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Enfermedades Infecciosas Clínicas

ARTICULO PRINCIPAL

Síndrome Respiratorio Agudo Severo Coronavirus 2 (SARS-

CoV-2) Secuencia Características de la Enfermedad por
Coronavirus 2019 (COVID-19) Persistencia y Reinfección
Manish C. Choudhary,1,a,Charles R. Crain,1,2,aXueting Qiu,3Guillermo Hanage,3y Jonathan Z. Li1

1Hospital Brigham and Women's, Facultad de Medicina de Harvard, Boston, Massachusetts, EE. UU.;2Universidad del Noreste, Boston, Massachusetts, EE. UU.; y3Centro de Dinámica de Enfermedades Transmisibles, Departamento de

Epidemiología, Escuela de Salud Pública TH Chan de Harvard, Boston, Massachusetts, EE. UU.

Fondo.Se han informado reinfecciones por coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) e infecciones persistentes,
pero no se han descrito las características de la secuencia en estos escenarios. Evaluamos los casos publicados de reinfección y persistencia

Descargado de https://academic.oup.com/cid/article/74/2/237/6255966 por invitado el 28 de junio de 2022

del SARS-CoV-2, caracterizando las características de las secuencias de reinfección y la tasa de evolución viral en la infección persistente.

Métodos.Se realizó una revisión sistemática de PubMed para identificar casos de reinfección por SARS-CoV-2 y persistencia con secuencias
disponibles. Los cambios de nucleótidos y aminoácidos en la secuencia de reinfección se compararon con las variantes de la comunidad inicial y
contemporánea. Se realizó una reconstrucción filogenética medida en el tiempo para comparar la evolución viral intrahuésped en el SARS-CoV-2
persistente con la evolución impulsada por la comunidad.
Resultados.Se identificaron 20 casos de reinfección y 9 de infección persistente. Los informes de casos de reinfección abarcaron una amplia distribución de
edades, estado de salud inicial, gravedad de la reinfección y ocurrieron tan pronto como 1,5 meses o > 8 meses después de la infección inicial. Las secuencias
virales reinfectantes tuvieron una mediana de 17,5 cambios de nucleótidos con enriquecimiento en los genes ORF8 y N. El número de cambios no difirió por la
gravedad de la reinfección y las variantes de reinfección fueron similares a las secuencias contemporáneas que circulaban en la comunidad. Los pacientes con
enfermedad persistente por coronavirus 2019 (COVID-19) demostraron una acumulación de cambios de secuencia más rápida que la observada con una evolución
impulsada por la comunidad con una evolución continua durante el tratamiento con anticuerpos monoclonales o plasma convaleciente.

Conclusiones.La reinfectación de los genomas virales del SARS-CoV-2 refleja en gran medida las secuencias circulantes contemporáneas en esa región
geográfica, mientras que el COVID-19 persistente se ha descrito en gran medida en personas inmunodeprimidas y está asociado con una evolución viral
acelerada.
Palabras clave.SARS-CoV-2; COVID-19 persistente; reinfección; análisis de secuencias; inmunosupresión.

Después de la resolución de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19)
después de la infección por coronavirus 2 (SARS-CoV-2) del síndrome
respiratorio agudo severo, los anticuerpos contra el SARS-CoV-2 persisten en
la mayoría de los pacientes durante 6 meses o más.1]. A pesar de esto, ahora
ha habido una serie de informes de reinfección por COVID-19, que abarcan
una amplia gama de grupos de edad, períodos de tiempo y gravedad de la
enfermedad [2–7]. Sigue habiendo mucha incertidumbre sobre las
características virales de los casos de reinfección, incluido el grado de
heterogeneidad de la secuencia y la ubicación de las nuevas mutaciones entre
las variantes inicial y de reinfección, si las hubiera. Además, el diagnóstico de
reinfección por COVID-19 se ha complicado por los crecientes informes de
casos persistentes de COVID-19
infección, especialmente en individuos inmunodeprimidos. Al igual que
los casos de reinfección, el COVID-19 persistente también puede abarcar
el rango de gravedad de la enfermedad, desde asintomático hasta
enfermedad grave, y los síntomas recurrentes pueden durar meses [8–
11]. Diferenciar entre persistencia y reinfección puede ser un desafío, y
se sabe poco sobre las diferencias en la ubicación y la cantidad de
mutaciones del SARS-CoV-2 en estos escenarios. Realizamos un análisis
de secuencias de SARS-CoV-2 de casos publicados de reinfección y
persistencia de COVID-19, caracterizando las características de las
secuencias de reinfección y la tasa de evolución viral en la infección
persistente.

