1994: Semifinalista de Copa Libertadores[editar]

Carlos ‘El Pibe’ Valderrama, dos veces campeón con Junior, semifinalista de Copa
Libertadores y Rey de América.

En 1994 llegó el delantero chileno Cristian Montecinos. Junior participa en su quinta Copa

Libertadores. Quedó ubicado en el grupo 1 junto a Independiente Medellín, Olimpia y Cerro
Porteño de Paraguay. Termina tercero del grupo con 5 puntos. En los octavos de final se
enfrenta con Colo-Colo de Santiago de Chile, terminando en un resultado global 3-3
después de que en el partido de vuelta, el Junior logró igualar en el segundo tiempo dos
goles iniciales de los anfitriones. En los penaltis del 27 de abril de 1994 en el estadio
Monumental, Junior ganó 4-3. En los cuartos de final, Junior se enfrentó a Independiente
Medellín ganando 2-0. En las semifinales, enfrenta al club argentino Vélez Sarsfield. Cada
equipo gana un partido 2-1 por lo que el resultado global terminó 3-3. Al final, en los
penaltis del 17 de agosto de 1994 en Buenos Aires, Junior fue eliminado 5-4; quedando
por primera vez como semifinalista de este torneo.4041

1995: Cuarta estrella[editar]

Campeonato Colombiano
1995 - 4º Título

En 1995 quedó campeón del torneo colombiano con 62 puntos (2 más que el

subcampeón América de Cali).42 Así, Junior gana por cuarta vez el campeonato
colombiano y clasifica a su sexta Copa Libertadores. Iván René Valenciano es goleador
con 24 goles.43

2004: Quinta estrella[editar]

Torneo Finalización
2004-II - 5º Título

En el Torneo Apertura 2004, Junior termina quinto con 30 puntos, clasificando a los
Cuadrangulares Semifinales. En los cuadrangulares, Junior queda ubicado en el grupo A
junto a Atlético Nacional, América de Cali y Deportivo Pasto. Junior termina último con 6
puntos. En el Torneo Finalización 2004, Junior clasifica a los cuadrangulares semifinales,
octavo con 28 puntos. Queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Independiente
Medellín y Atlético Bucaramanga, clasificando a la final con 13 puntos (5 más que el
Deportivo Cali). En la Final, Junior enfrenta a Atlético Nacional. En el partido de
Barranquilla, Junior venció 3-0. En el partido de Medellín, Atlético Nacional vence a Junior
5-2, quedando un resultado global de 5-5 y obligando a la serie de penales en donde
Junior vence 5-4. Junior así obtenía su quinto título nacional y su novena clasificación
a Copa Libertadores.4445
Conmemorando 10 años y en homenaje a Andrés Escobar se realizó un torneo
amistoso Copa Cotton USA-2004 en Medellín, del cual Junior resultó campeón.46

2006-2008: Crisis[editar]
Luego de la participación en Copa Libertadores, donde quedó eliminado en octavos de
final por Boca Juniors de Argentina, y de casi ser finalista en el Torneo Finalización 2005,47
para el Torneo Apertura 2006 vuelve al equipo el histórico Víctor Danilo Pacheco, quien se
retiraría a final del año. En ese certamen, Junior termina 16°, haciendo una de sus peores
campañas de la historia con 17 puntos, quedando eliminado del torneo. Para el Torneo
Finalización vuelve el argentino Omar Sebastián Pérez (procedente de México) y el
máximo goleador del equipo en su historia: Iván René Valenciano. Junior terminó 15 con
17 puntos, quedando eliminado del torneo.48 A final de año salen Hayder Palacio e Iván
René Valenciano.
Para el Torneo Apertura 2007 llegó al equipo el entonces desconocido Teófilo Gutiérrez;
pero la gran contratación del equipo fue el argentino Gabriel Fernández. En este torneo,
Junior termina 11 con 23 puntos, quedando eliminado del certamen. A mitad de año se van
Gabriel Fernández y Omar Sebastián Pérez. Para el Torneo Finalización llega un histórico
del club Luis Grau y también Carlos Valderrama como director deportivo del equipo, Junior
termina 13 con 18 puntos, quedando eliminado del certamen. 49

Final del torneo apertura 2009.

A principios de 2008 Junior se vio amenazado por el descenso50515253 por lo que contrató

a Giovanni Hernández como principal atracción, y trajo de vuelta a Hayder Palacio (quien
había jugado el último año en el Deportivo Cali) para el Torneo Apertura. En este torneo,
Junior termina 12 con 24 puntos, quedando eliminado. En la Copa Colombia termina líder
del grupo A con 20 puntos, uno más que el Unión Magdalena, clasificándose a la segunda
fase. Martín Arzuaga volvió al equipo para el segundo semestre.54
En 2008, en medio de la peor crisis en la historia del club. Giovanni Hernández, fue el eje de juego
del equipo, así como un jugador clave en los títulos de 2010-I y de 2011-II.

En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 31 puntos (dos menos que el
líder Deportes Tolima) clasificando a los cuadrangulares semifinales después de dos años
y medio. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior quedó en el grupo B junto a América
de Cali, Deportivo Pereira y Deportivo Cali, terminando tercero con 7 puntos y quedando
eliminado del torneo.55 En la Copa Colombia Junior quedaría eliminado en segunda fase a
manos de Envigado F.C al perder 1-0 en Envigado y ganar 3-2 en Barranquilla,
clasificando Envigado F.C por mayor cantidad de goles de visitante. A final de año Martín
Arzuaga sale del equipo.
Para el Torneo Apertura 2009 llegan Ricardo Ciciliano y Adrián Berbia como principales
contrataciones. En este torneo, Junior termina segundo con 31 puntos (uno menos que el
líder Deportes Tolima), clasificando a los cuadrangulares semifinales donde queda ubicado
en el grupo B junto a Deportivo Cali, Envigado F. C. y Cúcuta Deportivo, terminando líder
con 9 puntos (los mismos que el Deportivo Cali que se vio perjudicado al quedar Junior en
mejor posición en la fase Todos contra Todos) clasificando a la final. En la final, Junior
enfrenta a Once Caldas. Junior pierde los dos partidos 2-1 en Manizales y 1-3 en
Barranquilla. Así, Junior conseguiría su sexto subcampeonato. 56 Teófilo Gutiérrez es
goleador del Torneo Apertura con 16 goles. Mientras, en Copa Colombia, Junior termina 2°
del grupo A con 21 puntos (1 menos que el líder Atlético de la Sabana), clasificando a la
segunda fase del torneo.57
Para el Torneo Finalización, Junior contrató al experimentado volante Freddy ‘Totono’
Grisales. Junior termina sexto con 27 puntos (11 menos que el líder Independiente
Medellín), clasificando a los cuadrangulares semifinales, donde después del sorteo queda
ubicado en el grupo A junto a Independiente Medellín, Deportivo Pereira y Real Cartagena.
Junior termina segundo con 9 puntos, 5 menos que el líder Independiente Medellín,
quedando eliminado del torneo. Sin embargo, Junior consigue el tercer cupo colombiano a
la Copa Libertadores al ser el equipo que más puntos logró en el año (76) superando por
dos puntos al Deportes Tolima.
En la Copa Colombia, Junior enfrenta a Independiente Medellín, eliminándolo con un
global de 3-2 (3-1 en Barranquilla y 1-0 en Medellín), clasificando a la tercera fase, donde
enfrentaría al Deportes Quindío, empatando 0-0 en Armenia y 2-2 en Barranquilla. Desde
los penales clasifica Junior a semifinales, donde enfrentaría a Deportivo Pasto, perdiendo
ambos partidos 3-1 y 1-2 en Pasto y Barranquilla respectivamente, quedando
eliminados. Carlos Bacca logra coronarse goleador de la Copa Colombia con 11 goles.
A pesar de haber logrado la clasificación a Copa Libertadores como equipo con más
puntos cosechados durante 2009, el técnico Julio Comesaña es sustituido por Diego
Edison Umaña. Al final del año sale del equipo Teófilo Gutiérrez (rumbo al Trabzonspor,
club de fútbol turco