Nueve meses después de los eventos de la 

primera película, una banda de ladrones

disfrazados con máscaras de payasos llevan a cabo un violento robo en uno de los bancos de
la mafia de Gotham City, pero los asaltantes desconocen que entre ellos se encuentra la
persona que los contrato, el Joker (Heath Ledger), quien les había ordenado traicionarse y
asesinarse unos a otros, con la finalidad de repartir entre menos el botín. Finalmente el Joker
asesina al último de sus cómplices y escapa en un autobús escolar camuflado en una
caravana de autobuses escolares que pasaban por el área curiosamente, antes de que llegue
la policía de Gotham City al lugar. Al caer la noche, un grupo de imitadores de Batman intenta
interrumpir una reunión de traficantes con el Dr. Jonathan Crane (Cillian Murphy) y el líder de
la mafia, el "Checheno", cuando de pronto el verdadero Batman (Christian Bale) aparece y
captura a todos los delincuentes como también a Crane, justo cuando este último intentaba
escapar de la escena en una furgoneta. Además de ellos, también captura al grupo de
imitadores, a los cuales Batman les advierte que no quiere volverlos a ver nuevamente, ya que
según este trabaja solo y no necesita ayuda. Sin embargo en plena confrontación el Checheno
y algunos de sus cómplices consiguen escapar de la escena antes de ser capturados por
Batman. Posteriormente Bruce sufre lesiones leves que le conducen a diseñar un traje nuevo
que le permita mayor movilidad, rapidez y protección contra perros, con la ayuda de Lucius
Fox.
El crimen organizado se ha convertido en el problema más irritante en Gotham City, por lo que
Batman y el teniente James Gordon (Gary Oldman) contemplan la posibilidad de incluir al
nuevo fiscal de distrito, Harvey Dent (Aaron Eckhart), en su plan para combatir a la mafia,
poniendo a Dent como el héroe público que Batman no puede ser, al tiempo que Bruce
descubre que Dent es el nuevo novio de Rachel Dawes (Maggie Gyllenhaal). Pese a que Dent
está saliendo con Rachel, Bruce Wayne está impresionado con su idealismo y le ofrece lanzar
una recaudación de fondos. Mientras, en las Empresas Wayne, Lucius Fox (Morgan Freeman)
hace negocios con Lau (Chin Han), un prestigioso empresario chino, pero el enorme éxito de
su empresa hace sospechar hasta al mismo Bruce, quien le pide a Fox cancelar el trato de
asociación con él, no sin antes revisar los libros contables de su empresa.
Mientras tanto, los líderes mafiosos Salvatore Maroni, Gambol, y el Checheno se reúnen para
discutir sobre qué harán con Batman, Gordon y el nuevo fiscal Dent y mantienen
una videoconferencia con el contable chino Lau, quien les informa sobre el reciente robo de
dinero perpetrado por el Joker a uno de sus bancos y que a raíz de eso la policía rastreo dicho
dinero, lo que los llevaría a confiscar todo el dinero que guardaban en los otros bancos de la
ciudad, pero este se había anticipando al plan de Gordon, quien con Batman había
identificado los bancos con billetes marcados, escondiendo todos los fondos de Gordon, Dent
y Batman, al mismo tiempo Lau se encuentra escapado hacia Hong Kong, lejos de la
jurisdicción de Dent y sabiendo que China no lo va a extraditar por ser residente en dicho país
y les asegura a todos los miembros de la mafia que el resto de los fondos están a salvo. Sin
embargo, la reunión es súbitamente interrumpida por el lunático criminal conocido como el
Joker, quien les advierte que Batman no tiene jurisdicción y que sabe que buscará a Lau para
que este los delate a todos. El Joker les ofrece a todos los miembros de la mafia matar al
murciélago a cambio de la mitad de su dinero, pero los jefes mafiosos se niegan y tachan al
Joker de estar demente, mientras que un fúrico Gambol le pone precio a su cabeza. Más tarde
Dent se reúne con Batman y Gordon, tras estar enterados del escape de Lau hacia Hong
Kong y les menciona que lo necesitan para que este pueda testificar y delatar a todos los
líderes de la mafia, pero también saben que los chinos no extraditaran a Lau por ser residente
en China, ante el panorama Gordon les menciona que si van tras los fondos de la mafia solo
harán que las cosas empeoren más, sin embargo Batman por su parte les comenta a Gordon
y Dent que si les trae a Lau ante ellos harán que hable y Dent por su parte le menciona en