MÉTODOS

Criterios de búsqueda y selección de datos

Recibido el 26 de febrero de 2021; decisión editorial 21 de abril de 2021; publicado en línea el 27 de abril de 2021. Realizamos una revisión sistemática de la literatura en PubMed hasta el 8 de
aMCC y CRC contribuyeron por igual.
marzo de 2021 para casos de COVID-19 persistente utilizando el término de
Correspondencia: JZ Li, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School, 65
Landsdowne Street, Rm 421, Cambridge, MA 02139 (jli@bwh.harvard.edu). búsqueda “((covid or sars-CoV-2) AND (persistent or persistence or extended))
Enfermedades Infecciosas Clínicas® 2022;74(2):237–45 AND (secuencia o evolución). ” Se realizó una búsqueda de informes de
Publicado por Oxford University Press para la Sociedad de Enfermedades Infecciosas de América 2021. Este
reinfección de COVID-19 utilizando los términos “(covid o sars-CoV-2) Y
trabajo está escrito por (un) empleado(s) del gobierno de los EE. UU. y es de dominio público en los EE. UU.

DOI: 10.1093/cid/ciab380 (reinfección)”. Ambos revisados por pares

Persistencia y reinfección de COVID-19 •cid 2022:74 (15 de enero)• 237

y se evaluaron los resultados de la preimpresión. Utilizamos los elementos de
informe preferidos para revisiones sistemáticas y metanálisis (PRISMA) para
revisar la literatura y para informar los resultados de la búsqueda. También se
incluyeron preprints adicionales que aparecieron a través de la búsqueda de
Google y que cumplían con nuestros criterios. Para los casos de reinfección, se
incluyeron artículos si los autores lo describieron como un caso de reinfección
diagnosticado más de 30 días después de la infección inicial y si las secuencias
del genoma completo del SARS-CoV-2 o los sitios de mutaciones en relación
con una secuencia de referencia (p. ej., Wuhan-Hu-1) de ambos puntos de
tiempo de infección estaban disponibles. De los 291 resultados de la
búsqueda, 14 artículos cumplieron con los criterios de inclusión y se
incluyeron en el presente informe junto con 2 preprints adicionales que se
identificaron (Figura complementaria 1A).
Los casos persistentes se incluyeron si los autores lo describieron
como un caso de infección persistente por COVID-19 y si las secuencias
longitudinales de SARS-CoV-2 del genoma completo estaban disponibles.
La búsqueda arrojó 129 resultados, 7 de los cuales cumplieron con los
criterios de inclusión y se incluyeron en el presente informe junto con
otro preprint (Figura complementaria 1B). En nuestro análisis solo se
incluyeron las secuencias obtenidas directamente de las muestras del
tracto respiratorio de los pacientes para excluir la posibilidad de cambios
de secuencia durante elex-vivoproceso de cultura. Se excluyeron tres
casos debido a la incertidumbre en su clasificación como casos de
reinfección o infección persistente (Métodos complementarios, Tabla
Suplementaria 1,Figura complementaria 2).
Las secuencias se analizaron en busca de mutaciones utilizando
Nextclade (https://clades.nexttrain.org/) y sitios snp (https://github. com/
sanger-patógenos/snp-sitios). El grado de gravedad de la reinfección,
más o menos grave en comparación con la primera infección, se clasificó
en función de una determinación explícita de los autores de cada artículo
o mediante la comparación de los síntomas, la duración de la
enfermedad y el estado de hospitalización entre ambos episodios.
Compilación de conjuntos de datos de secuenciación y construcción de árboles filogenéticos
El conjunto de datos de secuenciación contenía un total de 262 genomas
de SARS-CoV-2 representativos a nivel mundial seleccionados de GISAID (
https://www.gisaid.org/) y secuencias de los casos de reinfección y
persistencia (Métodos complementarios,Datos complementarios 1). Las
secuencias muestreadas se eligieron para que fueran representativas de
la diversidad de secuencias globales a lo largo del tiempo de la
pandemia. También se incluyeron secuencias de variantes de interés
B.1.1.7 y B.1.351. La alineación de la secuencia de nucleótidos se realizó
usando MAFFT (Alineación múltiple usando la transformada rápida de
