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de cigarrillos.
AUTORES: M. N. Hochmeister(1), B. Budowle(2), J. Jung(2), U.V. Borer(1), C.T. Comey(2), and R.
Dirnhofer(1).
El Conocimiento, La Sabiduría y la Producción de Conocimiento están en Ser Humilde. Compilado por Chola Wengué
Venezuela, 04-10-2021.
Resumen.
Puede obtenerse información limitada sobre marcadores genéticos a partir de la saliva tipificando por
medios serológicos convencionales.
Por tanto, la aplicación de ADN basado en PCR los métodos de mecanografía se investigaron como un
enfoque potencial para tipificar marcadores genéticos en la saliva.
Se aisló el ADN de 200 cigarrillos fumados por 10 personas diferentes (20 cigarrillos por persona) y
de 3 colillas recuperadas en 2 escenas del crimen (casos adjudicados) utilizando un procedimiento de
extracción Chelex 100.
La cantidad de ADN humano recuperado se cuantificó mediante análisis de transferencia por ranura
y osciló aproximadamente entre:
a) <2-160 ng (nano gramos) de ADN por colilla de cigarrillo para las 200 muestras y
b) 8 ng, 50 ng y 100 ng (nano gramos) para las colillas de cigarrillos de los casos adjudicados.
El ADN se amplificó con éxito mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para el locus
alfa HLA-DQ (99 de 100 muestras), así como para el locus de número variable de repeticiones en
tándem (VNTR) D1S80 (99 de 100 muestras).
La amplificación y tipificación del ADN fue exitosa en todas las muestras recuperadas de las escenas
del crimen.
Los resultados sugieren que la tipificación de ADN basada en PCR ofrece un método potencial para
caracterizar genéticamente rastros de saliva en colillas de cigarrillo.
Palabras clave:
-Colillas de cigarrillos.
-Saliva.
-ADN.
-Reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
-HLA.
-DQ alfa.
-DIS80 (pMCT118).
-AMP.
-FLP e
-Identificación humana.
Introducción
Dado que los métodos serológicos convencionales para tipificar la saliva son limitado [1], sería
deseable desarrollar genética procedimientos de mecanografía de marcadores para la caracterización
de trazas de saliva en las colillas de cigarrillos.
El ADN se puede aislar de células epiteliales presentes en la saliva (hisopos bucales), por lo tanto
podría ser posible extraer ADN de colillas de cigarrillos después del contacto con la boca.
Además, la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) ofrece el potencial de amplificar cantidades sub
analíticas de ADN a niveles analíticos.
Por tanto, los marcadores genéticos susceptibles de PCR [Por ejemplo: El locus alfa HLA-DQ, así
como el número variable de loci de repetición en tándem (VNTR)], pueden proporcionar enfoques
para tipificar la saliva en las colillas de cigarrillos.
Este artículo describe un método para la extracción de ADN de colillas de cigarrillos, que posteriormente
puede ser amplificado por PCR en los loci HLA-DQ alfa [2] y DIS80 [3, 4].
El ADN amplificado se sometió a análisis de dotblot inverso o electroforesis en gel de poliacrilamida de
alta resolución, respectivamente.
Materiales y métodos:
1. Muestras biológicas.
2. Extracción de ADN.
3. Cuantificación de ADN humano y
4. Métodos analíticos y de tipificación.
1. Muestras biológicas.
Diez individuos fumaron 20 cigarrillos cada uno, lo que proporcionó un total de 200 colillas de cigarrillos
para este estudio.
Se quitó cada colilla de cigarrillo del cenicero (que era un cenicero único, generalmente usado),
utilizando pinzas y mantenido en una bolsa de papel a temperatura y humedad ambiente durante 4
semanas antes del análisis.
De esos 10 individuos se extrajo sangre por punción digital, se colocó en un paño de algodón, se secó
al aire y se almacenó en una bolsa de papel a temperatura y humedad ambiente durante 4 semanas
antes del análisis.
Se recolectaron tres colillas de cigarrillos (de casos adjudicados) de 2 escenas del crimen:
-Una de una acera y
-Dos de una ceniza bandeja.
Se mantuvieron a temperatura y humedad ambiente en una bolsa de papel antes del análisis (el primer
caso se almacenó durante 7 meses y las segundas cajas se almacenaron durante 3 meses).
Desde el 2 individuos, que habían sido asociados con las colillas de cigarrillos, la sangre se extrajo
mediante un pinchazo en el dedo, se colocó en un paño de algodón y se secó al aire y almacenados en
una bolsa de papel a temperatura y humedad ambiente para 2 semanas antes del análisis.
