Vacuna o Infección y Respuesta A Variante Omicron

Traducido del afrikáans al español
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de medRxiv doi:https://doi.org/10.1101/2021.12.26.21268380; esta versión publicada el 28 de diciembre de 2021. El titular de los derechos de autor de esta
preimpresión(que no fue certificado por revisión por pares)es el autor/financiador, que ha otorgado a medRxiv una licencia para mostrar la preimpresión en
perpetuidad.
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Respuestas de células T de pico de SARS-CoV-2 inducidas tras la vacunación o infección

permanece robusta contra variante Omicron
Roanne Keeton1.2, Marius B Tincho1.2, Amkele Ngomti1.2, Ricardo Baguma1.2, Ntombi Benede
1.2, Akiko Suzuki1.2, Jadiya Khan3.4, Sandile Celé3.4, Mallory Bernstein3.4, Fariña Karim3.4,
Sharon V. Madzorera5.6, Thandeka Moyo-Gwete5.6, Mathilda Menen7, Sango Esqueleto7,
Marguerite Adriaanse7, Daniel Mutitu7, Olukayode Aremu7, Cari Steck1.7, Elsa du Bruyn1.7,
Mieke A. Van Der Mescht8,zelda de cerveza9, Talita R. de Villiers9Annie Bodenstein9, Gretha
van den Berg9, Adriano Mendes10, Amy Strydom10,Marietjie Venter10, Alba Grifoni11, Daniela
Weiskopf11, Alessandro Sette11.12, Robert J. Wilkinson1,7,13,14,15, Linda Gail Bekker1,7,16, Glenda
gris17, Verónica Ueckermann18, Teresa Rossouw8, Michael T. Boswell18, Jinal Bihman5.6,
Penny L. Moore1,5,6,19, Alex Sigal3,4,20, Ntobeko AB Ntusi1,7,13,21,, Wendy A. Hamburguesas1,2,13,
#, Catalina Riou1,2,13, #
1Instituto de Enfermedades Infecciosas y Medicina Molecular, Universidad de Ciudad del Cabo, Observatorio, Sudáfrica
2División de Virología Médica, Departamento de Patología; Universidad de Ciudad del Cabo; Observatorio, Sudáfrica
3Instituto de Investigación en Salud de África, Durban, Sudáfrica.
4Escuela de Medicina de Laboratorio y Ciencias Médicas, Universidad de KwaZulu-Natal, Durban, Sudáfrica.
5Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles del Servicio Nacional de Laboratorios de Salud, Johannesburgo,
Sudáfrica.
6Unidad de Investigación de Inmunidad de Anticuerpos SA MRC, Facultad de Patología, Facultad de Ciencias de la Salud,
Universidad de Witwatersrand, Johannesburgo, Sudáfrica.
7Departamento de Medicina, Universidad de Ciudad del Cabo y Hospital Groote Schuur; Observatorio, Sudáfrica
8Departamento de Inmunología, Universidad de Pretoria, Pretoria, Sudáfrica
9Hospital del distrito de Tshwane, Tshwane, Sudáfrica.
10Centro de Zoonosis Virales, Departamento de Virología, Universidad de Pretoria, Pretoria, Sudáfrica
11Centro de Investigación de Enfermedades Infecciosas y Vacunas, Instituto de Inmunología de La Jolla, La Jolla, California, EE. UU.
12Departamento de Medicina, División de Enfermedades Infecciosas y Salud Pública Global, Universidad de California, San
Diego (UCSD), La Jolla, California, EE. UU.
13Centro de Bienvenida para la Investigación de Enfermedades Infecciosas en África, Universidad de Ciudad del Cabo, Observatorio, Sudáfrica
14Departamento de Enfermedades Infecciosas, Imperial College London, Reino Unido.
15el Instituto Francis Crick; Londres, Reino Unido.
dieciséisCentro de VIH Desmond Tutu, Universidad de Ciudad del Cabo, Ciudad del Cabo, Sudáfrica.
17Consejo de Investigación Médica de Sudáfrica, Ciudad del Cabo, Sudáfrica
18Departamento de Medicina Interna, Universidad de Pretoria y Hospital Académico Steve Biko, Pretoria, Sudáfrica.
19 Centro para el Programa de Investigación del SIDA en Sudáfrica, Durban, Sudáfrica.
20Instituto Max Planck de Biología de las Infecciones, Berlín, Alemania.
21Instituto Cape Heart, Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad de Ciudad del Cabo; Observatorio, Sudáfrica.
#
Estos autores contribuyeron igualmente.
Dirigir la correspondencia a:
catalina riou (cr.riou@uct.ac.za ) y Wendy A. Hamburguesas (wendy.burgers@uct.ac.za )
NOTA: Esta preimpresión informa sobre nuevas investigaciones que no han sido certificadas por revisión por pares y no deben usarse para guiar la práctica clínica.
1
preimpresión de medRxiv doi:https://doi.org/10.1101/2021.12.26.21268380; esta versión publicada el 28 de diciembre de 2021. El titular de los derechos de autor de esta
perpetuidad.
Resumen
La variante SARS-CoV-2 Omicron tiene múltiples mutaciones de la proteína Spike (S) que contribuyen a escapar de las respuestas de anticuerpos neutralizantes y
reducen la protección de la vacuna contra la infección. Se desconoce hasta qué punto otros componentes de la respuesta adaptativa, como las células T, aún
pueden dirigirse a Omicron y contribuir a la protección contra resultados graves. Evaluamos la capacidad de las células T para reaccionar con el pico de Omicron
en participantes que fueron vacunados con Ad26.CoV2.S o BNT162b2, y en pacientes convalecientes de COVID-19 no vacunados (n = 70). Encontramos que el
70-80% de la respuesta de las células T CD4 y CD8 al pico se mantuvo en todos los grupos de estudio. Además, la magnitud de las células T con reacción cruzada
de Omicron fue similar a la de las variantes Beta y Delta, a pesar de que Omicron albergaba muchas más mutaciones. Adicionalmente, en pacientes
hospitalizados infectados con Omicron (n = 19), hubo respuestas de células T a proteínas ancestrales de espiga, nucleocápside y membrana comparables a las
encontradas en pacientes hospitalizados en oleadas anteriores dominadas por las variantes ancestrales Beta o Delta (n = 49). Estos resultados demuestran que,
a pesar de las mutaciones extensas de Omicron y la susceptibilidad reducida a los anticuerpos neutralizantes, la mayoría de la respuesta de las células T,
inducida por la vacunación o la infección natural, reconoce la variante. Es probable que la inmunidad de células T bien conservada a Omicron contribuya a la
protección contra la COVID-19 grave, lo que respalda las primeras observaciones clínicas de Sudáfrica. Variantes Beta o Delta (n = 49). Estos resultados
demuestran que, a pesar de las mutaciones extensas de Omicron y la susceptibilidad reducida a los anticuerpos neutralizantes, la mayoría de la respuesta de las
células T, inducida por la vacunación o la infección natural, reconoce la variante. Es probable que la inmunidad de células T bien conservada a Omicron
contribuya a la protección contra la COVID-19 grave, lo que respalda las primeras observaciones clínicas de Sudáfrica. Variantes Beta o Delta (n = 49). Estos
resultados demuestran que, a pesar de las mutaciones extensas de Omicron y la susceptibilidad reducida a los anticuerpos neutralizantes, la mayoría de la
respuesta de las células T, inducida por la vacunación o la infección natural, reconoce la variante. Es probable que la inmunidad de células T bien conservada a
Omicron contribuya a la protección contra la COVID-19 grave, lo que respalda las primeras observaciones clínicas de Sudáfrica.
La variante de preocupación más reciente del SARS-CoV-2, denominada Omicron1, fue descrito el 26 de
noviembre de 2021 a partir de secuencias de Botswana, Hong Kong y Sudáfrica2. Omicron es responsable
del aumento actual de infecciones en Sudáfrica y se está volviendo dominante a nivel mundial. Con más
de 30 mutaciones en la proteína espiga, se ha descrito una capacidad sustancial para evadir la respuesta
de anticuerpos neutralizantes.3-6. Esto se asocia con una mayor capacidad de reinfección.7, así como
estimaciones iniciales más bajas de la eficacia de la vacuna contra la enfermedad sintomática8.9. Las
células T específicas del SARS-CoV-2 desempeñan un papel clave en la modulación de la gravedad de la
COVID-1910-12, y proporcionar inmunidad protectora en el contexto de títulos de anticuerpos subóptimos13.
Dada la amplia capacidad de Omicron para escapar de las respuestas de anticuerpos, determinamos si las
células T generadas en respuesta a la vacunación o a una infección previa por SARS-CoV-2 podrían
reconocer cruzadamente a Omicron.
Examinamos las respuestas de las células T en participantes que habían recibido

