VARIANTES I SARS - CoV-2 KIT

REPRESENTANTE EXCLUSIVO EN CHILE Solo para uso profesional
AllplexTM
SARS-CoV-2 Variants I Assay

(Nú m. Cat. RV10286X)
AllplexTM SARS-CoV-2 Variants I Assay es un producto sanitario de diagnóstico in vitro

diseñado para la detección cualitativa de mutaciones de la proteína spike (E484K,
N501Y y eliminación de HV69/70) y del RdRP gene del SARS-CoV-2 con PCR de
transcripción inversa en tiempo real a partir de aspirados nasofaríngeos, hisopo
nasofaríngeo, lavado broncoalveolar, hisopo orofaríngeo (garganta), esputo, saliva y
bastoncillo combinado (bastoncillo nasal + bastoncillo oral).
Para uso con

1. Microlab NIMBUS IVD y Microlab STARlet IVD
2. Seegene NIMBUS y Seegene STARlet
Para uso con

1. CFX96™ Real-time PCR Detection System (CFX Manager™ Software-IVD v1.6)
2. CFX96™ Dx System (CFX Manager™ Dx Software v3.1)
Solo para uso en diagnó stico in vitro
Seegene Inc.,
Taewon Bldg., 91 Ogeum-ro, Songpa-gu, Seoul, Corea del Sur 05548
Medical Technology Promedt Consulting GmbH
Altenhofstrasse 80, D-66386 St. Ingbert, Alemania
No disponible en los Estados Unidos

Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay
ÍNDICE
AVISOS ---------------------------------------------------------------------------------------------- 3
USO PREVISTO ----------------------------------------------------------------------------------- 4
PRINCIPIOS Y DESCRIPCIÓ N GENERAL DEL PROCEDIMIENTO --------------- 5
ANTECEDENTES --------------------------------------------------------------------------------- 6
REACTIVOS ---------------------------------------------------------------------------------------- 7
ALMACENAMIENTO Y MANIPULACIÓ N -------------------------------------------------- 8
MATERIALES NECESARIOS Y NO INCLUIDOS ---------------------------------------- 8
PROTOCOLO -------------------------------------------------------------------------------------- 9
CONFIGURACIÓ N DEL INSTRUMENTO DE PCR EN TIEMPO REAL Y

ANÁ LISIS DE LOS RESULTADOS ---------------------------------------------------------- 19
CFX96™ Real-time PCR Detection System (CFX Manager™ Software-IVD v1.6 )----- 19
CFX96™ Dx System (CFX Manager™ Dx Software v3.1) ------------------------------------- 29
RESULTADOS ------------------------------------------------------------------------------------- 39
SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS ----------------------------------------------------------------- 41
RENDIMIENTO ------------------------------------------------------------------------------------- 43
REFERENCIAS ------------------------------------------------------------------------------------ 62
SÍMBOLOS ------------------------------------------------------------------------------------------ 64
INFORMACIÓ N PARA PEDIDOS ------------------------------------------------------------ 65
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AVISOS
⚫ Solo para uso en diagnóstico in vitro.

⚫ El Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay debe realizarlo personal con la cualificación y la
formación adecuadas.
⚫ La fiabilidad de los resultados depende de que el procedimiento de recogida,
almacenamiento, transporte y procesamiento de las muestras sea adecuado.
⚫ Este producto es solo para su uso con Microlab NIMBUS IVD, Microlab STARlet IVD,
Seegene NIMBUS y Seegene STARlet en 5 ejecuciones diferentes como máximo.
⚫ Esta prueba se ha validado para los siguientes tipos de muestras: aspirado
nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar, hisopo orofaríngeo
(garganta), esputo, saliva y bastoncillo combinado (bastoncillo nasal + bastoncillo
oral). Esta prueba no se ha validado para otros tipos de muestras.
⚫ Almacene las muestras de RNA a ≤ -20°C hasta que las use y consérvelas en hielo
durante el uso.
⚫ La sensibilidad del ensayo puede reducirse si las muestras se congelan o descongelan
varias veces o si se almacenan durante más tiempo.
⚫ El flujo de trabajo del laboratorio debe ser unidireccional.
⚫ Use guantes desechables y cámbieselos antes de entrar en zonas diferentes. Cámbiese
los guantes inmediatamente si se contaminan o trátelos con reactivo de descontaminación
de DNA.
⚫ Los consumibles y el equipo deben ser específicos de las zonas de trabajo y no se deben
trasladar de una zona a otra.
⚫ No pipetee con la boca.
⚫ No coma, beba ni fume en las zonas de trabajo del laboratorio. Use guantes sin polvo
desechables, batas de laboratorio y protección ocular cuando manipule muestras y
reactivos. Lávese bien las manos después de manipular muestras y reactivos de prueba.
⚫ Evite la contaminación de los reactivos cuando quite partes alícuotas de los tubos de
reactivo. Se recomienda usar puntas de pipeta desechables resistentes a aerosoles y
estériles.
⚫ No agrupe reactivos de lotes diferentes ni de tubos diferentes del mismo lote.
⚫ No use el producto después de su fecha de caducidad.
⚫ No reutilice los artículos desechables.
⚫ Use tubos con tapón de rosca y evite posibles salpicaduras o contaminación cruzada de
muestras durante la preparación.
⚫ Tenga cuidado de no contaminar los reactivos con los ácidos nucleicos extraídos, los
productos de PCR ni los controles positivos. Para evitar la contaminación de los reactivos,
se recomienda usar puntas con filtro.
⚫ Use zonas de trabajo separadas y segregadas para cada experimento.
3 07/2021 V1.02_(ES)
⚫ Para evitar la contaminación de las zonas de trabajo con productos amplificados, abra los
tubos de reacción de PCR o las tiras solo en las áreas de trabajo designadas después de la
amplificación.
⚫ Almacene los materiales positivos separados de los reactivos del kit.
⚫ Deben seguirse los procedimientos de seguridad en laboratorios (consulte Biosafety in
Microbiological and Biomedical Laboratories y los documentos del CLSI) al manipular
muestras. Limpie y desinfecte bien todas las superficies de trabajo con hipoclorito de sodio
al 0,5% (en agua desionizada o destilada). Los componentes del producto (residuos del
producto, embalaje) pueden considerarse residuos de laboratorio. Deseche los reactivos
sin usar y los residuos de acuerdo con la normativa local, regional y estatal aplicable.
⚫ La fecha de caducidad es de 13 meses a partir de la fecha de fabricación a ≤ -20°C.
Consulte la fecha de caducidad en la etiqueta.
⚫ Es necesaria correlación clínica con la historia del paciente y otra información de
diagnóstico para determinar el estado de infección del paciente.
⚫ Seegene NIMBUS y Seegene STARlet son el mismo equipo que Microlab NIMBUS IVD y
Microlab STARlet IVD, respectivamente, aunque el fabricante es diferente. Dado que no ha
habido cambios de hardware en los dispositivos, los resultados de la prueba son los
mismos en ellos.
⚫ La marca “CFX96™ Real-time PCR Detection System-IVD” se ha cambiado a “CFX96™ Dx
System”. Dado que no ha habido cambios de hardware en los sistemas, se espera obtener
los mismos resultados de ambos sistemas.
⚫ “CFX Manager™ Dx Software v3.1” es una actualización de “CFX Manager™ Software-IVD
v1.6”. El software actualizado incluye mejoras en el menú “Run” (Ejecución). Estas mejoras
no influyen en los resultados del análisis de datos; por lo tanto, los resultados serán los
mismos.
USO PREVISTO
Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay es un producto sanitario de diagnóstico in vitro

diseñado para la detección cualitativa de mutaciones de la proteína spike (E484K, N501Y y
eliminación de HV69/70) y del RdRP gene del SARS-CoV-2 con PCR de transcripción inversa
en tiempo real a partir de aspirados nasofaríngeos, hisopo nasofaríngeo, lavado
broncoalveolar, hisopo orofaríngeo (garganta), esputo, saliva y bastoncillo combinado
(bastoncillo nasal + bastoncillo oral).
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PRINCIPIOS
1. Principios
Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay es un ensayo RT-PCR multiplex en tiempo real que
permite la amplificación y detección simultáneas de mutaciones de la proteína spike (E484K,
N501Y y eliminación de HV69/70) y del RdRP gene del SARS-CoV-2 con control interno (IC).
La presencia de la secuencia de genes concreta en la reacción se declara como valor Ct
mediante el software de análisis Seegene Viewer.
Se usa un gen endógeno como IC para supervisar todo el proceso de recogida de la muestra,
extracción de ácido nucleico y verificación de posibles inhibiciones de PCR.
Para evitar que el producto de amplificación actúe como potencial contaminante, se emplea el
sistema Uracilo-DNA glicosilasa (UDG)-dUTP en el Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay. El
sistema UDG-dUTP se suele usar al realizar PCR para eliminar la transferencia del amplicón
utilizando UDG para extirpar los residuos de uracilo del DNA mediante la rotura del enlace N-
glicosídico.
2. Resumen del procedimiento
Muestras
(aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar,
hisopo orofaríngeo (garganta), esputo, saliva y bastoncillo combinado
(bastoncillo nasal + bastoncillo oral))
Extracció n de ácido nucleico
Á cido nucleico
RT-PCR en tiempo real

