UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA

ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL

INFORME N° 01

“ELABORACIÓN DE DENDROGRAMAS A PARTIR DE

ARTÍCULOS CIENTÍFICOS UTILIZANDO EL PROGRAMA
BIOINFORMÁTICO MEGA DNA”

CURSO:
Biotecnología

INTEGRANTES:
Huayllani Huanca, Kassandra del Carmen
Pari Mamani, Marisol
Percca Cutipa, Mioselith
Velasquez Huanca, Brenda Lisset

DOCENTE:
Dr. Soto Gonzales, Hebert Hernan

ILO-MOQUEGUA
2023
ÍNDICE

1. INTRODUCCIÓN ........................................................................................................... 4
2. Objetivos ........................................................................................................................ 5
2.1. Objetivo General ..................................................................................................... 5
2.2. Objetivos Específicos.............................................................................................. 5
3. Marco Teórico ................................................................................................................ 6
3.1. SOFTWARE MEGA ................................................................................................ 6
3.2. Alineamiento de secuencias de ADN ...................................................................... 6
3.3. Dendograma ........................................................................................................... 7
3.4. Árboles filogenéticos ............................................................................................... 7
3.5. Filogenética ............................................................................................................ 8
3.6. Filogenia ................................................................................................................. 8
3.7. NCBI-BLAST........................................................................................................... 8
3.8. Aplicaciones del software MEGA DNA .................................................................... 9
3.8.1. Ingeniería ambiental ........................................................................................ 9
3.8.2. Medicina ........................................................................................................ 10
3.8.3. Biología - Conservación ................................................................................. 10
4. METODOLOGÍA .......................................................................................................... 11
4.1. Materiales ............................................................................................................. 11
4.2. Métodos ................................................................................................................ 11
4.2.1. Inicio con el programa.................................................................................... 11
4.2.2. Trabaja con genomas del artículo asignado ................................................... 13
4.2.3. Aislamiento de la secuencia ADN .................................................................. 14
4.2.4. Formulación del árbol filogenético.................................................................. 17
5. RESULTADOS............................................................................................................. 18
6. CONCLUSIONES ........................................................................................................ 21
7. BIBLIOGRAFÍA ............................................................................................................ 22
8. ANEXOS ...................................................................................................................... 23
1. INTRODUCCIÓN
En las últimas décadas se han desarrollado algoritmos probabilísticos implementados

en diversos programas que permiten interpretar información , asimismo procesarla

teniendo en cuenta los datos de secuencia, en otras palabras hoy en día existen

muchos softwares que están enriquecidos con herramientas que nos permiten llevar

a cabo lo mencionado ,uno de estos softwares y el que usaremos esta vez, es el

llamado MEGA (Molecular Evolutionary Genetic Analysis).

El presente informe se basará principalmente en la explicación detallada de la

elaboración de dendrogramas, estos suelen usarse para demostrar la disposición de

los clústeres producidos por la agrupación jerárquica. Mayormente estos

dendrogramas se usan a menudo en biología computacional para ilustrar la

agrupación de genes o muestras. En este trabajo lo usamos para trabajar con genes

que extrajimos del artículo “Microorganismos tolerantes a metales pesados del pasivo

minero Santa Rosa, Jangas (Perú)” publicado el 18 de marzo del 2019. Se trabajó con

los códigos de cada genoma para elaborar nuestro árbol filogenético.

Un dendrograma es un término genérico para la representación de un árbol

filogenético, este árbol lo elaboramos con ayuda del software MEGA DNA.
2. Objetivos

2.1. Objetivo General

● Aprender el uso y manejo del programa MEGA DNA para manipular

secuencias de ADN

2.2. Objetivos Específicos

● Realizar análisis de calidad y alineamiento de secuencias de ADN

● Elaborar el alineamiento y generación de árbol filogenético en base al gen

16S.

● Utilizar datos del NCBI ( Centro Nacional para la información Biotecnológica

de los Estados Unidos?

3. Marco Teórico

3.1. SOFTWARE MEGA

El software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) es una aplicación de
escritorio diseñada para el análisis comparativo de secuencias de genes homólogos
de múltiples familias de genes o diferentes especies, con un enfoque particular en
inferir relaciones evolutivas y patrones de evolución de proteínas y ADN. Además de
las herramientas para el análisis de datos estadísticos, MEGA ofrece muchas
funciones útiles para ensamblar conjuntos de datos de secuencias de archivos o
repositorios basados en la web, lo que da como resultado árboles filogenéticos
interactivos y matrices de distancias evolutivas.

