Los métodos de investigación especiales, son utilizados para delitos complejos
relacionadas en su mayoría contra la criminalidad organizada y deben ser aplicadas cuando las técnicas tradicionales son insuficientes. Estas técnicas deben ser aplicadas sin que se vulneren derechos fundamentales y deben ser autorizados por un juez debidamente fundamentado o motivado. La percepción de los jueces, fiscales y abogados, en primer lugar es que la criminalidad organizada está muy infiltrado de la política, como en la económica y sociedad misma; en segundo lugar las técnicas especiales de investigación conforme se vienen aplicando no se logra la información o fuentes de prueba; en tercer lugar la autorización judicial para la aplicación de una o varias técnicas especiales no se realiza de forma célere; en cuarto lugar no están de acuerdo en que alguna de las técnicas sean aplicadas si mediar autorización judicial. Utilización de técnicas especiales de investigación para combatir el diagnóstico de delincuencia organizada, no está cumpliendo con su finalidad esto es con desarticular las organizaciones criminales, desde su estructura, financiamiento, operación, ámbitos de actuación e identificación de sus integrantes. A efectos de fortalecer las técnicas especiales de investigación, conforme la doctrina y la jurisprudencia deben ser aplicadas sin que se vulnere derechos fundamentales y principios ya sean generales y procesales, por ende, conforme al aporte práctico se ha propuesto un Protocolo para la aplicación de las técnicas especiales de investigación, contra el crimen organizado. La aplicación de técnicas especiales de investigación debe regirse por los principios de legalidad, necesidad, excepcionalidad, racionalidad, proporcionalidad, etc.; para no vulnerar derechos fundamentales. Para aplicar las técnicas de investigación especiales deben ser autorizado de manera inmediata por el juez, pero dicha autorización debe estar debidamente motivado, esto a efectos de poder obtener fuentes de prueba que sirvan para lograr desarticular las organizaciones criminales y dentro de un proceso penal lograr una sentencia condenatoria. Es necesario que los fiscales, quienes son los que tienen la facultad de investigar, sigan conforme el procedimiento conforme a las normas que la regulan, sin embargo, es necesario se apruebe un protocolo que oriente de forma eficaz y de manera célere a efectos de obtener las fuentes de prueba para luchar en contra del crimen organizado. La aprobación de un protocolo para aplicar las técnicas especiales de investigación en la lucha del crimen organizado, esto con finalidad para no vulnerar los derechos fundamentales como de la normatividad vigente, por ello su necesidad radica en el mejor funcionamiento del aparato judicial y de investigación.