Fourier) [12]. La sustitución de nucleótidos de mejor ajuste se calculó
utilizando la selección del modelo seguida de la construcción del árbol
filogenético de máxima verosimilitud (ML) utilizando IQ-Tree con 1000
repeticiones de arranque [12].
Análisis de mutaciones
Para los casos de reinfección, las mutaciones se determinaron de 2 maneras.
Primero, se identificaron los cambios de nucleótidos y aminoácidos para las
secuencias de reinfección en relación con la primera infección.
238 •cid 2022:74 (15 de enero)• Choudhary y otros
secuencia. La frecuencia de cambios de nucleótidos o aminoácidos
dentro de cada gen se comparó con la frecuencia de cambios en el resto
del genoma mediante pruebas exactas de Fisher con una corrección de
Bonferroni (para comparaciones múltiples). La relación entre la gravedad
de la enfermedad y el número de cambios de nucleótidos o aminoácidos
en el genoma se evaluó mediante una prueba de Mann-Whitney. En
segundo lugar, para identificar las características únicas de los virus que
se reinfectan, cada una de las secuencias de la primera y de la
reinfección se compararon con las secuencias que circulan en la
comunidad según lo definido por el mismo clado de Nextstrain
muestreado dentro de 1 mes obtenido de la misma ubicación geográfica
cargada en GISAID (Cuadro complementario 2, Métodos
complementarios,Datos complementarios 2). Las mutaciones raras se
determinaron como polimorfismos que estaban presentes solo en la
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secuencia de reinfección (no en la variante inicial) y se encontraron en
menos del 1 % de las secuencias comunitarias contemporáneas. Las
ubicaciones de las mutaciones se representan gráficamente en
diagramas de Circos [13].
Para las infecciones persistentes, los cambios de secuencia se evaluaron en
2 intervalos de tiempo: antes o después del tratamiento con anticuerpos
monoclonales o plasma convaleciente. Las secuencias muestreadas antes del
tratamiento con anticuerpos o plasma convaleciente se compararon con la
primera secuencia muestreada. Para las secuencias muestreadas después del
tratamiento con anticuerpos o plasma convaleciente, los cambios de secuencia
(tanto de nucleótidos como de aminoácidos) se determinaron en relación con
la última secuencia de pretratamiento. Se utilizó regresión lineal para estimar
la tasa de cambios virales entre 2 intervalos. La pendiente de la línea de
tendencia se comparó con la última frecuencia de reloj global (29 de marzo de
2021) según lo estimado por NextStrain (https://nextstrain.org/ncov/global/).
Análisis filogenético medido en el tiempo
La señal temporal del árbol ML se examinó en TempEst [14]
retrocediendo en la divergencia de la raíz a la punta, y se inspeccionaron
los valores atípicos en la distribución de los residuos. Se observó un alto
grado de comportamiento similar al de un reloj en todo el conjunto de
datos (R2= 0.721) en el análisis de regresión de raíz a punta con la tasa de
pendiente como 8.26E-4 y el tiempo ancestral aproximado de la muestra
calculado como 2019.84. Esto sugiere que todo el conjunto de datos
tiene una señal temporal realista y es apropiado para una estimación de
parámetros temporales. No se encontraron valores atípicos en esta
muestra. Para examinar más a fondo la señal temporal en las secuencias
de pacientes persistentes (especialmente aquellos con > 2 secuencias), el
análisis de regresión de raíz a punta por separado también apoyó la
señal temporal para una filogenia medida en el tiempo. Para comparar
las tasas evolutivas entre las infecciones persistentes informadas y las
infecciones de la población general, se realizó una reconstrucción
filogenética medida en el tiempo en Bayesian Evolutionary Analysis
Sampling Trees (BEAST) versión 1.10.4 [15]. Se usaron nueve particiones,
incluidos 8 pacientes persistentes y las secuencias globales, como
grupos separados de taxones, para estimar tasas evolutivas separadas.
Debido a las grandes incertidumbres con
muestras pequeñas, los pacientes persistentes con solo 2 secuencias Análisis estadístico