con el AllplexTM system
Resultados
5 07/2021 V1.02_(ES)
ANTECEDENTES
1. Síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
El Coronavirus es un virus RNA que contiene aproximadamente 27–32 kb de RNA de una sola
hebra en sentido positivo. En los humanos, provoca infecciones del tracto respiratorio que
pueden ir de leves a letales.
En diciembre de 2019, una serie de pacientes con neumonía de etiología desconocida
aparecieron en Wuhan, China, y se detectó que el agente causante era el síndrome respiratorio
agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), un nuevo coronavirus. La enfermedad de
Coronavirus 19 (COVID-19) se ha propagado por el mundo y la Organización Mundial de la
Salud (OMS) declaró la pandemia de COVID-19 en marzo 2020. A fecha de marzo de 2021, se
ha informado a la OMS de más de 100.000.000 casos confirmados y de más de 2.500.000
fallecimientos a causa de la COVID-19 en todo el mundo.
El SARS-CoV-2 se transmite mediante gotitas de los pacientes infectados. Los pacientes
infectados por COVID-19 presentan cuadro clínico que incluye fiebre y tos como
manifestaciones clínicas principales. Otros son la falta de aire, la mialgia, etc. Sin embargo,
también están surgiendo casos de infección asintomáticos, lo que hace que resulte muy
importante diagnosticar y adoptar medidas de cuarentena con rapidez.
2. Variantes de SARS-CoV-2
Por todo el mundo han surgido variaciones del virus SARS-CoV-2. En diciembre de 2020, se
identificaron las variantes VOC 202012/01 y 501Y.V2 por primera vez en el sur del Reino Unido
(UK) y Sudáfrica (SA) respectivamente. A pesar de que la mayoría de las variantes no tienen
una repercusión significativa en la propagación del virus, estas dos variantes se consideran
motivo de preocupación debido al aumento de la transmisibilidad o la capacidad de evadir la
respuesta inmune del huésped.
Las variantes de UK y SA presentan varios cambios de la proteína spike. La variante UK
contiene mutación de HV69/70 del, Y144 del, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A y
D1118H en la proteína S. La variante SA contiene mutación de D80A, D215G, E484K, N501Y y
A701V en la proteína S. Una de las mutaciones de la proteína spike, E484K, puede afectar a la
respuesta de anticuerpos, mientras que la mutación N501Y parece tener una mayor capacidad
de propagación.
Dado el aumento de la transmisibilidad del virus, las variantes de SARS-CoV-2 se han
propagado rápidamente por el mundo. Las vacunas EUA, que contienen mRNA específico del
gen spike del virus SARS-CoV-2, deberían supervisar la eficacia de estas variantes. A tenor del
aumento de la preocupación que suscitan las variantes, resulta de vital importancia
diagnosticar las variantes de SARS-CoV-2.
6 07/2021 V1.02_(ES)
REACTIVOS
Los reactivos contenidos en un kit son suficientes para 100 reacciones.

Información para pedidos ( Núm. Cat. RV10286X)
Símbolo Contenido Volumen Descripció n
Mezcla de oligos:
SC2V1 MOM 500 µL
- Reactivo de amplificación y detección
- RTase
- DNA polimerasa
EM5 500 µL
- Uracilo-DNA glicosilasa (UDG)
- Tampón con dNTPs
Tampón para PCR en tiempo real

EM5 Buffer 500 µL
- Tampón que contiene BSA y glicerol
Control positivo (PC):

SC2V1 PC 50 µL - Mezcla de clones del objetivo y el
IC
RNase-free Water 1.000 µL Calidad ultrapura, para PCR
Manual del usuario
7 07/2021 V1.02_(ES)
ALMACENAMIENTO Y MANIPULACIÓ N
Todos los componentes de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay deben almacenarse a

≤ -20°C. Todos los componentes son estables en las condiciones de almacenamiento
recomendadas hasta la fecha de caducidad indicada en la etiqueta. Este producto se puede
usar durante los 30 días posteriores a la apertura inicial del kit, y su rendimiento no se ve
afectado hasta un máximo de 5 ciclos de congelación y descongelación. Si los reactivos solo
se van a usar intermitentemente, deben almacenarse en partes alícuotas.
MATERIALES NECESARIOS Y NO INCLUIDOS
⚫ Guantes sin polvo desechables (de látex o nitrilo)

⚫ Pipetas (ajustables) y puntas de pipeta estériles
⚫ Tubos de microcentrífuga de 1,5 mL
⚫ Kit de extracción de ácido nucleico (ver Extracción de ácido nucleico)
⚫ Banco de limpieza
⚫ Máquina de hielo
⚫ Centrífuga de sobremesa
⚫ Agitador vórtex
⚫ CFX96TM Real-time PCR Detection System (Bio-Rad)
⚫ CFX96TM Dx System (Bio-Rad)
⚫ Tiras de 8 tubos de 0,2 mL de perfil bajo sin tapón (color blanco, Núm. Cat. TLS0851, Bio-
Rad)
⚫ Tiras planas ópticas de 8 tapones (Núm. Cat. TCS0803, Bio-Rad)
⚫ Placas de PCR Hard-Shell® de 96 pocillos, de perfil bajo, de pared fina, con falda,
blanco/blanco (Núm. Cat. HSP9655, Bio-Rad)
⚫ Placas de PCR Hard-Shell® de 96 pocillos, de perfil bajo, de pared fina, con falda,
blanco/blanco, con código de barras (Núm. Cat. HSP9955, Bio-Rad)
⚫ Sellado térmico transparente permanente (Núm. Cat. 1814035, Bio-Rad)*
⚫ Sellador para placas PX1 PCR (sellador automático, Núm. Cat. 181-4000, Bio-Rad)*
* Asegúrese de usar juntos el sellado térmico y el sellador para placas indicados
anteriormente.
⚫ Tira de 8 tubos de 0,1 mL EU, LP, W, extrarrobusto (Núm. Cat. B72719, BIOplastics)
⚫ Tiras anchas ópticas de 8 tapones EU (Núm. Cat. B57801, BIOplastics)
⚫ Placa de 96 × 0,1 mL, LP, W, LLENA, placa de 96 pocillos (Núm. Cat. B70679, BIOplastics)
⚫ Lámina de sellado óptico Opti-Seal (Núm. Cat. 157300, BIOplastics)
8 07/2021 V1.02_(ES)
PROTOCOLO
1. Recogida, almacenamiento y transporte de las muestras
Nota: Todas las muestras deben tratarse como material potencialmente infeccioso. Solo se
permiten los materiales de muestra recogidos, almacenados y transportados siguiendo
estrictamente estas reglas y estas instrucciones.
Nota: Para garantizar una alta calidad de las muestras, las muestras deben transportarse lo
más rápidamente posible a las temperaturas indicadas.
A. Recogida de las muestras
aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar, hisopo orofaríngeo

(garganta)
⚫ Las muestras de aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar,
hisopo orofaríngeo (garganta) se examinan de forma rutinaria en busca de patógenos
respiratorios comunes.
⚫ En algunos pacientes puede resultar difícil la obtención de las muestras respiratorias.
En tales casos, se pueden recoger hisopos nasofaríngeos de una manera sencilla y
eficiente con new nylon flocked swabs (COPAN, Italia) y Universal Transport Medium
(UTM).
Fabricante Dispositivo de recogida de muestras Núm. Cat.

COPAN ESwab 482CE
ENAT PM 2ML PERNASAL APPLICATOR**
COPAN (APLICADOR PARA VÍA NASAL ENAT PM 606CS01P*
2ML)
UTM with Flocked Swabs
COPAN 360C / 305C
(UTM con hisopos flocados)
UTM with Flexible Minitip Flocked Swab
DIAGNOSTIC HYBRIDS (UTM con hisopo flexible de minipunta de 403C / 406C
fibras)
COPAN MSwab® kit 6E012N / 6E013N
COPAN MSwab® bulk 6E011N
CTM (Clinical Virus Transport Medium) UTNFS-3B-2-N1P
Noble Biosciences
(Medio de transporte de virus clínico) / UTNFS-3B-2
SG Medical GeneTM Set (GTS1)** T5002
SG Medical GeneTM Set (GTS2)** T5001
SG Medical ALLTM Set (ATS 1) T5003
SG Medical ALLTM Set (ATS 2) T5004
SG Medical Medio ALLTM T5103
* Utilice los números de catálogo mostrados anteriormente para comprar productos a Seegene
Inc.
** ENAT PM 2ML PERNASAL APPLICATOR, GeneTM Set (GTS1) y GeneTM Set (GTS2) no
son apropiados para el método sin extracción.
9 07/2021 V1.02_(ES)
Esputo
⚫ Cuando recoja muestras de esputo, dé instrucciones clara a los pacientes. Los
pacientes deben recoger las muestras en exterior, al aire libre o alejados de otras
personas. Los pacientes no deben recoger las muestras en lugares cerrados, como
baños.
⚫ Enjuagar la boca con agua antes de recoger el esputo. El paciente debe toser fuerte y
expectorar el esputo directamente en el recipiente.
⚫ Una muestra de esputo debe tener un volumen de 3 a 5 mL.
Saliva
1. No coma, beba, fume, cepille los dientes ni masque chicle durante los 30 min anteriores
a la recogida de la muestra.
2. Lávese las manos a conciencia durante 30 s.
3. Quite el tapón del tubo vacío esterilizado.
Nota: No toque el interior del tapón ni el interior del tubo esterilizado.
4. Vierta con suavidad la saliva en el tubo esterilizado hasta que se hayan recogido entre
1 y 2 mL. Tenga mucho cuidado de no salpicar ni de que se emitan aerosoles.
Nota: Si cae saliva en el exterior del tubo, límpiela con una toallita de algodón con
alcohol.
5. Apriete con firmeza el tapón del tubo de muestras.
Bastoncillo combinado (bastoncillo nasal + bastoncillo oral)

⚫ Dé instrucciones a los pacientes de que no coman, beban, fumen, se cepillen los
dientes ni masquen chicle durante la hora anterior a la recogida de las muestras con el
bastoncillo combinado.
a. Bastoncillo oral
⚫ Antes de recoger la muestra, respire profundamente (con la mascarilla puesta) y tosa
de 3 a 5 veces.
⚫ Pase la punta de recogida de muestras del bastoncillo por la parte interna de ambas
mejillas, por encima y por debajo de la lengua, por ambas encías y por el paladar duro
durante 20 segundos en total.
⚫ Coloque el bastoncillo, con la punta en primer lugar, en el tubo de transporte incluido.
Rompa el mango del bastoncillo por la marca y, a continuación, cierre la tapa.
b. Bastoncillo nasal
⚫ Inserte toda la punta de recogida de muestras del bastoncillo aproximadamente de 3 a
4 cm en la fosa nasal.
⚫ Tome una muestra de la cavidad nasal girando en círculos el bastoncillo contra la
cavidad nasal con firmeza durante 5–10 segundos.
⚫ Repita en la otra fosa nasal con el mismo bastoncillo.
⚫ Coloque el bastoncillo, con la punta en primer lugar, en el tubo de transporte del bastoncillo
oral incluido. Rompa el mango del bastoncillo por la marca y, a continuación, cierre la tapa.
10 07/2021 V1.02_(ES)
Fabricante Dispositivo de recogida de muestras Núm. Cat.
SG Medical SELTM Set (STS2)* T5021

