DISEÑO EXPERIMENTAL

Dr. Luis Miguel Pardo

Universidad Austral de Chile
DISEÑO experimental
DEFINICION: Termino utilizado para describir la estructura lógica de un
experimento

EXPERMENTO: Ensayo para probar una hipótesis, en biología

típicamente son explicaciones para entender patrones o procesos
naturales

Se asignan
MANIPULATIVOS tratamientos a
UE

TIPO DE
EXPERIMENTOS
Comparaciones
entre UE
NATURALES
Unidades
naturales
Experimentos Naturales

Es la etapa inductiva, se realizan para comprobar la observación original.

se describen los patrones naturales, tales como clinas o gradientes, se
realizan asociaciones con variables ambientales para explicar estos patrones

Ventajas: 1) Representa el mundo natural, con la interacción de

todas las variables
2) Se pueden abarcan grandes escalas temporales
y espaciales

Desventajas: 1) No se pueden controlar factores

2 ) Respuestas y conclusiones menos solidas
solo asociaciones, no hay causa-efecto
 HIPOTESIS
Los rasgos de historia de vida, tales como la estructura de talla,
la fecundidad y la de primera madurez sexual de L. saxatilis muestran
un gradientes concordante con el gradiente de estrés ambiental
presente a lo largo de la zona intermareal

H0 = Rasgos de historia de vida no varían en un gradiente de estrés ambiental

intermareal en L. saxatilis
 Zona intermareal
Alto

Bajo

10 cuadratas por nivel

• Densidad

En 3 de 10 cuadratas
• Talla
• Sexo
• Condición reproductiva
Tres transectos
Hipótesis: Diferencia en crecimiento de las sub-poblaciones
se deben diferencia en disponibilidad de alimento

Pardo & Johnson 2005, MEPS

Experimentos Manipulativos

Muchos autores coinciden que los experimentos manipulativos son

la mejor forma de distinguir entre modelos (Underwood 1990)

Ventajas: Pueden testear causa- efecto

Buenas propiedades estadísticas
Se pueden controlar factores o variables

Desventajas: Hay manipulación, puede generar artefactos

No siempre se puede generalizar, ya que es imposible
que hay factores no controlados

Manipulación puede ser en terreno o laboratorio: Terreno representa mejor la

Realidad pero en laboratorio podemos ver el efecto de una variable en
especifico dejando las demás constantes. Por tanto, se recomienda usar las
dos aproximaciones si están las condiciones
Hipótesis: Diferencia en crecimiento de las sub-poblaciones se deben diferencia
en disponibilidad de alimento

En terreno: trasplantes recíprocos entre individuos de

los dos ambientes.

Se necesitan marcar los organismos y cambiarlos de ambiente.

puede haber un efecto confundido con stress de manipulación

En laboratorio: Mantención de individuos en un ambiente,

normalmente de condiciones medias entre los ambientes
originales de los individuos (jardín común).
Se omite otras causas de variación como la presencia de
depredadores (disminución del forrajeo por comportamiento risk-
adverse).
Experimentos de trasplantes

Control del efecto de la perturbación:

Experimentalmente se ha demostrado que
los gastropodos tienen conductas
direccionadas al ser removidos del sustrato.

Importante controlar este efecto, especialmente

en estudios conductuales

JMBE 1998
Gradiente en la talla pueden ser explicados por
diferentes tasas de crecimiento en cada nivel
 Zona intermareal
Alto

Bajo

200 littorinas marcadas por

nivel (4)

Mayo a Septiembre
 Crecimiento
7
a b
Hembras
6
Machos
Crecimiento neto (mm / 4 meses)

c cd
4
d e

3
f g
2
g g
1
h h
0

Transplante Bajo Alto Transplante

AaB BaA
COMPONENTES DE UN DISEÑO EXPERIMENTAL

Unidad Factores y Variable

experimental Tratamientos respuesta

REQUISITOS DE UN DISEÑO EXPERIMENTAL

Replica Control Independecia

 COMPONENTES DE UN DISEÑO

UNIDAD EXPERIMENTAL: Mínima unidad que recibe un tratamiento.