virales fueron excluidos de este análisis. Se aplicó un modelo general Se usaron pruebas no paramétricas de suma de rangos de Wilcoxon o de

reversible en el tiempo (GTR) con variaciones de velocidad distribuidas rangos con signo de pares emparejados para comparar el número de cambios

por rayos gamma entre los sitios. Se usó un reloj molecular relajado de aminoácidos entre secuencias. Los análisis estadísticos se realizaron

logarítmico normal con una media inicial de 0,0008 y un intervalo previo utilizando GraphPad Prism 9 (GraphPad Software, San Diego, CA).

uniforme de 0,0 a 1,0. Se aplicó un árbol de crecimiento logístico previo.

RESULTADOS
Se realizaron cuatro cadenas Bayesian Markov Chain Monte Carlo
(MCMC) independientes de 100 millones de generaciones con un paso de Análisis de secuencia de casos de reinfección

muestreo cada 10 000 generaciones para producir 10 000 árboles por
ejecución. Para garantizar un tamaño de muestra efectivo suficiente
superior a 200, se diagnosticó la convergencia de 3 ejecuciones en Tracer
versión 1.7.1 (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/tracer/) para todos los
parámetros. LogCombiner versión 1.10.4 como parte del paquete de
software BEAST se utilizó para combinar las múltiples ejecuciones para
En este análisis se incluyeron un total de 20 casos de 16 informes (tabla 1
) [2–7,16–25]. Una amplia gama de grupos de edad estuvo representada
y el 90% tenía menos de 70 años. La mayoría (80%) de los casos no
tenían comorbilidades reportadas, y aunque 1 paciente tenía diabetes y
enfermedad renal en etapa terminal, ninguno tenía inmunosupresión de
alto nivel. El intervalo entre el diagnóstico de la primera infección y la

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generar archivos de registro y árbol después de la eliminación adecuada segunda infección varió de 44 días a 282 días con una mediana de 113,5
de la grabación de cada cadena MCMC. La comparación de las tasas días. Cinco pacientes tuvieron una enfermedad más grave durante la
evolutivas del archivo de registro combinado se analizó y visualizó en R segunda infección, mientras que 6 tuvieron síntomas menos graves en la
versión 4.0.2 (https://www.r-project.org/). reinfección, incluidos 2 que fueron

Tabla 1. Casos de reinfección

Segundo Primero Segundo

Publicación/Preimpresión Tiempo entre Infección Infección Infección
Paciente Autores Servidor (Año) Años Sexo comorbilidades Infecciones, Días Gravedad clado clado

Re1 Selhorst et al [5] Clin Infect Dis 39 F Ninguna 185 Menos 19A 20A
(2020)
Re2 A et al [3] Clin Infect Dis 33M Ninguna 144 Menos 19A 20E
(2020)
Te3 Prado-Vivar Lancet Infect Dis 46 METRO Ninguna 63 Más 20A 19B
y otros [dieciséis] (2021)
Te4 Tillett et al [4] Lancet Infect Dis 25M Ninguna 48 Más 20C 20C
(2020)
Re5 Goldman et al [7] medRxiv 60–69 N/A Enfisema, hipertensión 139 Menos 19B 20A
Te6 Resende et al [17] virológico 37F Ninguna 116 Similar 20B 20B
Re7 Harrington y otros [6] Clin Infect Dis 78 METRO nefropatía diabética con hemo- 250 Más 19A 20I (B.1.1.7)
(2021) diálisis, EPOC, apnea del sueño,
cardiopatía isquémica
Te8 Van Elslande Clin Infect Dis 51F Asma 93 Menos 20B 19B
y otros [2] (2021)
Re9 Colson et al [18] J infectar(2020) 70 METRO Ninguna 105 Menos 20A 20A.EU2
Re10 Nonaka et al [19] Infecciones emergentes 45F Ninguna 147 Más 20B 20B
(2021)
Re11-1 Gupta et al [20] Clin Infect Dis 25 METRO Ninguna 108 Ambos asintomáticos 19A 20A
(2020) tomático

Re11-2 28 F Ninguna 111 Ambos asintomáticos 20A 20A

tomático

Re12-1 Abu Raddad Clin Infect Dis 25–29 METRO N/A 46 N/A 19A 20A
Re12-2 y otros [21] (2020) 40–44 METRO N/A 71 N/A 19A 20A
Re13-1 Naveca et al [22 Plaza de investigación 29 N/A N/A 281 Similar 20A 20J (pág. 1)

Re13-2 50 N/A N/A 153 Similar 20B 20J (pág. 1)

Re13-3 40 F N/A 282 Similar 20A 20J (pág. 1)

Re14 Vetter et al [23] Clin Microbiol In- 36F Ninguna 205 Similar 20A 20A.EU2
fecto(2021)
Re15 Kulkarni et al [24] Clin Infect Dis 61 METRO Ninguna 44 Más 20B 20B
(2021)
Re16 Adrielle dos SantosJ infectar(2021) 40F hipertensión arterial sistémica, 53 Menos severo 20A 20A
y otros [25] obesidad

Abreviaturas:Clin Infect Dis,Enfermedades Infecciosas Clínicas; EPOC, enfermedad pulmonar obstructiva crónica; F, hembra; M, masculino; Lancet Infect Dis, Enfermedades Infecciosas de Lancet; J Infect, Revista
de Infecciones; Emerg Infect Dis, Enfermedades Infecciosas Emergentes; Clin Microbiol Infect, Microbiología Clínica e Infección; N/D, no disponible.

