos y consideraciones particulares que im-
hacer el doctorado bajo su tutoría y de diversos de- plica, organización, talento, suerte y paciencia al más
talles aun sin resolver, para convencerme de tomar el puro estilo budista [ver Figs. 3 y 4]. Explicó cómo y en
proyecto. Habló de las teorías que pretenden explicar donde bombardear a estos cristales directamente con
cómo transitan las enzimas alostéricas de un estado rayos X para difractarlos (desviarlos de una manera
activo (R) a uno inactivo (T) y de lo que se necesita pa- específica al rozar o rebotar con las nubes de elec-

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trones que rodean a los átomos que forman al cristal, nocimiento científico y de sus desarrollos tecnológi-
siguiendo reglas develadas hace más de 100 años por cos. Y dije adiós a mi plan en Dinamarca y di la bien-
una dupla padre-hijo de apellido Bragg). De cómo ob- venida a la que ha sido mi casa por poco más de 26
tener una familia de puntos en un detector que refle- años, el Instituto de Biotecnología de la UNAM.
jen —dependiendo del ángulo, tiempo de exposición,
el orden en el cristal y mucho análisis utilizando cálcu-
los computacionales— la estructura tridimensional de
proteína cristalizada.
En esa misma ocasión, me mostró especialmente, las
primeras representaciones tridimensionales de proteí-
nas [Fig. 2], recién calculadas, en una computadora
Silicon Graphics utilizando lentes estereoscópicos. Es-
tas imágenes me dejaron mudo de la impresión: esta-
ba viendo en el monitor de la máquina, una red en
volumen, que representaba a las nubes de electrones,
de cada átomo y de cada aminoácido de una proteína
alostérica. No solo me impactó escuchar sobre todos
los temas que manejaba, también me asombró la pa-
sión con la que lo relataba y, sobre todo la sensación
de ver detalles o implicaciones que nuestros sentidos
no pueden percibir directamente, sino a través del co-

Figura 2: Representación estereoscópica de la superficie de una proteína alostérica: la glucosamina 6-fosfato desamina-
sa de E. coli. Imagen utilizada en las presentaciones ante su comité tutoral del entonces M. en C. Enrique Rudiño Piñera
(1999).

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Los inicios del grupo de cristalografía de proteínas del IBt


Años después tuve el privilegio de ser aceptado en el
grupo de la Dra. Elspeth F. Garman en la Universidad
de Oxford en el Reino Unido, para hacer el tan an-
siado posdoctorado, un período de investigación que
me abrió los ojos y me diversificó aún más en mis pa-
siones e intereses. El Dr. Rudiño que regresó al IBt
tenía objetivos ahora centrados, no solo en la estruc-
tura de las proteínas, sino en cómo se mueven éstas;
en los métodos para convertir un patrón de difracción
en un modelo tridimensional y, sobre todo, en el efec-
to y posibles aplicaciones de los daños causados por
los rayos X al interactuar con los cristales de proteí-
nas. Esos son los temas que, en nuestro laboratorio,
hemos continuado desarrollando una vez que, como
Líder Académico, me hice cargo del grupo en 2009
transformándolo en el “Grupo de Bioquímica Estruc-
tural” del IBt. Este cambio de nombre enfatiza el he-
cho de que migrábamos, de una pequeña comunidad
académica basada en una técnica experimental, a una
que pretendía explicar mecanismos enzimáticos ‘clási-
cos’, los de tipo alostérico y de movilidad molecular (ya
que las enzimas vibran, se tuercen un poco y tienen
Eduardo Horjales dirigía un grupo pequeño y com- espacios de tránsito para iones, metabolitos y otras
pacto en intereses y temas; el alosterismo enzimático moléculas). Estos mecanismos conformarían una ga-
era el pretexto, su explicación a nivel estructural era ma más amplia de modelos de estudio, donde el foco
el centro de nuestro quehacer, y las correspondien- iba migrando de las enzimas alostéricas a las metalo-
tes glucosaminas 6-fosfato desaminasas de distintos proteínas (aquellas que requieren átomos de hierro,
organismos, nuestro modelo experimental. A Eduardo zinc u otros metales para modificar a sus sustratos y
se deben los primeros viajes en 1998 para acceder a transformarlos en productos). Y como suele ocurrir, las
“fuentes de radiación de alta brillantez” también cono- preguntas más interesantes son las básicas de inicio:
cidas como sincrotrones; bajo su tutoría -en un lapso ¿cómo ocurre un proceso enzimático?, ¿cómo se en-
de 4 años- mi tesis de investigación doctoral estaba cuentran las moléculas reactivas en la orientación co-
lista y mi futuro se movía hacia realizar una estancia rrecta? ¿cómo se disminuye la energía necesaria para
posdoctoral fuera de México. El inicio de ese posdoc- que las enzimas transformen a sus sustratos? Y tam-
torado se dilató de más, ya que tuve el honor de ser bién ¿cómo las puedo manipular (mejorándolas o. . .
contratado por el mismo grupo del Dr. Horjales, pasan- en muchas ocasiones, empeorándolas)? y aún más
do de una semana a otra, de alumno de doctorado (a ¿cómo esta información nos permite comprender a los
veces llamados doctorantes), a investigador asociado: procesos que definen a lo que denominamos como “vi-
la categoría “de arranque” para seguir formándose en da”? . . . aunque siempre desde la mirilla poderosa pe-
un área de investigación científica. ro incompleta de los datos a nivel molecular.