2. Extracción de ADN:
-Las manchas de sangre se extrajeron de acuerdo con los protocolos descritos anteriormente [6, 7].
Brevemente, un corte de 3 x 3 mm de la mancha se colocó en un tubo Saarstedt de 1,5 ml con tapón
de rosca.
-Se añadió un ml de agua esterilizada y se remojó la mancha a temperatura ambiente durante 30 min.
-El tubo se centrifugó durante 3 min. a 14000 rpm y se eliminó todo menos 40 µl del sobrenadante y se
descartado.
-Se añadió una suspensión de Chelex 100 [5% w/v (p/v: Peso volumen)] al tubo hasta un volumen
final de aproximadamente 200 µl.
-Los tubos se agitaron vigorosamente durante 30 s, se incubaron durante 30 min a 56°C, se agitaron de
nuevo durante 30 s, se hirvieron durante 8 min y se volvieron a agitar durante 30 s.
-Se sedimentó Chelex mediante centrifugación a 14000 rpm durante 3 min. se utilizó el sobrenadante
para el análisis posterior.
-La cantidad de ADN humano extraído de cada muestra se determinó utilizando el método de Waye et
al. [8].
-Brevemente, se inmovilizó 1 o 2 µl del extracto de ADN purificado (5-10% del volumen de muestra)
en una membrana de nailon (Zeta Probe®, Bio-Rad Laboratories, Richmond, CA) usando un
aparato de vacío de transferencia por ranura (Laboratorios BioRad, Richmond, CA).
-Posteriormente, la membrana se sometió a hibridación con p17H8 (D17Zl; Oncor, Gaithersburg, MD).
-Se amplificaron 2 muestras de ADN humano mediante PCR utilizando el kit de amplificación y
tipificación de ADN forense AmpliType TM HLA-DQ alfa (Cetus Corporation, Emeryville, CA) de
acuerdo con el protocolo recomendado.
-Se utilizaron controles positivos y negativos.
-La tipificación del locus alfa HLA-DQ se realizó utilizando un formato de transferencia puntual inversa
y sondas oligonucleotídicas específicas de alelo [2] siguiendo el protocolo recomendado.
4.2. Amplificación y tipificación del locus VNTR D1S80 (pMCTll8)- polimorfismo de longitud de
fragmento amplificado (o AMP-FLP):
-La amplificación del locus DIS80 de VNTR se logró utilizando un método ligeramente modificado del
descrito previamente por Budowle et al. [3] y Kasai et al. [4].
-Brevemente, se amplificaron(ampliaron) 2 ng de ADN humano derivado de las colillas de cigarrillos y
2-20 ng de ADN derivado de manchas de sangre en una mezcla de PCR de 25 µl en tubos MicroAmp de
pared delgada de 0,2 ml, utilizando el Sistema de PCR Perkin-Elmer Cetus GeneAmp 9600 [9].
-Las condiciones del ciclo térmico fueron: 95°C 20s / 65°C 20 s / 70°C 4 min / 30 ciclos.
-Las muestras de control contenían 2 ng humanos ADN o sin ADN.
-Análisis electroforético de los productos de PCR se realizó utilizando un rehidratable horizontal de alta
resolución gel de poliacrilamida o electroforesis vertical en gel de poliacrilamida técnica, según lo
descrito por Budowle et al. [3] y Hochmeister et Alabama. [10], respectivamente.
-Los geles se tiñeron con plata o bromuro de etidio.
Resultados y discusión
Se extrajo ADN humano de las 200 muestras del estudio de colillas repetitivas, así como del 3er. colillas
de cigarrillos encontradas en escenas de crímenes.
La cantidad de ADN humano, que se determinó mediante análisis de transferencia por ranura, osciló
entre <2,0 y 160 ng por colilla.
La cantidad promedio de ADN recuperado fue de 35 ng (Tabla 1).
Las colillas de cigarrillos de 3 y 7 meses de las escenas del crimen arrojaron 8 ng, 50ng y 100 ng de
ADN, respectivamente (Figura 1; Tabla 2).
Sin embargo, ha sido nuestra experiencia que si se extraen las colillas dentro de las 24 horas o unos
días después de haber sido fumado, tanto ya que se pueden recuperar 800 ng de ADN humano
(datos no mostrados).