Persistencia y reinfección de COVID-19 •cid 2022:74 (15 de enero)• 239

asintomático a la reinfección. Dos casos fueron asintomáticos en ambas
infecciones, 5 casos informaron la misma gravedad para ambas
infecciones y no se dispuso de información sobre la gravedad de la
infección para 2 casos (tabla 1). Seis casos informaron reinfección con un
virus del mismo clado.
El análisis filogenético demostró una ramificación distinta para las 2
secuencias en cada uno de los casos de reinfección, lo que corrobora los
resultados discutidos en los informes originales (Figura 1). Comparamos
los cambios de nucleótidos y aminoácidos en la secuencia viral
reinfectante con la secuencia inicial y encontramos una mediana de 17,5
cambios de nucleótidos (rango: 9–37) y 9 cambios de aminoácidos
(rango: 6–24) en comparación con la secuencia original (Figura 2A). Los
cambios de nucleótidos entre las secuencias inicial y reinfectante se
distribuyeron a lo largo del genoma del SARS-CoV-2, con frecuencias
el segundo virus divergente resultó en una enfermedad más grave. No
encontramos diferencias significativas en la cantidad de cambios de
nucleótidos o aminoácidos en el virus reinfeccioso en comparación con
la variante viral original cuando se categorizó según la gravedad de la
reinfección (Figura 2C,Figura complementaria 3B). Tanto la variante del
SARS-CoV-2 inicial como la que reinfecta eran similares a las secuencias
que circulaban en la comunidad en el momento de la reinfección. La
variante de infección inicial albergaba una mediana de solo 2 mutaciones
de nucleótidos raras en comparación con las variantes circulantes
contemporáneas en la comunidad y la variante de reinfección contenía
una mediana de solo 1 mutación de nucleótidos rara (Figura 2DELAWARE
,Figura suplementaria 3C).
Análisis de secuencia de casos persistentes de COVID-19

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significativamente más altas de cambios en el marco de lectura abierto De nuestra búsqueda bibliográfica se recuperaron un total de 9 casos de

(ORF) 8 (ORF8) (PAGS< .001) y N (PAGS= .001) (Figura 2B). Se observó un 7 informes que describían una infección persistente. De estos 9 casos,

patrón similar con los cambios de aminoácidos (Figura complementaria 3 todos menos uno tenían inmunodeficiencia de células B [8–10,11,26–28].

A). Todos menos 2 casos de reinfección tenían al menos 1 sustitución o Cuatro fueron tratados con terapia de reducción de células B por linfoma

eliminación en el gen S (Tabla Suplementaria 3). A continuación, o trastornos autoinmunes, mientras que 4 tenían linfomas de células B

evaluamos si la reinfección con un más tratados con quimioterapia (Tabla 2). Un paciente había avanzado

Figura 1.Árbol filogenético de máxima verosimilitud de secuencias de casos persistentes de COVID-19 (Pe1–Pe7), casos de reinfección de COVID-19 (Re1–Re16), las variantes de preocupación
B.1.1.7 y B.1.351, y secuencias muestreadas globalmente de GISAID . Abreviaturas: CID,Enfermedades Infecciosas Clínicas; COVID-19, enfermedad por coronavirus 2019; NEJM,Revista de
medicina de Nueva Inglaterra; Lancet Infect Dis, Enfermedades Infecciosas de Lancet; J de Inf, Revista de Infecciones; Emerg Infect Dis, Enfermedades Infecciosas Emergentes; CMI,
Microbiología Clínica e Infección; JID, Revista de Enfermedades Infecciosas.

240 •cid 2022:74 (15 de enero)• Choudhary y otros

 Descargado de https://academic.oup.com/cid/article/74/2/237/6255966 por invitado el 28 de junio de 2022
Figura 2.Comparación de secuencias virales de casos de reinfección. (A) Gráfica de Circos que muestra la ubicación de los cambios de nucleótidos en la secuencia de reinfección en relación con la secuencia de

infección inicial para cada uno de los 20 casos. El anillo interior indica la posición de los nucleótidos en kilobases. Los cambios sinónimos están en verde, los cambios no sinónimos en naranja y las supresiones en

negro. (B) Frecuencia de sustitución de nucleótidos agrupada en todos los casos de reinfección para cada gen del SARS-CoV-2. La línea discontinua indica la frecuencia de sustitución global en todo el genoma. La

frecuencia de sustitución de cada gen se comparó con la frecuencia de sustitución en el resto del genoma utilizando las pruebas exactas de Fisher. PAGSlos valores se corrigieron para comparaciones múltiples

utilizando la corrección de Bonferroni. **PAGS< .01, y ***PAGS< .001. (C) Cambios de nucleótidos en la segunda infección en relación con la primera infección por gravedad clínica de la enfermedad. Se muestran

mutaciones para todo el genoma y el gen S.PAGS= .67, prueba de Mann-Whitney. (D) Diagrama de Circos que muestra la ubicación de las mutaciones de nucleótidos de la segunda infección en relación con otros

virus que circulan al mismo tiempo en la misma región geográfica. Solo se muestran mutaciones raras presentes en <1% de las secuencias comunitarias contemporáneas. (mi) Número de polimorfismos de

nucleótidos raros en cada momento en relación con las secuencias circulantes en la comunidad.PAGS= .26, prueba de rango con signo de pares emparejados de Wilcoxon. Abreviaturas: E, sobre; M, membrana;

