En esta temporada, se retoma el estado de la ciudad tras el caos organizado
conjuntamente por Ra´s al Ghul y Jeremiah. Todo el que ha podido ha huido, y los que quedan luchan por sobrevivir, dividiéndose por barrios donde cada uno es controlado por una banda diferente. Uno de esos barrios está bajo la protección del GCPD que tiene que evitar continuamente ataques de todos los delincuentes que quedan en la ciudad. El Pingüino se ha autonombrado alcalde y controla la única fábrica de armas de la ciudad, lo que le da cierto poder para negociar con el resto de vecinos. Barbara sigue manteniendo el club únicamente con asistencia femenina, los hombres han de pagar con información para poder disfrutar por tiempo limitado. Jeremiah ataca a Selina y la deja invalida, pero gracias a una mezcla de Ivy, Selina se cura completamente y adquiere cualidades felinas. Se descubre que Nygma está vivo pero tiene en el cerebro un chip insertado por Hugo Strange. En los últimos capítulos se sabe que todo es pagado por Walker, la hija de Ra´s, que envía a un militar amigo de Gordon a la ciudad para supuestamente salvarles, pero luego se sabe que el único objetivo es destruir la ciudad. En un combate cuerpo a cuerpo Gordon le hiere y el Doctor Strange le cura convirtiéndole en Bane. Tras una batalla a muerte, el barrio que defiende el GCPD consigue ganar y eso permite que el Gobierno de EE. UU. entre en la ciudad y restaure la paz. Tras la batalla, Bruce Wayne se culpa ya que gran parte de los ataques son dirigidos a él, y tras reflexionarlo huye de la ciudad para entrenar y convertirse en un mito. Tras un salto temporal de 10 años y tras haber sido destruido la Torre y la mansión Wayne se prepara un macroevento para la reinauguración de la Torre. Bruce Wayne volverá a la ciudad una década después, y a su vez, el Pingüino sale de la cárcel y hay una revuelta en Arkham, donde quedan liberados algunos de los villanos más famosos como Nygma o Jeremiah, que había simulado parálisis cerebral durante todo ese tiempo esperando que volviera Bruce. Jeremiah secuestra a la hija de Gordon y mientras lucha con el detective (ahora comisario) aparece entre las sombras Batman, hiriendo a Valeska que está buscando un nuevo nombre y salvando a la hija de Gordon. En una última escena, la señal luminosa apunta al cielo de Gotham, y en un edificio frente a la comisaría aparece la figura del Caballero Oscuro.