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Existen distintos tipos de marcadores, por ejemplo, los marcadores morfológicos que son
los más simples y destacan características fenotípicas observadas simple vista, los
marcadores moleculares que correspondes a cualquier gen y permiten un efecto
cuantificable siguiendo las leyes de la herencia mendeliana, marcadores bioquímicos que
incluyen las proteínas, isoenzimas y constituyen la primera generación de marcadores
moleculares y de ADN son la nueva generación y estos se basan en las mutaciones que se
pueden presentar en las cadenas del ADN.
Marcadores AFLP: Consisten en la digestión completa del ADN genómico con enzimas de
restricción, seguida de la amplificación selectiva de los fragmentos para detectar
polimorfismo como las diferencias en la longitud de fragmentos generados por
amplificación. Los AFLP son una herramienta molecular adecuada para establecer la huella
génica de cualquier origen o complejidad, analizando simultáneamente muchos loci y
detectando un mayor número de marcadores de ADN.
Los microsatélites
Los microsatélites son regiones cortas de ADN que se repite una región pequeña, generalmente
de 2 nucleótidos, se encuentran en zonas no codificantes del ADN. Son marcadores
codominantes y poseen una alta tasa de mutación, lo que los hace muy polimórficos. Para poder
determinar los microsatélites se usa la PCR en donde se necesita primers, polimerasa, buffer; se
necesitan primers exclusivos que deben estar fuera del microsatélite y debe tener 20 nucleótidos
en el forward, 20 nucleótidos en el reverse y la polimerasa copia las regiones repetidas; solo se
pueden repetir 6 nucleótidos para ser considerados como microsatélites. Los microsatélites
pueden mutar por un patinaje de la polimerasa o un crossing over desigual.
Microsatélites
SNP
Como la mayor parte de la población que lee libros de escrito sabe, la tecnología del ADN
recombinante inició con cosas bastante primordiales - la clonación de partículas bastante
pequeñas de ADN y su cultivo en bacterias - y ha evolucionado a un campo monumental
donde genomas enteros podría ser clonados y transferidos de una célula a otra, usando
técnicas que se podrían conceptualizar de un modo bastante extenso como ingeniería
genética. Para mí, la ingeniería genética, en sentido general, supone que se permanecen
tomando fragmentos de ADN y combinándolos con otras partes de ADN. De esta forma que
a medida que no haya una definición más rigurosa de la ingeniería genética, lo cual mejor la
define es que incluye el campo de la tecnología del ADN recombinante, la genómica y la
genética durante el siglo 21.
La mayor limitación del mejoramiento genético de la caña de azúcar en los momentos actuales
es su reducida base genética. Los marcadores moleculares se han convertido en una
herramienta útil para investigadores y mejoradores, con el objetivo de explorar la variabilidad
genética disponible en las colecciones de germoplasma, buscando un mejor aprovechamiento
de la variabilidad genética disponible. En el presente trabajo se resume el estudio de una
colección compuesta por 89 clones del complejo Saccharum seleccionados previamente por su
vigor y resistencia a las principales enfermedades; estos clones son utilizados en el programa
de introgresión de la caña de azúcar en Cuba. En la colección están representadas las especies
S. officinarum, S. spontaneum, S. robustum, S. barberi, S. sinense, el género Erianthus y un
grupo de clones silvestres de interés para el mejoramiento de este cultivo colectados en Laos.
Los clones estudiados fueron previamente caracterizados mediante su comportamiento
agronómico en condiciones de banco de germoplasma. La diversidad genética molecular
detectada permitió clasificar a los genotipos evaluados en cuatro grupos de diversidad
genética mediante seis descriptores moleculares y cebadores específicos de Saccharum spp.
previamente informados. La diversidad genética, revelada mediante componentes
agronómicos, su resistencia a las principales enfermedades y los grupos de diversidad
molecular detectados en el presente trabajo, se utilizaron para la recomendación de fuentes
genéticas, con el objetivo de incrementar la base genética del programa de introgresión de
este cultivo en Cuba.