Facultad de ingenierías:

Escuela Profesional de
Ingeniería Ambiental

BIOTECNOLOGÍA

INFORME

ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE ADN Y

GENERACIÓN DE ÁRBOL FILOGENÉTICO EN

BASE AL GEN 16S

Estudiante: Marians Romina Luque Checalla

Docente: Prof. Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales

Ilo – Perú

Octubre 22, 2021

VII ciclo
 Índice |2

ÍNDICE

ÍNDICE .................................................................................................................................. 2

1. Introducción .............................................................................................................. 3
2. Objetivos .................................................................................................................... 4
2.1. Objetivo general ........................................................................................................ 4
2.2. Objetivos específicos ................................................................................................. 4
3. Metodología ............................................................................................................... 4
3.1. Materiales .................................................................................................................. 4
3.2. Procedimiento............................................................................................................ 4
4. Resultados................................................................................................................ 10
5. Conclusión ............................................................................................................... 11
 Introducción |3

1. Introducción

La comparación de secuencias es una de las actividades fundamentales en el

análisis bioinformático Es un primer paso hacia el análisis estructural y funcional de

nuevas secuencias descubiertas A medida que nuevas secuencias están siendo generadas

a tasas exponenciales, la importancia de la comparación de secuencias ha aumentado

considerablemente.

Esto se debe a que gracias a la comparación de secuencias es posible realizar

inferencias sobre la evolución de una nueva proteína en base a proteínas existentes en las

bases de datos (BD).

El proceso fundamental detrás de este tipo de comparación es el alineamiento de

secuencias. En términos simples el alineamiento de secuencias es el proceso en el cual

diferentes secuencias son comparadas mediante la búsqueda de patrones de caracteres

comunes y el establecimiento de correspondencias residuo-residuo entre secuencias

relacionadas.

Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y

comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras

primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones

funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados. Las secuencias

alineadas se escriben con las letras (representando aminoácidos o nucleótidos) en filas de

una matriz en las que, si es necesario, se insertan espacios para que las zonas con idéntica

o similar estructura se alineen.

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2. Objetivos

2.1.Objetivo general

Analizar la secuencia de un grupo de 30 nucleótidos provenientes del gen 16S.

2.2.Objetivos específicos

- Realizar el alineamiento de secuencia de ADN del gen 16S.

- Generar el árbol filogenético del gen 16S.

3. Metodología

3.1.Materiales

- Laptop o Pc

- Mega X

- Internet

3.2.Procedimiento

- Abrir la aplicación Mega X.

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- Lo primero que se realizó fue el alineamiento. Para esto, se seleccionó la opción que

dice “ALIGN” (Alineamiento).

- Seguidamente se selecciona la opción “Query Databanks” y se abrirá una segunda

ventana automáticamente.

- En el buscador colocar la palabra “16S”

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- Escoger 10 bacterias y de cada bacteria, escoger 3 especies.

- Por ejemplo, seleccionar la bacteria “Escherichia Coli 16S rRNA” y automáticamente

se mostrará una lista del gen Escherichia Coli.

- Seleccionar el gen ribosómico 16S rRNA y se mostrará más información del gen.
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- Seleccionar la opción que se encuentra en la parte superior, “Add To Alignment”. Add

To Alignment < Imput Sequence Label < OK

En la ventana que se abre automáticamente “Imput Sequence Label” no se modifica

nada.
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- Una vez realizado, regresar a la página de inicio de la ventana y repetir el mismo

procedimiento hasta formar la matriz de 30 genes. Así mismo, se editan los nombres,

de tal manera que sean nombres cortos.

- Se procede a alinear por medio de la opción Muscle < Align DNA

Muscle < Align DNA < OK < OK

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- Se crea una carpeta que sea exclusivamente para el trabajo realizado.

- Para generar el árbol filogenético, nos dirigimos a la opción de filogenía.

Seleccionamos el método UPGMA.

- Automáticamente nos aparece el archivo guardado en la carpeta recientemente creada

y si no es así, solo es cuestión de buscar en el lugar donde se guardó el archivo.

- Aparecerá otra ventana en la que no se modificará nada y solo se seleccionará “OK”.

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4. Resultados

Se eliminan los espacios en blanco, para que no haya inconvenientes en el reconocimiento

de la matriz. Cabe mencionar, que la cantidad de espacios en blanco debe ser mínima.

La siguiente imagen es el resultado del procedimiento para generar el árbol filogenético.

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5. Conclusión

Aunque las bases nucleotídicas del ADN y ARN son más similares entre sí que con los

aminoácidos, la conservación del emparejado de bases podría indicar papeles funcionales

o estructurales similares.

El alineamiento de secuencias puede utilizarse con secuencias no biológicas, como en la

identificación de similitudes en series de letras y palabras del lenguaje humano o en

análisis de datos financieros.

Los alineamientos se representan normalmente con un formato gráfico y de texto. En casi

todas las representaciones de alineamientos, las secuencias se escriben en filas de forma

que los residuos alineados aparecen en columnas sucesivas.

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6. Bibliografía

http://www.scielo.org.za/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0375-
15892017000600009&lng=en&nrm=iso&tlng=en
http://www.scielo.org.bo/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2311-
25812014000100003&lng=es&nrm=iso&tlng=pt
http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0187-73802013000100002
http://ve.scielo.org/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0798-04772016000100011