* SELTM Set (STS2) incluye un bastoncillo nasal, un bastoncillo oral y ALLTM Medium.
B. Almacenamiento y transporte de las muestras
Almacenamiento y
Muestra transporte Nota
Temp. Duració n*
Aspirado nasofaríngeo
Hisopo nasofaríngeo
Lavado broncoalveolar
- El rendimiento puede verse
Hisopo orofaríngeo afectado por el almacenamiento
2~8°C 3 días
(garganta) prolongado de las muestras.
Esputo - Las muestras deben seguir las
instrucciones locales y nacionales
Bastoncillo combinado
de transporte de materiales
(bastoncillo nasal + bastoncillo patógenos.
oral)
2~8°C 4 días
Saliva
15~25°C 2 días
* Duració n: El periodo de tiempo desde la recogida de la muestra hasta la prueba final (incluye
el transporte y el almacenamiento de las muestras antes de la prueba).
11 07/2021 V1.02_(ES)
2. Extracció n de ácido nucleico
[Métodos de extracció n de distintas muestras]
Nota: Utilice los kits manuales o el sistema de extracción automatizada según la muestra que se
presenta en la siguiente tabla.
Sistema de extracció n automatizada

Sin
Microlab Seegene
Muestra §
NIMBUS IVD / STARlet IVD NIMBUS / STARlet KingFisher MagNA Maelstrom extracció n
Universal Viral DNA/RNA Universal Viral DNA/RNA Flex* Pure 96* ™ 9600** §
Cartridge Kit 200 C Kit *** Cartridge Kit 200 C Kit ***
Aspirado
O X O X O O X X
nasofaríngeo
Hisopo nasofaríngeo O O O O O O O O
Lavado
O X O X X X X X
broncoalveolar
Hisopo orofaríngeo
O O O O O O O O
(garganta)
Esputo O X O X O O O X
Saliva§ O X O X X X X O
Bastoncillo combinado
(bastoncillo O O O O O O O X
nasal + bastoncillo oral)
* El lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con KingFisher Flex y MagNA Pure 96.
** El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con
Maelstrom™ 9600.
*** El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado
con Viral DNA/RNA 200 C Kit.
§ La saliva se ha validado con Universal Cartridge Kit.
§§ Las muestras de frotis y saliva se han sido validados mediante el método sin extracción. Sin
embargo, las muestras de frotis que utilicen ENAT PM 2ML PERNASAL APPLICATOR,
GeneTM Set (GTS1), GeneTM Set (GTS2) y SELTM Set (STS2) no son apropiadas para el
método sin extracción.
12 07/2021 V1.02_(ES)
2-1. Extracció n estándar
A. Pretratamiento de la muestra
Esputo
⚫ Añada 2 volúmenes de 1X PBS o solución salina a la muestra de 1 volumen en el tubo

cónico de 15 mL y agítelo en el agitador vórtex a conciencia para dispersar la muestra.
⚫ Transfiera el volumen recomendado (consulte Vol. recomendado de 2-1-B) de muestra a un
tubo nuevo.
⚫ Siga el protocolo del kit de extracción.
Nota: Si la muestra no presenta viscosidad, el paso de tratamiento previo NO es necesario.
Saliva
⚫ Añada 1 volumen de 1X PBS a la muestra de 1 volumen en el tubo esterilizado y agítelo en

el agitador vórtex a conciencia para dispersar la muestra.
⚫ Transfiera el volumen recomendado (consulte Vol. recomendado de 2-1-B) de muestra a un
tubo nuevo.
⚫ Siga el protocolo del kit de extracción.
B. Sistema de extracció n de ácido nucleico automatizada
Nota: Use los volúmenes recomendados de muestra y elución indicados a continuación. Para
otros datos, consulte el protocolo del fabricante.
B-1. Microlab NIMBUS IVD
Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado
Microlab NIMBUS IVD Hamilton 65415-02* -
744300.4. Muestra: 300 µL

STARMag 96 X 4 Universal Cartridge Kit Seegene
UC384 Elución: 100 µL
Muestra: 300 µL
STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit** Seegene EX00013C
Elución: 100 µL
Inc.
** El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado.
13 07/2021 V1.02_(ES)
B-2. Microlab STARlet IVD
Microlab STARlet IVD Hamilton 173000-075* -
744300.4. Muestra: 300 µL

Muestra: 300 µL
STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit** Seegene EX00013C
Elución: 100 µL
Inc.
** El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado.
B-3. Seegene NIMBUS
Seegene NIMBUS Seegene 65415-03 -
744300.4. Muestra: 300 µL

Muestra: 300 µL
STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit* Seegene EX00013C
Elución: 100 µL
* El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado.
B-4. Seegene STARlet
Seegene STARlet Seegene 67930-03 -
744300.4. Muestra: 300 µL

Muestra: 300 µL
STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit* Seegene EX00013C
Elución: 100 µL
* El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado.
14 07/2021 V1.02_(ES)
B-5. KingFisher™ Flex Purification System, KingFisher with 96 Deep-well Head
KingFisher™ Flex Purification System, Thermo Fisher

5400630 -
KingFisher with 96 Deep-well Head Scientific
MagMAX™ Viral/Pathogen Nucleic Acid Thermo Fisher Muestra: 200 µL

A42352
Isolation Kit Scientific Elución: 80 µL
Nota: El lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con KingFisher Flex.
B-6. MagNA Pure 96
Roche
MagNA Pure 96 06541089001 -
Diagnostics
MagNA Pure 96 DNA and Viral NA Small Roche Muestra: 200 µL

06543588001
Volume Kit Diagnostics Elución: 100 µL
Nota: El lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con MagNA Pure 96.
B-7. Maelstrom™ 9600
⚫ Continúe con el proceso de extracción con el protocolo “665-Rapid”.

Sistema de extracció n
Fabricante Nú m. Cat. Vol. recomendado
automatizada
Taiwan
Maelstrom™ 9600 Advanced M9600 -
Nanotech Inc.
Taiwan
TANBead® Nucleic Acid Extraction Kit Muestra: 300 µL
Advanced W665S66
OptiPure Viral Auto Tube Elución: 80 µL
Nanotech Inc.
Taiwan
Advanced W665A46
OptiPure Viral Auto Plate Elución: 80 µL
Nanotech Inc.
Taiwan
Advanced W665A10
OptiPure Viral Bulk Plate Elución: 80 µL
Nanotech Inc.
Nota: El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con
Maelstrom™ 9600.
15 07/2021 V1.02_(ES)
2-2. Método sin extracción
A. Sin extracción en frotis
1) Utilice una parte proporcional de 45 L de “Nuclease-free water” en los tubos de la PCR

2) Añada 15 L de cada muestra en el tubo que contiene la parte proporcional de “Nuclease-
free water”.
3) Ponga el tapón, agite rápidamente y centrifugue brevemente.
4) Incubado a 98°C durante 3 min*.
5) Enfríe 4°C durante 5 min*.
*Nota: Se recomienda realizar los pasos 4) a 5) en el instrumento de la PCR con un tubo de la
PCR conectado a tapones individualmente.
Nota: Si necesita volver a realizar la prueba, comience con la muestra original, no con el lisado.
B. Sin extracción en saliva
1) Utilice una parte proporcional de 30 L de solución tamponada 1xTE* en los tubos para PCR.
*Solución tamponada 1xTE: 10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8,0
2) Añada 10 L de cada muestra de saliva en el tubo para la PCR que contenga la parte
proporcional de la solución tamponada 1xTE.
Nota: si la muestra de saliva fuera viscosa, agregue 3 partes de solución tamponada en 1
parte de saliva y agite con fuerza. A continuación, agregue 40 L de la mezcla de solución
tamponada 1xTE y saliva en el tubo para la PCR.
3) Agregue 5 L de proteinasa K en un tubo para la PCR que contenga la mezcla de solución
tamponada 1xTE y saliva.
La concentración final de la proteinasa K deberá ser de 2,22 mg/mL en un total de 45 L.
4) Ponga el tapón, agite rápidamente y centrifugue brevemente.
5) Incube a 98°C durante 20 min**.
6) Enfríe a 4°C durante 5 min**.
**Nota: se recomienda realizar los pasos 5) a 6) en el instrumento de la PCR con un tubo de la
PCR conectado a tapones individualmente.
Nota: si necesita volver a realizar la prueba, comience con la muestra original, no con el lisado.
16 07/2021 V1.02_(ES)
3. Preparació n para RT-PCR en tiempo real
Nota: Deben usarse los tapones y los tubos correctos (ver MATERIALES NECESARIOS
PERO NO PROPORCIONADOS).
Nota: Deben usarse guantes ajustados y puntas con filtro resistentes a aerosoles al preparar
reacciones de RT-PCR. Tenga sumo cuidado para evitar que haya contaminación cruzada.
Nota: Descongele completamente todos los reactivos en hielo.
Nota: Centrifugue brevemente los tubos de reactivo para quitar las gotitas del interior del tapón.
Nota: los pasos A~C se procesan automáticamente en Microlab NIMBUS IVD, Microlab
STARlet IVD, Seegene NIMBUS y Seegene STARlet. Consulte cada manual de uso.
A. Prepare la mezcla maestra de reacción.
5 µL SC2V1 MOM
5 µL EM5
5 µL EM5 Buffer
15 µL Volumen total de mezcla maestra
Nota: Calcule la cantidad total de cada reactivo en función del número de reacciones, incluidas
muestras y controles.
B. Mezcle en el agitador vórtex con rapidez y centrifugue brevemente.
C. Divida en partes alícuotas 15 µL de la mezcla maestra de reacción y añada 5 µL de los

ácidos nucleicos de cada muestra a los tubos de PCR.
15 µL Mezcla maestra de reacción