una o dos dosis de la vacuna Ad26.COV2.S (Johnson y Johnson/Janssen, n = 20/grupo), dos
dosis de la vacuna de ARNm BNT162b2 (Pfizer – BioNTech, n = 15), o que se habían
recuperado de la infección (n = 15) (Fig. 1a, Tabla complementaria 1y2).
2
perpetuidad.
Los donantes convalecientes fueron examinados una mediana de 1,4 meses (rango intercuartílico [RIC]:
1,3-6 meses) después de una infección leve o asintomática. Más del 85% de los vacunados generaron una
respuesta de células T a la vacunación, medida 22-32 días después de la última dosis (HIGO. 1b). Tanto la
vacunación como la infección indujeron respuestas de células T CD4 específicas de pico, mientras que
una respuesta de CD8 se detectó de manera menos consistente (HIGO. 1c). Medimos la producción de
citoquinas (IFN-γ, IL-2 y TNF-α) mediante la tinción de citoquinas intracelulares en respuesta a grupos de
péptidos que cubren la proteína de pico Wuhan-1 completa (ancestral) y el pico de Omicron (HIGO. 1dy
Datos extendidos Fig. 1a).
Las frecuencias de las células T CD4 al pico de Omicron fueron constante y significativamente más
bajas que el pico ancestral en todos los grupos probados (HIGO. 1º). Esto se tradujo en una disminución media
del 14-30 % de la respuesta de CD4 a Omicron, como lo demuestra foldchange (HIGO. 1f). Se observaron
resultados similares para la respuesta de las células T CD8 (HIGO. 1g-h), donde los vacunados que habían
recibido dos dosis de Ad26.COV2.S y los donantes convalecientes demostraron una disminución significativa en
la magnitud de las células T CD8 específicas de pico de Omicron, aunque los otros grupos no lo hicieron. Hubo
una reducción media del 17-25 % de la respuesta de CD8 a Omicron en comparación con el virus ancestral. Es de
destacar que una fracción de los que respondieron (5/32; 15%) exhibió una pérdida de reconocimiento de
Omicron por parte de las células T CD8 (Figura 1g yDatos extendidos Fig. 1b), probablemente reflejando
moléculas HLA específicas que se ven afectadas negativamente por mutaciones en epítopos particulares de CD8
14.
Las mutaciones en los epítopos variantes tienen el potencial de disminuir la afinidad de las células
T, lo que puede afectar la capacidad funcional de las células.15. Por lo tanto, comparamos los perfiles
polifuncionales de las células T en vacunados e individuos convalecientes y demostramos capacidades
similares para la coexpresión de citocinas en todos los grupos para células T ancestrales y específicas de
Omicron (Datos extendidos Fig. 2a-by3a-b). En particular, tampoco hubo diferencias en los perfiles
polifuncionales entre el pico ancestral y el de Omicron para las células T CD4 o CD8 (Datos extendidos Fig.
2cy3c), lo que indica la ausencia de un déficit funcional en las respuestas de células T Omicron de reacción
cruzada. También comparamos las respuestas de los picos de Omicron con otras variantes preocupantes
en los vacunados con Ad26.CoV2.S, mediante la prueba de grupos de péptidos de pico correspondientes a
las secuencias virales de las cepas Beta y Delta (Datos extendidos Fig. 4a). No hubo diferencias
significativas en las respuestas de células T CD4 y CD8 de reacción cruzada entre Beta, Delta y Omicron (
Datos extendidos Fig. 4b), con la excepción de una mayor disminución en la respuesta de Omicron CD4
en comparación con Beta en los receptores de dos dosis de Ad26.COV2.S. Es de destacar que, si bien la
infección previa por SARS-CoV-2 en vacunados se asoció con una mayor frecuencia de células T específicas
de pico (Datos extendidos Fig. 5a), no tuvo impacto en la reactividad cruzada de Omicron (Datos
extendidos Fig. 5b). En general, estos resultados muestran que el reconocimiento de células T CD4 y CD8
de la espiga de Omicron se conserva en gran medida en comparación con la cepa ancestral, y es similar a
otras variantes preocupantes que llevan tres veces menos mutaciones.
3
perpetuidad.
La epidemia de SARS-CoV-2 en Sudáfrica se ha caracterizado por cuatro ondas de infección

virológicamente distintas (HIGO. 2b). Esto nos permitió comparar las respuestas de las células T en
pacientes de la cuarta ola epidémica actual, dominada por Omicron, con aquellos infectados en olas
anteriores dominadas por ancestral (onda 1, n = 17), Beta (onda 2, n = 16) y Delta (Oleada 3, n = 16)
variantes (HIGO. 2a). Además de las extensas mutaciones en la espiga, Omicron tiene 20 mutaciones
adicionales en otras proteínas que también podrían resultar en la fuga de células T. Por lo tanto,
medimos la frecuencia de las células T CD4 y CD8 a las proteínas de pico ancestral (S), nucleocápside
(N) y membrana (M), todos los objetivos principales de la respuesta de las células T.dieciséis. Estudiamos
pacientes infectados con SARS-CoV-2 que fueron hospitalizados con COVID-19 (HIGO. 2a). Estos
pacientes recientemente hospitalizados, reclutados entre el 1 de diciembreS ty 15el, 2021 (n = 19), no
tenían antecedentes de COVID-19 previo y no estaban vacunados. La infección por Omicron se
confirmó por falla del objetivo del gen S (SGTF; 7 pacientes) o por secuenciación del genoma
completo (5 pacientes, en curso). Siete hisopos no estaban disponibles en el momento de la
hospitalización, sin embargo, Omicron representaba el 100 % de las secuencias de Sudáfrica en el
momento del reclutamiento (HIGO. 2b), había una alta probabilidad de infección por Omicron.
A pesar de las diferencias en la edad, la gravedad de la enfermedad y las comorbilidades entre las olas
de infección (HIGO. 2ayTabla Suplementaria 3), las respuestas de las células T dirigidas a S, N y M en los
pacientes del ciclo 4 fueron de una magnitud similar a las de los pacientes infectados con otras variantes del
SARS-CoV-2 en ciclos anteriores (HIGO. 2cyD). La frecuencia de los que respondieron tampoco difirió
notablemente entre las oleadas. Además, la magnitud de las respuestas de CD4 específicas del pico de Omicron
montadas por los pacientes de Wave 4 fue altamente comparable al pico ancestral (HIGO. 2do), lo que sugiere
que la mayoría de los pacientes tienen como objetivo los epítopos conservados en pico.
En general, estos resultados demuestran que la vacunación y la infección inducen una respuesta
robusta de células T CD4 y CD8 que en gran medida reacciona de forma cruzada con Omicron, de acuerdo
con el trabajo reciente de nuestro laboratorio y otros sobre el escape limitado de células T por Beta, Delta
y otras variantes.17-19. A pesar del extenso escape de neutralización contra Omicron5, se conserva el 70-80%
de la respuesta de las células T. El efecto limitado de las mutaciones de Omicron en la respuesta de las
células T sugiere que la vacunación o una infección previa aún pueden brindar una protección sustancial
contra la enfermedad grave. De hecho, Sudáfrica ha informado un menor riesgo de hospitalización y
enfermedad grave en comparación con la ola Delta anterior.20. Las respuestas de células T de reacción
cruzada adquiridas a través de la vacunación o la infección pueden contribuir a estos resultados
aparentemente más leves para Omicron. La resiliencia de la respuesta de las células T demostrada aquí
también es un buen augurio en el caso de que surjan variantes más altamente mutadas en el futuro.
4
perpetuidad.
Higo
perpetuidad.
Figura
a Cohortes hospitalizados
Ola 1 Ola 2 Ola 3 Ola 4