3.2. Alineamiento de secuencias de ADN

Según el modelo propuesto por Watson y Crick, la molécula de ADN está compuesta
por dos hebras helicoidales, cada una siguiendo una secuencia de nucleótidos
{A;T;C;G}, y formando parejas de {C;G} y {A;T} entre las dos hélices. Una vez extraído
ADN de una muestra, se obtienen dos secuencias de ADN (forward y reverse). Deben
guardarse cada una en un documento con formato FASTA (figura *). Se debe realizar
un BLAST a la secuencia forward, que consiste en hacer una búsqueda en una base
de datos de secuencias de ADN, para encontrar datos similares y verificar si el
amplificador es correcto. (Madrigal Valverde, 2017)

Figura*

Formato FASTA

Fuente:(Madrigal Valverde, 2017)

3.3. Dendograma
El dendrograma es un diagrama de árbol que muestra los grupos que

se forman al crear conglomerados de observaciones en cada paso y sus

niveles de similitud. El nivel de similitud se mide en el eje vertical

(alternativamente se puede mostrar el nivel de distancia) y las diferentes

observaciones se especifican en el eje horizontal. Del mismo modo, un

dendrograma es un término genérico para la representación

diagramática de un árbol filogenético.

3.4. Árboles filogenéticos

Un árbol filogenético es una representación esquemática de entidades biológicas que

están conectadas por descendencia común, pueden ser especies o grupos

taxonómicos mayores. La mayoría de árboles filogenéticos se crean a partir de datos

moleculares ya sea ADN, ARN o proteínas.

La importancia de un árbol filogenético yace en la topología, es decir, cómo están

unidas las ramas o el patrón de ramificación, lo que representa la relación evolutiva

entre los distintos taxones. (Mendoza Revilla, 2012)

Los componentes que incluye un árbol filogenético son, las puntas o nodos terminales

que son los organismos de interés que se pretende estudiar (pueden ser individuos

de una misma especie o de un distinto nivel jerárquico). Los nodos internos

representan los ancestros comunes que comparten dos o más taxones. Las ramas,

las cuales unen a los nodos internos y por último la raíz, la cual es el nodo más interno,

siendo este el ancestro común que comparten todos los taxones. Cuando dos taxones

comparten un ancestro común que no es compartido con nadie más se les denomina

taxones hermanos. El “outgroup”, el cual es un taxón más lejanamente emparentado

a nuestros taxones de interés, sirve para enraizar el árbol, es decir, donde se

encuentra la primera ramificación

 Figura 1

Anatomía de un árbol filogenético

Fuente: (Mendoza Revilla, 2012)

3.5. Filogenética
Tiene por objetivo el trazar la relación ancestro descendiente de los organismos

(árbol filogenético) a diferentes niveles taxonómicos, incluyendo el árbol universal,

haciendo una reconstrucción de esta relación en base a diversos caracteres

homólogos (adquiridos por descendencia directa), tanto morfológicos como

moleculares. Las hipótesis filogenéticas resultantes son la base para hacer

predicciones (inferencias) sobre propiedades biológicas de los grupos revelados por

la filogenia mediante el mapeo de caracteres sobre la topología (hipótesis evolutiva)

(Vinuesa, 2007)

3.6. Filogenia
Historia evolutiva del flujo hereditario a distintos niveles evolutivos/temporales, desde

la genealogía de genes en poblaciones (microescala; dominio de la genética de

poblaciones) hasta el árbol universal (macroescala).

3.7. NCBI-BLAST
El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y un programa

informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de

proteínas, empleado en bioinformática.

 El programa compara secuencias de nucleótidos o proteínas con bases de datos de

secuencias y calcula la importancia estadística de las coincidencias. BLAST se puede

utilizar para inferir relaciones funcionales y evolutivas entre secuencias, así como para

ayudar a identificar miembros de familias de genes.

Figura *

NCBI-nucleótidos

3.8. Aplicaciones del software MEGA DNA

3.8.1. Ingeniería ambiental

En el ámbito de la ingeniería ambiental el software Mega, donde se construyeron

dendrogramas, árboles filogenéticos se puede hacer la identificación de

microorganismos a través de codificaciones, secuencias de ADN, entre otros.