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Sobre cómo transformar un problema en una herramienta


más se doblan o enrollan (plegamiento) en formas no-
azarosas. Así, mientras colectamos datos que darán
lugar a una nueva estructura tridimensional, los rayos
X destruyen a la proteína, rompiendo enlaces quími-
cos y cambiando la ubicación física de los átomos del
cristal (eventos radiolíticos). Este problema asociado
con la técnica ha llevado a la comunidad de crista-
lógrafos de proteínas a desarrollar técnicas de con-
tención del daño que van, desde utilizar temperaturas
muy bajas (usualmente a 100 K, o bien, -173.15 °C),
hasta la atenuación de la intensidad del haz de rayos X
para reducir el efecto ionizante sobre el cristal; es de-
cir esa que afecta los electrones a los átomos, como
dijimos, rompiendo enlaces de todo tipo).
Sin embargo, nuestra aproximación como grupo a es-
te problema, es sutilmente diferente: lo primero que
Cuando se considera que la gran mayoría de la infor-
hemos intentado es describir: ¿qué es lo que exacta-
mación tridimensional de proteínas que disponemos
mente ocurre dentro de un cristal cuando se ‘acumula’
—la cual está depositada en el acervo digital del [Pro-
la radiación de rayos X? Trabajando en laboratorio,
tein Data Bank, PDB](https://www.rcsb.org/)—se deri-
analizando publicaciones de otros investigadores y
va en gran medida de un mismo tipo de experimentos
discutiendo intensamente comprendimos que se tra-
realizados alrededor del mundo, en los que se hace in-
taba básicamente, de un proceso de reducción quí-
teractuar a un frágil cristal de alguna proteína, con un
mica producida por una cascada de electrones, que
haz de alta brillantez de una onda electromagnética
se liberan principalmente de las moléculas de agua
ionizante como los rayos X. [1] Pensándolo un poco,
presentes en el cristal, por efecto de los rayos X.
es fácil concluir que utilizar esta técnica tiene algu-
nos problemas. Algunos de esos problemas son (1),
el PDB es una base de datos redundante (hay mu-
cha información de una misma proteína con cambios
sutiles); (2), que se sabe mucho sobre proteínas con
forma casi esféricas (globulares, como la albúmina de
las claras de huevo y la caseína de la leche) y (3), que
son muy afines a estar disueltas en agua (hidrofílicas).
Pero el problema principal es que la gran mayoría de la
información de tipo tridimensional proviene de experi-
mentos de rayos X, cuya alta energía es por definición,
capaz de destruir no sólo la naturaleza ordenada de
los cristales de proteína, sino que, a dosis suficientes,
pueden matar a organismos vivos. Éstas moléculas ocupan, en promedio, el 45 % del vo-
lumen de un cristal de proteínas, asociadas a la super-
Recordemos que estas macromoléculas (las proteí-
ficie de cada proteína, aunque también son cruciales
nas) son cadenas largas, con varios tipos de áto-
las características fisicoquímicas de cada uno de los
mos (C, H, O, N, S y a veces metálicos) y que ade-