cepa dominante Ancestral Beta Delta Omicrón
a 17 dieciséis dieciséis 19
Edad (mediana, RIC) 55 [41-62] 64 [53-68] 49 [37-63] 47 [35-60]
Días tras PCR + (mediana, IQR) 2 [1-4] 5 [2-10] 6 [2-10] 4 [3-6]
COVID-19 grave (OMS ≥5) 7/17 (41,2%) 1/16 (6,2%) 12/16 (75%) 9/19 (47,4%)
B 100 150k
Prevalencia de linaje (%)
80 Ancestral
100k Beta
60
Numero de casos
Alfa
Delta
40
50k C.1.2
20 Omicrón
1607sesenta y cinco4...108640
0 0k
597760...544208
486431...54864
0 0 0 0 1 1 1
0 02 re de 202 de 202 02 re 2020 o 021 02 02 2021 ayo 1 202 de 202 osto de bre 20 de 202 bre 202 re 2021
02 0 20 20 0 1 21 21 1 1
02 202 e 20 e 20
.86
4
110050..0742
2277..2288
4305..2942
7893..1424
9922..0088
57.526
6
e2
351..9620
5 3 . 20
16010..8742
6. 6
186 74,802
7099...43
48878
5434..2
148.3624
10906..7420
2428..9
7547..850
86 61.84
282..69
1400..020
8837..474
50 18.64
61
10.00
14.32
r 2 yo io d lio d o ar r
10.00
31.60
44.56
66.16
79.12
105.04
109.36
14.32
35.92
96.40
109.36
5932.2008
od v
8.88
er io lio
6
27.28
3 1 . 6
40.24
87.76
re
b em
e
ab ma jun ju ag septi oct no dicie en fe m ab 20 d jun ju 2 de sep
z b ag m br b
0
b m
4 22,96
ar em ub m tie tu vie iem
70.48
m oc no dic
7.
1
170
C respuesta CD4 mi 4elola
ancestralS N ancestral m ancestral (Omicrón)
norte = 9
Células Spike-spe (% CD4)

n = 17 dieciséis dieciséis 19 norte = 9 15 14 11 norte = 5 12 10 9
Células SARS-CoV-2-spe
1 1
(% CD4)
0.1
0.1
0.01
0.01
0.001
0.001 l n
ra icr
ó
Ola: 1S t2Dakota del Norte3rd4el 1S t2Dakota del Norte3rd4el 1S t2Dakota del Norte3rd4el e st
nc Om
Onda 1 / S
A
Ola 1 / M
Ola 2 / M
Ola 3 / M
Ola 4 / M
Ola 1 / N
Ola 2 / N
Ola 3 / N
Ola 4 / N
Ola 2 / S
Ola 3 / S
Ola 4 / S
D respuesta CD8
ancestralS N ancestral m ancestral
n = 17 dieciséis dieciséis 19 norte = 9 15 14 11 norte = 5 12 10 9

Células SARS-CoV-2-spe
1
(% CD8)
0.1
0.01
0.001
Ola: 1S t2Dakota del Norte3rd4el 1S t2Dakota del Norte3rd4el 1S t2Dakota del Norte3rd4el
Onda 1 / S
Ola 1 / M
Ola 2 / M
Ola 3 / M
Ola 4 / M
Ola 1 / N
Ola 2 / N
Ola 3 / N
Ola 4 / N
Ola 2 / S
Ola 3 / S
Ola 4 / S
HIGO. 2: Respuesta de las células T al SARS-CoV-2 ancestral en pacientes hospitalizados con COVID-19 no
vacunados infectados con las variantes del SARS-CoV-2 ancestral, Beta, Delta u Omicron.
a,Características clínicas de los grupos de estudio. Grave La enfermedad se definió en función del requerimiento de
oxigenoterapia de acuerdo con el sistema de puntuación de la escala ordinal de la OMS (O2 a través de alto flujo a ECMO). B,
Dinámica epidemiológica del SARS-CoV-2 en Sudáfrica que muestra la prevalencia de diferentes cepas del SARS-CoV-2 (basado
en 24.762 secuencias; eje izquierdo) y el número de casos de COVID-19 (eje derecho). Las barras en la parte superior del gráfico
indican los períodos en los que se recolectaron muestras para cada ola epidémica. CD, Frecuencia de CD4 específico del SARS-
CoV-2 (C) y células T CD8 (D) que producen cualquiera de las citoquinas medidas (IFN-γ, IL-2 o TNF-α) en respuesta a los
conjuntos de péptidos ancestrales de pico (S), nucleocápside (N) y membrana (M) del SARS-CoV-2. Los pasteles representan la
proporción de participantes que exhiben una respuesta de células T detectable a cada proteína.mi,Comparación de la
respuesta de las células T al pico ancestral o de Omicron en pacientes infectados con Omicron. Las barras representan las
medianas de los respondedores. No se observaron diferencias significativas entre los antígenos entre los respondedores
utilizando una prueba de Kruskal-Wallis con la prueba posterior de comparaciones múltiples de Dunń. El número de
participantes incluidos en cada análisis se indica en los gráficos.
6
perpetuidad.
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8
perpetuidad.
Ex
9
perpetuidad.
Datos extendidos Fig. 2:
respuesta CD4
a 80 Anuncio26 (1x) Anuncio26 (2x) BNT162 Conval
% del total de células ancestrales S-sp CD4

n = 18 n = 19 norte = 13 n = 15
espiga ancestral
60
40
20
• • • •
gramo + 2 + (1x)
gramo + 2 + (2x)
g + 2 + (PFZ)
g + T + (PFZ)
IFN-ɣ
T + (Conversión)
T + (1x)
T + (2x)
G + (1x)
gramo + 2 + T + (1x)
gramo + 2 + T + (2x)
g + T + (1x)
g + T + (2x)
2 + T + (1x)
2 + T + (2x)
G + (conv.)
g + 2 + (Conversión)
Sol + (x2)
g + T + (Conversión)
g + 2 + T + (PFZ)
2+ (1x)
2+ (x2)
2 + T + (Conversión)
2+ (conv.)
2+T + (PFZ)
T + (PFZ)
G + (PFZ)
g + 2 + T + (Conversión)
2+ (PFZ)
IL-2 • • • •
TNF-α
• • • •
B 80 Anuncio26 (1x)
n = 18
Anuncio26 (2x)
n = 19
BNT162
norte = 13
Conval
n = 15
% del total de células Omicron S-sp CD4
espiga de omicrón
60
40
20
0
IFN-ɣ
• • • •
gramo + 2 + (1x)
gramo + 2 + (2x)
g + 2 + (PFZ)
g + T + (PFZ)
T + (Conversión)
T + (1x)
T + (2x)
G + (1x)
gramo + 2 + T + (1x)
gramo + 2 + T + (2x)
g + T + (1x)
g + T + (2x)
2 + T + (1x)
2 + T + (2x)
G + (conv.)
Sol + (x2)
2+ (1x)
2+ (x2)
g + 2 + T + (PFZ)
2+ (conv.)
T + (PFZ)
• • • •
G + (PFZ)
2+ (PFZ)
IL-2
+ + (PFZ)
TNF-α
• • • •
2T
C 80 Ancestral Omicrón
n = 65 n = 65
% del total de células CD4 Spike-sp
60
40
20
0
IFN-ɣ
• • • •
2 + T + (WU)
g + T + (omi)
g + (omi)
2 + T + (omi)
g + 2 + T + (WU)
T + (WU)
T + (omi)
g + 2 + T + (omi)
g + (WU)
g + 2 + (WU)
2+ (WU)
g + 2 + (omi)
g + T + (WU)
2+ (omi)
IL-2 • • • •
TNF-α
• • • •
Datos extendidos Fig. 2: Perfiles polifuncionales de células T CD4 específicas de SARS-CoV-2 después de la vacunación y
en voluntarios convalecientes no vacunados.
un, b, Comparación del perfil polifuncional de ancestral (a) y Omicrón (B) células T CD4 específicas de pico entre los
cuatro grupos (Ad26.COV2.S-una dosis, Ad26.COV.S-dos dosis, BNT162b2-dos dosis y voluntarios convalecientes no
vacunados). C,Comparación del perfil polifuncional entre las células T CD4 ancestrales y específicas de Omicron,
incluidos todos los participantes que responden a las células T CD4, independientemente de su agrupación clínica. Se
muestran las medianas y el IQR. Cada patrón de respuesta (es decir, cualquier combinación posible de expresión de
IFN-γ, IL-2 o TNF-α) está codificado por colores y los datos se resumen en gráficos circulares. No se observaron
diferencias significativas entre pasteles utilizando una prueba de permutación. El número de participantes incluidos en
cada análisis se indica en los gráficos.
10
perpetuidad.
respuesta CD8
a 100 Anuncio26 (1x) Anuncio26 (2x) BNT162 Conval
% del total de células ancestrales S-sp CD8