tono sarcástico que también lo hará cantar de ser necesario, pero justo cuando Dent le va a
preguntar a Batman como va a traer a Lau, este desaparece de la escena. Mientras tanto, un
grupo de pandilleros llevan el cadáver del Joker ante Gambol, creyendo este último que los
pandilleros los mataron, pero justo cuando Gambol le va a pagar la recompensa por matar al
lunático criminal, sorpresivamente el Joker se levanta y tortura un poco a Gambol antes de
matarlo y toma el control de sus matones. Pero la predicción del Joker prueba ser correcta
cuando Bruce y Fox deciden viajar hasta Hong Kong, en donde Bruce le pide a Lucius aplazar
las negociaciones con la compañía de Lau para evitar problemas con la justicia y al mismo
tiempo Lucius le diseña a Bruce un nuevo traje hecho de placas de titanio y kevlar, dándole
mayor movilidad y resistencia, incluso protección contra mordidas de perros (aunque con la
separación de las placas lo dejara vulnerable a navajas y disparos), una nueva capucha que le
permite mover la cabeza, y un prototipo original de Fox de un sistema de sonar integrado al
traje. Al caer la noche, Lau inmediatamente es secuestrado por Batman en una brillante
maniobra táctica y luego es entregado a la policía de Gotham City, pero es mantenido en la
Comisaría Central por el temor de lo que pudiera ocurrirle en la cárcel del condado. Lau
negocia su testimonio en tanto pueda conservar el dinero de la mafia para sí mismo. En este
punto y con los fondos de todos corriendo peligro, la mafia acepta a regañadientes contratar al
Joker.
Como primer movimiento, el Joker mata a un imitador de Batman llamado Brian Douglas y
deja su cadáver colgando en la alcaldía, posteriormente anuncia en televisión que las
personas morirán cada día a menos que Batman se quite la máscara y revele su identidad,
además de entregarse a las autoridades; primero matando al comisionado Loeb con ácido en
su botella de Whisky al momento de beber un trago, y a la jueza Surrillo (Nydia Rodriguez
Terracina) al explotar su vehículo con una bomba oculta, quien anteriormente había
condenado a varios centenares de mafiosos gracias al testimonio de Lau. También se dirige a
Dent, que es otro de los objetivos del Joker, quien se encontraba en la fiesta de recaudación
de fondos ofrecida por Bruce Wayne, pero sale ileso al ser salvado por su anfitrión, quien lo
esconde y se pone el traje para detener a los intrusos en la fiesta mientras Rachel retrasa al
Joker lo suficiente como para que Batman se aparezca en la escena. Durante la pelea, el
Joker toma de rehén a Rachel y por su parte Batman le advierte al Joker que suelte a Rachel,
sin embargo el psicópata criminal le responde que la dejara ir solo si Batman se quita su
máscara y muestra su identidad ante todos los presentes, pero el murciélago se niega a
cumplir la demanda del payaso, en eso el Joker le dispara a la ventana y amenaza con lanzar
a Rachel al vacío si no obedece a su solicitud, pero una vez más el murciélago se niega a
quitarse su máscara, por lo que el Joker la deja caer por la ventana a Rachel, forzando a
Batman a ir tras ella, logrando salvarla antes de que esta se estrellara contra un auto en la
calle y le asegura a Rachel que Dent está fuera de peligro, mientras que en medio de todo
esto el Joker consigue escapar del lugar.
La noche siguiente, Batman y Gordon investigan el asesinato de dos hombres, obra del Joker,
cuyos nombres combinados formaban el nombre de Dent y se enteran de que el próximo
objetivo sería el alcalde Anthony García (Nestor Carbonell), que presentaría el funeral de Loeb
en la mañana siguiente. El Joker y sus secuaces, disfrazados como la escolta de honor del
funeral, apuntan sus armas a García para asesinarlo en el último minuto, pero Gordon frustra
el plan, aparentemente sacrificándose en el proceso. Ante el aumento de violencia Batman
planea revelar su identidad, se lo comunica a Dent, quien vanamente trata de interrogar a uno
de los secuaces del Joker, un paciente paranoico-esquizofrénico fugado del asilo mental
Arkham, en una próxima conferencia de prensa que arregló con aquel y le menciona que el
destino de Gotham City ahora está en sus manos. Wayne acude a la rueda de prensa
dispuesto a decir la verdad, pero antes de poder hacer algo, sorpresivamente Dent se nombra
a sí mismo como Batman para proteger la verdad y para que el verdadero no caiga preso.
