La filogenia y las delimitaciones de los grupos de los peregrinos y los alcatraces son más

problemáticas. Sólo se han realizado estudios moleculares sobre unas pocas especies, y
los taxones morfológicamente ambiguos han sido a menudo poco investigados.
La morfología del syrinx, que contribuye bien a resolver la filogenia general de
los Falconidae,1213 no es muy informativa en el presente género. No obstante, se confirma
que un grupo central que contiene a los halcones peregrinos y de Berbería, los cuales, a
su vez, se agrupan con los hierofalcones y el más lejano halcón de las praderas (que a
veces se colocaba con los hierofalcones, aunque es totalmente
distinto biogeográficamente), así como al menos la mayoría de las aficiones "típicas",
son monofilético como se sospechaba.67
Dado que las especies de Falco americanas de hoy en día pertenecen al grupo de los
peregrinos, o son especies aparentemente más basales, la radiación evolutiva inicialmente
más exitosa parece haber sido una Holártica que se originó posiblemente alrededor de
Eurasia central o en (el norte de) África. Uno o varios linajes estaban presentes en
Norteamérica a más tardar en el Plioceno temprano.
El origen de los principales grupos de Falco actuales -los "típicos" alcatraces y cernícalos,
por ejemplo, o el complejo halcón peregrino-hierofálico, o el linaje del halcón aplomado-
puede situarse con bastante seguridad a partir del límite Mioceno-Plioceno a través
del Zancleano y el Piacenziano y justo en el Gelasiano, es decir, entre 2. 4 a 5,3 Mya,
cuando se diversificaron los cernícalos malares. Algunos grupos de halcones, como el
complejo hierofalcón y la superespecie peregrina-barbara, sólo han evolucionado en
épocas más recientes; las especies del primero parecen tener unos 120.000 años.10