LA REGULACIÓN DE LA CROMATINA POR MODIFICACIONES DE LAS HISTONAS

El Instituto Gurdon y el Departamento de Patología de la Universidad de Cambridge, Cambridge CB2 1QN, Reino
Unido
Correspondencia Tony Kouzarides
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Abstracto

La cromatina no es una estructura inerte, sino más bien un andamio de ADN instructiva que pueda
responder a las señales externas para regular los múltiples usos de ADN. Un componente principal de la
cromatina que juega un papel clave en este reglamento es la modificación de las histonas. Hay una lista
cada vez mayor de estas modificaciones y de la complejidad de su acción solo está empezando a ser
entendido. Sin embargo, es evidente que las modificaciones de histonas juegan papeles fundamentales en
la mayoría de los procesos biológicos que están implicados en la manipulación y la expresión de ADN. A
continuación, describimos las modificaciones de las histonas conocidas, definir dónde se encuentran
genómicamente y discutir algunas de sus consecuencias funcionales, concentrándose principalmente en la
transcripción, donde la mayoría de la caracterización se ha llevado a cabo.

Palabras clave: las histonas, modificaciones de la cromatina

Introducción

Desde los estudios pioneros de Vincent Allfrey en la década de 1960, hemos conocido que las histonas
son postraduccionalmente modificado. Ahora sabemos que hay un gran número de diferentes histonas
modificaciones posteriores a la traducción (PTMs). Una idea de cómo estas modificaciones podrían
afectar a la estructura de la cromatina vino de la solución de la estructura de rayos X de alta resolución
del nucleosoma en 1997. La estructura indica que las colas de amino altamente básica histona (N)-
terminal pueden sobresalir de su propio nucleosoma y hacer en contacto con los nucleosomas adyacentes.
Parecía probable en el momento en que la modificación de estas colas afectaría interacciones inter-
nucleosomal y por lo tanto afectar a la estructura general de la cromatina. Ahora sabemos que
verdaderamente éste es el caso. Las modificaciones no sólo regulan la estructura de la cromatina por
simplemente estar allí, sino que también reclutan remodelación de enzimas que utilizan la energía
derivada de la hidrólisis de ATP para cambiar la posición de los nucleosomas. El reclutamiento de las
proteínas y complejos con actividades enzimáticas específicas es ahora un dogma aceptado de cómo las
modificaciones median su función. Como vamos a describir a continuación, de esta manera
modificaciones pueden influir en la transcripción, pero ya que la cromatina es ubicua, modificaciones
también afectar a muchos otros procesos de ADN, tales como reparación, replicación y recombinación.

Acetilación de la histona

Allfrey et al 1 reportó primero la acetilación de histonas en 1964 Desde entonces, se ha demostrado que la
acetilación de las lisinas es muy dinámico y regulado por la acción de oposición de dos familias de
enzimas, acetiltransferasas histonas (HAT) y deacetilasas de histonas (HDAC.; para su revisión, véase la
referencia 3 ). Los HATs utilizan acetil CoA como cofactor y catalizan la transferencia de un grupo
acetilo al grupo ε-amino de las cadenas laterales de lisina. Al hacerlo, se neutraliza la carga positiva de la
lisina y esta acción tiene el potencial de debilitar las interacciones entre las histonas y el ADN (véase más
adelante). Hay dos clases principales de Gorras: tipo A y tipo B. Los HAT tipo B son
predominantemente citoplasmática, la acetilación de histonas libres, pero no los que ya están depositados
en la cromatina. Esta clase de los HAT es altamente conservada y todo tipo-B HATs cuota de homología
de secuencia con scHat1, el miembro fundador de este tipo de HAT. HAT Tipo-B acetylate recién
sintetizado histona H4 en K5 y K12 (así como ciertos sitios dentro de H3), y este patrón de acetilación es
importante para la deposición de las histonas, después de lo cual las marcas se eliminan 4 .

