NIMBUS4 (HAMILTON)

CFX96 (BioRad)
Versión 2.0– Abril 2014

Protocolos de Conexión
LIS-SeegeneLauncher-CFX / LIS-CFX

IZASA, S.A. Plaza de Europa, nº 21-23, 08908 L’Hospitalet de Llobregat

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Índice
1 INTRODUCCIÓN .......................................................................................................................................... 1
1.1 PROPÓSITO ................................................................................................................................................ 1
1.2 ESTRUCTURA DEL DOCUMENTO ..................................................................................................................... 1
1.3 DEFINICIONES Y ACRÓNIMOS ......................................................................................................................... 1
2 ENTRADA DE DATOS ................................................................................................................................... 2
2.1 LIS – NIMBUS 4 ....................................................................................................................................... 2
2.1.1 Formato del Archivo de Hojas de Trabajo .......................................................................................... 2
2.1.2 Ruta de Importación .......................................................................................................................... 2
2.2 LIS-CFX96 / NIMBUS 4 – CFX96 ............................................................................................................... 3
2.2.1 Formato del Archivo de Resultados ................................................................................................... 3
2.2.2 Ruta de Exportación ........................................................................................................................... 3
3 SALIDA DE DATOS CFX96............................................................................................................................. 4
3.1.1 SynapseLink........................................................................................................................................ 4
3.1.2 Protocolo ASTM ................................................................................................................................. 4
3.1.3 Protocolo HL7 ..................................................................................................................................... 5
 1 Introducción
1.1 Propósito
Este documento pretende ser una guía para definir la estructura y los campos dónde la información
que puede ser recibida y enviada por el binomio NIMBUS(4) y CFX96 puedan ser fácilmente
identificados. Normalmente esta comunicación se podrá establecer entre un Sistema Informático de
Laboratorio (SIL, o LIS en inglés) y el NIMBUS4, o entre el SIL, el NIMBUS y un CFX96:
 LIS – NIMBUS: el LIS envía la información de la lista de trabajo al extractor de ácidos nucleicos
(AN) NIMBUS.
 LIS – NIMBUS – CFX96: el LIS envía la información de la lista de trabajo al extractor de ácidos
nucleicos (AN) NIMBUS, y éste, a su vez, se la pasa al CFX96. Una vez haya finalizado el
ensayo en el CFX96, se mandarán los resultados de vuelta al LIS.

1.2 Estructura del Documento

La entrada y salida de información se organiza en archivos con formato .lis (delimitados por espacios)
y .csv (delimitados por comas), respectivamente. En este documento se ejemplifican los distintos
tipos de archivos, y por consiguiente, las variaciones de presentación de datos.

1.3 Definiciones y Acrónimos

Acrónimo Definición

NIMBUS Instrumento extractor de ácidos nucleicos

SIL Sistema Informático de Laboratorio
LIS Laboratory Information System
CFX96 Analizador de PCR.
SeegeneLauncher Programa que rige al NIMBUS 4

IZASA, S.A. 1 nombre del concurso

 2 Entrada de Datos
2.1 LIS – NIMBUS 4
Desde el LIS se pueden configurar las hojas de trabajo que el NIMBUS ha de procesar, y que desde
éste, puedan ser incorporaras según le convenga al usuario.
2.1.1 Formato del Archivo de Hojas de Trabajo
Las hojas de trabajo se configuran en un archivo que se llama “LIS.lis”. Este es un archivo de texto
dentro del cual la información referente a cada muestra se estructura en una sola línea en la que la
hay un número de caracteres determinado para cada campo de información (hasta 12 campos)
según el cuadro siguiente:
Nº ID / Barcode Test #1 Test #2 … Test #10

Formato 5 Bytes 15 Bytes 15 Bytes 15 Bytes … 15 Bytes

del Total: 175 caracteres/muestra
lis.lis 1 Byte = 1 carácter
Como se aprecia en la tabla, el campo “Nº” es el que posiciona la muestra dentro de la gradilla del
NIMBUS, el campo “ID / Barcode” es el que contiene el ID de la muestra, y los 10 campos siguientes
contienen el nombre de las pruebas que se le vayan a asignar a cada muestra.
Así pues, en formato tabla la información quedaría dispuesta de la siguiente forma:
Nº ID/Barcode P #1 P #2 P #3 P #4 P #5 P #6 P #7 P #8 P #9 P #10

00001 000123456789001 HPV

00002 000123456789002 STI7
… …
00048 000123456789048 HPV

2.1.2 Ruta de Importación

Las hojas de trabajo se pueden importar por el usuario a través del programa Seegene Launcher que
reside en el PC adjunto al NIMBUS4. Para que estas hojas de trabajo se puedan importar desde el
programa Seegene Launcher ha se han de dejar los archivos que las contienen en la siguiente
carpeta:
C:\Seegene_Method_Setting\LIS