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aminoácidos que tienen los 20-30 modelos de proteí- nas —tomando en cuenta sus movimientos a distintos
nas con las que trabajamos. niveles, es fundamental para entender una gran canti-
Con esta idea, empezamos entonces a usar esta he- dad de fenómenos moleculares de la vida [4-7].
rramienta metodológica para estudiar procesos inter- Y bueno. . . para lograr eso, pasamos mucho tiempo
e intramoleculares que deben ocurrir en los sistemas buscando maneras en que las proteínas que nos im-
celulares de seres tanto extremófilos (que viven a tem- portan lleguen a cristalizar (en sentido literal) [Figs. 3
peraturas, presión o concentraciones muy altas de sal, y 4]. Aparte de eso todo lo que comprendemos a partir
p. ej., los organismos que viven alrededor de ventilas de ellos, es una experiencia placentera, casi artística
hidrotermales submarinas [2]) como mesofílicos (vi- y definitivamente cultural.
viendo como nosotros los humanos, en condiciones
‘normales’ de temperatura o concentración de oxígeno
entre otros factores). Iniciamos experimentos de di-
fracción para ya no solo para hacer fotografías ‘fijas’
de proteínas aparentemente estáticas, sino películas;
más bien la conjunción de decenas de fotografía ‘fijas’
que, progresiva y lentamente van mostrando modifica-
ciones causadas por los propios rayos X, de un estado
a otro, (partiendo del inicio de la interacción de la enzi-
ma con su sustrato, hasta ver a los productos aparecer
y salir de la enzima), casi de la misma manera en que
lo harían en los sistemas vivos [3].
Actualmente, estamos haciendo este análisis con de-
cenas de proteínas que están implicadas en la repa-
ración del ADN, la degradación de contaminantes am-
bientales; con enfermedades virales como el SARS-
CoV-2, y un largo etcétera que muestra que, un grupo
de una veintena de personas, diverso, con intereses Figura 3: Cristales de lisozima de huevo de gallina cre-
amplios y complejos (que en su mayoría son estudian- cidos por la estudiante de doctorado la M. en C. Angela
tes de posgrado), los reúne el convencimiento de que Escudero García en el grupo de Bioquímica Estructural del
IBt.
el estudio de la estructura tridimensional de las proteí-

¿Cuál es el futuro en la biología estructural?


Después de casi tres décadas de existencia como gru- cuando se trata de proteínas ‘multidominio’ —con va-
po de investigación, es importante de pensar en lo que rios módulos ordenados uno tras otros como el un co-
sigue, y sobre todo en que está pasando en este mo- llar de perlas— como las que adornan la superficie de
mento en este campo: estamos frente a un umbral de virus o bien, proteínas de membrana que participan
cambios conceptuales y de retos metodológicos muy como receptores, canales iónicos, transportadores y
importantes para la biología estructural. proteínas de amarre, participando en mecanismos de
Simplemente conocer la estructura tridimensional intercambio iónico, transducción de señales, fagocito-
‘real’ o más probable de una biomolécula es y segui- sis, etc. Sin embargo, muchas de estas están poco re-
rá siendo un logro, sobre todo si se trata de proteínas presentadas en el PDB y como sabemos, ¡el diablo
con una forma o un plegamiento desconocido; o bien esta siempre en los detalles!, y ahí en el PDB actual

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y futuro están las pistas de los descubrimientos que, neración de hipótesis basadas en una aproximación
al comprender y modificar proteínas cruciales, pue- técnica, a una descripción dinámica en un contexto
den seguir modificando cosas tan trascendentes como biológico, dando lugar a lo que ya se nombra “Biolo-
nuestra calidad o esperanza de vida. Es en estos deta- gía estructural integrativa”. En este cambio de para-
lles (sospechas, hipótesis, predicciones, simulaciones digma -es decir el modelo ‘en boga’ sobre cómo fun-
e interpretaciones) sobre la forma en que se mueven cionan ciertas cosas- el concurso de la cristalografía
las proteínas, de donde obtendremos conocimientos (que permite saber cómo se ven las proteínas en el
sobre procesos tan importantes como la migración ce- espacio), con la resonancia magnética nuclear (que
lular, el envejecimiento y el control de enfermedades, permite saber cómo se mueven las proteínas), la crio-
así como como producir nuevas proteínas que sustitu- microscopía electrónica (que permite observar grupos
yan materias primas o reduzcan la contaminación que de proteínas, a 100 K de temperatura), bajo condicio-
nuestras actividades producen en todo nuestro plane- nes diferentes a las de un cristal, formando verdade-
ta. ras ‘fábricas metabólicas’ en las células; la dispersión
de rayos X de ángulo bajo y la tomografía de rayos X
(que permiten explorar la superficie de las proteínas).
Todo esto se complementa y articula con el uso de
modelos computacionales provenientes de algoritmos
basados en inteligencia artificial, con gran capacidad
de simular y predecir condiciones, que serán cada vez
más dominantes para el avance del campo. Pero, para
que esta y otras áreas de la ciencia desarrolladas en
el IBt continúen tan productivas como hasta la fecha,
necesitamos dar la oportunidad a que gente joven y
apasionada mueva los límites, el nuevo reto es permi-
tir que la pasión que un día encontramos florezca en
otros.