5 µL Á cido nucleico de la muestra
20 µL Volumen total de reacción
D. Cierre el tapón y centrifugue brevemente los tubos de PCR.
E. Compruebe que el líquido que contiene todos los componentes de PCR esté en la parte
inferior de cada tubo de PCR. Si no lo está, centrifugue de nuevo a más rpm durante más
tiempo.
17 07/2021 V1.02_(ES)
Nota: Se recomienda centrifugar los tubos de PCR antes de la PCR para eliminar las
burbujas de aire y recoger todos los líquidos residuales en la parte inferior de los tubos.
Correcto Incorrecto
Nota: Use una punta de pipeta estéril nueva para cada muestra.
Nota: Para el control negativo (NC), use 5 µL de RNase-free Water en lugar del ácido
nucleico de la muestra.
Nota: Para el control positivo (PC), use 5 µL de SC2V1 PC en lugar del ácido nucleico de la
muestra.
Nota: Tenga cuidado de no contaminar de forma cruzada la mezcla maestra de reacción y las
muestras con el control positivo.
Nota: No etiquete el tubo de reacción en el tapón. La fluorescencia se detecta desde la parte
superior de cada tubo de reacción.
18 07/2021 V1.02_(ES)
CONFIGURACIÓ N DEL INSTRUMENTO DE PCR EN TIEMPO REAL Y ANÁ LISIS

DE LOS RESULTADOS
1. CFX96TM Real-time PCR Detection System (CFX ManagerTM Software-IVD v1.6)
1.1. Configuració n del instrumento de PCR en tiempo real
Nota: La configuración del experimento de CFX96™ Real-time PCR Detection System (Bio-
Rad) puede dividirse en tres pasos: Protocol Setup (Configuración del protocolo), Plate Setup
(Configuración de la placa) y Start Run (Iniciar ejecución).
A. Protocol Setup (Configuració n del protocolo)
1) En el menú principal, seleccione File (Archivo) → New (Nuevo)→ Protocol (Protocolo)

para abrir Protocol Editor (Editor de protocolos).
Fig. 1. Protocol Setup (Configuració n del protocolo)
19 07/2021 V1.02_(ES)
2) En Protocol Editor (Editor de protocolos), defina el perfil térmico como se indica a

continuación:
Paso N.º de ciclos Temperatura Duración

1 50°C 20 min
1
2 95°C 15 min
3 95°C 10 s
4 3 60°C 40 s
5 72°C 20 s
6 GOTO (Ir a) paso 3, 2 veces más
7 95°C 10 s
8* 42 60°C 15 s
9* 72°C 10 s
* Lectura de placa en paso 8 y 9. La fluorescencia se detecta a 60°C y 72°C.
Fig. 2. Protocol Editor (Editor de protocolos)
3) Haga clic en el cuadro situado junto a Sample Volume (Volumen de muestra) para
introducir directamente 20 µL.
20 07/2021 V1.02_(ES)
4) Haga clic en OK (Aceptar) y guarde el protocolo para abrir la ventana Experiment Setup
(Configuració n del experimento).
Fig. 3. Experiment Setup (Configuració n del experimento): Protocol (Protocolo)
B. Plate Setup (Configuració n de la placa)
1) En la ficha Plate (Placa) de Experiment Setup (Configuració n del experimento), haga clic
en Create New (Crear nuevo) para abrir la ventana Plate Editor (Editor de placas).
Fig. 4. Plate Editor (Editor de placas)
21 07/2021 V1.02_(ES)
2) Haga clic en Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos) para indicar los

fluorocromos (FAM, HEX, Cal Red 610, Quasar 670, y Quasar 705) que se usarán y haga clic
en OK (Aceptar).
Fig. 5. Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos)
3) Seleccione los pocillos en los que se colocará el tubo de PCR y seleccione sus tipos de
muestra en el menú desplegable Sample Type (Tipo de muestra).
- Unknown (Desconocido): muestras clínicas
- Negative Control (Control negativo)
- Positive Control (Control positivo)
4) Haga clic en las casillas correspondientes (FAM, HEX, Cal Red 610, Quasar 670, y Quasar
705) para especificar los fluorocromos que se detectarán en los pocillos seleccionados.
5) Escriba el Sample Name (Nombre de la muestra) y pulse la tecla Entrar.
22 07/2021 V1.02_(ES)
6) En Settings (Configuració n) en el menú principal Plate Editor (Editor de placas), elija el

Plate Size (96 wells) (Tamañ o de placa [96 pocillos]) y el Plate Type (BR White) (Tipo de
placa [blanco BR]).
Fig. 6. Plate Setup (Configuració n de la placa)
7) Haga clic en OK (Aceptar) para guardar la nueva placa.
8) Volverá a la ventana Experiment Setup (Configuració n del experimento).
Fig. 7. Experiment Setup (Configuració n del experimento): Plate (Placa)
23 07/2021 V1.02_(ES)
9) Haga clic en Next (Siguiente) para Start Run (Iniciar ejecución).
C. Start Run (Iniciar ejecució n)
1) En la ficha Start Run (Iniciar ejecució n) de Experiment Setup (Configuració n del

experimento), haga clic en Close Lid (Cerrar tapa) para cerrar la tapa del instrumento.
Fig. 8. Close Lid (Cerrar tapa)
2) Haga clic en Start Run (Iniciar ejecució n).
3) Almacene el archivo de la ejecución en Mis documentos o en una carpeta específica.

Introduzca el nombre del archivo, haga clic en SAVE (GUARDAR) y se iniciará la ejecución.
1.2. Análisis de datos
A. Cree carpetas para la exportació n de datos
1) Para guardar datos para todo el paso de detección de la curva de amplificación desde el
archivo de resultados, cree una carpeta.
2) El nombre de la carpeta puede ser el que desee el usuario (para la función “Seegene Export”
(Exportación de Seegene), se crean automáticamente las carpetas “QuantStep8” y
“QuantStep9” para guardar los datos de cada curva de amplificación en la carpeta creada por el
usuario).
24 07/2021 V1.02_(ES)
B. Preconfiguració n del análisis de datos en CFX ManagerTM
1) Después de la prueba, haga clic en la ficha Quantitation (Cuantificació n) para confirmar los
resultados de la curva de amplificación.
Fig. 9. Resultados de la curva de amplificació n
2) Seleccione No Baseline Subtraction (Sin resta de línea de base) en Analysis Mode

(Modo de análisis) en el menú Settings (Configuració n).
Fig. 10. No Baseline Subtraction (Sin resta de línea de base)
25 07/2021 V1.02_(ES)
3) Seleccione Seegene Export (Exportació n de Seegene) en el menú Tools (Herramientas).
Fig. 11. Seegene Export (Exportació n de Seegene)
4) Elija una ubicación para guardar los datos y haga clic en OK (Aceptar).
Fig. 12. Seegene Export (Exportació n de Seegene) a la carpeta específica
26 07/2021 V1.02_(ES)
C. Configuració n del análisis de datos en Seegene Viewer
1) Abra el programa Seegene Viewer y haga clic en Option (Opció n) para seleccionar CFX96
en Instrument (Instrumento).
Fig. 13. Seegene Viewer
2) Haga clic en Open (Abrir) para encontrar el archivo guardado en la carpeta “QuantStep8”,
abra el archivo de resultados y seleccione el kit de prueba en el menú PRODUCT
(PRODUCTO).
Fig. 14. Configuració n del análisis de datos en Seegene Viewer
27 07/2021 V1.02_(ES)
3) Compruebe el resultado de cada pocillo.
Fig. 15. Resultado de la prueba en Seegene Viewer
4) Criterios de validez de los resultados de control
a. Ejecución del ensayo válida
Para confirmar la validez de los experimentos, las ejecuciones de PCR deben ir
acompañadas de PC (control positivo) y NC (control negativo). Se determina que la
ejecución del ensayo es válida cuando se cumplen todos los criterios siguientes:
Resultado de Seegene Viewer (Ct)

Control FAM HEX Cal Red 610 Quasar 705 Quasar 670 Interpretación
E484K RdRP gene N501Y HV69/70 del IC automática
Positivo Control
≤ 42 ≤ 42 ≤ 42 ≤ 42 ≤ 42
Control positivo (+)
Negativo Control
N/A N/A N/A N/A N/A
Control negativo (-)
b. Ejecución del ensayo no válida
En caso de fallo de la validez, los resultados no deben interpretarse ni debe informarse
de ellos. Además la reacción de PCR debe repetirse.
28 07/2021 V1.02_(ES)
2. CFX96TM Dx System (CFX ManagerTM Dx Software v3.1)
2.1. Configuració n del instrumento de PCR en tiempo real
Nota: La configuración de ejecución de CFX96™ Dx System (Bio-Rad) se puede dividir en tres

pasos: Protocol Setup (Configuración del protocolo), Plate Setup (Configuración de la placa) y
Start run (Iniciar ejecución).
A. Protocol Setup (Configuració n del protocolo)
1) En el menú principal, seleccione File (Archivo) → New (Nuevo)→ Protocol (Protocolo)

para abrir Protocol Editor (Editor de protocolos).
Fig. 1. Protocol Setup (Configuració n del protocolo)
29 07/2021 V1.02_(ES)
2) En Protocol Editor (Editor de protocolos), defina el perfil térmico como se indica a

continuación:
Paso N.º de ciclos Temperatura Duración

1 50°C 20 min
1
2 95°C 15 min
3 95°C 10 s
4 3 60°C 40 s
5 72°C 20 s
7 95°C 10 s
8* 42 60°C 15 s
9* 72°C 10 s
* Lectura de placa en paso 8 y 9. La fluorescencia se detecta a 60°C y 72°C.
Fig. 2. Protocol Editor (Editor de protocolos)
3) Haga clic en el cuadro situado junto a Sample Volume (Volumen de muestra) para
introducir directamente 20 µL.
30 07/2021 V1.02_(ES)
4) Haga clic en OK (Aceptar) y guarde el protocolo para abrir la ventana Run Setup
(Configuració n de la ejecució n).
Fig. 3. Run Setup (Configuració n de la ejecució n): Protocol (Protocolo)
B. Plate Setup (Configuració n de la placa)
1) En la ficha Plate (Placa) de Run Setup (Configuració n de la ejecució n), haga clic en
Create New (Crear nuevo) para abrir la ventana Plate Editor (Editor de placas).
Fig. 4. Plate Editor (Editor de placas)
31 07/2021 V1.02_(ES)
2) Haga clic en Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos) para indicar los

fluorocromos (FAM, HEX, Cal Red 610, Quasar 670, y Quasar 705) que se usarán y haga clic
en OK (Aceptar).
Fig. 5. Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos)
3) Seleccione los pocillos en los que se colocará el tubo de PCR y seleccione sus tipos de
muestra en el menú desplegable Sample Type (Tipo de muestra).
- Unknown (Desconocido): muestras clínicas
- Negative Control (Control negativo)
- Positive Control (Control positivo)
4) Haga clic en las casillas correspondientes (FAM, HEX, Cal Red 610, Quasar 670, y Quasar
705) para especificar los fluorocromos que se detectarán en los pocillos seleccionados.
5) Escriba el Sample Name (Nombre de la muestra) y pulse la tecla Entrar.
32 07/2021 V1.02_(ES)
6) En Settings (Configuració n) en el menú principal Plate Editor (Editor de placas), elija el

