Estructura de proteínas I

Estructura primaria: Análisis de composición y

secuencias
Degradación de Edman
Determinación del nº de cadenas
Estudios de alineamiento
Estrategias para el análisis de la
secuencia
Composición de aminoácidos
Obtención de fragmentos
Métodos de secuenciación
 Estructura primaria: secuencia de
aminoácidos
• Posibilidades de estructura primaria
• Variaciones con repetición de 20 elementos
tomados de n en n (n= nº de aminoácidos de
la proteína); VR20,n= 20n:

• Una proteína media contiene unos 160

aminoácidos; las posibilidades son de 10 208
Fragmantación de proteínas

Métodos enzimáticos y métodos

químicos.
Determinación de los aminoácidos
amino y carboxilo terminales y
determinación de secuencias
Degradación de Edman
Determinación del aminoácido N-terminal
Determinación del aminoácido N-terminal
Determinación del aminoácido N-terminal
Determinación del aminoácido C- terminal
Determinación del aminoácido C-terminal
Degradación de Edman

(derivado feniltiohidantoína)
Determinación del nº de cadenas

Ruptura y bloqueo de puentes

disulfuro
Reducción de puentes disulfuro por ácido perfórmico
Reducción de puentes disulfuro por β-mercaptoetanol
Bloqueo de los grupos sulfhidrilos
Alineamiento de secuencias

Evolución molecular
Taxonomía
investigación
Homología: consiste en una similitud
significativa en la secuencia de nucleótidos o
aminoácidos
La homología se detecta mediante el
análisis estadístico del alineamiento de
secuencias.
Se pueden comparar secuencias de
nucleótidos o de aminoácidos. Las de
aminoácidos suelen dar más información
estructural y funcional (comparaciones de 20
elementos vs 4).
La semejanza de secuencia sugiere la
existencia de un mismo origen evolutivo y en
muchas ocasiones semejanzas en la estructura
tridimensional de la proteína.
Parálogos: Homólogos presentes en la misma especie, generalmente con
diferencias en su función.
Ortólogos: Homólogos presentes en especies diferentes, generalmente con
funciones muy similares.
Comparación de secuencias: Alineamientos
El análisis de homología se realiza
yuxtaponiendo las secuencias de todas las
maneras posibles. Esto se puede lograr
simplemente por desplazamiento de una
sobre otra.
En ocasiones la inserción de huecos
(que reflejarían inserciones o deleciones
de nucleótidos) en una secuencia permite
aumentar la homología. Esto aumenta la
complejidad del análisis pero la
informática ha ayudado a resolver estos
problemas.
Árbol evolutivo de las globinas
La hemoglobina tiene 141 aminoácidos y la mioglobina 153. La comparación se
realiza por comparación de todas las yuxtaposiciones posibles.
La mioglobina fue la primera proteína de la que se obtuvo su estructura tridimensional
Por difracción de rayos X en 1950 ( John Kendrew)
 ALINEAMIENTO CON LA INSERCIÓN DE UN HUECO

AHORA HAY 38 RESIDUOS EMPAREJADOS, UN 25,9 % DE LOS 147

PARA EVITAR EL EXCESIVO USO DE HUECOS Y OPTIMIZAR LOS RESULTADOS EXISTEN

SISTEMAS DE CALIFICACIÓN QUE PUNTUAN POSITIVAMENTE LAS COINCIDENCIAS Y
NEGATIVAMENTE LA INTRODUCCIÓN DE HUECOS (+10 Y -25 RESPECTIVAMENTE)

Calificación: 38X10-1X25=355
SIGNIFICADO DE LOS ANÁLISIS DE LOS
ESTUDIOS DE ALINEAMIENTO
Para valorar la probabilidad de que
las coincidencias se den por azar, las
secuencias se reordenan de todas las
formas posibles y se vuelven a
alinear. Cuando se representa la
calificación de cada una de estas
secuencias con el nº de
alineamientos se aprecia el
significado del alineamiento.
 (barajado)

La calificación de alineamiento para Mb y αHb

es mucho más elevada lo que sugiere que la
similitud entre ambas es significativa

Representamos el nº de secuencias aleatorias que obtienen una determinada puntuación

Refinamientos en el análisis de
los estudios de alineación
Matrices de sustitución
Sustituciones conservadoras
Sustituciones no conservadoras
Consideraciones sobre la estructura
tridimensional y la función de la
proteína.
Estudio de alineamiento teniendo en cuenta cambios conservadores
Matriz de sustitución Blosum -62: Esquema calificador analizando las sustituciones
que se dan en bloques de secuencias entre proteínas con homología.

En rojo aa cargados
En verde aa polares
En azul grandes e hidrofóbicos
En negro el resto

En sombreado sustituciones que requieren

el cambio de un solo nucleótido
Estudio de alineamiento teniendo en cuenta cambios conservadores
Bancos de datos para el análisis
de secuencias
www.ncbi.nih.gov (página web del
Centro Nacional de Información en
Biotecnología).
BLAST (Basic local Alignment Search Tool)

Capitulos 6 del Strayer y 7 del Voet

Cada punto de ramificación
indicaría la existencia de un
ancestro común

Las distancias evolutivas se pueden expresar como el nº de diferencias de

aminoácidos por cada 100 residuos (unidades PAM)
También se puede rastrear la evolución de familias de proteínas y como divergen
para dar lugar a nuevas proteínas incluso con funciones distintas.
 METODOLOGÍAS UTILIZADAS PARA EL ESTUDIO DE
PROTEINAS

• ESPECTROSCOPIA
• FLUORESCENCIA
• DICROISMO CIRCULAR
• RMN
• R-X
• ESPECTOMETRIA DE MASAS

(CAPITULOS 5 Y 6 DEL MATHEWS VAN HOLDE)