Biologia Molecular

Replicacin
Biologa Molecular. Programa

Transcripcin Traduccin
DNA
Retrotranscripcin
RNA
Protenas
-Composicin y Estructura de los cidos Nuclecos -Replicacin -Transcripcin -Cdigo Gentico y Traduccin -Regulacin -Tecnologa del DNA Recombinante: Medicina Forense Diagnostico Molecular Bibliografa: Stryer 5 edicin Voet 3 edicin Lehninger 3 edicin
Tema 12 Introduccin a la biologa molecular Estructura de los cidos nucleicos
Tema 11 Introduccin a la biologa molecular Estructura de los cidos nucleicos

1.- Introduccin. 2.- Bases nitrogenadas. 3.- Nuclesidos y nucletidos. 4.- Estructura del ADN. 5.- ADN como material gentico. 6.- ARNs. 7.- Secuenciacin
Tema 11: Introduccin a la biologa molecular
Introduccin Gentica: investigacin cientfica de la herencia Genoma: conjunto de informacin gentica de un organismo. Biologa molecular: ciencia que estudia la estructura y funcin de los genomas. Estudia como la informacin gentica se transmite de una generacin a otra y como los genes gobiernan la actividad celular Actualmente se sabe que el cido desoxirribonucleico es el depositario y transmisor de esta informacin tanto en procariotas como en eucariotas
cidos Nucleicos. Resea Cronolgica

F. Miescher 1865 Estudia la composicin qumica del pus: encuentra una fraccin precipitable por cido diludo que denomina nuclena Encuentra un material parecido a la nuclena en el esperma de salmn, y lo fracciona en una componente proteico (protamina) y un componente que contiene fsforo, de carcter cido, que Altmann denomina cido nucleico La hidrlisis qumica completa de un cido nucleico da lugar a una mezcla equimolar de: A. Una base nitrogenada heterocclica, purina o pirimidina B. Una pentosa, ribosa o desoxirribosa C. Ortofosfato Determin que el ADN estaba formado por 4 tipos distintos de nucletidos. Adenina, Timina, Guanina y Citosina
Phoebus Levene
1930-1940
Introduccin
Los cidos nuclicos son polmeros de muy alto peso molecular que estn compuestos por nucletidos
NH2 N O
-
N N
O P O CH2 O
-
O H
H H OH Pentosa
OH Base
Fosfato
Nuclesido Nucletido
Introduccin
Las unidades estructurales de los cidos nucleicos se denominan nucletidos
Base Nitrogenada
Fosfato Pentosa Enlace N-glucosdico Entre el C1de la pentosa y la posicin 1 9 de la base pirimidnica o prica, respectivamente
Enlace fosfodiester con el grupo OH del C5 del azcar
Composicin de los cidos nucleicos

Azcar

Azcar
5 4 3 2

Azcar
DESOXIRRIBOSA
(-2-D-desoxirribosa)
RIBOSA
(-D-ribosa)
5CH20H o H H C 1 OH 4C H H 3C OH
5CH20H o 4C H H 3C OH
H C 1 H OH C 2
ADN
ARN
C 2
OH
La diferencia con la desoxiribosa es un grupo hidroxilo en el carbono 2
Introduccin
Bases nitrogenadas
ADN: A,T G y C
ARN: A,U,G y C

Bases nitrogenadas
PIRIMIDINA
PURINA
Anillo aromtico heterocclico con 2 tomos de N
Anillo de pirimidina ms un anillo imidazol que forman una estructura con 4 tomos de N
NH2 N N N NH HN H2N
O N N NH
Adenina: 6-amino purina
Guanina: 2-amino 6-oxo purina
NH2 N O N HN O
O HN N
Uracilo: 2,4-dioxo pirimidina
O CH3
Citosina: 2-oxo 4-amino pirimidina
N Timina: 2,4-dioxo 5-metil pirimidina

Bases nitrogenadas PIRIMIDNICAS
Posicin 1

Bases nitrogenadas PRICAS
Posicin 9
Propiedades de las bases 1. Carcter levemente bsico. 2. Solubilidad escasa en agua. 3. Espectro de absorcin con mximo a 260 nm. 4. Posibilidad de formas tautomricas.
Tipo de isomera que hace que una sustancia pueda existir en varias formas con diferente disposicin estructural de sus tomos
Bases nitrogenadas
Los nucletidos existen en diferentes formas tautomricas o tautmeros
Formas Tautomricas de las bases
Las formas tautomricas repercuten en el apareamiento de las bases Las formas tautomricas repercuten en el apareamiento de las bases
Formas tautomricas
pH neutro
Guanina
Nucletido
Los nucletidos pueden presentarse en configuracin syn o anti en funcin del enlace glicosdico
Pirimidinas slo configuracin anti
Purinas
Introduccin Nuclesido: Base nitrogeneda + azcar

Nomenclatura Base Adenina Guanina Citosina Uracilo Timina Nuclesido Adenosina Guanosina Citidina Uridina Timidina
Propiedades qumicas de los nuclesidos