Plate Size (96 wells) (Tamañ o de placa [96 pocillos]) y el Plate Type (BR White) (Tipo de
placa [blanco BR]).
Fig. 6. Plate Setup (Configuració n de la placa)
7) Haga clic en OK (Aceptar) para guardar la nueva placa.
8) Volverá a la ventana Run Setup (Configuració n de la ejecució n).
Fig. 7. Run Setup (Configuració n de la ejecució n): Plate (Placa)
33 07/2021 V1.02_(ES)
9) Haga clic en Next (Siguiente) para Start Run (Iniciar ejecución).
C. Start Run (Iniciar ejecució n)
1) En la ficha Start Run (Iniciar ejecució n) de Run Setup (Configuració n de la ejecució n),
haga clic en Close Lid (Cerrar tapa) para cerrar la tapa del instrumento.
Fig. 8. Close Lid (Cerrar tapa)
2) Haga clic en Start Run (Iniciar ejecució n).
3) Almacene el archivo de la ejecución en Mis documentos o en una carpeta específica.

Introduzca el nombre del archivo, haga clic en SAVE (GUARDAR) y se iniciará la ejecución.
2.2. Análisis de datos
A. Cree carpetas para la exportació n de datos
1) Para guardar datos para todo el paso de detección de la curva de amplificación desde el
archivo de resultados, cree una carpeta.
2) El nombre de la carpeta puede ser el que desee el usuario (para la función “Seegene Export”
(Exportación de Seegene), se crean automáticamente las carpetas “QuantStep8” y
“QuantStep9” para guardar los datos de cada curva de amplificación en la carpeta creada por el
usuario).
34 07/2021 V1.02_(ES)
B. Preconfiguració n del análisis de datos en CFX ManagerTM
1) Después de la prueba, haga clic en la ficha Quantitation (Cuantificació n) para confirmar los
resultados de la curva de amplificación.
Fig. 9. Resultados de la curva de amplificació n
2) Seleccione No Baseline Subtraction (Sin resta de línea de base) en Analysis Mode

(Modo de análisis) en el menú Settings (Configuració n).
Fig. 10. No Baseline Subtraction (Sin resta de línea de base)
35 07/2021 V1.02_(ES)
3) Seleccione Seegene Export (Exportació n de Seegene) en el menú Export (Exportació n).
Fig. 11. Seegene Export (Exportació n de Seegene)
4) Elija una ubicación para guardar los datos y haga clic en OK (Aceptar).
Fig. 12. Seegene Export (Exportació n de Seegene) a la carpeta específica
36 07/2021 V1.02_(ES)
C. Configuració n del análisis de datos en Seegene Viewer
1) Abra el programa Seegene Viewer y haga clic en Option (Opción) para seleccionar CFX96 Dx
en Instrument (Instrumento).
Fig. 13. Seegene Viewer
2) Haga clic en Open (Abrir) para encontrar el archivo guardado en la carpeta “QuantStep8”,
abra el archivo de resultados y seleccione el kit de prueba en el menú PRODUCT
(PRODUCTO).
Fig. 14. Configuració n del análisis de datos en Seegene Viewer
37 07/2021 V1.02_(ES)
3) Compruebe el resultado de cada pocillo.
Fig. 15. Resultado de la prueba en Seegene Viewer
4) Criterios de validez de los resultados de control
a. Ejecución del ensayo válida
Para confirmar la validez de los experimentos, las ejecuciones de PCR deben ir
acompañadas de PC (control positivo) y NC (control negativo). Se determina que la
ejecución del ensayo es válida cuando se cumplen todos los criterios siguientes:
Resultado de Seegene Viewer (Ct)

Control FAM HEX Cal Red 610 Quasar 705 Quasar 670 Interpretación
E484K RdRP gene N501Y HV69/70 del IC automática
Positivo Control
≤ 42 ≤ 42 ≤ 42 ≤ 42 ≤ 42
Control positivo (+)
Negativo Control
N/A N/A N/A N/A N/A
Control negativo (-)
b. Ejecución del ensayo no válida
En caso de fallo de la validez, los resultados no deben interpretarse ni debe informarse
de ellos. Además la reacción de PCR debe repetirse.
38 07/2021 V1.02_(ES)
RESULTADOS
1. Informació n sobre analitos
Fluorocromo Analito
FAM E484K
HEX RdRP gene
Cal Red 610 N501Y
Quasar 670 IC
Quasar 705 HV69/70 del
2. Interpretació n de los resultados
Analitos Valor Ct Resultado
≤ 42 Detectado (+)
Objetivos
N/A No detectado (-)
≤ 42 Detectado (+)
IC
N/A No detectado (-)
Objetivo IC
Interpretació n
Resultado* Resultado
+ + Á cido nucleico objetivo, detectado
Á cido nucleico objetivo, detectado**

+ - - Pueden haber presentes analitos adicionales no
detectados.
- + Á cido nucleico objetivo, no detectado
No válido***
1) La recogida de la muestra puede ser incorrecta.
- - 2) La extracción o el PCR podrían inhibirse.
3) Repetir a partir de la extracción de ácido nucleico. Si se
muestra el mismo resultado, repetir a partir de la recogida
de la muestra.
* Si solo se detectan mutaciones de la proteína spike (E484K, N501Y, o eliminación de

HV69/70) pero no RdRP gene, los resultados son indicativos de 1) una muestra con
concentraciones próximas o por debajo del límite de detección de la prueba, 2) una mutación
en la región objetivo correspondiente, 3) otros factores.
39 07/2021 V1.02_(ES)
** Un nivel elevado de ácidos nucleicos de destino puede causar interferencia en la detección y

la lectura del control interno. Una señal de IC no válida no indica que los resultados positivos
de los objetivos no son válidos.
*** Consulte la sección SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS para ver instrucciones detalladas.
3. Aplicació n a muestras clínicas
Muestra 1
Muestra 2
Muestra 3
FAM HEX Cal Red 610 Quasar 705 Quasar 670

Interpretació n
Muestra RdRP HV69/70
E484K C(t) C(t) N501Y C(t) C(t) IC C(t) automática
gene del
RdRP gene, N501Y,
1 - N/A + 23,75 + 25,23 + 25,19 + 23,94
HV69/70 del
E484K, RdRP gene,
2 + 13,28 + 11,04 + 13,84 - N/A + 21,68
N501Y
E484K, RdRP gene,
3 + 13,67 + 11,86 - N/A + 12,16 + 22,83
HV69/70 del
40 07/2021 V1.02_(ES)
SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS
OBSERVACIÓ N CAUSAS PROBABLES SOLUCIÓ N
Los fluorocromos del

Seleccione los fluorocromos correctos para el
análisis de datos no
análisis de datos.
cumplen el protocolo
Configuración incorrecta del Compruebe las condiciones del ciclo térmico y

No hay señ al termociclador en tiempo real repita la prueba con la configuración correcta.
Compruebe las condiciones de almacenamiento

Almacenamiento incorrecto
(ver página 8) y la fecha de caducidad (consulte la
o caducidad vencida del kit
etiqueta) del kit de prueba y use un kit nuevo si es
de prueba
necesario.
Si se observa una señal de patógeno objetivo,

pero no el IC, es posible que la amplificación del
Carga elevada de ácido IC se haya inhibido debido a un título elevado de
nucleico del patógeno patógeno objetivo. Si desea observar la señal de
IC, diluya la muestra (1/3~1/10) en tampón salino
y repita la prueba desde el paso de extracción.
No hay señ al de
Diluya el ácido nucleico extraído (1/2~1/5) en
control interno
RNase-free Water y repita la prueba desde el
Presencia de inhibidor de
paso RT-PCR. Si se muestra el mismo resultado
PCR
diluya la muestra (1/3~1/10) en tampón salino y
repita la prueba desde el paso de extracción.
Recogida incorrecta de la Recoja la muestra de nuevo y repita la prueba
muestra desde el paso de extracción.
Descontamine las superficies y los instrumentos

Señ ales putativas
con hipoclorito de sodio y etanol. Use solo puntas
de falso positivo u
con filtro durante todo el procedimiento y cambie
objetivo observadas Contaminación
las puntas entre tubos. Repita todo el
en el control
procedimiento desde la extracción de ácido
negativo
nucleico con el nuevo conjunto de reactivos.
41 07/2021 V1.02_(ES)
OBSERVACIÓ N CAUSAS PROBABLES SOLUCIÓ N
Error en la recogida de las Compruebe el método de recogida de las
muestras muestras y recoja de nuevo la muestra.
Recoja de nuevo la muestra y repita todo el

Almacenamiento incorrecto
procedimiento. Asegúrese de que la muestra se
de la muestra
almacene como se recomienda.
Compruebe el procedimiento de extracción de

Error en la extracción de
ácido nucleico y la concentración de ácido
ácido nucleico
nucleico y vuelva a extraer el ácido nucleico.
Señ ales putativas
Compruebe los números de muestra de los tubos
de falso negativo o
Error en la adición de ácido que contienen ácido nucleico, asegúrese de
ausencia de señ al
nucleico a los tubos de PCR añadir ácido nucleico a los tubos de PCR
observadas en el
correctos correctos y repita con cuidado la prueba si es
control positivo
necesario.
Diluya la muestra (1/3~1/10) en tampón salino y