NT, nucleótido; N, nucleocápside; ORF, marco de lectura abierto; S, espiga; SARS-CoV-2, síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2.

infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) con un recuento casos terminaron en muerte. Un paciente tuvo enfermedad asintomática
de CD4+ de 0 células/mm33y recuentos de células CD19+ disminuidos. La durante [9]. Cuatro pacientes fueron tratados con plasma convaleciente
mediana de duración de la infección fue de 154 días y el 33% de los al menos una vez durante su enfermedad.9,10,11,27],

Persistencia y reinfección de COVID-19 •cid 2022:74 (15 de enero)• 241

Tabla 2. Casos persistentes

Infección
Publicación Longitud,
Caso del paciente (Año) Años Sexo Condiciones subyacentes inmunosupresores Tratamiento Antiviral Días ¿Fatal?

Pe1 Choí Nuevo Inglés J 45 METRO Anticuerpo antifosfolípido Rituximab, eculizumab, remdesivir, 154 Sí
y otros [8] Medicina(2020) síndrome ciclofosfamida, casirivimab y
corticosteroides imdevimab
Pe2 Baang J infectar enfermedad 60 METRO Célula del manto refractario Ab biespecífico CD20, dirigido a células B remdesivir, 156 Sí
y otros [10] (2021) linfoma Ab, ciclofosfamida, convaleciente
doxorrubicina, prednisona plasma
Pe3 Avanzado Célula(2020) 71 F LLC, adquirida … Plasma convaleciente 156 No
y otros [9] hipogammaglobulinemia
Pe4 Kemp et al. Naturaleza(2021) …… Linfoma marginal de células B, Terapia de reducción de células B Remdesivir, conva- 102 Sí
[11] hipogammaglobulinemia plasma lescente
Pe5 Tarhini J infectar enfermedad 66 METRO VIH, multifocal … … 124 No
y otros [27] (2021) leucoencefalopatía por
virus JC

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Pe6–1 TTruong EBioMedicina <5 F LLA de células B Dexametasona, vincristina, peg- … 91 No
y otros [28] (2021) asparaginasa, metotrexato, 6-
MP, doxorrubicina
Pe6-2 20–25 METRO LLA de células B Célula CAR-T dirigida por CD-19 Remdesivir, conva- 250+ No
terapia (tisagenlecleucel), plasma lescente
ciclofosfamida, fludarabina
Pe6–3 <5 METRO LLA de células B ciclofosfamida, citarabina, … 196 No
tioguanina, vincristina,
dexametasona, metotrexato,
mercaptopurina
Pe7 Borges virológico 61 F Difuso grande Quimioterapia (no especificada), remdesivir 197 No
y otros [29] linfoma de células B metotrexato, corticosteroides
Abreviaturas: Ab, anticuerpo; LLA, leucemia linfoblástica aguda; CAR, receptor de antígeno quimérico; LLC, leucemia linfocítica crónica; F, hembra; VIH, virus de la inmunodeficiencia humana; virus JC, virus de John Cunningham;J infectar
enfermedad,Revista de enfermedades infecciosas; M, masculino;Nuevo Inglés J Med,Revista de medicina de Nueva Inglaterra.