Para realizar un test estadístico, cada unidad experimental debe tener un
dato

Unidad experimental puede ser: UN INDIVIDUO (ej. experimentos de crecimiento)

NUMEROSOS INDIVIDUOS (ej. Sobrevivencia)

UN ACUARIO (ej. Pigmentos en algas)

UN AREA (ej. perturbaciones)

UNIDADES EXPERIMENTALES DEBEN SER INDEPENDIENTES ENTRE SI

ELECCION DE LA UNIDAD EXPERIMENTAL: experimento piloto

1
m2

0.5
m2

0.25
m2
0.1
m2

Selección basada en la unidad experimental con menor variabilidad

 Factores o variables independientes

FACTORES: Son las fuentes de variación de un experimento o variable

Independiente. Estos puede ser Fijo o Aleatorios (definición importante
el análisis y la interpretación estadística).

Factores fijos Tiempo de I. Interpretación mas restringida

alimentación
II. Interés en las diferencias entre
Temperatura tratamiento de cada factor.

Especie III. Se puede repetir exactamente los

mismos tratamientos
Sexo

Factores I. Interpretación tiene mayor generalidad

Individuos
aleatorios
II. No hay mayor interés en test a posteriori
Días
III. No se puede repetir exactamente los
Bloques exp. mismos tratamientos
 TRATAMIENTO: Niveles O combinación de niveles de los factores
de interés que se aplican a la unidad experimental , ejemplo en
un experimento con un factor : TIPO de ALIMENTACION, los
tratamientos podría aplicarse dietas: Herbívora, Carnívora y
Omnívora. Ósea tres tratamientos (o niveles) en el factor TIPO de
ALIMENTACION.

PERO NO SIMPRE UN FACTOR ES IGUAL A UN TRATAMIENTO

Efecto dos factores LUZ y SALINIDAD sobre el reclutamiento de

larvas de Ciona intestinalis (Factorial 3*2)
SALINIDAD
Baja Media Alta
Luz 2 2 3
LUMINOSIDAD
Oscuridad 3 1 25

DISEÑO ORTOGONAL Y NO ORTOGANAL

 Aplicación de los tratamientos a las unidades experimentales
debe ser aleatoria o al azar (RANDOM VERSUS HAPHAZARD)

Sobre la población se asignan aleatoremente las unidades muestreales:

MUESTREO AL AZAR
Cuando la población es heterogenia (casi siempre en ecología) se muestrea
independientemente estos estratos o niveles: MUSTREO ESTRATIFICADO
 Variables dependientes o variable respuesta

VARIABLE DEPENDIENTE: Es la variable respuesta registrada de cada

unidad experimental.
ABUNDANCIA Y BIOMASA (ej. Ecología poblacional)

UN INDICE (ej diversidad)

UNA INTERPOLACION (ej exp dosis-respuesta)*

RESPUESTA BINOMINAL (ej Madurez reproductiva)

Determinar el efecto de
del ayuno sobre larvas de MORTALIDAD
dos especies de peces.
0.5
La unidad muestreal es
ensayo completo.
0
Hay que repetir el experimento 0 Dias de ayuno ++
para tener replicas (variación)
NATURALEZA DE LAS VARIABLES

Factores o Var. Continua

Independientes Discreta

Variable respuesta Continua

o Var. dependiente Discreta
 Del tipo de variable depende el análisis estadístico
Variables Independientes >1, categ
Numero y tipo 1 cont. > 1, cont. 1 categ > 1, categ. >1 cont

1 cont. Regresiones Regresiones t student ANOVA ANCOVA

Simples Multiples ANOVA GLM, GAM
(OLS, ML)
Dependientes

PCA ANOVA MANOVA PERMANOVA

> 1, cont.
rm PERM
ANOVA

1 categ. Regresion Regresion GLM

Logistica Log. Multiple

> 1, categ. Análisis de (AD)

Discriminantes
(AD)
Cuando no se define el tipo de variable: Correlaciones, Chi cuadrado, logLM

Modelos mixtos generalizados: GML, GAM

 Porque un diseño experimental:

Un buen diseño nos da la posibilidad de interpretar los datos a posteriori

con independencia, confiabilidad y sin ambigüedad.

Un buen diseño nos ayuda a mejorar nuestra EXACTITUD y PRECISION

Precisión: que tan replicable es nuestra estimación (VARIANZA)

Exactitud: que tan cerca de la realidad es nuestra estimación (SESGO)

Preciso Exacto Exacto y preciso

 EJERCICIO
Observación original: Conchas de moluscos gastropodos del genero Nucella,
son significativamente mas gruesas en ambientes protegidos que en expuestos.
Esto es concordante con la mayor presencia de cangrejos depredadores de los
gastropodos en los sectores protegidos. Por tanto la presión de depredación
genera una repuesta plástica de engrosamiento de la concha en los sectores
protegidos . Debido a que las larvas de Nucella tienen una alta capacidad
dispersiva este engrosamiento es explicado por plasticidad fenotipica
mas que adaptación local.