Estamos en el momento en que la biología estructu-


ral está dejando de ser solamente un proceso de ge-

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Figura 4: Cristales de una proteína fluorescente producidos por el Dr. Víctor Rivelino Juárez González en el IBt.

Referencias

1. Rudiño-Piñera E, V Quintero-Hernández y VR Juárez-González (2022). El Protein Data Bank (PDB) y su


impacto en la investigación científica. Alianzas y Tendencias BUAP 7(25): 21-35.
https://www.aytbuap.mx/aytbuap-725/el-protein-data-bank-pdb-y-su-impacto-en-la-investigación-científica
2. Rodríguez-Arteaga A y J Ramírez-Ramirez (2020). Descifrando el secreto de una proteína resistente a la
radiación. Biotec Mov 22: 3-7
3. Pastor-Colón CN y E Rudiño-Piñera (2020). Danza Molecular. Hypatia, 62.
https://www.revistahypatia.org/biologia-estructural-rev-62.html
4. De la Mora, E., J. E. Lovett, C. F. Blanford, E. F. Garma, B. Valderrama, E. Rudiño-Piñera (2012). Structural

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changes caused by radiation-induced reduction and radiolysis: the effect of X-ray absorbed dose in a fungal
multicopper oxidase. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 68 (5): 564-577. DOI: 10.1107/S0907444912005343
5. Serrano-Posada, H., S. Centeno-Leija, S. P. Rojas-Trejo, C. Rodríguez-Almazan, V. Stojanoff, E. Rudiño-
Piñera (2015). X-ray-indiced catalytic active-site reduction of a multicopper oxidase: structural insights into
the proton-relay mechanism and O2 -reduction states. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 71 (12): 2396-
2411. DOI: 10.1107/S1399004715018714
6. Miranda-Blancas, R., M. Avelar, A. Rodriguez-Arteaga, A. Sinicropi, E. Rudiño-Piñera (2021). The b-hairpin
from the Thermus thermophilus HB27 laccase works as a pH-dependent switch to regulate laccase activity.
J Struct Biol 213 (2): 107740. DOI: 10.1016/j.jsb.2021.107740
7. Marin-Tovar Y, H Serrano-Posada, A Diaz-Vilchis, E Rudiño-Piñera (2022). PCNA from Thermococcus
gammatolerans: a protein involved in chromosomal DNA metabolism intrinsically resistant at high levels of
ionizing radiation. Proteins [Struct Funct & Bioinf 90 (9): 1684-1698. DOI: 10.1002/prot.26346

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Biotecnología en Movimiento, Num. 32 ~ Enero-Febrero-Marzo de 2023 ~ ISSN 2954-4718

Medicina molecular y bioprocesos


Generando ciencia y tecnologías para la salud
Número Especial

En este número especial de la revista, se relatan historias, conceptos, estrategias cientí cas y técnicas, así como
perspectivas académicas y aplicadas, del trabajo de los integrantes del Departamento de Medicina Molecular y
Bioprocesos (DMM&B), en seguimiento al simposio conmemorativo por los 40 años del Instituto de
Biotecnología (IBt) desde su fundación (disponible en: https://bit.ly/Sem-DMMB_IBt40).