y 1 paciente fue tratado con los anticuerpos monoclonales
casirivimab e imdevimab [8].
El análisis filogenético reveló que, para cada uno de los 9 pacientes,
las secuencias formaron un grupo distinto, lo que confirma lo que se
encontró en los informes originales (Figura 1). Se detectaron nuevas
mutaciones que surgieron con el tiempo en todos los pacientes con
COVID-19 persistente, y se identificaron más cambios después del
tratamiento con plasma convaleciente o anticuerpos monoclonales (
Figura complementaria 4). Las mutaciones ocurrieron con una frecuencia
significativamente mayor en S (PAGS< .001) y ORF7a (PAGS= .02) y menor
frecuencia en ORF1a (PAGS= .02) (figura 3A,Figura complementaria 5A).
La tasa de evolución viral se representó gráficamente para cada paciente
tanto para el intervalo antes como después del tratamiento con
anticuerpos/plasma convaleciente. Antes del tratamiento antiviral, la
tasa de cambios de secuencia a lo largo del tiempo parecía más rápida
que la estimación de Nextstrain para la tasa global de evolución del
SARS-CoV-2 (línea púrpura punteada enfigura 3B,Figura complementaria
5B). El tratamiento con plasma de convaleciente o cóctel de anticuerpos
fue insuficiente para detener la evolución viral intrahuésped.figura 3C,
Figura complementaria 5C).
También realizamos una reconstrucción filogenética medida en el tiempo
con las secuencias persistentes previas al tratamiento para comparar la tasa
de evolución viral intrahuésped en COVID-19 persistente con la tasa de
evolución impulsada por la comunidad. Este análisis proporcionó evidencia
adicional de que la evolución del SARS-CoV-2 apareció más rápido en estos
individuos con infección persistente en comparación con la tasa
en la población pública en general, aunque se muestran incertidumbres
sustanciales en estas estimaciones dada la secuencia de muestreo
limitada en cada paciente (figura 3D,Tabla Suplementaria 4).
DISCUSIÓN
Realizamos una revisión sistemática y un análisis combinado de
secuencias de informes de reinfección e infección persistente por
COVID-19. Los informes de casos de reinfección demuestran una amplia
gama de situaciones, que abarcan una amplia distribución de edades,
estado de salud inicial y gravedad de la reinfección en comparación con
la infección inicial. La reinfección ocurrió tan pronto como 1,5 meses o
más de 8 meses después de la infección inicial. Las explicaciones
comunes para la presencia de reinfección implican la disminución de los
anticuerpos contra el SARS-CoV-2 o la presencia de mutaciones de
escape viral.29,30]. Si bien la mayoría de los casos de reinfección por
SARS-CoV-2 involucraron una infección con un clado diferente (incluidas
las variantes preocupantes B.1.1.7 y P.1), cabe destacar que se
identificaron mutaciones en todos los genomas y la frecuencia de las
mutaciones dentro el gen S no estaba elevado en relación con el resto
del genoma. Además, los individuos con reinfecciones más graves no
tenían una frecuencia significativamente mayor de mutaciones del gen S.
Curiosamente, los genes con la mayor frecuencia de mutaciones fueron
ORF8 y N. ORF8 es una proteína accesoria de rápida evolución que puede
antagonizar la función inmunitaria del huésped [31], mientras que la
nucleocápside es una proteína estructural vital que también sirve como
objetivo para la inmunidad tanto humoral como mediada por células.

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 Descargado de https://academic.oup.com/cid/article/74/2/237/6255966 por invitado el 28 de junio de 2022
Figura 3.Ubicación de la mutación SARS-CoV-2 y tasa evolutiva en los casos persistentes de COVID-19. (A) Frecuencia de sustitución de nucleótidos agrupada en todos los casos persistentes
para cada gen del SARS-CoV-2. La línea discontinua indica la frecuencia de sustitución global en todo el genoma. La frecuencia de sustitución de cada gen se comparó con la frecuencia de
sustitución en el resto del genoma utilizando las pruebas exactas de Fisher.PAGSlos valores se corrigieron para comparaciones múltiples utilizando la corrección de Bonferroni. *PAGS< .05, y
* * * PAGS< .001. (B) Cambios de nucleótidos en muestras tomadas antes del tratamiento con anticuerpos monoclonales o plasma convaleciente en relación con la primera secuencia muestreada en cada paciente

con infección persistente. Se muestran la línea de regresión y las bandas de confianza del 95%. La línea de puntos púrpura es la tasa global estimada obtenida de Nextstrain. (C) Cambios de nucleótidos en

muestras tomadas después del tratamiento con anticuerpos monoclonales o plasma convaleciente en relación con la última muestra tomada antes del tratamiento en cada paciente persistentemente infectado.

Se muestran la línea de regresión y las bandas de confianza del 95%. (D) Tasa de sustitución (sustituciones de nucleótidos por sitio por año) de secuencias globales de SARS-CoV-2 muestreadas en relación con

pacientes persistentes según la reconstrucción filogenética medida en el tiempo de Monte Carlo de la cadena de Markov. Los diagramas de caja muestran la mediana y los rangos intercuartílicos de las tasas de

sustitución estimadas. La media, la mediana y el intervalo HPD del 95% se pueden encontrar enTabla Suplementaria 4. Abreviaturas: COVID-19, enfermedad por coronavirus 2019; HPD, máxima densidad
posterior; Nt, nucleótido; Pe, persistente; SARS-CoV-2, síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2.

respuestas [32]. Finalmente, la presencia de mutaciones raras fue poco Además, el tratamiento con plasma convaleciente o cócteles de anticuerpos

común en el virus reinfectante, que reflejaba en gran medida las monoclonales fue insuficiente para detener por completo la evolución viral y

variantes que circulaban contemporáneamente en la región de infección. se ha documentado la aparición de escape viral con el tratamiento.11,33]. Se