Los HAT tipo A son una familia más diversa de enzimas que el tipo-B. Sin embargo, se pueden clasificar
en al menos tres grupos diferentes en función de aminoácidos de homología de secuencia y estructura
conformacional: GNAT, MYST y familias CBP/p300 . En términos generales, cada una de estas enzimas
modifica múltiples sitios dentro de las colas N-terminales de las histonas. En efecto, su capacidad para
neutralizar cargas positivas, alterando de esta manera la influencia estabilizadora de las interacciones
electrostáticas, se correlaciona bien con esta clase de enzima que funciona en numerosos coactivadores
transcripcionales. Sin embargo, no es sólo las colas de las histonas que están involucrados en este
reglamento, pero hay sitios adicionales de acetilación presente dentro del núcleo de histonas globular,
como H3K56 que está acetilada en los seres humanos por hGCN5 7 . Los H3K56 puntos de la cadena
lateral hacia el surco mayor del ADN, lo que sugiere que la acetilación afectarían interacción histona /
ADN, una situación que recuerda a los efectos propuestos de acetilación de histonas los N-terminal de la
cola lisinas. Curiosamente, desmontables de la SOMBRERO P300 también se ha demostrado que se
asocia con la pérdida de H3K56ac , lo que sugiere que P300 también se pueden orientar a este sitio. Sin
embargo, a diferencia de caída GCN5, desmontables P300 aumenta el daño del ADN, lo que puede
afectar indirectamente a los niveles H3K56ac.

En común con muchas enzimas modificadoras de histonas, las HAT tipo A menudo se encuentran
asociados en grandes complejos multiproteicos 6 . Las proteínas componentes dentro de estos complejos
juegan un papel importante en el control de la contratación de la enzima, la actividad y especificidad de
sustrato. Por ejemplo, purificada scGCN5 acetylates histonas libres, pero no a los presentes dentro de un
nucleosoma. En contraste, cuando scGCN5 está presente en el llamado complejo SAGA, se acetila de
manera eficiente las histonas del nucleosoma 9 .

Enzimas HDAC se oponen a los efectos de los sombreros y revertir la acetilación de la lisina, una acción
que restaura la carga positiva de la lisina. Potencialmente, esto estabiliza la arquitectura de la cromatina
local y es consistente con las HDAC ser represores predominantemente transcripcionales. Hay cuatro
clases de HDAC 6 : Clases I y II contienen enzimas que se acerquen más a la levadura scRpd3 y scHda1,
respectivamente, clase IV tiene un único miembro, HDAC11, mientras que la clase III (en adelante, las
sirtuinas) son homólogas a la levadura scSir2. Esta última clase, en contraste con las otras tres clases,
requiere un cofactor específico para su actividad, NAD.

En general, las HDAC tienen especificidad relativamente baja sustrato por sí mismos, una única enzima
que es capaz de desacetilación múltiples sitios dentro de las histonas. La cuestión de la contratación de la
enzima y la especificidad se complica aún más por el hecho de que las enzimas están presentes
típicamente en múltiples complejos distintos, a menudo con otros miembros de la familia HDAC. Por
ejemplo, HDAC1 se encuentra junto a la HDAC2 en el NuRD, Sin3A y Co-RESTO complejos de 10 . Por
lo tanto, es difícil determinar qué actividad (HDAC y / o complejo específico) es responsable de un efecto
específico. Sin embargo, en ciertos casos, es posible, al menos, determinar que se requiere la enzima para
un proceso dado. Por ejemplo, se ha demostrado que HDAC1, HDAC2, pero no, controla diferenciación
de células madre embrionarias.

Fosforilación de histonas

Al igual que la acetilación de histonas, la fosforilación de las histonas es muy dinámico. Se lleva a cabo
en serinas, treoninas y tirosinas, predominantemente, pero no exclusivamente, en el N-terminal de la
histona colas 3 . Los niveles de la modificación son controlados por quinasas y fosfatasas que añaden y
eliminan la modificación, respectivamente 12 .