En otra forma dicha: el rasgo cambia por ambiente o genética

Idee una experimento natural y manipulativo para testear

esta hipótesis
 Replicación
Única forma de captar la variabilidad de los sistemas naturales,
Si un experimento no esta bien replicado, no se puede atribuir
los resultados obtenidos a los tratamientos suministrados
a las unidades experimentales

Si se aplica dos raciones de alimento diferentes a larvas zoeas y se compara su peso al

al final del experimento (i.e. 5 días). Cuantas larvas se comparan por tratamiento?
Si se compara 1 larva por tratamiento:
Hay diferencias evidentes en el peso,
Dieta 1 Dieta 2 Pero las diferencias no pueden ser
VS
atribuidas al tratamiento exclusivamente

Otros Factores: Genéticos

Maternales
Experimentales
 Si se compara 2 larva por tratamiento:
Hay diferencias evidentes en el peso,
Dieta 1 Dieta 2 Pero las probabilidades de excluir otras
VS
fuentes o factores de variacion son bajas

Otros Factores: Genéticos

Maternales
Experimentales

Comparación estadísticas se basan en la variación ( varianza) de la respuesta

entre grupos EN COMPARACION con la respuesta dentro de los grupos
Dieta 1 Dieta 2
VS

Dieta 2 Dieta 1

Frecuencia de datos

Peso
 RECHAZA H0 RETIENE H0
Falso negativo

Error del tipo II

Correcta decisión
Efecto no
Efecto detectado
detectado

Error del tipo I

NO EFECTO Correcta decisión
Efecto detectado
No efecto existe
pero no existe

Error tipo II: Conclusión falsa, nuestra muestras arrogan no diferencias pero las
poblaciones las tienen. Error asociado al Beta y replicabilidad (poder)
Pseudoreplicas (Hurlbert 1984)

PSEUDOREPLICATION AND THE DESIGN OF

ECOLOGICAL
FIELD EXPERIMENTS

Pseudoreplicación y el diseño de experimentos

de campo ecológico

• Dr. STUART H. HURLBERT

 Pseudoreplicación
Considerar una UE
Simple una submuestra
dentro de la UE

Replicas verdaderas
Sacrificio pero solo si se
promedian para el
AE.

Temporal Muestras múltiples

de la UE a distintos
tiempos.
 Pseudoreplicas (Hurlbert 1984)

DIETA 1 DIETA 2

PROBLEMA: Hay variación entre tratamientos, pero cada larva en un acuario no es

Independiente de la otras, por lo tanto la unidad experimental es el acuario.
Cualquier efecto diferencial sobre el acuario afecta el tratamiento completo
(ej. Temperaturas diferentes entre acuarios). Replicas son en misma escala que la UE

Diseño correcto: 1) Replicar el factor acuario con numerosas larvas en cada uno,
luego trabajar con las medias por acuario.
2) Replicar larvas en cultivos individuales
 RECHAZA H0 RETIENE H0

Error del tipo II

Correcta decisión
Efecto no
Efecto detectado
detectado

Error del tipo I

NO EFECTO Correcta decisión
Efecto detectado
No efecto existe
pero no existe

Falso positivo

Error tipo I: Conclusión falsa, nuestra muestras arrogan diferencias pero las
poblaciones no las tienen. Error asociado al Alfa y diseño de muestreo
Replicar TODOS LOS FACTORES

Factores que controlan asentamiento de

Cancer edwardsii
2006
El ciclo lunar afecta
El asentamiento de
Megalopas ?

No se puede dar
una respuesta
El ciclo lunar no
esta replicado
 Efecto de Ciclo de Mareas sobre asentamiento

3 Años (2006-07-08 )en periodo peak de asentamiento ESCALA TEMPORAL

Tres localidades dentro del estuario ESCALA ESPACIAL

Exclusión de Sin exclusión Exclusión de Sin exclusión

MJJ
depredadores MJJ MJJ
depredadores MJJ

5 U.SiExp 5 U.SiExp 5 U.SiExp 5 U.SiExp 5 U.SiExp 5 U.SiExp 5 U.SiExp 5 U.SiExp

 3

1
ln megalopae Collector -1 d -1)

2008
Settlement rates

0
2007
3

0
2006
San Carlos Los Molinos Mancera
Poder estadístico
La importancia de la talla muestreal
(numero de replicas) se ejemplifica con
simulaciones.