Sin embargo, las variantes de reinfección generalmente contenían una han observado mutaciones asociadas con el escape inmunitario y/o cinéticas

cantidad sustancial de mutaciones en comparación con la variante inicial, de replicación más eficientes, incluidas E484K, S494P, N501Y y deleciones del

incluidos cambios frecuentes en el gen S, y se necesitan estudios pico N-terminal, tanto en individuos inmunodeprimidos como en las nuevas

adicionales para evaluar si estos cambios pueden haber contribuido al variantes de preocupación.34, 35]. Los resultados plantean la posibilidad de

riesgo de repetición de la infección. que nuevas variantes, incluidas aquellas que albergan mutaciones de escape

Si bien el número de individuos inmunodeprimidos con secuencias contra los tratamientos actuales, puedan surgir de individuos

disponibles sigue siendo limitado, los resultados sugieren que la tasa de inmunodeprimidos y sugieren que los individuos inmunodeprimidos deberían

evolución viral (que mide tanto los cambios sinónimos como los no ser el foco de los esfuerzos de salud pública. Entre los informes actuales de

sinónimos) se acelera en los individuos inmunodeprimidos. En COVID-19 persistente, células B

Persistencia y reinfección de COVID-19 •cid 2022:74 (15 de enero)• 243

la disfunción parece ser un hilo común, incluso en informes que no se
incluyeron en este análisis debido a la falta de secuencias completas
disponibles [36–40]. Sin embargo, es importante tener en cuenta que la
función de las células T también puede desempeñar un papel en la protección
contra el SARS-CoV-2.41] y un subconjunto de estos pacientes también
incluyeron la supresión simultánea de otros aspectos de la respuesta
inmunitaria. Se necesitan estudios adicionales para definir completamente el
tipo y la intensidad de la inmunosupresión que pondría a los pacientes en
mayor riesgo de COVID-19 persistente.
Dos factores generalmente diferenciaron entre los escenarios de
reinfección e infección persistente: primero, las reinfecciones hasta
ahora se han descrito en gran medida en individuos
inmunocompetentes, mientras que la mayoría de los casos persistentes
de COVID han sido en pacientes inmunodeprimidos. En segundo lugar,
el análisis filogenético generalmente puede diferenciar entre reinfección
e infección persistente, especialmente en los casos en que la infección
persistente permitió la colección longitudinal de más de 2 secuencias.
Sin embargo, dada la lentitud de la evolución del SARS-CoV-2 y la
diversidad viral limitada [42], puede ser difícil diferenciar entre
reinfección e infección persistente, especialmente en situaciones con
muestreo limitado o duración entre muestras.
Una limitación de este trabajo es que se basa en informes de casos, que
pueden estar influenciados por el sesgo de publicación y limita nuestro poder
estadístico. Sin embargo, hasta la fecha, no ha habido estudios sistemáticos, a
gran escala, basados en secuencias de reinfección por COVID-19 o
infecciones persistentes. Esto se debe en parte a la rareza de este tipo de
casos y a que las secuencias iniciales de infección con frecuencia no están
disponibles para compararlas con variantes de reinfección o infección
persistente. En general, nuestros resultados demuestran la necesidad de
explorar más a fondo los factores que aumentan el riesgo de reinfecciones y
de COVID-19 persistente. Esta línea de investigación tendrá implicaciones
importantes sobre la durabilidad de las vacunas actualmente disponibles y
para prevenir el surgimiento de nuevas variantes.
Dato suplementario
Los materiales complementarios están disponibles enEnfermedades Infecciosas
Clínicasen línea. Los materiales publicados, que consisten en datos proporcionados
por los autores para beneficio del lector, no están corregidos y son responsabilidad
exclusiva de los autores, por lo que las preguntas o comentarios deben dirigirse al
autor correspondiente.
notas
Expresiones de gratitud.Agradecemos a Jeremy Luban y Ronald Bosch por sus
comentarios y debates.
Descargo de responsabilidad.El contenido es responsabilidad exclusiva de los autores y
no representa necesariamente los puntos de vista oficiales de los Institutos Nacionales de
Salud.
Soporte financiero.Este trabajo fue apoyado en parte por los Institutos
Nacionales de Salud (NIH) subvención 106701. XQ fue apoyado por el NIH Models of
Infectious Disease Agent Study (MIDAS) a través del Instituto Nacional de Ciencias
Médicas Generales con el número de concesión U54GM088558.
Posibles conflictos de intereses.JZL ha consultado para Abbvie. Todos los demás
autores informan que no hay conflictos potenciales. Todos los autores han enviado el
Formulario ICMJE para la divulgación de posibles conflictos de intereses. Se han
revelado los conflictos que los editores consideran relevantes para el contenido del
manuscrito.
244 •cid 2022:74 (15 de enero)• Choudhary y otros
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