1. Incremento marcado en solubilidad con respecto a la de la base 2. Reacciones propias de la pentosa: Reaccin del orcinol (ribo-) y de la difenilamina (desoxirribo-) 3. Absorcin a 260 nm como las bases aisladas

Fosfato
In estable formado a partir del cido fosfrico H3PO4 O
-O
P OH
O-
Confiere la carga negativa al nucletido
Normalmente se unen al grupo hidroxilo del carbono 5 (C5) de la pentosa
Introduccin Nuclesido: Base nitrogeneda + azcar Nucletido: Base nitrogeneda + azcar + fosfato
Introduccin
Otras funciones de los nucletidos Otras funciones de los nucletidos
ATP: Importante en el metabolismo energtico GTP: Sntesis de protenas CTP: Sntesis de lpidos UTP: Metabolismo de carbohidratos
Propiedades de los nucletidos

1. Carcter cido debido al fosfato 2. Solubilidad incrementada respecto al nuclesido 3. Mximo de absorbancia UV a 260 nm 4. Misma reactividad que bases y nuclesidos
Cmo estn organizados los nucletidos Cmo estn organizados los nucletidos en la molcula de ADN ? en la molcula de ADN ?
ESTRUCTURA PRIMARIA DEL ADN

La constituye la secuencia de desoxirribonucletidos de una de las cadenas.
Los nucletidos se unen para formar la cadena de ADN mediante un enlace fosfodiester entre el C3de la pentosa con el grupo fosfato del siguiente nucletido. La cadena de DNA est polarizada, presentando un grupo fosfato libre en el C5del nucletido de un extremo y un grupo OH libre en el C3del nucletido del otro extremo. Por convenio se establece la direccin 5- 3. El orden exacto de los nucletidos es fundamental para la informacin gentica que contiene el ADN.
ESTRUCTURA PRIMARIA DEL ARN
1949
Erwin Chargaff
Analiz el contenido molar de las bases de ADN procedente de diversos organismos y descubri que en todos los casos [A]=[T] y que [G]=[C], o lo que es lo mismo, [A+G]=[T+C] ([purinas]=[pirimidinas]). Esta es la llamada ley de Chargaff.
Ley de Chargaff
El DNA es el material gentico
Experimento de Avery (1944) Experimento de Avery (1944) Experimento de Hersey y Chase Experimento de Hersey y Chase (1950) (1950)
Estructura Secundaria Desconocida
ADN como material gentico

Experimento de Avery (1944) Experimento de Avery (1944)
Rough
Smooth
El neumococo tipo R puede ser transformado en neumococo tipo S por el ADN del neumococo S. Esta transformacin se transmite a la descendencia.
Rosalind Franklin
Maurice Wilkins
Al principio de los aos 50 realizaron los primeros estudios fsicos con ADN cristalizado mediante la tcnica de difraccin de rayos X
(1) (2) (3) (4)
la molcula de ADN es una cadena extendida con una estructura altamente ordenada. la molcula de ADN es helicoidal y tiene 20 de dimetro. la hlice del ADN est compuesta por dos hebras helicoidales.
las bases de los nucletidos estn apiladas con los planos separados por una distancia de 3,4 .
En 1953, James Watson y Francis Crick combinaron los datos qumicos y fsicos del ADN, y propusieron un modelo estructural del ADN.
En 1953, James Watson y Francis Crick combinaron los datos qumicos y fsicos del ADN, y propusieron un modelo estructural del ADN.
* Las dos hebras estn enrolladas una alrededor de la otra formando una doble hebra helicoidal * Las dos cadenas de polinucletidos se mantienen equidistantes, al tiempo que se enrollan en torno a un eje imaginario. * El esqueleto azcar-fosfato (formado por una secuencia alternante de desoxirribosa y fosfato, unidos por enlaces fosfodister 5'-3') sigue una trayectoria helicoidal en la parte exterior de la molcula. * Las bases se dirigen hacia el interior. Las bases de una hebra estn enfrentadas con las de la otra, formando los llamados pares de bases (pb). Las bases interaccionan entre s mediante puentes de hidrgeno. Las dos bases que forman un pb estn en el mismo plano y dicho plano es perpendicular al eje de la hlice.
MODELO WATSON Y CRICK DEL ADN

El apareamiento siempre es entre una purina y una pirimidina. Factores estricos y formacin de puentes de Hidrgeno
Configuracin ceto y amino de las bases
APAREAMIENTOS WATSON Y CRICK DEL ADN
ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN

Hace referencia a la distribucin en el espacio de la molcula de DNA
El primer modelo estructural fue propuesto por Watson y Crick, basndose en los estudios de difraccin de rayos X realizados por Rosalind Franklin

Dimetro 20 A
H
-
O N O H N H N O CH2 O P O N O CH2 OOO N O CH2 O P OO-
O P
O O
N H N H N N
O H2C O
N N
O P
O H O N H2C O N N H
O H O H N H O O N N N H N N N H N N N H
Distancia entre dos nucletidos 3,4 A. Girados 36 grados
O P
O O O H2C O H3C N
H N
O P H3C O CH2 O P H N N O H N H O O CH2 O P O O
OO-
O P
H N N O N
N O
Hay 10 nucletidos por vuelta y la distancia del paso de rosca es de 34 A