Presencia de inhibidor
repita la prueba desde el paso de extracción.
Confirme que se hayan añadido todos los
componentes a la mezcla de reacción (la
Mezcla de PCR incorrecta sensibilidad se pone en riesgo con la premezcla
precompuesta). Todos los reactivos deben
homogeneizarse y centrifugarse antes de usarse.
Picos en cualquier
ciclo de la curva de Burbuja en el tubo de PCR Centrifugue el tubo de PCR antes de la ejecución.
amplificació n
Compruebe el dispositivo de recogida de muestras.
No hay señ al de ENAT PM 2ML PERNASAL APPLICATOR,

Presencia de inhibidor en la
método sin GeneTM Set (GTS1), GeneTM Set (GTS2) y
PCR
extracció n SELTM Set (STS2) no son apropiados para el
método sin extracción.
42 07/2021 V1.02_(ES)
RENDIMIENTO
1. Especificidad
La alta especificidad de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay está garantizada por los oligos
diseñados concretamente para los objetivos de interés. Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay
se ha probado en lo referente a la reactividad cruzada con 89 patógenos diferentes, y solo se
identificaron detección y amplificación de PCR en los objetivos especificados.
N.º de cepa
N.º Organismo Origen Resultado†
aislada
1 SARS-CoV-2 ATCC VR-1986D RdRP gene detectado
5 SARS-CoV-2 ZMC 0810587CFHI RdRP gene detectado
Twist Synthetic SARS-CoV-2 RNA TWIST RdRP gene, N501Y,
8 103907
Control 14 (B.1.1.7_710528) BIOSCIENCE HV69/70 del detectado
Twist Synthetic SARS-CoV-2 RNA TWIST RdRP gene, N501Y,
9 103909
Control 15 (B.1.1.7_601443) BIOSCIENCE HV69/70 del detectado
SARS-CoV-2 (VOC-202012/01; GR RdRP gene, N501Y,
10 NCCP 43381
clade (B.1.1.7)) HV69/70 del detectado
SARS-CoV-2 (501Y.V2; GH clade E484K, RdRP gene,
11 NCCP 43382
(B.1.351)) N501Y detectado
Twist Synthetic SARS-CoV-2 RNA TWIST E484K, RdRP gene,
12 104043
Control 16 (B.1.351) BIOSCIENCE N501Y detectado
Twist Synthetic SARS-CoV-2 RNA TWIST E484K, RdRP gene,
13 104044
Control 17 (P.1) BIOSCIENCE N501Y detectado
14 Human adenovirus 1 ATCC VR-1 No detectado
15 Human adenovirus 2 KBPV VR-58 No detectado
18 Human adenovirus 5 KBPV VR-61 No detectado
43 07/2021 V1.02_(ES)
N.º de cepa
aislada
26 Influenza A virus (H1N1) ATCC VR-95 No detectado
38 Influenza B virus ATCC VR-101 No detectado
46 Human respiratory syncytialvirus A ATCC VR-26 No detectado
47 Human respiratory syncytialvirus B ATCC VR-955 No detectado
48 Human parainfluenza virus 1 ATCC VR-1380 No detectado
51 Human parainfluenza virus 4A ATCC VR-1378 No detectado
52 Human parainfluenza virus 4B ATCC VR-1377 No detectado
53 Human rhinovirus 14 ATCC VR-284 No detectado
44 07/2021 V1.02_(ES)
N.º de cepa
aislada
58 Human coronavirus NL63 ZMC 0810228CF No detectado
59 Human coronavirus 229E ATCC VR-740 No detectado
60 Human coronavirus OC43 KBPV VR-8 No detectado
61 Human coxsackievirus A9 KBPV VR-11 No detectado
62 Human coxsackievirus B1 KBPV VR-13 No detectado
68 Human echovirus 6 KBPV VR-19 No detectado
70 Human echovirus 9 ATCC VR-39 No detectado
74 Human coxsackievirus A 24 ATCC VR-583 No detectado
75 Human enterovirus 71 ATCC VR-784 No detectado
76 Human herpesvirus 1 ATCC VR-260 No detectado
77 Human cytomegalovirus KBPV VR-7 No detectado
78 Epistein-Barr virus ATCC VR-1491 No detectado
79 Mumps virus ATCC VR-106 No detectado
80 Bordetella pertussis ATCC 9797 No detectado
81 Candida albicans KCCM 50651 No detectado
82 Chlamydia trachomatis type A ATCC VR-571B No detectado
83 Lactobacillus acidophilus KCTC 3140 No detectado
84 Legionella pneumophila ATCC 12009 No detectado
85 Moraxella catarrhalis ATCC 25238 No detectado
86 Mycoplasma hominis ATCC 23114 No detectado
87 Mycoplasma genitalium ATCC 49895 No detectado
88 Streptococcus salivarius KCCM 11926 No detectado
89 Pseudomonas aeruginosa KCTC 2004 No detectado

† Las pruebas de especificidad se repitieron 3 veces.
45 07/2021 V1.02_(ES)
※ ATCC: American Type Culture Collection

ZMC: ZeptoMetrix Corporation
NCCP: National Culture Collection for pathogens
KCTC: Korean Collection for Type Culture
KBPV: Korea Bank for Pathogenic Viruses
KCCM: Korean Culture Center of Microorganisms
2. Sensibilidad analítica

Para determinar la sensibilidad de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay, SARS-CoV-2 se
diluyó fluido de cultivo (Isolate: Hong Kong/VM20001061/2020, Heat Inactivated, Núm. Cat.
0810590CFHI, ZeptoMetrix Corporation) en serie en una matriz de muestra negativa y los
ácidos nucleicos se extrajeron de cada dilución mediante Microlab NIMBUS IVD. El RNA
sintético del SARS-CoV-2 se obtuvo de TWIST BIOSCIENCE (SARS-CoV-2 RNA Control 14,
Núm. Cat. 103907), que contiene las mutaciones (HV69/70 del, N501Y) que se encuentran en
la variante del Reino Unido (B.1.1.7). Se usó RNA de transcripción in vitro del SARS-CoV-2 que
contiene 2 mutaciones (E484K, N501Y). La transcripción del S gene contiene la región en la
que se encuentran las mutaciones en la variante sudafricana (B.1.351). Estos RNA también se
diluyeron en serie en una matriz de muestra negativa y los ácidos nucleicos se extrajeron de
cada dilución mediante Microlab NIMBUS IVD. Los ácidos nucleicos extraídos se analizaron
con Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay.
El límite de detección de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay se verificó usando virus
SARS-CoV-2 inactivado de ZeptoMetrix Corporation de 1,0 TCID50/mL. El límite de detección
de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay verificado mediante RNA sintético de TWIST
BIOSICENCE es de 5.000 copias/mL (= 50 RNA copias/rxn). El límite de detección de Allplex™
SARS-CoV-2 Variants I Assay verificado con RNA de transcripción in vitro (RNA de mutaciones
E484K y N501Y) de BIONICS es de 5.000 copias/mL (= 50 copias de RNA/rxn).
Hong Kong/VM20001061/2020 B.1.1.7 variant B.1.351 variant

ZeptoMetrix Corporation TWIST BIOSCIENCE
RNA de transcripció n in vitro
(Cat. 0810590CFHI) (Nú m. Cat. 103907)
Analito
Límite de Límite de Límite de
Positivo/Total Positivo/Total Positivo/Total
detección detección detección
(%) (%) (%)
(TCID50/mL) (copias/mL) (copias/mL)
24/24 24/24
RdRP gene 1 5.000 - -
(100%) (100%)
24/24
E484K - - - - 5.000
(100%)
24/24 24/24
N501Y - - 5.000 5.000
(100%) (100%)
24/24
HV69/70 del - - 5.000 - -
(100%)
46 07/2021 V1.02_(ES)
2-2. Sin extracción en frotis

Se procesaron diluciones en serie de cada cepa viral como se describe en el método sin
extracción en frotis y se analizaron con el Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay.
El límite de detección de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay se verificó usando fluido de
cultivo SARS-CoV-2 (Isolate: Hong Kong/VM20001061/2020, Heat Inactivated, Núm. Cat.
0810590CFHI, ZeptoMetrix Corporation) es de 20 TCID50/mL. El límite de detección de
Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay verificado mediante B.1.1.7 variant RNA sintético de
TWIST BIOSICENCE (SARS-CoV-2 RNA Control 14, Núm. Cat. 103907) es de 50.000
copias/mL (= 62,5 RNA copias/rxn). El límite de detección de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I
Assay verificado mediante B.1.351 variant RNA sintético de TWIST BIOSICENCE (SARS-CoV-
2 RNA Control 16, Núm. Cat. 104043) es de 50.000 copias/mL (= 62,5 RNA copias/rxn).