El DMM&B surgió hace 21 años (marzo de 2002) y desde su


creación ha contribuido de manera muy importante a la
generación de desarrollos tecnológicos de utilidad para la
sociedad, y de interés para el sector productivo. En este
departamento se desarrolla investigación básica y aplicada y,
desde distintas perspectivas se atienden aspectos relevantes
de la salud humana. La riqueza y versatilidad de los proyectos
permite ver la importancia del trabajo colaborativo que se
desarrolla en el IBt, ya que está organizado en varios grupos y
consorcios (grupos asociados) que hace posible impulsar
proyectos con mayor alcance, que serían impracticables para
personas o equipos individuales.
Líderes académic@s del DMM&B, expositores en el
simposio; autores y autoras de los artículos de este
número
Los artículos de este número especial, escritos por los/las líderes y el personal académico del departamento,
describen sus descubrimientos, modelos de estudio, sus estrategias experimentales y capacidades técnicas,
publicaciones y gestiones, así como las aplicaciones médicas preventivas o terapéuticas. Considerando
aspectos básicos, se cubren aquellos sobre la estructura y función de varias biomoléculas propias de los
organismos vivos. Algunas participan en el metabolismo celular (enzimas alostéricas, proteasas). Otras
moléculas neurotóxicas producidas por arácnidos y reptiles han servido para estudiar sus efectos y producir
anticuerpos neutralizantes en distintos “formatos”, que son capaces de restaurar rápidamente la salud en caso
de intoxicación por venenos de animales ponzoñosos (alacranes, serpientes o arañas mexicanos y de diversas
zonas del mundo).

Hay otras moléculas características de la in amación asociada con algunas enfermedades infecciosas, con
padecimientos autoinmunes y con enfermedades crónico-degenerativas (diabetes, colitis, Alzheimer) y la
intención de probar, inducir o producir compuestos preventivos y terapéuticos contra estas moléculas. También
se describen investigaciones sobre evaluaciones clínicas y para la producción de anticuerpos recombinantes y de
antivenenos, así como tecnologías y alternativas para generar vacunas de calidad. Los objetivos, logros y
perspectivas en cada área de investigación muestran ejemplos de colaboración, innovación y vinculación interna
y externa.

fl

fi

Varios descubrimientos o invenciones resultantes han sido protegidos para transferir tecnologías que puedan
entrar al circuito comercial, así como ofrecer servicios tecnológicos; esto con el n de satisfacer demandas
sociales (antivenenos) contra el alacranismo y el viperismo, así como el desarrollo de anticoagulantes, nuevos
antibióticos, antiin amatorios y vacunas de nueva generación.

Con amos que este número especial de la revista, sobre una promisoria área de desarrollo académico,
profesional e interinstitucional, sea de interés de las y los lectores, considerando las vocaciones y trayectorias
personales que la han hecho posible.

Dra. Leonor Pérez Martínez, Jefa del Departamento, Editora invitada


fi
fl

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O
NÚMER
L
DIRECTORIO NÚMERO 32 ENERO-FEBRERO-MARZO DE 2023 ISSN 2954-4718 ESPECIA
UNAM
RECTOR
Dr. Enrique Luis Graue Wiechers
SECRETARIO GENERAL
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SECRETARIO ADMINISTRATIVO
Dr. Luis Álvarez Icaza Longoria REVISTA DE DIVULGACIÓN DEL INSTITUTO DE BIOTECNOLOGÍA DE LA UNAM
SECRETARIA DE DESARROLLO INSTITUCIONAL
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Medicina Molecular y Bioprocesos
SECRETARIO DE PREVENCIÓN, ATENCIÓN
Y SEGURIDAD UNIVERSITARIA
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Presentación editorial 32.0
Un interés dedicado al conocimiento
OFICINA DE LA ABOGACÍA GENERAL
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COORDINADOR DE LA INVESTIGACIÓN CIENTÍFICA
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DIRECTOR GENERAL DE COMUNICACIÓN SOCIAL
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a partir de venenos de alacranes 32.1
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IBt

Antivenenos contra animales ponzoñosos:


DIRECTORA
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SECRETARIO ACADÉMICO
Dr. Alfredo Martínez Jiménez una historia de aventuras científicas
SECRETARIA DE VINCULACIÓN
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Desarrollo de un antiveneno de nueva generación


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para tratar accidentes por picadura


COORDINADOR DE INFRAESTRUCTURA
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COORDINADOR DE ANÁLISIS NORMATIVO
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EDITOR EJECUTIVO
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Integración productiva desde lo hiper-diminuto
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