Dado que se puede anticipar que la mayoría de las muestras de colillas de cigarrillos, particularmente
las derivadas de escenas del crimen, no proporcionarán una calidad y / o cantidad suficiente de ADN
para el análisis del polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción, se intentó la tipificación
del ADN utilizando métodos basados en PCR.
El ADN de 200 colillas de cigarrillos fue sometido a PCR y posteriormente analizado para HLA-DQ
alpha y DIS80.
De los 20 cigarrillos fumados por cada individuo el ADN extraído de 10 cigarrillos fue sometido a
tipificación alfa HLA-DQ y los otros 10 las muestras se tipificaron para DIS80.
Tipificación alfa de HLA-DQ inicialmente tuvo éxito en 94 de 100 muestras.
Sin embargo, la amplificación fue posible en cinco de las seis muestras de ADN restantes mediante la
adición de albúmina de suero bovino (BSA) a la PCR (a una concentración final de 160 µg / ml)
[10, 11].
Por lo tanto, 99 de 100 muestras fueron tipificable para HLA-DQ alfa y la única muestra que no pudo
escribir tenía menos de 2.0 ng de ADN humano que es insuficiente para el análisis.
En una muestra de alelos adicionales debido a la contaminación se identificó.
El alelo contaminante era evidente por sí mismo y era menos intenso que el perfil correcto y de mayor
contribución.
Lo positivo y los controles negativos no mostraron evidencia de contaminación.
Tabla 1. Resultados de extracción, amplificación y tipificación del ADN derivado de colillas de cigarrillos
de un estudio repetitivo:
No. Colillas de Intervalo de rendimiento Promedio de ADN HLA-DQ alfa pos. HLA-DQ alfa pos. D1S80 pos. D1S80 pos.
Cigarrillos de ADN por cigarrillo sin BSA con BSA con BSA con BSA.
No. Casos # Colillas de cigarro Rendimiento de ADN HLA-DQ alfa pos.(a) DIS80 pos.(b)
2 2(analizado 3 meses después 50 y 100 ng Todas las muestras Todas las muestras
de la recuperación) tipificables tipificables
(a) Para HLA-DQ alfa, todas las muestras se amplificaron inicialmente en presencia de BSA (160 µg/ml).
(b) Para DIS80, las tres muestras se amplificaron en ausencia de BSA.
Quizás la contaminación se debió a que otra persona, además del individuo de control, encendió
inicialmente el cigarrillo y luego se lo entregó al individuo de control.
Las 98 muestras restantes produjeron los mismos resultados de tipificación que los controles de
manchas de sangre (Figura 2):
Figura 2. Tipificación de HLA-DQ alfa locus después de la PCR usando inversa tiras de manchas de
puntos.
El ADN extraído de las colillas de 10 cigarrillos fumados por un individuo (Cig. Nos. 1-10) arrojó
resultados idénticos a la muestra de sangre de control (HLA-DQ alfa Tipo 1, 2,3).
El análisis AMP-FLP de DIS80 fue inicialmente exitoso en 83 de 100 muestras. Todos los resultados
interpretables fueron consistentes con los controles de manchas de sangre.
Inicialmente, no se agregó BSA a la PCR de DIS80 para muestras que eran difíciles de amplificar,
porque la presencia de BSA daría lugar a un fondo de carril excesivo debido a la tinción de plata
después de la electroforesis (Figura 3):
El análisis de las colillas de cigarrillos de los casos adjudicados se realizó únicamente con fines de
investigación y únicamente para indicar si el procedimiento descrito en este documento se puede
alquilar o no en material probatorio.
Amplificación de la Locus alfa HLA-DQ del ADN de 3 cigarrillos colillas recuperadas de la escena del
crimen solo era posible después de la adición de BSA a la PCR.
Rogan y Salvo [12] han sugerido que BSA puede unirse a un factor inhibidor soluble para la PCR que
se copurifica con el ADN y en tal sentido plantean dos casos:
-En el primer caso (colilla de 7 meses), el tipo alfa de HLA-DQ de la colilla de cigarrillo fue 1,1, 1,2 y la
muestra de sangre del sospechoso fue 2,2.
Por lo tanto, el sospechoso fue excluido como posible contribuyente de la muestra.
El perfil D1S80 también demostró una exclusión.
Esta exclusión es consistente con evidencia anterior en el caso por el cual el sospechoso había sido
exonerado.
-En el segundo caso (colillas de cigarrillos de 3 meses de edad), el tipo alfa HLA-DQ derivado de
las colillas recuperadas de la escena del crimen y la sangre del sospechoso fueron 1,3,4, mientras que
el tipo de sangre de la víctima asesinada fue 1,1,4.