norte = 5 norte = 10 norte = 9 norte = 8
80
espiga ancestral
60
40
20
• • • •
gramo + 2 + (1x)
gramo + 2 + (2x)
g + 2 + (PFZ)
g + T + (PFZ)
T + (Conversión)
T + (1x)
T + (2x)
G + (1x)
gramo + 2 + T + (1x)
gramo + 2 + T + (2x)
g + T + (1x)
g + T + (2x)
IFN-ɣ 2 + T + (1x)
2 + T + (2x)
G + (conv.)
Sol + (x2)
2+ T + (PFZ)
2+ (1x)
2+ (x2)
2+ (conv.)
T + (PFZ)
G + (PFZ)
2+ (PFZ)
2 T + (PFZ)
IL-2 • • • •
TNF-α
• • • •
g ++
B 100 Anuncio26 (1x)

norte = 4
Anuncio26 (2x)
norte = 10
BNT162
norte = 6
Conval
n=7
% del total de células Omicron S-sp CD8
80 espiga de omicrón
60
40
20
• • • •
gramo + 2 + (1x)
gramo + 2 + (2x)
IFN-ɣ
g + 2 + (PFZ)
g + T + (PFZ)
T + (Conversión)
T + (1x)
T + (2x)
G + (1x)
gramo + 2 + T + (1x)
gramo + 2 + T + (2x)
g + T + (1x)
g + T + (2x)
2 + T + (1x)
2 + T + (2x)
G + (conv.)
Sol + (x2)
2+ (1x)
2+ (x2)
2+ (conv.)
T + (PFZ)
g + 2+T + (PFZ)
G + (PFZ)
• • • •
2+ (PFZ)
IL-2
+ + (PFZ)
TNF-α
• • • •
2T
C 100 Ancestral
norte = 32
Omicrón
norte = 27
% del total de células Spike-sp CD8
80
60
40
20
0
IFN-ɣ
• • • •
g + (WU)
2 + T + (WU)
g + (omi)
g + T + (omi)
2 + T + (omi)
g + 2 + T + (WU)
T + (WU)
T + (omi)
g + 2 + T + (omi)
g + 2 + (WU)
2+ (WU)
g + 2 + (omi)
g + T + (WU)
2+ (omi)
IL-2 • • • •
TNF-α
• • • •
Datos extendidos Fig. 3: Perfiles polifuncionales de células T CD8 específicas de SARS-CoV-2 después de la vacunación y
en voluntarios convalecientes no vacunados.
un, b, Comparación del perfil polifuncional de ancestral (a) y Omicrón (B) células T CD8 específicas de pico entre los
cuatro grupos (Ad26.COV2.S-una dosis, Ad26.COV2.S-dos dosis, BNT162b2-dos dosis y voluntarios convalecientes de
COVID-19 no vacunados). C,Comparación del perfil polifuncional entre la espiga ancestral y las células T CD8 específicas
de la espiga de Omicron, incluidos todos los participantes que responden a las células T CD8, independientemente de su
agrupación clínica. Se muestran las medianas y el IQR. Cada patrón de respuesta (es decir, cualquier combinación
posible de expresión de IFN-γ, IL-2 o TNF-α) está codificado por colores y los datos se resumen en gráficos circulares. No
se observaron diferencias significativas entre pasteles utilizando una prueba de permutación. El número de
participantes incluidos en cada análisis se indica en los gráficos.
11
perpetuidad.
a respuesta CD4 respuesta CD8
Ad26.COV2.S (1x) Ad26.COV2.S (2x) Ad26.COV2.S (1x) Ad26.COV2.S (2x)

n = 18 12 17 18 n = 19 18 19 19 5 5 5 9 10 10
1
norte = 5 norte = 10
Células específicas de pico (% CD4)
Células específicas de pico (% CD8)

1
0.1
0.1
0.01 0.01
0.001 0.001
l ta lta rón tral ta l l

tra lta ón ta elta rón ta lta ón
Be De Be tra ra
Espiga (Delta) / JJ1x

Espiga (Beta) / JJ1x
Espiga (WU) / JJ1x
Espiga (WU) / JJ2x

Espiga (Omicron) / JJ1x

Espiga (Beta) / JJ1x
Espiga (WU) / JJ1x
Be
Espiga (WU) / JJ2x

De Be De icr

s ic s icr st
Pico (WU) / Pfizer
Espiga (Omicron) / Pfizer

s ic
Pico (WU) / Pfizer
Espiga (Omicron) / Pfizer

ce ce
Pico (Beta) / JJ2x
ce D e
Pico (Beta) / JJ2x

m c
An O An Om An
m m O An O
B
Ad26.COV2.S (1x) Ad26.COV2.S (2x) Ad26.COV2.S (1x) Ad26.COV2.S (2x)
10
Respuesta de cambio de pliegue CD4
Respuesta de cambio de pliegue CD8
0.03
1
1
0.1 FC mediana FC mediana

0.1 0.87 0.76
0,78 0,81 0.86 1.07 0.97 0.78 0,71 0,41 0.78 0.80
ta lta ón t a lta ón ta lta ón ta lta ón

Be De icr Be De icr Be Be
Omicrón / PFZ
De icr De icr
Beta / JJ-2x
Omicrón / JJ-1x
Omicrón / JJ-2x
Omicrón / PFZ
Delta/JJ-1x
Delta/JJ-2x
Beta/JJ-1x
Beta / JJ-2x
Omicrón / JJ-1x
Omicrón / JJ-2x
Om Om Om Om
Delta/JJ-1x
Delta/JJ-2x
Beta/JJ-1x
Datos extendidos Fig. 4: Respuestas de células T al pico ancestral, Beta, Delta y Omicron SARS-CoV-2
en participantes que recibieron Ad26.COV2.S (una o dos dosis). a,Frecuencia de células T CD4
específicas (panel izquierdo) y CD8 (panel derecho) que producen cualquiera de las citoquinas medidas
(IFN-γ, IL-2 o TNF-α) en respuesta a grupos de péptidos ancestrales, Beta, Delta y Omicron . Las barras
representan la mediana de los respondedores. No se observaron diferencias significativas entre las
variantes utilizando una prueba de Kruskal-Wallis con la prueba posterior de comparaciones múltiples de
Dunń.B, Cambio de pliegue en la frecuencia de las células T CD4 (panel izquierdo) y CD8 (panel derecho)
específicas de pico entre las respuestas de pico ancestrales y Omicron. Las barras representan medianas.
Las diferencias entre las variantes del SARS-CoV-2 se calcularon mediante una prueba de Kruskal-Wallis con
la prueba posterior de comparaciones múltiples de Dunn. Los cambios de pliegue medianos se indican en
la parte inferior de cada gráfico. El número de participantes incluidos en cada análisis se indica en los
gráficos.
12
perpetuidad.
a
0.001
0.01
Células T ancestrales S-spe (%)