Rachel le entrega una carta a Alfred (Michael Caine) pidiéndole que se la entregue a Bruce
cuando "sea el momento". Dent es tomado en custodia protectora, y Rachel le suplica a
Harvey que revele la verdad, pero este se niega; antes de que se lo lleven en un convoy,
Harvey le da su moneda de la suerte a Rachel, quien se percata de que es una moneda
trucada, reforzando así el lema de Harvey de "fabrico mi suerte". Más tarde, es perseguido por
el Joker, quien aparentemente muerde el anzuelo e intenta emboscar el convoy de la policía
que transporta a Dent a través de la ciudad, así que Batman aparece para ayudar derrotando
a cada matón del Joker. Gordon, que fingió su muerte para proteger a su familia, ayuda a
aprehender al Joker y finalmente Gordon es promovido a comisionado.
Más tarde esa noche, Dent y Rachel desaparecen. Una vez en la estación de policía, Batman
interroga al Joker y este le revela (no sin antes hacerlo enfurecer) que Dawes y Dent han sido
secuestrados, llevados a lugares opuestos de la ciudad y encerrados en almacenes repletos
de barriles de gasolina y explosivos. El payaso revela sus ubicaciones pero su objetivo
principal es que Batman no pueda salvarlos a ambos y tenga que elegir a cuál de los dos
rescatar, rompiendo su ética moral. Batman va por Rachel, mientras que Gordon va a rescatar
a Dent, solo para descubrir que fue engañado para encontrar a Dent. Gordon y la policía
llegan donde se encuentra Rachel momentos antes de que ambos edificios exploten, matando
a Rachel, quien le había dicho a Dent vía telefónica que aceptaba casarse con él. La brutal
explosión quema la mitad izquierda del rostro de Dent, quien tratando de escapar había
quedado empapado de gasolina y sufre horribles quemaduras de tercer grado en el lado
izquierdo de su rostro tras la explosión. Mientras tanto, el Joker toma por rehén a Stephens,
un honesto policía que lo custodiaba al hacerlo enfadar, detona una tercera bomba que él
mismo ha metido en el cuerpo de otro preso matón de él en la estación policial y escapa con
Lau. Mientras Batman observa los restos del lugar donde murió Rachel, Alfred lee la carta de
Rachel donde dice que se va a casar con Harvey, ya que sabe Bruce nunca dejará de ser
Batman y le dice a Bruce que no pierda la fe en los demás. Batman deja la moneda trucada de
Dent cerca de su cama en el hospital y lamenta lo que paso, posteriormente Bruce se retira a
su Pent-House en donde se le ve sumamente deprimido y adolorido por la muerte de Rachel,
en eso su mayordomo Alfred le lleva su desayuno a su amo junto con la carta que le dejo
Rachel antes de morir y trata de animarlo a seguir adelante y que si Bruce creyó que no
habría consecuencias severas por su doble vida estaba muy equivocado, también le menciona
que algunas veces las cosas deben empeorar para que puedan mejorar y que la ciudad
necesita a Batman, pero en el último segundo Alfred decide no darle la carta de Rachel y se
retira, en eso Bruce le cuestiona sobre la historia del ladrón que este le habló previamente si
alguna vez lo atraparon y Alfred le menciona que si lo hicieron, pero a costa de quemar el
bosque entero donde el bandido se escondía. Al día siguiente, Dent es visitado por Gordon,
quien en primera instancia lamenta mucho lo que paso con Rachel y que también había oído
que Dent se ha rehusado a tomar medicamentos para el dolor y a recibir injertos de piel para
curar los daños de las quemaduras, pero Harvey en ese momento le pregunta a Gordon cual
era el apodo por el cual era conocido cuando estaba en Asuntos Internos y Gordon por su
parte presionado por Dent le revela que el apodo que le tenían a este era Dos Caras. En eso
Dent le recrimina no haber eliminado los elementos corruptos de la policía. Tras la visita,
Maroni se aparece en el pasillo del hospital y delata al Joker con Gordon para así salvar su
cuello, ya que Maroni es consiente de que el payaso psicópata no es de fiar.