Los perfiles DIS80 del cigarrillo el trasero y la sangre del sospechoso (9-9) también coincidían
(Figura 4):
Figura 4. AMP-FLP teñido con plata
gel que muestra los perfiles D1S80.
Carril 1: ADN derivado de todo
sangre de un sospechoso
potencialmente asociado con la
muestra.
Carril 2: ADN derivado de un
cigarrillo trasero de la escena del
crimen.
El perfil demuestra que el el
sospechoso es un contribuyente
potencial de la muestra.
El tipo DIS80 de ambas muestras
son 9-9.
El ADN amplificado se sometió a
electroforesis vertical de
poliacrilamida de alta resolución.
Carril 1 y 4: El tamaño de la escalera
es de 1 kb de BRL (Gaithersburg,
MARYLAND).
.
Por lo tanto, el sospechoso fue incluido como posible contribuyente de la muestra.
Esta inclusión es consistente con una confesión anterior del sospechoso de que había fumado el
cigarrillo encontrado en la escena del crimen.
Es importante enfatizar que una inclusión (o para el caso una exclusión) a través de la tipificación del
ADN no proporciona información sobre si se ha cometido o no un delito; sólo sugiere si el material
probatorio podría haberse originado potencialmente en el sospechoso.
Ya que algunos datos poblacionales están disponibles para HLA-DQ alfa y DIS80, ponderación
estadística (es decir, la parte del población que son contribuyentes potenciales) se puede
proporcionar para el segundo caso.
-4
La frecuencia de un 1.3,4 Tipo alfa HLA-DQ y un tipo 9-9 D1S80 es 0.065 y 2,56 X 10 ,
respectivamente [datos derivados de Budowle et Alabama. [3] y Budowle et al. (en la preparación
de)].
Los 2 tipos combinados sugieren que aproximadamente solo uno de cada 60000 individuos en la
población caucásica son contribuyentes potenciales.
Para algunas muestras en este estudio, la amplificación demostró ser difícil y la incapacidad de
amplificar el ADN derivado de algunas colillas de cigarrillos fue superado por la adición de BSA a la
PCR.
Desde la adición de BSA a la PCR para aquellas pocas muestras que inicialmente no se amplificaron,
era necesario, puede ser prudente considerar la adición de BSA a muestras de cantidad limitada donde
sólo es posible una amplificación.
Además, la amplificación falló en algunas muestras de control de manchas de sangre en las que no se
llevó a cabo un remojo previo en agua antes de la extracción con Chelex (datos no mostrados).
Por lo tanto, un paso de remojo previo en agua es recomendado para que las manchas de sangre
produzcan ADN adecuado para PCR.
Por último, el análisis de transferencia de ranura debe considerarse una parte importante del proceso
cuando se intenta la PCR en el tipo de muestras descritas en este documento.
Permite la determinación de la cantidad total de ADN humano extraído; y, por lo tanto, permite una
alícuota eficiente del ADN para amplificar varios sistemas de marcadores genéticos basados en PCR.
Además, un conocimiento previo de la cantidad de El ADN utilizado en la PCR es útil para el análisis de
AMP-FLP.
Por ejemplo, al amplificar 100 ng de ADN humano para DIS80 se debe realizar un máximo de 25 ciclos
de PCR empleado; sin embargo, si se someten 2 ng de ADN humano a la PCR, son apropiados 30-35
ciclos de PCR.
Además, un resultado positivo en un slot-blot indica que el ADN de origen humano (o al menos de un
primate superior) está presente en la muestra.
En conclusión, el análisis basado en PCR del ADN extraído de la saliva de las colillas de cigarrillos
ofrece la posibilidad de caracterizar genéticamente material donde antes no era posible con la
tipificación de marcadores serológicos convencionales.
Los resultados indican que cantidades suficientes de ADN para PCR de HLA-DQ alfa y DIS80 (y para
eso materia marcadores genéticos adicionales) podrían extraerse de colillas de cigarrillos y la gran
mayoría de las muestras son susceptible de escribir.
Por lo tanto, este documento proporciona apoyo adicional para el uso confiable de procedimientos de
tipificación basados en PCR para el análisis de materiales biológicos forenses.
Actualmente, estamos investigando sistemas de marcadores genéticos 233 adicionales adecuados para
el análisis, así como intentando desarrollar condiciones más efectivas para mejorar la eficiencia de la
PCR.
Referencias