1 0.03
0.01
0.17
0.1
0.01
0.001
Infección previa: N Y A Y A Y Y A Y A Y A Y Y
CD8/JJ2x/sin previo
CD4 / PFZ / sin pre
CD8 / PFZ / sin pre

CD4 conval
CD8 conval
CD4 / JJ1x / sin pre
CD4 / JJ2x / sin pre
No No
CD8 / JJ1x / sin previo

BNT162 cera BNT162 cera
Respuesta de cambio de pliegue CD4CD4/JJ1x/Pre
CD4/PFZ/Pre
CD8/PFZ/Pre
Anuncio26 (1x) Anuncio26 (2x) Anuncio26 (1x) Anuncio26 (2x)
CD4/JJ2x/Pre
CD8/JJ1x/Pre
CD8/JJ2x/Pre
Células T CD4 Células T CD8
B Anuncio26 (1x) Anuncio26 (2x) BNT162
0,55 0,67 0.18

(Omicrón / ancestral)
n=7
0.1
norte = 6 norte = 12 norte = 5 norte = 14 norte = 6
Infección previa: N Y A Y A Y
Omi/PFZ/NO pre
Omi/PFZ/Pre
Omi/JJ-1x/NO pre
Omi/JJ-2x/NO pre
Omi/JJ-1x/pre
Omi/JJ-2x/pre
Datos extendidos Fig. 5: Impacto de una infección previa por COVID-19 en las respuestas de las
células T al pico ancestral y Omicron SARS-CoV-2 en participantes vacunados.
a,Comparación de la frecuencia de respuestas ancestrales de células T específicas de pico en participantes
vacunados que tenían (Y) o no tenían (N) infección previa por SARS-CoV-2. Los pasteles representan la
proporción de participantes que exhiben una respuesta detectable de células T CD8. Las barras
representan medianas. Las diferencias estadísticas se calcularon utilizando una prueba de Mann-Whitney.
B, Doble cambio en la frecuencia de células T CD4 específicas de espiga entre las respuestas de espiga
ancestrales y de Omicron en los tres grupos de vacunas. Las barras representan medianas. Las diferencias
estadísticas se calcularon utilizando una prueba de Mann-Whitney. El número de participantes incluidos en
cada análisis se indica en los gráficos.
13
perpetuidad.
MÉTODOS
Participantes humanos
Se incluyeron un total de 138 participantes en este estudio y se agruparon según su estado de

vacunación y COVID-19. Los participantes fueron seleccionados en función de la disponibilidad de
PBMC. El estudio fue aprobado por el Comité de Ética de Investigación Humana de la Universidad de
Ciudad del Cabo (ref: HREC 190/2020, 207/2020 y 209/2020) y el Comité de Ética de Investigación
Humana de la Universidad de Witwatersrand (Médico) (ref. M210429 y M210752) , el Comité de Ética
de Investigación Biomédica de la Universidad de KwaZulu – Natal (ref. BREC/00001275/2020) y el
Comité de Ética de Investigación en Ciencias de la Salud de la Universidad de Pretoria (ref. 247/2020).
Se obtuvo el consentimiento informado por escrito de todos los participantes.
1- Participantes vacunados con Ad26.COV2.S (una o dos dosis) o BNT162b2 (dos

dosis)
En este estudio se incluyeron muestras de PBMC de 40 participantes (20 que
recibieron una dosis de la vacuna Ad26.COV2.S y 20 que recibieron dos dosis). Estos
participantes están inscritos en el ensayo de fase 3b de Sisonke, un ensayo de implementación
de Ad26.COV2.S en trabajadores de la salud. El reclutamiento tuvo lugar en el Hospital Groote
Schuur (Ciudad del Cabo, Cabo Occidental, Sudáfrica) entre julio de 2020 y diciembre de 2021.
Se registró una infección previa por COVID-19 en 13 de los 20 participantes que habían recibido
una dosis de Ad26.COV2.S vacuna y en 14 de 20 participantes que habían recibido dos dosis.
Además, también incluimos muestras de 15 participantes vacunados con dos dosis de
BNT162b2 (Pfizer), inscritos en un estudio de cohorte prospectivo en KwaZulu Natal (Sudáfrica).
Se registró una infección previa por COVID-19 en 6 de los 15 participantes.Cuadro
complementario
1.
2- Participantes convalecientes de COVID-19

Se reclutaron voluntarios convalecientes de COVID-19 (n = 15) del Hospital Groote Schuur en Ciudad del
Cabo (Cabo Occidental, Sudáfrica). Según la fecha de infección informada, siete probablemente estaban
infectados con el SARS-CoV-2 ancestral (antes de agosto de 2020), mientras que para otros 8, la fecha de
infección ocurrió en diciembre de 2020, lo que sugiere una infección con la variante Beta. Las muestras
se obtuvieron entre el 19 de eneroely 15 de febreroel, 2021 antes de que la vacunación contra el SARS-
CoV-2 esté disponible en Sudáfrica. Todos tenían un resultado positivo documentado de hisopo PCR para
SARS-CoV-2 o un resultado positivo de anticuerpos específicos de nucleocápside para SARS-CoV-2
(ensayo Roche Elecsys, Roche Diagnostics, Basilea, Suiza). La mediana de tiempo posterior a la prueba
positiva fue de 1,4 meses,
14
perpetuidad.
de 1 a 7 meses. Las características demográficas y clínicas de los

voluntarios convalecientes se resumen enCuadro complementario 2.
3- Pacientes hospitalizados con COVID-19
Sesenta y ocho pacientes hospitalizados con COVID-19 se incluyeron en este estudio. Estos
participantes se agruparon según el momento de su hospitalización, lo que refleja cuatro olas de
infección distintas en Sudáfrica, cada una dominada por una cepa diferente de SARS-CoV-2 (HIGO. 2b
). Los participantes de los ciclos 1, 2 y 3 se reclutaron en el Hospital Groote Schuur en Ciudad del
Cabo (Cabo Occidental, Sudáfrica) y los pacientes del ciclo 4 se reclutaron en el Hospital Groote
Schuur y el Hospital del distrito de Tshwane en Tshwane (Gauteng, Sudáfrica). Los pacientes del ciclo
1 (n = 17) se inscribieron entre el 11 de junioel
y 24 de julioel, 2020, en un momento en que circulaban cepas de SARS-CoV-2 relacionadas con
ancestrales (Wuhan-1 D614G). No hay secuencias virales disponibles para estos pacientes, pero
supusimos que todos estaban infectados con un virus estrechamente relacionado con el virus
ancestral, ya que el muestreo se realizó casi tres meses antes de la aparición de la variante Beta en
Sudáfrica. Los pacientes del ciclo 2 (n = 16) fueron reclutados entre el 31 de diciembreS t, 2020 y 15
de eneroel, 2021, cuando dominó la variante Beta. Las secuencias virales estaban disponibles para
seis participantes de la segunda ola, todos los cuales tenían infección Beta confirmada (números de
acceso de GISAID: EPI_ISL_1040693, 1040658, 1040661, 1040685, 1040657, 1040663). Los pacientes
de Wave 3 (n = 16) fueron reclutados entre el 14 de julioely 21S t, 2021. La ola 3 estuvo dominada por
la variante Delta. Las secuencias virales estaban disponibles para 7 participantes de la tercera ola,
todos los cuales fueron confirmados como infección Delta (números de acceso de GISAID:
EPI_ISL_3506484, 3506367, 3957813, 3506504, 3506512, 3506518). Los pacientes de Wave 4 (n = 19)
fueron reclutados entre el 1 de diciembreS ty 15el, 2021. La variante SARS-CoV-2 Omicron fue
dominante durante esta ola actual. Entre esos pacientes, a siete se les realizó una prueba de PCR
Taqpath (Thermofisher, Waltham, Massachusetts, EE. UU.), todos los cuales se caracterizaron por
una falla en el objetivo del gen S, altamente sugestivo de una infección por Omicron. Además, se
disponía de muestras de hisopo de otros cinco pacientes incluidos en este grupo y está pendiente la
secuenciación del genoma completo. Las características demográficas y clínicas de los participantes
hospitalizados con COVID-19 se resumen enCuadro complementario 3.
WGS de picos de SARS-CoV-2 y análisis filogenético