Mientras mayor el numero de replicas

mejor es la estimación de la MAGNITUD DE
LAS DIFERENCIAS ENTRE LAS MEDIAS.
(aquí ejemplificadas por los intervalos de
confianza)

Halsey et al. 2015, Nature

CUANTO ES EL MÍNIMO REPLICAR
REPLICAR TANTO COMO SE PUEDA: NO SIEMPRER ES RECOMENDABLE

1.- Problemas con la inferencia estadística, a mayor cantidad de replicas mayor

la probabilidad de encontrar diferencias significativas, aunque estas no tengan
sentido biológico.

2.- Los costos y esfuerzo de cada replica deben ser tomados en cuenta

ALTERNATIVAS
Análisis de poder: Método a priori, donde se debería conocer la varianza
de la población.

Determinar la talla mínima muestreal: Método que maximiza los resultados

Con los costos.
 Análisis de poder

Capacidad de detectar un efecto si este existe dado un determinado n muestreal

Si β es el riesgo de cometer un error de tipo II por tanto 1- β es el poder del análisis

Para determinar el poder se necesita:

• Effect size (efecto detectado posible)

• El n muestreal

• La varianza d las unidades muestreales

• El nivel de significancia a ser usado (α)

 A priori:

Conocer el numero de replicas necesaria para obtener un

diseño experimental confiable, ósea pueda detectar
diferencias de una magnitud determinada (effect size) entre los
modelos a contrastar (i.e. H0 vs H1)

A posteriori

Conocer si los resultados de mi Test (cuando es no significativo) es por

Falta de replicación .
JUSTIFICACION PARA PUBLIACIONES DE DATOS NO-SIGNIFICATIVOS
 1 Sample t-Test: Sample Size Calculation

One Mean, t-Test (H0: Mu = Mu0)

Sample Size vs. Power (Es = 1, Alpha = 0,05)

17

16

15

14

13

12
Required Sample Size (N)

11

10

0,6 0,7 0,8 0,9 1,0

Power Goal
ESTIMACIONES DE DENSIDAD

Densidad de litorinas dependen de el nivel intermareal

Variable respuesta:
Numero de Littorinas * m2

Variable independiente:
Intermareal alto, medio,
bajo

Unidad experimental:
Un cuadrante 0.25 m2

Cuantos Cuadrantes utilizar

por nivel de marea ?
Experimento piloto

Media de la densidad

9 replicas

2 4 6 8 10

Numero de replicas

Estabilización de la media indica numero de replicas adecuado

ESTUDIOS DE BIODIVERSIDAD Fauna asociada a discos de
macroalgas

Grampones de macroalgas son

Indicadores de perturbaciones
(ej. Contaminación)

Variable respuesta:
indice de diversidad

Variable independiente:
Areas contaminadas y no
contaminadas

Unidad experimental:
Un grampon

Cuantos grampones son

necesarios para que la diversidad
Este bien representada ?
Experimento piloto

Riqueza de especies

7 replicas

2 4 6 8 10

Numero de replicas (GRAMPONES)

La adición de mas replicas no mejora la estimación de riqueza de especies

Y SI NO HAY FORMA DE REPLICAR……PERTURBACIONES, EVENTOS UNICOS

BACI
(BEFORE -AFTER COTROL IMPACT)

Instalación Industria

16 SITIO CONTROL
14 SITIO PERTURBADO
Indice de Shannon

12
10
(H´)

8
6
4
2

2 4 6 8 10

AÑOS
Pero sitio control puede estar también afectado, NO se conoce la magnitud
espacial de la perturbación

Cual es nuestra variable

dependiente para el análisis ?

Dt = H´t Control - H´t Impacto

BEYOND
BACI
Undewood 2004

FUENTES DE VARIACION

SITIOS
ANTES – DESPUES
INTERACCION
ERROR
Ramdomizacion
DOS PRIMISAS:

1.- Las unidades experimentales debes ser elegidas aleatoriamente

2.- Los tratamientos tienen que ser distribuidos al azar

dentro de las unidades experimentales

RAMDOM = Totalmente aleatorio

HAPHAZARD = Selección dirigida
o selección con criterios y limites

Además CUIDADO CON LA INTERDISPERSION

 Tratamiento 1
PARA ASEGURAR INDEPENDENENCIA
(PRICIPIO DE INTERDISPERSION)
Tratamiento 2