Asimismo Altermatt, ,menciona que este método puede usarse para evaluaciones a

gran escala y de alta resolución del estado y los cambios de la biodiversidad incluso

con un conocimiento previo mínimo del ecosistema ribereño, específicamente este

enfoque permite identificar puntos críticos de biodiversidad que de otro modo podrían

pasarse por alto, lo que facilita implementar estrategias de conservación muy

concretas para cada especie amenazada.

3.8.2. Medicina

La filogenética, la ciencia de construir y evaluar hipótesis acerca de los patrones

históricos de descendencia en forma de árboles evolutivos ha mostrado ser una

herramienta muy práctica con excelentes resultados en las investigaciones

médicas.(Mendoza Revilla, 2012)

Asimismo, en el campo de la medicina, las filogenias se utilizan para rastrear el origen

y las tasas de transmisión de las enfermedades infecciosas, como el SIDA, el dengue

y la influenza.

3.8.3. Biología - Conservación

También se puede utilizar en el campo de la biología de la conservación. El

conocimiento de la fisiología de una especie en peligro de extinción es importante para

monitorear los patrones de mestizaje entre individuos y el grado de hibridación y

consanguinidad.
4. METODOLOGÍA

4.1. Materiales
● Laptop con conexión a internet

● Artículo científico dado por el docente

● Página NCBI

● Programa MEDA NDA

4.2. Métodos

4.2.1. Inicio con el programa

● Primero abrimos el programa MEDA DNA (previamente instalado),

programa que es de paga, pero que da la opción de trabajar con la

versión de prueba, cuya duración es de 1 mes.

● Una vez abierto el programa, nos dirigimos a la opción de ALIGN,

luego seleccionamos en QUERY DATABANKS.

● Se nos abrirá una ventana con la página NCBI (National Center for

Biotechnology Information), la cuál nos dejará buscar las secuencias

ADNr de las cepas de bacterias colocando el código de cada genoma

en la caja de búsqueda.
4.2.2. Trabaja con genomas del artículo asignado

● El docente nos proporcionó un artículo “Microorganismos tolerantes a

metales pesados del pasivo minero Santa Rosa, Jangas (Perú)”

publicado el 18 de marzo del 2019. Artículo del cuál vamos a extraer

los códigos de cada genoma para elaborar nuestro árbol filogenético.

● Colocamos los códigos en la barra de búsqueda y le damos a

<Search>. Verificamos que el nombre de la bacteria y el código sean

correctos y luego le damos a la opción de “Add To Alignment” que en

español es “añadir al alineamiento”, esto vamos a realizar con todos

los códigos de cada genoma.

4.2.3. Aislamiento de la secuencia ADN

● Luego solo seleccionamos “Ok” en la ventana que se nos abre.

● Seguidamente se abrirá otra ventana con el siguiente resultado.

● Esta acción la repetimos con todos los códigos que nos proporciona

el artículo.
● Una vez que hayamos terminado nos vamos a la barra de

herramientas y seleccionamos la opción de “Muscle”, seguidamente

hacemos clic en la opción de Align DNA. Posteriormente se nos

seleccionará todo y se abrirá una ventana pequeña en la cual solo

damos a “Ok”

● Una vez ordenada la secuencia procedemos a eliminar los espacios

en blanco de cada genoma.

 ● Tendremos el siguiente resultado.

4.2.4. Formulación del árbol filogenético

● Para elaborar el árbol nos dirigimos a la opción de “Phylogeny”.

Posteriormente le damos a la cuarta opción para el armado del árbol

filogenético, con los datos previamente guardados, por último

obtenemos el árbol filogénico.

5. RESULTADOS

Después de realizar detalladamente todos los pasos antes expuestos en

metodología, obtenemos el árbol filogénico creado a partir de datos moleculares de

ADN.
El ancestro de los tipo de bacteria F. temperatum, F.ramigenum, F.guttiforme,

F.napiforme, F.begoniae, F. bactridioides, F. circinatum, F.lactis, F.brevicatenulatum,

F.pseudonygam ai y de los F.inflexum , F.oxysporum tienen un ancestro en común el

cual tiene mucha distancia evolutiva , lo mismo sucede con el ancestro de los tipos F.

acutatum, F.nygamai, F.fujikuroi y de los F. annulatum ,F.concentricum, F.fujikuroi, F.

proliferatum, F.boothii. En otras palabras, sus características no son tan similares y se

alejan genéticamente.

Y así observando el árbol filogenético , podemos deducir muchos conceptos más,

como por ejemplo, los de tipo de bacteria F. oxysporum, sus 9 microorganismos

escogidos de este y F. inflexum CTLM22 con el tipo de bacteria F. inflexum

NRRL20433 casi tienen nula distancia evolutiva y estas tienen características

similares.
6. CONCLUSIONES

● El programa MEGA DNA nos permitió analizar secuencias en base al Gen

16S de manera rápida y precisa, se logró aprender su uso de la plataforma.

● Se logró realizar el alineamiento respectivo de las secuencias, construyendo

un árbol filogenético el cual se basa en sus similitudes de genes y su

evolución molecular

● El programa de NCBI Blast es donde se almacena en su base de datos

bastante información acerca de las secuenciaciones de gen, lo cual fue de

mucha ayuda para poder realizar la práctica, obteniendo resultados de las

identidades de organismos determinados

7. BIBLIOGRAFÍA

Madrigal Valverde, K. A. (2017). Uso de herramientas para alineación de

secuencias y creación de árboles filogenéticos para la determinación

de especies. Obtenido de https://www.scielo.sa.cr/pdf/tem/v30s1/0379-

3982-tem-30-s1-30.pdf

Mendoza Revilla, J. (2012). Aportes de la filogenética a la investigación

médica. Obtenido de

http://www.scielo.org.pe/pdf/rmh/v23n2/v23n2ce1.pdf
8. ANEXOS
CUESTIONARIO

● ¿Qué es el programa MEGA DNA?, ¿Puede ser aplicado en ingeniería

ambiental?

El software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) es una aplicación de

escritorio diseñada para el análisis comparativo de secuencias de genes homólogos

de múltiples familias de genes o diferentes especies, con un enfoque particular en

inferir relaciones evolutivas y patrones de evolución de proteínas y ADN.

En el ámbito de la ingeniería ambiental el software Mega, donde se construyeron

dendrogramas, árboles filogenéticos se puede hacer la identificación de

microorganismos a través de codificaciones, secuencias de ADN, entre otros.

Asimismo Altermatt, ,menciona que este método puede usarse para evaluaciones a

gran escala y de alta resolución del estado y los cambios de la biodiversidad incluso

con un conocimiento previo mínimo del ecosistema ribereño, específicamente este

enfoque permite identificar puntos críticos de biodiversidad que de otro modo podrían

pasarse por alto, lo que facilita implementar estrategias de conservación muy

concretas para cada especie amenazada.

● ¿Para qué sirve el músculo del programa MEGA DNA?

El músculo en MEDA DNA realiza el alineamiento de las globinas usando menos

huecos, pero sigue teniendo problemas con la histidina.

El algoritmo MUSCLE avanza en tres etapas: el borrador progresivo , el progresivo

mejorado y las etapas de refinamiento. En la etapa de borrador progresivo, el

algoritmo produce un borrador de alineación múltiple, enfatizando la velocidad sobre

la precisión. En la etapa progresiva mejorada, la distancia de Kimura se utiliza para

volver a estimar el árbol binario para crear la alineación de borrador, lo que a su vez

produce una alineación múltiple más precisa. La etapa de refinamiento final refina la

alineación mejorada realizada en el paso dos. Muscle se usa a menudo como un

 reemplazo de Clustal, ya que generalmente da mejores alineaciones de secuencia,

dependiendo de las opciones elegidas. Cabe mencionar que Muscle es

significativamente más rápido que Clustal, en alineaciones más grandes es de mucha

ayuda.

● ¿Qué es un dendograma o árbol filogenético?

El dendrograma es un diagrama de árbol que muestra los grupos que se forman al

crear conglomerados de observaciones en cada paso y sus niveles de similitud.Y un

dendrograma es un término genérico para la representación de un árbol filogenético

Un árbol filogenético es una representación esquemática de entidades biológicas que

están conectadas por descendencia común, pueden ser especies o grupos

taxonómicos mayores. La mayoría de árboles filogenéticos se crean a partir de datos

moleculares ya sea ADN, ARN o proteínas.

La importancia de un árbol filogenético yace en la topología, es decir, cómo están

unidas las ramas o el patrón de ramificación, lo que representa la relación evolutiva

entre los distintos taxones. (Mendoza Revilla, 2012)

● Dibuje a mano la estructura del ADN