ZeptoMetrix Corporation TWIST BIOSCIENCE TWIST BIOSCIENCE
(Cat. 0810590CFHI) (Nú m. Cat. 103907) (Nú m. Cat. 104043)
Analito
(%) (%) (%)
23/24 24/24 24/24
RdRP gene 20 50.000 50.000
(95,8%) (100%) (100%)
24/24
E484K - - - - 50.000
(100%)
24/24 24/24
N501Y - - 50.000 50.000
(100%) (100%)
24/24
HV69/70 del - - 50.000 - -
(100%)
2-3. Sin extracció n en saliva

Se procesaron diluciones en serie de cada cepa viral como se describe en el método sin
extracción en saliva y se analizaron con el Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay.
cultivo SARS-CoV-2 (Isolate: Hong Kong/VM20001061/2020, Heat Inactivated, Núm. Cat.
0810590CFHI, ZeptoMetrix Corporation) es de 20 TCID 50/mL. El límite de detección de
Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay verificado mediante B.1.1.7 variant RNA sintético de
TWIST BIOSICENCE (SARS-CoV-2 RNA Control 14, Núm. Cat. 103907) es de 50.000
copias/mL (= 55,6 RNA copias/rxn). El límite de detección de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I
Assay verificado mediante B.1.351 variant RNA sintético de TWIST BIOSICENCE (SARS-CoV-
2 RNA Control 16, Núm. Cat. 104043) es de 50.000 copias/mL (= 55,6 RNA copias/rxn).
47 07/2021 V1.02_(ES)

Analito
(%) (%) (%)
24/24 24/24 24/24
RdRP gene 20 50,000 50,000
(100%) (100%) (100%)
24/24
E484K - - - - 50,000
(100%)
24/24 24/24
N501Y - - 50,000 50,000
(100%) (100%)
23/24
HV69/70 del - - 50,000 - -
(95,8%)
2-4. Standard extraction for combo-swab(nasal swab + oral swab)

Para determinar la sensibilidad de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay con el bastoncillo
combinado, se diluyeron fluido de cultivo de SARS-CoV-2 (Isolate: Hong Kong/VM20001061/2020,
Heat Inactivated, Núm. Cat. 0810590CFHI, ZeptoMetrix Corporation) y control de RNA sintético
para cepas variantes del SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2 RNA Control 14, Núm. Cat. 103907 y
SARS-CoV-2 RNA Control 16, Núm. Cat. 104043, TWIST BIOSCIENCE) en serie en una matriz
de muestra negativa y los ácidos nucleicos se extrajeron de cada dilución mediante Microlab
NIMBUS IVD. Los ácidos nucleicos extraídos se analizaron con Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I
Assay.
cultivo SARS-CoV-2 1 TCID50/mL. El límite de detección de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I
Assay verificado mediante B.1.1.7 variant RNA sintético de TWIST BIOSICENCE es de 5.000
copias/mL (= 50 RNA copias/rxn). El límite de detección de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I
Assay verificado mediante B.1.351 variant RNA sintético de TWIST BIOSICENCE es de 5.000
copias/mL (= 50 RNA copias/rxn).
Analito
(%) (%) (%)
24/24 24/24 24/24
RdRP gene 1 5.000 5.000
(100%) (100%) (100%)
24/24
E484K - - - - 5.000
(100%)
24/24 24/24
N501Y - - 5.000 5.000
(100%) (100%)
24/24
HV69/70 del - - 5.000 - -
(100%)
48 07/2021 V1.02_(ES)
3. Reproducibilidad
La prueba de reproducibilidad se preparó incluyendo muestras muy negativas (0,1 X LoD),

débilmente positivas (1 X LoD) y moderadamente positivas (3 X LoD). En cada lugar de
pruebas, el kit se probó durante cinco días, con dos ejecuciones al día realizadas por dos
experimentadores diferentes y triplicado de cada objetivo. Se observaron las tasas de positivos
para cada objetivo para el estudio de reproducibilidad: 100,0% para muestras moderadamente
positivas, ≥95% para muestras débilmente positivas. La reproducibilidad de Allplex™ SARS-
CoV-2 Variants I Assay se evaluó entre experimentadores, centros y lotes de producto. Las
tasas de positivo de todas las concentraciones y valores de CV cumplieron los criterios de
menos del 10% (<10%).
Los resultados eran acordes con los criterios establecidos anteriormente, lo que confirma los
resultados reproducibles de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay.
4. Sustancias interferentes
Añadir las sustancias no tuvo efecto alguno sobre los resultados: ni detecciones no específicas
ni inhibiciones de la amplificación del objetivo. Según los resultados, 16 sustancias
interferentes no tuvieron efecto alguno sobre los resultados de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants
I Assay.
Concentració n de
N.º Sustancias interferentes Origen
prueba
Mucin (bovine submaxillary gland, Sigma-Aldrich
1 60 g/mL
type I-S) (Núm. Cat.M3895)
Sigma-Aldrich
2 Mupirocin (Antibiotic, nasal ointment) 6,6 mg/mL
(Núm. Cat.1448901)
Sigma-Aldrich
3 Oxymetazoline (Afrin Nasal Spray) 15% (v/v)
(Núm. Cat.O2378)
4 Blood Human 2% (v/v)
Sigma-Aldrich
5 Tobramycin (Antibacterial, systemic) 4,0 g/mL
(Núm. Cat.T4014)
Sigma-Aldrich
6 Zanamivir (Anti-viral drug-Relenza) 3,3 mg/mL
(Núm. Cat.SML0492)
Sigma-Aldrich
7 Oseltamivir (Anti-viral drug-Tamiflu) 25 mg/mL
(Núm. Cat.1479304)
Pulmicort® (Nasal corticosteroid) - AstraZeneca

8 125 µg/mL
Budesonide (Núm. Cat.199403233)
Sigma-Aldrich
9 Benzocaine (Throat lozenges) 25 mg/mL
(Núm. Cat.E1501)
49 07/2021 V1.02_(ES)
Concentració n de
N.º Sustancias interferentes Origen
prueba
Sigma-Aldrich
10 Menthol (Throat lozenges) 25 mg/mL
(Núm. Cat.M2772)
Sigma-Aldrich
11 Zinc sulfate 0,55 mg/mL
(Núm. Cat.83265)
Sigma-Aldrich
12 Sodium chloride 0,8% (w/v)
(Núm. Cat.S3014)
Sigma-Aldrich
13 Phenylephrine hydrochloride (0,5%) 15% (v/v)
(Núm. Cat. P6126)
Sigma-Aldrich
14 Nicotine 0,12 mg/mL
(Núm. Cat.N3876)
15 Pasta de dientes Colgate® 0,0625% (v/v)
16 Enjuague bucal Listerine® 20% (v/v)
5. Resultados clínicos

En estos resultados clínicos se probaron un total de 100 hisopos nasofaríngeos/orofaríngeos
(garganta), incluidas 8 muestras de las S variants . Los resultados clínicos de Allplex™ SARS-
CoV-2 Variants I Assay se evaluaron mediante la comparación con otro panel de diagnóstico
de SARS-CoV-2 en tiempo real RT-PCR que está aprobado mediante CE-IVD anteriormente.
Los resultados clínicos de las S variants (E484K, N501Y, HV69/70 del) se evaluaron mediante
la comparación con los análisis de secuenciación de las S variants.
En este ensayo clínico se sometieron a prueba un total de 150 muestras de saliva. La
validación clínica de la saliva se realizó usando muestras recogidas de pacientes de COVID-19
30 min después de despertarse.
En el caso de muestras de aspirado nasofaríngeo, lavado broncoalveolar y esputo, las pruebas
obtenidas se prepararon agregando ácidos nucleicos positivos a las S variants (E484K, N501Y,
HV69/70 del). Se realizaron pruebas de un total de 30 muestras marcadas, 15 muestras
positivas (5 muestras positivas de cada tipo de muestra), 15 muestras negativas (5 muestras
negativas por cada tipo de muestra).
La prueba de comparación demuestra un porcentaje de acuerdo más que positivo (PPA) y el
porcentaje de acuerdo negativo (NPA) son ≥ 95% y ≥ 98% en la muestra clínica. Por tanto, se
confirma que la calidad de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay es válida. Los resultados se
resumen en la tabla.
50 07/2021 V1.02_(ES)
<Hisopo nasofaríngeo/Hisopo orofaríngeo (garganta)>

Resultado comparativo aprobado por CE-IVD
RdRP gene
Positivo Negativo Total
Positivo 50 0 50
Allplex™ SARS-CoV-2
Negativo 0 50 50
Variants I Assay
Total 50 50 100
- PPA (Porcentaje de acuerdo positivo): 100% (95% CI: 92,89% a 100,00%)
- NPA (Porcentaje de acuerdo negativo): 100% (95% CI: 92,89% a 100,00%)
- OPA (Porcentaje de acuerdo general): 100% (95% CI: 96,38% a 100,00%)
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
E484K
Positivo 5 0 5
Negativo 0 45 45
Variants I Assay
Total 5 45 50
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
N501Y
Positivo 6 0 6
Negativo 0 44 44
Variants I Assay
Total 6 44 50
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
HV69/70 del
Positivo 5 0 5
Negativo 0 45 45
Variants I Assay
Total 5 45 50
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
51 07/2021 V1.02_(ES)
<Saliva>
RdRP gene
Positivo 100 0 100
Negativo 0 50 50
Variants I Assay
Total 100 50 150
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
E484K
Positivo 2 0 2
Negativo 0 98 98
Variants I Assay
Total 2 98 100
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
N501Y
Positivo 3 0 3
Negativo 0 97 97
Variants I Assay
Total 3 97 100
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
HV69/70 del
Positivo 4 0 4
Negativo 0 96 96
Variants I Assay
Total 4 96 100
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
52 07/2021 V1.02_(ES)
<Aspirado nasofaríngeo>
RdRP gene
Positivo 5 0 5
Negativo 0 5 5
Variants I Assay
Total 5 5 10
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
E484K
Positivo 2 0 2
Negativo 0 3 3
Variants I Assay
Total 2 3 5
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
N501Y
Positivo 4 0 4
Negativo 0 1 1
Variants I Assay
Total 4 1 5
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
HV69/70 del
Positivo 4 0 4
Negativo 0 1 1
Variants I Assay
Total 4 1 5
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
53 07/2021 V1.02_(ES)
<Lavado broncoalveolar (BAL)>

RdRP gene
Positivo 5 0 5
Negativo 0 5 5
Variants I Assay
Total 5 5 10
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
E484K
Positivo 2 0 2
Negativo 0 3 3
Variants I Assay
Total 2 3 5
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
N501Y
Positivo 4 0 4
Negativo 0 1 1
Variants I Assay
Total 4 1 5
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
HV69/70 del
Positivo 4 0 4
Negativo 0 1 1
Variants I Assay
Total 4 1 5
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
54 07/2021 V1.02_(ES)
<Esputo>
RdRP gene
Positivo 5 0 5
Negativo 0 5 5
Variants I Assay
Total 5 5 10
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
E484K
Positivo 2 0 2
Negativo 0 3 3
Variants I Assay
Total 2 3 5
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
N501Y
Positivo 4 0 4
Negativo 0 1 1
Variants I Assay
Total 4 1 5
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
HV69/70 del
Positivo 4 0 4
Negativo 0 1 1
Variants I Assay
Total 4 1 5
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
55 07/2021 V1.02_(ES)
5-2. Sin extracció n en frotis