AL AZAR

ESTRATIFICADO
Bloques

CLUSTER
ANIDADO
HERERQUICO

SISTEMATICO
Parte random

ESCALA ESPACIAL O TEMPORAL

INDEPENDENCIA
Varios niveles
Unidades experimentales debería ser independientes una de otras
UN TRATAMIENTO POR UNIDAD EXPERIMENTAL (ejemplo cripsis)

Sesgo en el muestreo.
(Ejemplo: dieta de merluza)

Evitar dependencia espacial y temporal de la variable respuesta

Abundancia

Evaluar correlación entre

días (o km) y la variable respuesta

Días de muestreo

Replicas de factores elegidos de forma aleatoria: Evitar efectos

confundidos: Ejemplos de experimentos en AMERB
 CONTROL
Un experimento sin un control adecuado es muy difícil interpretar,
el control nos da el punto de comparación a la manipulación experimental.

Varios tipos de controles

1) Control de los tratamientos experimentales

2) Control de efectos no deseados “artefactos”
de la manipulación
3) Control en experimentos naturales
Denso dependencia de la tasa de consumo
MODELOS

1) C= aS

(1)
2) C= aS / 1+bS
3) C= a S e -bS
(2)
Tasa de consumo (C)

Hipótesis nula
ayb=0

(3)

2 4 6 8 10

Numero de individuos (S)

 Control de los tratamientos

•Necesarios en todo experimento de manipulación

• Se aplican sobre la unidad experimental
• Se deben replicar, deseablemente en la misma magnitud que los tratamientos
 Dominancia de especies

N=5
N = 20

*
N = 20 N=0

N = 15
N = 20

* Cancer coronatus es subordinada a las otras especies ?

CONTROL: Ensayo con 60 individuos de la misma especie
Control de efectos no deseados “artefactos” de la manipulación: Cercos y jaulas

EFECTO DE LOS HERBIOVORES SOBRE LA BIOMASA DE ALGAS

 Factores que influyen en el efecto de la herbívora: Orientación, Olas, Densidad,

Algas pueden tener mejor crecimiento al estar protegidas de la desecación

en el interior de las jaulas
Muestra de algas:
Biomasa, Chl a
DISEÑOS EXPERIMENTALES PARA EVALUAR PREFERENCIAS
DE PRESAS Y HABITAT

OBSERVACION EN TERRENO: Presa A esta presente en

la dieta en 80% de los individuos de Cosmasterias lurida.
El resto de las presas (B,C y D) representan el 20%
restante.

Conclusión: La especie en estudio prefiere como

presa la A ?
En terreno: Evaluación de las abundancia de especies presas
Potenciales (comparación con un control, el ambiente).

H0= La dieta de C. lurida representa la disponibilidad ambiental, ósea

estadísticamente no hay diferencias entre la proporción de presas
en el ambiente y la dieta de la estrella.

Se rechaza H0:
Conclusión: La especie en estudio prefiere como presa la A ?

En laboratorio: Evaluación de preferencias de presas en

ambiente controlado, experimento de cafetería.

H0= Bajo una misma oferta de presas, el numero de presas consumidas de

cada especie presa de C. lurida será el mismo.

Se rechaza H0
Conclusión: La especie en estudio prefiere como presa la A ?
 No se toma en cuenta Tiempo de consumo (h)
las tasas de consumo Presa A: 12
Presa B: 1
Presa C: 2
Presa D: 2

En laboratorio: Evaluación de preferencias de presas en

situaciones con y sin elección en un tiempo experimental
Determinado.

H0= Las tasa de depredación son similares ( no hay preferencia) cuando

se presenta un grupo de individuos presa de forma mixtas como
monoespecifica. O estadísticamente hablando……..

PA: Proporción de A consumidas, H0= 0.5

NA: Numero de presas A consumidas
NB: Nuemero de presas B consumidas
Análisis con varias
alternativas
Para preferencia de hábitats

Olabarria, et al. 2002, Oecologia

Underwood et al. 2004, JEMBE
Control de efectos no deseados “artefactos”
de la manipulación

Marcaje & recaptura

• Crecimiento individual
• Sobrevivencia
• Conducta de forrajeo
• Conducta de escape
Minimizar perturbación
Marcar in situ
(mínima perturbación) Comprobar conductas normales
Experimentos de trasplantes

Control del efecto de la perturbación:

Experimentalmente se ha demostrado que
los gastropodos tienen conductas
direccionadas al ser removidos del sustrato.

Importante controlar este efecto, especialmente

en estudios conductuales

JMBE 1998