A la mañana siguiente, Coleman Reese, un contable de Empresas Wayne que deduce la
verdadera identidad de Batman, planea revelarlo en televisión. Antes de ello, Reese se
presenta ante Fox con planos del supuesto equipo y armamento de Batman, sabiendo que
han salido de Ciencias Aplicadas, y trata de chantajear a Fox pidiéndole una fuerte suma de
dinero a cambio de no revelar lo que ha descubierto; sin embargo, fracasa. El Joker mata a
Lau incendiándolo junto con su mitad del dinero y al Checheno, y luego interrumpe la
entrevista televisiva hecha a Reese amenazando explotar un hospital a menos que Reese sea
asesinado en 60 minutos, lo que desata el caos en Gotham. Los atentados sobre Coleman
Reese suceden en dos lugares, siendo al final el mismísimo Bruce Wayne el que acaba
salvándole la vida en una intersección, haciéndole cambiar de parecer. Mientras tanto, el
Joker visita a Dent en el hospital disfrazado como una enfermera y hace explotar el Hospital
General de Gotham, no sin antes empujar a Dent a la locura, convenciéndolo para que
empiece una implacable misión de venganza y "justicia" con la finalidad de castigar a los
policías corruptos y mafiosos que los colocaron a Dawes y a él en los almacenes, así como a
Batman y Gordon que, al contrario que él, no han perdido nada. Además de hacer explotar el
hospital, el Joker escapa en un autobús lleno de rehenes.
Dent, ahora mediante un antiguo apodo, «Dos Caras», comienza a ir tras las personas
responsables por la muerte de Rachel, decidiendo sus destinos lanzando su moneda, ahora
con una cara quemada adivinando de inmediato el destino de Rachel. Primero, mata a
Wuertz, un policía corrupto que había ayudado a secuestrarlo, y después a Maroni (Eric
Roberts) (aparentemente) y a su chófer luego de interrogarlo para exponer la identidad del
secuestrador de Rachel. Antes de matarlos, deja que su moneda de la suerte decida el
destino de sus víctimas; si sale cara les perdona la vida, pero si sale cruz (la otra cara de la
moneda que se quemó en el incendio) los mata.
Batman le pide a un reacio Lucius Fox que use el prototipo de un dispositivo de rastreo en
toda la ciudad para encontrar al Joker usando el sonar como un micrófono en cada teléfono de
Gotham, por lo que puede ver toda la ciudad, invadiendo la privacidad de los ciudadanos. Fox
accede, pero dice que renunciará inmediatamente después si la máquina continúa en
Empresas Wayne, a lo que Batman responde que cuando termine, teclee su nombre. El Joker
anuncia al público que cualquier persona que quede en Gotham al anochecer estará sujeta a
su ley, pero con los puentes y túneles de la ciudad cerrados, debido a amenazas de bomba,
las autoridades comienzan la evacuación de las personas a través de los ferris de la ciudad.
Sin embargo esto forma parte también del plan maestro del Joker que ha colocado explosivos
combinados con diésel y nitrato de amonio en los dos ferris, uno lleno de los convictos más
buscados por Harvey Dent y otro de civiles, y pretende que se exploten entre ellos en un
retorcido experimento social, mediante el cual pretende demostrar que todo el mundo puede
ser empujado al mal. Además, la amenaza del Joker incluye el hecho de que si los pasajeros
de un barco no destruyen al otro, él hará explotar los dos ferris a medianoche; al mismo
tiempo les advierte que nadie intente subir a los botes salvavidas o también los hará explotar.
Mientras en cada una de las embarcaciones se discute sobre si hacer explotar al otro barco o
no, Batman localiza al Joker y le avisa a Gordon de la ubicación de este; una vez en el edificio
vecino al que se encuentra el Joker, Batman le pide a Gordon solamente cinco minutos para
entrar y detenerlo; pero Gordon se niega porque piensa que Dent está de rehén con los otros
en el edificio. Entonces Batman decide actuar solo, por lo cual Gordon le da un lapso de dos
minutos antes de que entre el equipo SWAT, mientras los francotiradores de la policía se
preparan para disparar a los payasos que se encontraban con los rehenes y abatirlos. Sin
embargo cuando Batman ataca a uno de los payasos, este descubre que en realidad se tratan
de los verdaderos rehenes del hospital; descubriendo así que el Joker vistió a los rehenes
como sus secuaces y a sus matones los vistió como los doctores, todo esto para atraer y
despistar al equipo SWAT de Gordon y llevarlos una trampa para que estos los ataquen, por lo
que Batman rápidamente decide detener a los policías antes de que estos maten a las
personas equivocadas. Mientras esto pasa, Gordon recibe una llamada de su aterrada esposa
que fue secuestrada por Dent. Gordon le pregunta dónde está su familia y Harvey le
responde: "Donde la mía murió" (refiriéndose al edificio donde murió Rachel). Batman
combate tanto al equipo SWAT como a los matones del villano, rescatando a los rehenes.