La secuenciación del genoma completo (WGS) del SARS-CoV-2 se realizó a partir de hisopos
nasofaríngeos. La secuenciación se realizó como se publicó anteriormente.2. Brevemente, el ARN se
extrajo en un instrumento automatizado Chemagic 360, utilizando el kit CMG-1049 (Perkin Elmer,
Hamburgo, Alemania). Se prepararon bibliotecas para la secuenciación del genoma completo
utilizando el protocolo Oxford Nanopore Midnight con código de barras rápido o el ensayo Illumina
COVIDseq. El control de calidad verifica los datos de secuencia sin procesar.
15
perpetuidad.
y el ensamblaje del genoma se realizó con Genome Detective 1.132 (https://

www.genomedetective.com), que se actualizó para el ensamblaje preciso y la llamada de
variantes de las lecturas Illumina o Oxford Nanopore del cebador en mosaico, y la
herramienta de escritura de coronavirus. Las lecturas sin procesar del protocolo Illumina
COVIDSeq se ensamblaron utilizando la canalización Exatype NGS SARS-CoV-2 v1.6.1, (https://
sars-cov-2.exatype.com/ ). La clasificación filogenética de los genomas se realizó utilizando el
método de clasificación de linaje dinámico generalizado del paquete de software 'Asignación
filogenética de linajes de brotes globales con nombre' (PANGOLIN) (https://github.com/
hCoV-2019/pangolín ).
Aislamiento de PBMC
La sangre se recogió en tubos con heparina y se procesó en las 4 horas siguientes a la recogida. Las
células mononucleares de sangre periférica (PBMC) se aislaron mediante sedimentación en gradiente de
densidad utilizando Ficoll-Paque (Amersham Biosciences, Little Chalfont, Reino Unido) según las
instrucciones del fabricante y se criopreservaron en medios de congelación que consisten en suero
bovino fetal inactivado por calor (FBS, Thermofisher Scientific) que contenía DMSO al 10% y se almacenó
en nitrógeno líquido hasta su uso.
Antígeno SARS-CoV-2
Para los ensayos de células T en pacientes hospitalizados, utilizamos grupos de péptidos disponibles comercialmente (secuencias de 15 mer con una superposición de 11 aminoácidos) que
cubren la longitud total de la nucleocápside, la membrana y las proteínas de pico de Wuhan-1 SARS-CoV-2 (PepTivator®, Miltenyi Biotech , Bergisch Gladbach, Alemania). Para el pico,
combinamos dos grupos de péptidos que cubren el dominio S1 N-terminal del SARS-CoV-2 desde aa 1 hasta 692 y la mayoría del dominio S2 C-terminal. Los pools se resuspendieron en agua
destilada a una concentración de 50 µg/mL y se utilizaron a una concentración final de 1 µg/mL. Para determinar las respuestas de las células T a las variantes del SARS-CoV-2 en voluntarios
vacunados y convalecientes, utilizamos megagrupos de péptidos personalizados. Estos péptidos (15-mers superpuestos por 10 aminoácidos) abarcaron toda la proteína espiga correspondiente
a la secuencia ancestral de Wuhan (GenBank: MN908947), Beta (B. 1.351 Horas; GISAID: EPI_ISL_736932), variantes Delta SARS-CoV-2 (B.1.617.2; GISAID: EPI_ISL_2020950) u Omicron (B.1.1.529),
portando en la secuencia de espiga las 38 mutaciones descritas actualmente (A67V, H69del, V70del , T95l, G142D, V143del, Y144del, Y145del, S152W, N211del, L212l, ins214EPE, G339D, S371L,
S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, N48R, 496, 494, 496, D61, 496, D61, 494, 496 N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F). Brevemente, los péptidos se
sintetizaron como material crudo (TC Peptide Lab, San Diego, CA). Todos los péptidos se resuspendieron individualmente en dimetilsulfóxido (DMSO) a una concentración de 10-20 mg/mL. Se
crearon megagrupos para cada antígeno agrupando alícuotas de estos llevando en la secuencia del pico todas las 38 mutaciones descritas actualmente (A67V, H69del, V70del, T95l, G142D,
V143del, Y144del, Y145del, S152W, N211del, L212l, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N4114 S4787K, T4114 , E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y,
N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F). Brevemente, los péptidos se sintetizaron como material crudo (TC Peptide Lab, San Diego, CA). Todos los péptidos se
resuspendieron individualmente en dimetilsulfóxido (DMSO) a una concentración de 10-20 mg/mL. Se crearon megagrupos para cada antígeno agrupando alícuotas de estos llevando en la
secuencia de espigas las 38 mutaciones actualmente descritas (A67V, H69del, V70del, T95l, G142D, V143del, Y144del, Y145del, S152W, N211del, L212l, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F,
K417N, N4114 S4787K, T4114 S4787K, T4114 , E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F). Brevemente, los
péptidos se sintetizaron como material crudo (TC Peptide Lab, San Diego, CA). Todos los péptidos se resuspendieron individualmente en dimetilsulfóxido (DMSO) a una concentración de 10-20
mg/mL. Se crearon megagrupos para cada antígeno agrupando alícuotas de estos Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F).
Brevemente, los péptidos se sintetizaron como material crudo (TC Peptide Lab, San Diego, CA). Todos los péptidos se resuspendieron individualmente en dimetilsulfóxido (DMSO) a una
concentración de 10-20 mg/mL. Se crearon megagrupos para cada antígeno agrupando alícuotas de estos Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K,
Q954H, N969K, L981F). Brevemente, los péptidos se sintetizaron como material crudo (TC Peptide Lab, San Diego, CA). Todos los péptidos se resuspendieron individualmente en dimetilsulfóxido
(DMSO) a una concentración de 10-20 mg/mL. Se crearon megagrupos para cada antígeno agrupando alícuotas de estos
dieciséis
perpetuidad.
péptidos individuales en las respectivas secuencias de picos de SARS-CoV-2, seguidos de

pasos de liofilización secuencial y resuspensión en DMSO a 1 mg/ml. Los pools se usaron a
una concentración final de 1 μg/mL con una concentración equimolar de DMSO en el control
no estimulado.
Estimulación celular y tinción de citometría de flujo
Las PBMC crioconservadas se descongelaron, lavaron y reposaron en RPMI 1640 que contenía FCS
inactivado por calor al 10 % durante 4 horas antes de la estimulación. Las PBMC se sembraron en una
placa con fondo en V de 96 pocillos a ~ 2 x 106PBMC por pocillo y estimuladas con las agrupaciones de
péptidos ancestrales comerciales de SARS-CoV-2 (S), Nucleocapsid (N) o proteína de membrana (M) (1 /g /
ml) obtenidas de Miltenyi o megaagrupaciones de púas personalizadas correspondientes a la variantes
ancestrales (Wuhan-1), Beta, Delta u Omicron (1 μg/mL). Todas las estimulaciones se realizaron en
presencia de Brefeldin A (10 μg/mL, Sigma-Aldrich, St Louis, MO, EE. UU.) y anticuerpos coestimuladores
contra CD28 (clon 28.2) y CD49d (clon L25) (1 μg/mL cada uno). ; BD Biosciences, San José, CA, EE. UU.).
Como control negativo, se incubaron PBMC con anticuerpos coestimuladores, Brefeldina A y una cantidad
equimolar de DMSO. Después de 16 horas de estimulación, las células se lavaron, se tiñeron con LIVE/
DEAD™ Fixable VIVID Stain (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE. UU.) y posteriormente se tiñeron en la superficie
con los siguientes anticuerpos: CD14 Pac Blue (TuK4, Invitrogen Thermofisher Scientific), CD19 Pac Blue
(SJ25-C1, Invitrogen Thermofisher Scientific), CD4 PERCP-Cy5.5 (L200, BD Biosciences, San José, CA, EE. UU.),
CD8 BV510 (RPA-8, Biolegend, San Diego, CA, EE. UU.). A continuación, las células se fijaron y
permeabilizaron con un tampón Cytofix/Cyto perm (BD Biosciences) y se tiñeron con CD3 BV650 (OKT3),
IFN-γ Alexa 700 (B27), TNF-α BV786 (Mab11) e IL-2 APC (MQ1-17H12). ) de Bioleyenda. Finalmente, las
células se lavaron y fijaron en CellFIX (BD Biosciences). Las muestras se adquirieron en un citómetro de
flujo BD Fortessa y se analizaron con FlowJo (v10.8, FlowJo LLC, Ashland, OR, EE. UU.). Se proporciona una
estrategia de activación en A continuación, las células se fijaron y permeabilizaron con un tampón Cytofix/
Cyto perm (BD Biosciences) y se tiñeron con CD3 BV650 (OKT3), IFN-γ Alexa 700 (B27), TNF-α BV786
(Mab11) e IL-2 APC (MQ1-17H12). ) de Bioleyenda. Finalmente, las células se lavaron y fijaron en CellFIX (BD
Biosciences). Las muestras se adquirieron en un citómetro de flujo BD Fortessa y se analizaron con FlowJo
(v10.8, FlowJo LLC, Ashland, OR, EE. UU.).
Se proporciona una estrategia de activación en A continuación, las células se fijaron y permeabilizaron con
un tampón Cytofix/Cyto perm (BD Biosciences) y se tiñeron con CD3 BV650 (OKT3), IFN-γ Alexa 700 (B27),
TNF-α BV786 (Mab11) e IL-2 APC (MQ1-17H12). ) de Bioleyenda. Finalmente, las células se lavaron y fijaron
en CellFIX (BD Biosciences). Las muestras se adquirieron en un citómetro de flujo BD Fortessa y se
analizaron con FlowJo (v10.8, FlowJo LLC, Ashland, OR, EE. UU.). Se proporciona una estrategia de activación
enDatos extendidos Fig. 1. Los resultados se expresan como la frecuencia de células T CD4 o CD8 que
expresan IFN-γ, TNF-α o IL-2. Debido a los altos antecedentes de TNF-α, las células que producen TNF-α
solo se excluyeron del análisis. Todos los datos se presentan después de la sustracción de fondo.
Ensayo de neutralización de virus vivo
Se realizó un ensayo de neutralización en vivo en plasma obtenido de 10 de los 15 participantes vacunados
con BNT162b2 incluidos en este estudio. Se sembraron células H1299-E3 en una placa de 96 pocillos
(Corning) a 30.000 células por pocillo 1 día antes de la infección. El plasma se separó de la sangre
anticoagulada con EDTA mediante centrifugación a 500 rcf durante 10 min y se almacenó a -80 °C. Se
inactivaron por calor alícuotas de muestras de plasma a 56 °C durante 30 min y se clarificaron mediante
centrifugación a 10.000 rcf durante 5 min. Las existencias de virus se usaron en aproximadamente 50-100
unidades formadoras de focos por micropocillo y se agregaron a
17
perpetuidad.
plasma diluido. Las mezclas de anticuerpo-virus se incubaron durante 1 ha 37 °C, 5 % de CO2. Las
células se infectaron con 100 μL de las mezclas de virus y anticuerpos durante 1 h, luego se
agregaron 100 μL de una superposición de 1X RPMI 1640 (Sigma-Aldrich, R6504), 1,5 % de
carboximetilcelulosa (Sigma-Aldrich, C4888) sin retirar el inóculo. Las células se fijaron 18 h después
de la infección usando PFA al 4 % (Sigma-Aldrich) durante 20 min. Los focos se tiñeron con un
anticuerpo monoclonal anti-spike de conejo (BS-R2B12, GenScript A02058) a 0,5 μg/mL en un tampón
de permeabilización que contenía saponina al 0,1 % (Sigma-Aldrich), BSA al 0,1 % (Sigma-Aldrich) y
Tween al 0,05 %. -20 (Sigma-Aldrich) en PBS. Las placas se incubaron con el anticuerpo primario
durante la noche a 4 °C, luego se lavaron con tampón de lavado que contenía Tween-20 al 0,05 % en
PBS. Se añadió anticuerpo secundario de peroxidasa de rábano picante anti-conejo de cabra (Abcam
ab205718) a 1 μg/ml y se incubó durante 2 ha temperatura ambiente con agitación. Luego se agregó
sustrato de peroxidasa TrueBlue (SeraCare 5510-0030) a 50 μL por pocillo y se incubó durante 20 min
a temperatura ambiente. Se tomaron imágenes de las placas en un instrumento ELISPOT con análisis
de imágenes incorporado (CTL).
Ensayo de neutralización basado en pseudovirus SARS-CoV-2
Se realizó un ensayo de neutralización basado en pseudovirus en plasma obtenido de todos los