Se incluyeron un total de 80 muestras de frotis en este ensayo clínico del método sin
extracción en frotis. Este estudio se comparó con la extracción estándar para demostrar la
validez clínica del método sin extracción en frotis para el Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I
Assay. Porcentaje de acuerdo negativo (NPA) mostró más del 97% en la muestra clínica.
Porcentaje de acuerdo positivo (PPA) mostró más del 95% en la muestra clínica. Por lo tanto,
se confirma que la calidad del método sin extracción en frotis del Allplex™ SARS-CoV-2
Variants I Assay es válida. El rendimiento se resume en la tabla.
Extracció n estándar en frotis
RdRP gene (Microlab NIMBUS IVD)
Positivo 50 0 50
Sin extracció n en frotis Negativo 0 30 30
Total 50 30 80
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
E484K (Microlab NIMBUS IVD)
Positivo 5* 0 5
Total 5 75 80
* Resultado de la secuenciación: Siempre positiva para E484K y mutación única.
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
N501Y (Microlab NIMBUS IVD)
Positivo 5* 0 5
Total 5 75 80
* Resultado de la secuenciación: Siempre positiva para N501Y, y cada muestra tenía también
eliminación de HV69/70.
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
56 07/2021 V1.02_(ES)

HV69/70 del (Microlab NIMBUS IVD)
Positivo 5* 0 5
Total 5 75 80
* Resultado de la secuenciación: Siempre positiva para HV69/70 del, y cada muestra tenía
también la mutación N501Y.
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
57 07/2021 V1.02_(ES)
5-3. Sin extracció n en saliva

Se incluyeron un total de 99 muestras de saliva en este ensayo clínico del método sin
extracción en saliva. Este estudio se comparó con la extracción estándar para demostrar la
validez clínica del método sin extracción en saliva para el Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I
Assay. Porcentaje de acuerdo negativo (NPA) mostró más del 97% en la muestra clínica.
Porcentaje de acuerdo positivo (PPA) mostró más del 95% en la muestra clínica. Por lo tanto,
se confirma que la calidad del método sin extracción en saliva del Allplex™ SARS-CoV-2
Variants I Assay es válida. El rendimiento se resume en la tabla.
Extracció n estándar en saliva
RdRP gene (Microlab NIMBUS IVD)
Positivo 56 0 56
Sin extracció n en saliva Negativo 0 43 43
Total 56 43 99
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
E484K (Microlab NIMBUS IVD)
Positivo 2* 0 2
Total 2 97 99
* Resultado de la secuenciación: Siempre positiva para E484K. Una muestra tenía una
mutación única E484K, y la otra también tenía eliminación de HV69/70.
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
N501Y (Microlab NIMBUS IVD)
Positivo 3* 0 3
Total 3 96 99
* Resultado de la secuenciación: Siempre positiva para N501Y, y cada muestra tenía
eliminación de HV69/70.
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
58 07/2021 V1.02_(ES)

HV69/70 del (Microlab NIMBUS IVD)
Positivo 4* 0 4
Total 4 95 99
* Resultado de la secuenciación: Siempre positiva para HV69/70 del. Una muestra también
tenía la mutación E484K, y las otras tres también tenían la mutación N501Y.
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
59 07/2021 V1.02_(ES)
5-4. Extracció n estándar realizada con el bastoncillo combinado (bastoncillo

nasal + bastoncillo oral)
Se realizó un estudio clínico para evaluar los resultados de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I
Assay usando muestras pareadas recogidas con el bastoncillo nasofaríngeo (NPS) y con el
bastoncillo combinado (bastoncillo nasal + bastoncillo oral) en 59 pacientes sospechosos de
padecer COVID-19. La Porcentaje de acuerdo negativo (NPA) y la Porcentaje de acuerdo
positivo (PPA) fueron de más del 95% en las muestras clínicas. Por tanto, se confirma que la
calidad de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay en muestras recogidas con el bastoncillo
combinado es válida. Los resultados se resumen en la tabla.
NPS
RdRP gene
Positivo 43 0 43
Bastoncillo combinado Negativo 0 16 16
Total 43 16 59
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
NPS
E484K
Positivo 21 0 21
Total 21 38 59
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
NPS
N501Y
Positivo 2 0 2
Total 2 57 59
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
60 07/2021 V1.02_(ES)
NPS
HV69/70 del
Positive 11 0 11
Bastoncillo combinado Negative 0 48 48
Total 11 48 59
- Valor kappa: 1,000 (95% CI: 1,000 a 1,000)
61 07/2021 V1.02_(ES)
REFERENCIAS
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january 12, 2021". Morbidity and Mortality Weekly Report, 70 (3): 95. doi:
10.15585/mmwr.mm7003e2.
63 07/2021 V1.02_(ES)
SÍMBOLOS
Clave de los símbolos usados en el manual y las etiquetas
Símbolo Explicació n
Producto sanitario de diagnóstico in vitro
Código de lote
Número de catálogo
Fecha de caducidad
Límite máximo de temperatura
Mezcla de oligonucleótidos para amplificación y detección
Mezcla de enzimas
Tampón
RNase-free Water
Control positivo (PC)
Consultar instrucciones de uso
Fabricante
Fecha de fabricación
Representante autorizado en la Comunidad Europea
Precaución
Contiene suficiente para <n> pruebas
Identificador único del dispositivo
Código de barras de reacción para sistema de extracción

automatizada
64 07/2021 V1.02_(ES)
INFORMACIÓ N PARA PEDIDOS
Nú m. Cat. Producto Tamañ o
Serie AllplexTM
RV10287Y Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay 50 rxns
RV10286X Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay 100 rxns*
* Para usar solo con Microlab NIMBUS IVD, Microlab STARlet IVD, Seegene NIMBUS y
Seegene STARlet
Producto accesorio
SG1701 Ribo_spin vRD (Viral RNA/DNA Extraction Kit) 50 preps
Sistemas de extracció n automatizada
65415-02 Microlab NIMBUS IVD EA
173000-075 Microlab STARlet IVD EA
65415-03 Seegene NIMBUS EA
67930-03 Seegene STARlet EA
744300.4.UC384 STARMag 96 X 4 Universal Cartridge Kit 384T / 1box
EX00013C STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit 384T / 1box
SG71100 SEEPREP32 EA
EX00009P STARMag 96 ProPrep (Plate Type) 96T / 1box
EX00009T STARMag 96 ProPrep (Tube Type) 96T / 1box
EX00017P STARMag 96 ProPrep C (Plate Type) 96T / 1box
EX00017T STARMag 96 ProPrep C (Tube Type) 96T / 1box

M9600 Maelstrom™ 9600 EA
TANBead® Nucleic Acid Extraction Kit

W665S66 72 T / 1 box
OptiPure Viral Auto Tube
TANBead® Nucleic Acid Extraction Kit

W665A10 960 T / crt
OptiPure Viral Bulk Plate
65 07/2021 V1.02_(ES)

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REPRESENTANTE EXCLUSIVO EN CHILE Solo para uso profesional

SARS-CoV-2 Variants I Assay

AllplexTM SARS-CoV-2 Variants I Assay es un producto sanitario de diagnóstico in vitro

Para uso con

Para uso con

Solo para uso en diagnó stico in vitro

Taewon Bldg., 91 Ogeum-ro, Songpa-gu, Seoul, Corea del Sur 05548

Medical Technology Promedt Consulting GmbH

Altenhofstrasse 80, D-66386 St. Ingbert, Alemania

No disponible en los Estados Unidos

USO PREVISTO ----------------------------------------------------------------------------------- 4

PRINCIPIOS Y DESCRIPCIÓ N GENERAL DEL PROCEDIMIENTO --------------- 5

ALMACENAMIENTO Y MANIPULACIÓ N -------------------------------------------------- 8

MATERIALES NECESARIOS Y NO INCLUIDOS ---------------------------------------- 8

CONFIGURACIÓ N DEL INSTRUMENTO DE PCR EN TIEMPO REAL Y

SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS ----------------------------------------------------------------- 41

INFORMACIÓ N PARA PEDIDOS ------------------------------------------------------------ 65

⚫ Solo para uso en diagnóstico in vitro.

Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay es un producto sanitario de diagnóstico in vitro

2. Resumen del procedimiento

Extracció n de ácido nucleico

RT-PCR en tiempo real

1. Síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2)

Los reactivos contenidos en un kit son suficientes para 100 reacciones.

Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay

Símbolo Contenido Volumen Descripció n

Tampón para PCR en tiempo real

Control positivo (PC):

RNase-free Water 1.000 µL Calidad ultrapura, para PCR

Manual del usuario

Todos los componentes de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay deben almacenarse a

MATERIALES NECESARIOS Y NO INCLUIDOS

⚫ Guantes sin polvo desechables (de látex o nitrilo)

1. Recogida, almacenamiento y transporte de las muestras

A. Recogida de las muestras

aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar, hisopo orofaríngeo

Fabricante Dispositivo de recogida de muestras Núm. Cat.

Bastoncillo combinado (bastoncillo nasal + bastoncillo oral)

Fabricante Dispositivo de recogida de muestras Núm. Cat.

SG Medical SELTM Set (STS2)* T5021

B. Almacenamiento y transporte de las muestras

2. Extracció n de ácido nucleico

[Métodos de extracció n de distintas muestras]

Sistema de extracció n automatizada

2-1. Extracció n estándar

⚫ Añada 2 volúmenes de 1X PBS o solución salina a la muestra de 1 volumen en el tubo

Nota: Si la muestra no presenta viscosidad, el paso de tratamiento previo NO es necesario.

⚫ Añada 1 volumen de 1X PBS a la muestra de 1 volumen en el tubo esterilizado y agítelo en

B. Sistema de extracció n de ácido nucleico automatizada

B-1. Microlab NIMBUS IVD

Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado

Microlab NIMBUS IVD Hamilton 65415-02* -

744300.4. Muestra: 300 µL

B-2. Microlab STARlet IVD

Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado

Microlab STARlet IVD Hamilton 173000-075* -

744300.4. Muestra: 300 µL

B-3. Seegene NIMBUS

Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado

Seegene NIMBUS Seegene 65415-03 -

744300.4. Muestra: 300 µL

B-4. Seegene STARlet

Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado