PARTE I

La Microbiota: una visión desde el

laboratorio
Dr. Roque Pastor-Ibáñez
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Índice general:

I. Introducción a la metagenómica

II. Visión general de un estudio metagenómico

III. Estrategia a seguir: toma de decisiones

i. Selección de participantes
ii. Recogida de muestras
iii. Técnica extracción DNA

IV. Secuenciación del ADN

V. Interpretación de los datos en estudios metagenómicos

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I – INTRODUCCIÓN A LA METAGENÓMICA Síguenos en nuestras redes:

Pre-genómica Genómica Post-genómica

1944. 1961.
DNA como material Establecimiento
genético de los tripletes
de codones

1869. 1953.
Descubrimiento Watson y Crick
molécula ADN describen la
estructura de doble
hélice del ADN

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I – INTRODUCCIÓN A LA METAGENÓMICA Síguenos en nuestras redes:

Pre-genómica Genómica Post-genómica

1944. 1961. 1983. Kary Mullis

DNA como material Establecimiento desarrolla la
genético de los tripletes técnica PCR.
de codones 1984. Mapeo del
primer gen
causante de
enfermedad

1869. 1953. 1967-1977.

Descubrimiento Watson y Crick Aparición de técnicas
molécula ADN describen la de secuenciación
estructura de doble
hélice del ADN

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Pre-genómica Genómica Post-genómica

1944. 1961. 1983. Kary Mullis 1995. 2002.

DNA como material Establecimiento desarrolla la Primer genoma Proyecto
genético de los tripletes técnica PCR. bacteriano HapMap
de codones 1984. Mapeo del secuenciado
primer gen 1996.
causante de Primer animal
enfermedad clonado

1869. 1953. 1967-1977. 1990. 2000.

Descubrimiento Watson y Crick Aparición de técnicas Inicio del Proyecto Primeras
molécula ADN describen la de secuenciación Genoma Humano técnicas NGS
estructura de doble
hélice del ADN

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I – INTRODUCCIÓN A LA METAGENÓMICA Síguenos en nuestras redes:

Pre-genómica Genómica Post-genómica

2008.
1944. 1961. 1983. Kary Mullis 1995. 2002. Establecimiento
DNA como material Establecimiento desarrolla la Primer genoma Proyecto de técnicas NGS.
genético de los tripletes técnica PCR. bacteriano HapMap Inicio del
de codones 1984. Mapeo del secuenciado proyecto 1000
primer gen 1996. genomas
causante de Primer animal
enfermedad clonado

1869. 1953. 1967-1977. 1990. 2000. 2005. 2015.

Descubrimiento Watson y Crick Aparición de técnicas Inicio del Proyecto Primeras Primer Referencias
molécula ADN describen la de secuenciación Genoma Humano técnicas NGS GEWAS generales para
estructura de doble la variación
hélice del ADN genética
humana

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Pre-genómica Genómica Post-genómica

2008.
1944. 1961. 1983. Kary Mullis 1995. 2002. Establecimiento
DNA como material Establecimiento desarrolla la Primer genoma Proyecto de técnicas NGS.
genético de los tripletes técnica PCR. bacteriano HapMap Inicio del
de codones 1984. Mapeo del secuenciado proyecto 1000
primer gen 1996. genomas
causante de Primer animal
enfermedad clonado

1869. 1953. 1967-1977. 1990. 2000. 2005. 2015.

Descubrimiento Watson y Crick Aparición de técnicas Inicio del Proyecto Primeras Primer Referencias
molécula ADN describen la de secuenciación Genoma Humano técnicas NGS GEWAS generales para
estructura de doble la variación
hélice del ADN genética
humana
1988.
8
Robert Koch cultiva
los primeros 7
microorganismo
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Pre-genómica Genómica Post-genómica

2008.
1944. 1961. 1983. Kary Mullis 1995. 2002. Establecimiento
DNA como material Establecimiento desarrolla la Primer genoma Proyecto de técnicas NGS.
genético de los tripletes técnica PCR. bacteriano HapMap Inicio del
de codones 1984. Mapeo del secuenciado proyecto 1000
primer gen 1996. genomas
causante de Primer animal
enfermedad clonado

1869. 1953. 1967-1977. 1990. 2000. 2005. 2015.

Descubrimiento Watson y Crick Aparición de técnicas Inicio del Proyecto Primeras Primer Referencias
molécula ADN describen la de secuenciación Genoma Humano técnicas NGS GEWAS generales para
estructura de doble la variación
hélice del ADN genética
humana
1988.
8
Robert Koch cultiva 1977. 1990.
los primeros Carl Woese propone el rRNA Primeros estudios 8
microorganismo como marcador taxonómico usando el gen 16S rRNA
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Pre-genómica Genómica Post-genómica

2008.
1944. 1961. 1983. Kary Mullis 1995. 2002. Establecimiento
DNA como material Establecimiento desarrolla la Primer genoma Proyecto de técnicas NGS.
genético de los tripletes técnica PCR. bacteriano HapMap Inicio del
de codones 1984. Mapeo del secuenciado proyecto 1000
primer gen 1996. genomas
causante de Primer animal
enfermedad clonado

1869. 1953. 1967-1977. 1990. 2000. 2005. 2015.

Descubrimiento Watson y Crick Aparición de técnicas Inicio del Proyecto Primeras Primer Referencias
molécula ADN describen la de secuenciación Genoma Humano técnicas NGS GEWAS generales para
estructura de doble la variación
hélice del ADN genética
humana
1988.
8
Robert Koch cultiva 1977. 1990. 1998. 2007-2014:
los primeros Carl Woese propone el rRNA Primeros estudios Se acuña el término Proyecto Microbioma 9
microorganismo como marcador taxonómico usando el gen 16S rRNA ‘METAGENOMA’ Humano.
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Métodos de estudio de la microbiota

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Métodos de estudio de la microbiota

Tradicional

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I – INTRODUCCIÓN A LA METAGENÓMICA Síguenos en nuestras redes:

Métodos de estudio de la microbiota

Tradicional - Aislamiento y cultivo in vivo.

- Microscopía.
- Identificación basadas en las características morfológicas, fisiológicas y bioquímicas.

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Métodos de estudio de la microbiota

Tradicional - Aislamiento y cultivo in vivo.

- Microscopía.
- Identificación basadas en las características morfológicas, fisiológicas y bioquímicas.

Barato, pero con un rango de caracterización limitado

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I – INTRODUCCIÓN A LA METAGENÓMICA Síguenos en nuestras redes:

Métodos de estudio de la microbiota

Tradicional - Aislamiento y cultivo in vivo.

- Microscopía.
- Identificación basadas en las características morfológicas, fisiológicas y bioquímicas.

Barato, pero con un rango de caracterización limitado

¡PROBLEMA!
Muchas de las bacterias presentes en la microbiota intestinal humana NO son CULTIVABLES en
condiciones normales

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Métodos de estudio de la microbiota

Tradicional - Aislamiento y cultivo in vivo.

- Microscopía.
- Identificación basadas en las características morfológicas, fisiológicas y bioquímicas.

Barato, pero con un rango de caracterización limitado

¡PROBLEMA!
Muchas de las bacterias presentes en la microbiota intestinal humana NO son CULTIVABLES en
condiciones normales

¡SOLUCIÓN!
Técnicas –ómicas

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I – INTRODUCCIÓN A LA METAGENÓMICA Síguenos en nuestras redes:

Métodos de estudio de la microbiota

Tradicional - Aislamiento y cultivo in vivo.

- Microscopía.
- Identificación basadas en las características morfológicas, fisiológicas y bioquímicas.

Barato, pero con un rango de caracterización limitado

¡PROBLEMA!
Muchas de las bacterias presentes en la microbiota intestinal humana NO son CULTIVABLES en
condiciones normales

¡SOLUCIÓN!
Técnicas –ómicas

Técnicas de evaluación de conjuntos específicos de moléculas, el empleo de métodos a gran escala o alto flujo (high throughput)
para el procesamiento de muestras complejas, la generación de altos volúmenes de datos, y la necesidad de grandes
capacidades de cómputo, herramientas computacionales especializadas y bases de datos para el almacenamiento de sus
resultados 16
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Métodos de estudio de la microbiota

Técnicas –ómicas para el estudio de la microbiota

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I – INTRODUCCIÓN A LA METAGENÓMICA Síguenos en nuestras redes:

Métodos de estudio de la microbiota

Técnicas –ómicas para el estudio de la microbiota

Genómica Transcriptómica Proteómica Metabolómica

Complejidad
18

11. ZE Ilhan. Ph. D. Disertation, Arizona State University. 2016

I – INTRODUCCIÓN A LA METAGENÓMICA Síguenos en nuestras redes:

Métodos de estudio de la microbiota

Técnicas –ómicas para el estudio de la microbiota

Genómica Transcriptómica Proteómica Metabolómica Metagenómica

Complejidad
19

11. ZE Ilhan. Ph. D. Disertation, Arizona State University. 2016

II – VISIÓN GENERAL DE UN ESTUDIO METAGENÓMICO Síguenos en nuestras redes:

+ SENCILLAS

Se basan en la identificación del RNA ribosomal

(rRNA) 16S bacteriano

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 II – VISIÓN GENERAL DE UN ESTUDIO METAGENÓMICO Síguenos en nuestras redes:

+ SENCILLAS

Se basan en la identificación del RNA ribosomal

(rRNA) 16S bacteriano

+ COMPLEJAS

Se basan en técnicas de Next Generation Secuencing (NGS)

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II – VISIÓN GENERAL DE UN ESTUDIO METAGENÓMICO Síguenos en nuestras redes:

Técnicas de genética molecular: secuenciación del ADN y PCR

+ SENCILLAS

Se basan en la identificación del RNA ribosomal (rRNA) 16S bacteriano

+ COMPLEJAS

Se basan en técnicas de Next Generation Secuencing (NGS)

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II – VISIÓN GENERAL DE UN ESTUDIO METAGENÓMICO Síguenos en nuestras redes:

Técnicas de genética molecular: secuenciación del ADN y PCR

+ SENCILLAS

Se basan en la identificación del RNA ribosomal (rRNA) 16S bacteriano

Se utiliza debido a que:

 es un fragmento de DNA altamente conservado en el genoma.

 presenta regiones comunes en todos los organismos,
y regiones variables.
 es como una firma característica de cada grupo bacteriano.

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 II – VISIÓN GENERAL DE UN ESTUDIO METAGENÓMICO Síguenos en nuestras redes:

Técnicas de genética molecular: secuenciación del ADN y PCR

+ COMPLEJAS

Se basan en técnicas de Next Generation Secuencing (NGS) o

secuenciación masiva

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II – VISIÓN GENERAL DE UN ESTUDIO METAGENÓMICO Síguenos en nuestras redes:

Estudio metagenómico basado en el gen rRNA 16S

Selección de los
participantes

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Estudio metagenómico basado en el gen rRNA 16S

Selección de los
participantes

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II – VISIÓN GENERAL DE UN ESTUDIO METAGENÓMICO Síguenos en nuestras redes:

Estudio metagenómico basado en el gen rRNA 16S

Selección de los
participantes

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II – VISIÓN GENERAL DE UN ESTUDIO METAGENÓMICO Síguenos en nuestras redes:

Estudio metagenómico basado en el gen rRNA 16S

Selección de los
participantes

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@regenera_pni

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