participantes vacunados con dos dosis de Ad26.COV2.S (n = 20). Los lentivirus pseudotipados de
SARS-CoV-2 se prepararon cotransfectando la línea celular HEK 293T con la espiga SARS-CoV-2 614G
(D614G) o la espiga Beta SARS-CoV-2 (L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y , A701V, 242-244
del) plásmidos con un plásmido de esqueleto de lentivirus que codifica luciferasa de luciérnaga. Los
plásmidos parentales fueron proporcionados por los Drs. Elise Landais y Devin Sok (IAVI). Para los
ensayos de neutralización, las muestras de plasma inactivado por calor se incubaron con virus
pseudotipado SARS-CoV-2 durante 1 hora a 37 ° C, 5% CO2. Posteriormente, 1x104 Se agregaron
células HEK293T diseñadas para sobreexpresar ACE-2, proporcionadas por el Dr. Michael Farzan
(Scripps Research Institute), y se incubaron a 37 ° C, 5% CO2 durante 72 horas, sobre las cuales la
luminiscencia de
se midió el gen de la luciferasa. Los anticuerpos monoclonales CB6 y CA1 se usaron como
controles.
Análisis estadístico
Los análisis estadísticos se realizaron en Prism (v9; GraphPad Software Inc, San Diego, CA, EE. UU.). Se
utilizaron pruebas no paramétricas para todas las comparaciones. Se utilizaron las pruebas de Mann-
Whitney, Friedman y Wilcoxon para muestras emparejadas y no emparejadas, respectivamente.PAGS
valores inferiores a 0,05 se consideraron estadísticamente significativos. Los detalles del análisis realizado
para cada experimento se describen en las leyendas de las figuras.
18
perpetuidad.
Expresiones de gratitud
Estamos en deuda con los participantes que ofrecieron muestras para este estudio. Agradecemos Wesley
van Hougenhouck-Tulleken por su asistencia con la gestión de la base de datos para el estudio Pretoria
COVID-19; Rajiev Ramlall y Jane Semugga por su ayuda con el reclutamiento de participantes en el Hospital
del Distrito de Tshwane. Agradecemos a Catalina Scheepers y Josie Everatt por su generosa ayuda para
trazar la prevalencia del linaje, y la Red de Vigilancia Genómica de Sudáfrica (NGS-SA) por proporcionar
datos de secuenciación de manera rápida y abierta. Agradecemos al Laboratorio Greenpoint del Servicio
Nacional de Laboratorios de Salud por las pruebas de PCR.Agradecemos a Anupa Singh y Leonard Lazarus
de Biocair por su ayuda con los retrasos en el envío de reactivos críticos. Agradecemos a los miembros del
South African Variant Consortium dirigido por Willem Hanekom y Tulio de Oliveira por el debate.
Fondos
La investigación informada en esta publicación fue financiada por el Consejo de Investigación Médica de
Sudáfrica (SA-MRC) con fondos recibidos del Departamento de Ciencia e Innovación de
Sudáfrica,incluyendo subvenciones 96825, SHIPNCD 76756 y DST/CON 0250/2012. Este trabajo también
recibió el apoyo de la Fundación para la Investigación de la Poliomielitis (21/65) y el Centro Wellcome para
la Investigación de Enfermedades Infecciosas en África (CIDRI-Africa), que cuenta con el financiamiento
básico de Wellcome Trust (203135/Z/16/Z y 222574). Este proyecto ha sido financiado en parte con fondos
federales del Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas, Institutos Nacionales de Salud,
Departamento de Salud y Servicios Humanos, bajo el Contrato No. 75N93021C00016 a AS y Contrato No.
75N9301900065 a AS, DWPLM cuenta con el apoyo de la Iniciativa de Cátedras de Investigación de
Sudáfrica del Departamento de Ciencia e Innovación y la Fundación Nacional de Investigación (NRF;
Subvención No 9834). WAB y CR están respaldados por el programa EDCTP2 del programa Horizonte 2020
de la Unión Europea (TMA2017SF-1951-TB-SPEC para CR y TMA2016SF-1535-CaTCH-22 para WAB). NABN
reconoce la financiación de SA-MRC, MRC UK, NRF y Lily and Ernst HausmannConfianza. AS reconoce la
financiación del premio de Bill y Melinda Gates
INV-018944, el NIH (AI138546) y el Consejo de Investigación Médica de Sudáfrica. RJW reconoce la
financiación del Instituto Francis Crick, que recibe financiación de Wellcome FC0010218, UKRI FC0010218 y
CRUK FC0010218 y la subvención M926 de Rosetrees Trust (para CR y RJW).A los efectos del acceso abierto,
los autores han solicitado una licencia pública de derechos de autor de CC-BY para cualquier versión
aceptada por el autor que surja de este envío.
Contribuciones de autor
19
perpetuidad.
WAB, CR y RK diseñaron el estudio. CR y WAB analizaron los datos y escribieron el

manuscrito. KK, SC, MB, FK y SVM realizaron ensayos de neutralización y analizaron los
datos. RK, MBT, AN, RB, NB y AS realizaron ensayos de citometría de flujo. MM, SS, MA,
DM, OA, CS, E.dB., MAvdM., Z.dB., TRdV. AB, G.vdB, AM, AS, MV reclutaron pacientes,
administraron las cohortes y contribuyeron con muestras y datos clínicos. AG, DW y AS
diseñaron y proporcionaron grupos de péptidos variantes. TM-G., JB, PLM y AS diseñaron,
supervisaron y analizaron el ensayo de neutralización. NABN, RJW, VU, MTB y TR
establecieron y dirigieron las cohortes clínicas y aportaron muestras. LGB y GG lideraron
el ensayo de vacunación Sisonke Ad26.COV2.S. Todos los autores revisaron y editaron el
manuscrito.
Conflicto de intereses
A. Sette es consultor de Gritstone Bio, Flow Pharma, Arcturus Therapeutics, ImmunoScape,
CellCarta, Avalia, Moderna, Fortress y Repertoire. Todos los demás autores declaran no tener
intereses en competencia. LJI ha solicitado la protección de patentes para varios aspectos del diseño
de vacunas y la identificación de epítopos específicos.
20

Vacuna o Infección y Respuesta A Variante Omicron

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Vacuna o Infección y Respuesta A Variante Omicron

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Traducido del afrikáans al español

Respuestas de células T de pico de SARS-CoV-2 inducidas tras la vacunación o infección

células T específicas del SARS-CoV-2 desempeñan un papel clave en la modulación de la gravedad de la

COVID-1910-12, y proporcionar inmunidad protectora en el contexto de títulos de anticuerpos subóptimos13.

reconocer cruzadamente a Omicron.

Examinamos las respuestas de las células T en participantes que habían recibido

Datos extendidos Fig. 1a).

polifuncionales de las células T en vacunados e individuos convalecientes y demostramos capacidades

otras variantes preocupantes que llevan tres veces menos mutaciones.

La epidemia de SARS-CoV-2 en Sudáfrica se ha caracterizado por cuatro ondas de infección

contra la enfermedad grave. De hecho, Sudáfrica ha informado un menor riesgo de hospitalización y

cruzada adquiridas a través de la vacunación o la infección pueden contribuir a estos resultados

Ola 1 Ola 2 Ola 3 Ola 4

ar em ub m tie tu vie iem

Células Spike-spe (% CD4)

n = 17 dieciséis dieciséis 19 norte = 9 15 14 11 norte = 5 12 10 9

1. QUIÉN. Clasificación de omicron (B.1.1.529): variante preocupante del SARS-CoV-2. https://www.who.int/

6. Planas, D. et al. Escape considerable de SARS-CoV-2 Omicron a la neutralización de anticuerpos.

13McMahan, K. et al. Correlatos de protección contra SARS-CoV-2 en macacos rhesus.Naturaleza. 590

15.Holler, PD y Kranz, DM Análisis cuantitativo de la contribución de la afinidad TCR/pepMHC y

20. Wolter, N. et al.Evaluación temprana de la gravedad clínica de la variante SARS-CoV-2 Omicron en

Datos extendidos Fig. 2:

a 80 Anuncio26 (1x) Anuncio26 (2x) BNT162 Conval

% del total de células ancestrales S-sp CD4

Datos extendidos Fig. 3:

a 100 Anuncio26 (1x) Anuncio26 (2x) BNT162 Conval

% del total de células ancestrales S-sp CD8

B 100 Anuncio26 (1x)

Datos extendidos Fig. 4:

a respuesta CD4 respuesta CD8

Ad26.COV2.S (1x) Ad26.COV2.S (2x) Ad26.COV2.S (1x) Ad26.COV2.S (2x)

Células específicas de pico (% CD8)

l ta lta rón tral ta l l

Espiga (Delta) / JJ2x

Espiga (WU) / JJ2x

Espiga (Omicron) / JJ2x

Espiga (Delta) / JJ1x

Espiga (Delta) / JJ2x

Espiga (WU) / JJ2x

Espiga (Omicron) / JJ1x

Espiga (Omicron) / JJ2x

Espiga (Omicron) / Pfizer

Pico (WU) / Pfizer

Espiga (Omicron) / Pfizer

Pico (Beta) / JJ2x

Respuesta de cambio de pliegue CD8

0.1 FC mediana FC mediana

ta lta ón t a lta ón ta lta ón ta lta ón

Datos extendidos Fig. 5:

Células T ancestrales S-spe (%)

CD8 / PFZ / sin pre

CD4 / JJ2x / sin pre

CD8 / JJ1x / sin previo

B Anuncio26 (1x) Anuncio26 (2x) BNT162

0,55 0,67 0.18

Se incluyeron un total de 138 participantes en este estudio y se agruparon según su estado de

1- Participantes vacunados con Ad26.COV2.S (una o dos dosis) o BNT162b2 (dos

2- Participantes convalecientes de COVID-19

SARS-CoV-2 o un resultado positivo de anticuerpos específicos de nucleocápside para SARS-CoV-2

positiva fue de 1,4 meses,

de 1 a 7 meses. Las características demográficas y clínicas de los

3- Pacientes hospitalizados con COVID-19

WGS de picos de SARS-CoV-2 y análisis filogenético