4.

Aparecerá un mensaje en el espacio de comandos para mostrarle que el paquete se ha instalado

correctamente. No es necesario instalar el paquete R_packages_path.r.

5. Cierre R y regrese a DSSAT.

3. Uso del procedimiento GLUE para estimar coeficientes genéticos

3.1 Establecer condiciones para GLUE para estimar coeficientes

El programa GlueSelect fue escrito por Paul Wilkens (IFDC) como una herramienta en DSSAT v4.5.
Esta herramienta utiliza gran parte del código que él y L. A. Hunt desarrollaron para GenSelect,
que es un estimador de coeficientes de cultivo basado en reglas. Actualmente, el programa GLUE
opera en la mayoría de los cultivos (excepto aquellos cultivos heredados que no se convierten a los
estándares v4.5). Sin embargo, estamos más seguros de que el programa estima correctamente
los coeficientes de cultivo para los siguientes cultivos: maíz, soja, maní, mijo, sorgo, garbanzo,
algodón, habas, maíz dulce, tomate, judías verdes, arroz, trigo y frijol seco. Los usuarios deben
verificar los coeficientes cuidadosamente antes de usarlos. Esto se puede hacer poniendo los
parámetros estimados en el archivo CUL apropiado y simulando el cultivo de forma interactiva
para compararlo con los datos observados.

El archivo que tiene definiciones de coeficientes genéticos y sus rangos de incertidumbre para
todos los cultivos es “ParameterProperty.xls” (consulte el Apéndice A para obtener más detalles) y
“MeasurementVariance.xls” (consulte el Apéndice B). Estos archivos se almacenan en el directorio
“C: \ DSSAT45 \ Tools \ GLUE \”. Los usuarios de modelos avanzados pueden modificarlos para
establecer otros rangos de parámetros, cambiar los parámetros que se estimarán, introducir
parámetros para nuevos cultivos y cambiar el orden en que se estiman.

El programa GLUE está integrado en el shell

DSSAT45 y el usuario ejecuta el programa
GlueSelect desde el menú de herramientas
DSSAT para iniciar el proceso como se muestra a la
derecha.
 La segunda pantalla GlueSelect
muestra todos los cultivos. Un
usuario selecciona un cultivo, como
el maní, como se muestra a la
izquierda, y luego un cultivar en
particular que se va a estimar
("FLORUNNER, estándar" en este
ejemplo). Después de seleccionar
"Continuar" en esta pantalla,
aparecerá una lista de experimentos
y tratamientos como se muestra a
continuación. En este ejemplo, se
seleccionaron tres temporadas de
cultivo de tres años y experimentos diferentes. Estos tratamientos se simularán utilizando el
método de Monte Carlo para estimar los
coeficientes que dan la máxima probabilidad
tanto para las mediciones de fenología como de
crecimiento.

La tercera pantalla de GlueSelect muestra la

consola para operar los cálculos de GLUE reales y
ver los resultados (abajo). En este ejemplo, habrá
3.000 corridas para todos los parámetros, lo que
significa que habrá 3.000 corridas para los
parámetros de fenología y otras 3.000 para los parámetros de crecimiento. Este número se puede
cambiar a unos pocos, digamos 10,
para asegurarse de que el
programa esté funcionando
correctamente. Sin embargo, es
probable que los resultados de
ejecuciones inferiores a 3000 no
den resultados fiables. Por lo
tanto, si el número se cambia de
3000 para probar el
procedimiento, entonces debe
cambiarse de nuevo a 3000 (o
más) para obtener resultados
confiables. Está bien aumentar
este número para refinar aún más
los resultados, pero se requerirá
más tiempo si se hace.
3.2 Running GLUE
La figura anterior muestra cómo los usuarios inician las ejecuciones de simulación para estimar la

coeficientes usando el botón "Ejecutar PEGAMENTO". Antes de ejecutar GLUE, es posible que
desee deshabilitar el escaneo de archivos en el acceso mediante su software antivirus. Nuestra
experiencia es que el sistema funcionará mucho más rápido cuando el escaneo de virus esté
desactivado para los archivos generados por DSSAT. Las ejecuciones de GLUE pueden llevar algún
tiempo, posiblemente de 0,5 a 2 horas, por ejemplo, dependiendo de cuántas temporadas se
seleccionen para estimar los coeficientes. Desde esta pantalla, se pueden ver los coeficientes
estimados finales y copiarlos para colocarlos en el archivo de cultivo apropiado (.CUL en el
directorio DSSAT45 \ Genetics) y también para revisar las estadísticas (media, máxima
verosimilitud y desviación estándar de los coeficientes estimados.

3.3 Resultados de pegamento

Los principales resultados que interesarán a los usuarios se pueden ver seleccionando el botón
“Ver coeficiente de cultivo” en la pantalla principal. Esto abrirá un editor con los valores finales de
los coeficientes estimados en él. El formato del archivo es el mismo que el archivo CUL para el
cultivo seleccionado, por lo que se puede copiar este nuevo conjunto de coeficientes de cultivo en
el archivo CUL apropiado para usarlo en simulaciones adicionales. Tenga en cuenta que se debe
usar la función DSSAT para "Actualizar todas las listas" después de agregar una nueva variedad a
cualquier archivo CUL.

Todas las salidas de DSSAT y GLUE en ejecución se guardan en el directorio “C: \ DSSAT45 \
GLWork \”. El contenido de los archivos de salida principales se describe brevemente a
continuación:

(a) Parámetros óptimos. El conjunto de parámetros óptimo que se eligió mediante el

procedimiento GLUE se guardó como un archivo "CUL" nombrado de acuerdo con el
nombre y la identificación del cultivar seleccionado al generar el archivo por lotes. Por
ejemplo, si el cultivar seleccionado era soja “COBB”, entonces el archivo “CUL” es
“SBIB0002 COBB.CUL” (Tabla 1 en el Apéndice E).
(b) Estadísticas de distribuciones posteriores (valores de media, desviación estándar y
máxima verosimilitud). Los dos archivos identificados como "PosteriorDistribution_1.txt"
y "PosteriorDistribution_2.txt" (Tabla 2 y 3 en el Apéndice E) almacenan las distribuciones
posteriores para cada ronda de GLUE, incluidos los valores medios, las desviaciones
estándar y el conjunto de parámetros que tiene la valor de probabilidad más alto en esa
ronda de GLUE.
(c) Distribución empírica de tablas de parámetros. Los dos archivos identificados como
“RandomParameterSetsAndProbability_1.txt” y “RandomParameterSetsAnd
Probability_2.txt” (Tabla 4 y 5, Apéndice E) almacenan los conjuntos de parámetros
realmente utilizados y sus correspondientes valores de probabilidad o verosimilitud
normalizada para cada ronda de GLUE.
(d) Conjuntos de parámetros generados. Los dos archivos identificados como
“RealRandomSets_1.txt” y “RealRandomSets_2.txt” almacenan el conjunto de
parámetros realmente utilizado en cada ronda de GLUE.
(e) Resultados de la última ejecución del modelo. "Evaluate_output.txt" almacena el
contenido del archivo de salida "Evaluate.OUT" de DSSAT para cada ejecución del modelo.
Dado que "Evaluate_output.txt" se procesa después de cada ejecución del modelo, solo
estará disponible el resultado de la última ejecución del modelo.