Posteriormente el equipo SWAT informa luego a los demás equipos que los payasos son los
rehenes y que los doctores son el blanco. La destrucción de los ferris está cerca, pero Batman
finalmente encuentra al Joker; este parece controlar a Batman, primero enviando a sus
perros rottweiler a atacarlo. En medio de la pelea el Joker daña el sonar de la máscara de
Batman, y luego atrapa a Batman mientras aguarda ver alguno de los ferris explotando; sin
embargo en ninguno de los dos ferris aprietan los detonadores con lo que los pasajeros no
caen en el macabro juego del Joker. Al ver que no sucede nada, el Joker como último recurso
saca el detonador que carga en su chaqueta, el cual hará explotar ambos ferris, pero en el
último segundo se confía demasiado y Batman le lanza las escamas afiladas de su brazo,
luego lo arroja fuera del edificio, pero inmediatamente lo salva con su dispositivo de amarre.
Luego aprehende al Joker y le quita el detonador de ambos barcos, pero este presume que ha
ganado, ya que Gotham perderá la esperanza una vez que los asesinatos de Dos Caras se
hagan públicos. También el Joker reconoce a Batman como una persona verdaderamente
incorruptible, a diferencia de Dent, y reconoce que nunca matará a Batman porque le parece
muy divertido, por lo que su afirma que el destino de ambos es enfrentarse eternamente.
Batman interroga al Joker sobre qué hizo con Dent, y este le revela su plan maestro, diciendo
entre carcajadas que rebajó a Dent al nivel de ellos y que lo empujó a la locura. Batman
inmediatamente se retira del lugar y deja que el equipo de SWAT llegue para tomar bajo
custodia al Joker.
Dos Caras atrae a Gordon al edificio donde Rachel murió y toma de rehenes a su familia, a
pesar de las súplicas desesperadas de Gordon. Batman llega y confronta a Dent, y empieza
una discusión en la que Dent se lamenta de que sólo él ha perdido todo en la guerra contra el
crimen organizado; Batman le dice que ha sido la víctima elegida por el Joker porque de los
tres él era el mejor, el "caballero blanco" de Gotham que realmente podía ser el héroe que la
ciudad necesitaba. Después de escuchar los argumentos, Dent decide el destino del héroe, el
suyo propio y el del hijo de Gordon con tres lanzamientos de moneda. Le dispara primero a
Batman, luego se salva, y por último lanza una vez más para determinar el destino del niño. El
enmascarado, usando su armadura corporal, ataca a Dos Caras tirándolo del edificio,
matándolo y salvando al niño. 12 Aunque Batman también cae, varios escombros amortiguan su
caída y queda malherido. Más tarde, convence a Gordon de que lo culpe por los asesinatos
para que Harvey Dent permanezca como un símbolo de esperanza para la ciudad o de lo
contrario entraría en crisis por ser corrompido por el Joker, usando una frase de
Dent: "Mueres siendo un héroe o vives lo suficiente para volverte un villano". Batman
inmediatamente escapa de la policía cojeando de una pierna producto de la caída.
Días después, Gordon da un discurso en el funeral de Dent y destruye la batiseñal e inicia una
cacería humana contra Batman, mientras el mayordomo de Bruce, Alfred Pennyworth, quema
una carta escrita por Rachel para su amo anunciando su compromiso con Dent, y Fox tras
teclear su nombre ve con tranquilidad al rastreador de señales autodestruirse. Batman huye
en el Bat-pod, ante la mirada del hijo de Gordon, quien pregunta por qué van a perseguir a
Batman. Gordon responde: "Porque debemos atraparlo. Porque es el héroe que se merece la
ciudad, pero no el que necesitamos. Así que lo perseguiremos hasta el final de los días.
Porque él no es un héroe, es un guardián silencioso, un vigilante protector, un Caballero de la
Noche".