OO-
O H2C
O P
O O
H N H N N
O H2C O O
N N
OO-

Cadenas antiparalelas
Surco Mayor
Surco Menor
Paso de rosca de la hlice

Los surcos mayor y menor aparecen debido a que los enlaces glicosdicos de cada par de base no estn dispuestos de forma diametralmente opuesta.
Surcos mayor y menor del ADN
4 6 2 3 3 6 2
Fuerzas que estabilizan la doble helice
* Puentes de Hidrgeno entre las bases * Interacciones Hidrofbicas * Interacciones electrostticas del fosfato
Ms abundante en condiciones fisiolgicas 92% de humedad y baja fuerza inica
Baja hidratacin
Regiones ricas en G-C Alta fuerza inica
DNA
B DNA vs aDNA http://info.bio.cmu.edu/Courses/BiochemMols/DNA/DNA.html
B-ADN
A-ADN
Doble hlice de RNA Hbridos RNA-DNA

Caractersticas estructurales de las formas A-, B- y Z- del DNA.
A
Sentido de la hlice Dimetro Giro de la hlice por par de bases Pares de bases por vuelta de hlice Paso de rosca de la hlice Elevacin de la hlice por par de bases Inclinacin de las bases Dextrgira Aprox. 26 33 11 25,3 2,3 19
B
Dextrgira Aprox. 20 36 10 34 3,4 1,2
Z
Levgira Aprox. 18 60 12 45,6 3,8 9

Caractersticas estructurales de las formas A-, B- y Z del DNA.
A
Surco Mayor Surco Menor tomo desplazado en el azcar Enlace glucosdico Estrecho y profundo Ancho y poco profundo C(3)-endo Anti
B
Ancho y profundo Estrecho y profundo C(2)-endo Anti
Z
Plano Estrecho y profundo C(2)-endo pirimid. C(3)-endo purinas Anti para pirimid. Sin para purinas
ESTRUCTURA TERCIARIA DEL ADN

Representa la forma superenrollada de la estructura secundaria.
Es la forma en la que se encuentra generalmente el DNA en el interior de la clula

En procariotas el DNA se encuentra en forma circular
En eucariotas se encuentra en forma lineal pero altamente empaquetado
Repercusiones sobre los procesos donde se tienen que separar las hebras de DNA (replicacin y transcripcin)
TOPOLOGA DEL ADN
TOPOLOGA DEL ADN
L = T + W
TOPOLOGA DEL ADN
Relajado
Super enrrollado
Topoisomerasas: Enzimas encargadas de modificar la topologa del ADN

Topoisomerasa I: L = +1 Topoisomerasa II (GIRASA): L= -2 Inhibidores de la GIRASA (Adriamicina) utilizados en quimioterapia

Todo el DNA de un organismo procariota caracterstico como E. Coli est contenido en una nica molcula grande de DNA circular . Este cromosoma procariota est superenrollado formando complejos con las protenas . En eucariotas , el material gentico est subdividido en cromosomas cuyo nmero depende de la especie, puede variar entre uno y 190. La mayor parte de los procariotas son haploides, una sola copia se su cromosoma, la mayor parte de las clulas eucariotas son diploides, es decir dos copias de cada cromosoma, aunque hay especies que pueden tener varias copias, poliploides.
Cariotipo humano
Cariotipo humano
Slo son visibles durante el proceso de divisin celular en la mitosis Cuando el material cromosmico es amorfo y formando una masa enmaraada de fibras, y que se encuentra disperso por todo el nucleo se llama cromatina La cromatina est formada por protenas y DNA .
Organizado en cromosomas
Localizacin eminentemente nuclear (mitocondrias y cloroplastos)
Clulas eucariotas
ESTRUCTURA DEL CROMOSOAMA EUCARITICO

Niveles de Organizacin
ADN Fibra de 10 nm: Nucleosoma Fibra de 30 nm: Solenoide
Lazos
Minibanda
Cromosoma
Nucleosoma
Protenas ricas en Arg o Lys por lo que interaccionan electrostticamente con los grupos fosfato del DNA.

Histonas. Protenas relativamente pequeas, ricas en Arg y Lys. Cargadas positivamente a pH fisiolgico
Tipos H1, H2a, H2b, H3 y H4
Nucleosoma formado por un octmero de Histonas: (H2a,H2b)2; (H3,H4)2
H4
H3
H2b
H2a
Animacin
Nucleosoma
Protenas ricas en Arg o Lys por lo que interaccionan electrostticamente con los grupos fosfato del DNA.
Fibra de 30 nm: Solenoide
ESTRUCTURA DEL ADN PROCARITICO
Clulas procariotas
Cromosoma bacteriano Plsmidos
DNA de E. Coli Circunferencia de 1mm

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Anillo aromtico heterocclico con 2 tomos de N

Adenina: 6-amino purina

Guanina: 2-amino 6-oxo purina

Citosina: 2-oxo 4-amino pirimidina

N Timina: 2,4-dioxo 5-metil pirimidina

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