IZASA, S.A. 2 nombre del concurso

 2.2 LIS-CFX96 / NIMBUS 4 – CFX96
Cada vez que el NIMBUS realiza un RUN se genera un archivo con la información de la posición de
cada muestra procesada.
2.2.1 Formato del Archivo de Resultados
Las hojas de resultados se configuran en un archivo que se llama “NIMBUS.csv”. Es un archivo en el
que los campos de información se delimitan por comas y dentro del cual, la estructura de los datos es
la siguiente:
Row Column Target Name Sample Name

A 1 000123456789001
A 2 000123456789002

B 1 000123456789002
B 2 000123456789003
C 1 000123456789004
C 2 000123456789005

 La posición de cada muestra viene dada por la información que reside en los campos “Row” y
“Column”.
 El ID de cada muestra viene dado por la información del campo “Sample Name”.
2.2.2 Ruta de Exportación
El archivo con la información pertinente estará en la siguiente ubicación:
C:\Seegene_Method_Setting\CFX96

IZASA, S.A. 3 nombre del concurso

 3 Salida de Datos CFX96
3.1.1 SynapseLink
SynapseLink es el programa que actúa a modo de motor de envío de datos a LIS desde el CFX96,
SmartCycler y/o GeneXpert (ver anexo 300-8507 Rev A GeneXpert SW 4 0 LIS Protocol Spec_Apr10).
Este envío de datos se puede hacer mediante los protocolos ASTM o HL7 y a través de TCP/IP
(sockets) o de RS232.
3.1.2 Protocolo ASTM
Los datos que reciba el LIS, tendrán la siguiente estructura (resultados marcados en negrita roja):
L: C|1|I||P ID Muestra Prueba
??? C|1|I||P
L: O|1|413110005983||^^^Adenovirus|R||||||||||ORH||||||||||F
L: R|1|^^^Adenovirus^Adenovirus^No
disp.^^|N/A|||||F|||||400143^400143^4102318^03042014-0NaNNaNNaN^03042014^0NaNN (…)
Test: Adenovirus-1 -> / N/A Resultado
Autointerpretado
Test: Adenovirus-2 -> /
L: R|2|^^^Adenovirus^^^FAM^Ct|POS|||
Test: Adenovirus-FAM-1 -> / POS
Test: Adenovirus--FAM-1 -> /
L: R|3|^^^Adenovirus^^^FAM|^918000|||
Test: Adenovirus-FAM-Ct-1 -> /
Test: Adenovirus-FAM-Ct-1 -> 918000 /
Test: Adenovirus-FAM-Ct-2 LOG -> 5.962842681 /
L: R|4|^^^Adenovirus^^^FAM^EndPt|^0|||
Test: Adenovirus-FAM-EndPt-1 -> /
Test: Adenovirus-FAM-EndPt-1 -> 0 / Concentración
Test: Adenovirus-FAM-EndPt-2 LOG -> -Infinity
L: R|5|^^^Adenovirus^^^FAM^Conc|^918000|||
Test: Adenovirus-FAM-Conc-1 -> / LOG
Concentración
Test: Adenovirus-FAM-Conc-1 -> 918000 /
Test: Adenovirus-FAM-Conc-2 LOG -> 5.962842681
L: P|13|||

IZASA, S.A. 4 nombre del concurso

 3.1.3 Protocolo HL7
Los datos que reciba el LIS, tendrán la siguiente estructura (resultados marcados en negrita roja):
MSH|^~\&|CEPHEID^GeneXpert^2.1||LIS-1||20100311144225||ORU^R32^ORU_R30|URM-
xtJZPdSA-01|P|2.5|||AL|NE
PID|1|| Prueba
ORC|RE|1|||||||20100217161021
OBR|1|||EV|||||||||||||||||||||F ID Muestra
TQ1|||||||20100217161021|20100217184150|R
OBX|1|ST|&EV&Xpert EV&2||POSITIVE^||||||F|||||^Vincent
Prakash||20110509~02308~1769789~512544~702755~Sheth-Opt745
OBX|2|ST|&EV|EV|POS^|||
OBX|3|ST|&EV|EV&Ct|^33.8| Resultado
Autointerpretado
OBX|4|ST|&EV|EV&EndPt|^537.0|
OBX|5|ST|&EV|CIC|NA^|||
OBX|6|ST|&EV|CIC&Ct|^36.0|
OBX|7|ST|&EV|CIC&EndPt|^280.0|
SPM|1|100217EVRls2308+M3^||ORH|||||||P

IZASA, S.A. 5 nombre del concurso

IZASA, S.A. 6 nombre del concurso