Todas las histonas quinasas identificadas transferir un grupo fosfato desde el ATP al grupo hidroxilo de la
cadena lateral de aminoácidos de destino. Al hacerlo, la modificación añade carga negativa significativa
a la histona que sin duda influye en la estructura de la cromatina. Para la mayoría de las quinasas, sin
embargo, no está claro cómo la enzima es reclutado con precisión a su sitio de acción en la cromatina. En
unos pocos casos, ejemplificado por la enzima de mamífero MAPK1, la quinasa posee un dominio de
unión a ADN intrínseca con la que está atado a la ADN 13 . Esto puede ser suficiente para el
reclutamiento específico, similar a los factores de transcripción de unión al ADN de buena fe.
Alternativamente, su contratación puede requerir asociación con un factor de cromatina determinada antes
de ADN directamente contactos para estabilizar la interacción global.

La mayoría de los sitios de fosforilación de las histonas se encuentran dentro de las colas N-terminales.
Sin embargo, existen sitios dentro de las regiones centrales. Un ejemplo de ello es la fosforilación de
H3Y41, que se deposita por la JAK2 tirosina quinasa no receptor (ver más abajo) 14 .
Se sabe menos sobre las funciones de las fosfatasas de histonas. Ciertamente, dada la extremadamente
rápida rotación de fosforilaciones histonas específicas, debe haber una alta actividad fosfatasa en el
núcleo. Sabemos, por ejemplo, que la fosfatasa PP1 trabaja antagónicamente a Aurora B, la quinasa que
establece H3S10ph de todo el genoma y H3S28ph en la mitosis 15 , 16 .

Metilación de histonas

La metilación de la histona se produce principalmente en las cadenas laterales de las lisinas y argininas.
A diferencia de la acetilación y fosforilación, sin embargo, la metilación de la histona no altera la carga
de la proteína histona. Además, hay un nivel adicional de complejidad a tener en cuenta al considerar
esta modificación; lisinas pueden ser mono-, di-o tri-metilado, mientras que las argininas puede estar
mono-, simétricamente o asimétricamente di-metilado (para revisiones ver referencias 3 , 17 , 18 , 19 ).

Metilación de lisina

La primera metiltransferasa de histonas lisina (HKMT) que se identificó fue SUV39H1 que se dirige a
H3K9 20 . Numerosos HKMTs ya han sido identificados, la gran mayoría de los cuales metilar lisinas
dentro de las colas N-terminales. Sorprendentemente, todos los HKMTs que metilan lisinas N-terminales
contienen un así llamado conjunto de dominio que alberga la actividad enzimática. Sin embargo, una
excepción es la enzima DOT1 que metila H3K79 dentro del núcleo globular de histonas y no contiene un
dominio SET. ¿Por qué esta enzima es estructuralmente diferente de todos los otros no está claro, pero tal
vez esto refleja la relativa inaccesibilidad de su H3K79 sustrato. En cualquier caso, todos los HKMTs
catalizan la transferencia de un grupo metilo de la S-adenosilmetionina (SAM) al grupo ε-amino de una
lisina.
HKMTs tienden a ser relativamente enzimas específicas. Por ejemplo, Neurospora crassa DIM5
methylates específicamente H3K9 mientras que SET7 / 9 objetivos H3K4. Además, las enzimas HKMT
también modifican la lisina apropiada a un grado específico (es decir, mono-, di-y / o tri-estado de
metilo). El mantenimiento de los mismos ejemplos, DIM5 puede tri-metilato H3K9 21 pero SET7 / 9
puede H3K4 sólo mono-metilato 22 . Estos productos de reacción específicos se pueden generar
utilizando sólo las enzimas purificadas; por lo que la capacidad de discriminar entre diferentes lisinas de
las histonas y entre diferentes estados metilados es una propiedad intrínseca de la enzima. Resulta a partir
de estudios cristalográficos de rayos X que no es un residuo clave dentro del dominio catalítico de la
enzima que determina si la actividad de la enzima procede últimos el producto de mono-metilo. En
DIM5, hay una fenilalanina (F281) dentro de la cavidad de unión a lisina-de la enzima que puede
acomodar a todas las formas metiladas de la lisina, permitiendo de ese modo la enzima para generar el
producto tri-metilado 23 . En contraste, SET7 / 9 tiene una tirosina (Y305) en la posición correspondiente
de tal manera que sólo puede acomodar el producto mono-metil 22 . Estudios de mutagénesis elegantes
han demostrado que la mutagénesis de DIM5 F281 a Y convierte la enzima a un mono-metiltransferasa,
mientras que la mutación recíproca en SET7 / 9 (Y305 a F) crea una enzima capaz de tri-metilación de su
sustrato 23 . En términos más generales, parece que el determinante aromático (Y o F) es un mecanismo
ampliamente empleado por HKMTs dominio que contienen SET para controlar el grado de metilación 24 ,
25
.
Arginina metilación

Hay dos clases de arginina metiltransferasa, las enzimas de tipo I y de tipo II. Las enzimas de tipo I
generan RME1 y Rme2as, mientras que las enzimas de tipo II generan RME1 y Rme2s. Juntos, los dos
tipos de methyltransferases arginina forman una familia de proteínas relativamente grande (11 miembros),
los miembros de los que se conocen como PRMTs. Todas estas enzimas transferir un grupo metilo de
SAM al grupo ω-guanidino de la arginina dentro de una variedad de sustratos. Con respecto a la
metilación de arginina de histonas, las enzimas más relevantes son PRMT1, 4, 5 y 6 (revisado en 18 , 26 ).
Metiltransferasas, por tanto la arginina y lisina, tienen un sitio activo distintivo extendido catalítica que
distingue a este amplio grupo de metiltransferasas de otras enzimas dependientes de SAM- 27 .
Curiosamente, el bolsillo de unión a SAM-es en una cara de la enzima, mientras que el canal aceptor de
peptidilo está en la cara opuesta. Esto indica que una molécula de SAM y el sustrato de histona se unen
desde lados opuestos de la enzima 27 . De hecho, esta manera de entrar en el sitio activo de la enzima
puede proporcionar una oportunidad para diseñar fármacos selectivos que son capaces de distinguir entre
las metiltransferasas de histona arginina / lisina y otras metiltransferasas tales como DNMTs.

Desmetilasas histonas

Durante muchos años, la metilación de histonas se consideró una modificación estática estable. Sin
embargo, en 2002, se propusieron una serie de diferentes reacciones / vías como mecanismos
desmetilación potenciales tanto para la lisina y arginina 28 , que posteriormente fueron verificadas
experimentalmente.

Inicialmente, la conversión de arginina a citrulina mediante una reacción de deiminación se descubrió

como una forma de revertir la metilación de arginina 29 , 30 . Aunque esta vía no es una inversión directa
de metilación (ver deiminación abajo), este mecanismo invierte el dogma de que la metilación era
irreversible. Más recientemente, una reacción se ha informado que invierte la metilación de arginina. La
proteína Jumonji JMJD6 se demostró que era capaz de realizar una reacción de desmetilación en las
histonas H3R2 y H4R3 31 . Sin embargo, estos resultados aún no se han recapitulado por otros
investigadores independientes.

En 2004, se identificó la primera demetilasa lisina. Se encontró para utilizar FAD como cofactor, y se
denomina como-lisina específica desmetilasa 1 (LSD1) 32 . La reacción de desmetilación requiere un
nitrógeno protonado y por lo tanto sólo es compatible con los sustratos mono-y lisina di-metilado. In
vitro, la LSD1 purificado cataliza la eliminación de los grupos metilo de H3K4me1 / 2, pero no puede
demethylate el mismo sitio cuando se presenta dentro de un contexto nucleosomal. Sin embargo, cuando
LSD1 forma un complejo con el complejo represor Co-REST, puede demethylate histonas del
nucleosoma. Por lo tanto, los miembros de complejos confieren reconocimiento nucleosomal a la LSD1.
Además, la asociación compleja precisa determina que la lisina se desmetila por LSD1. Como ya se ha
mencionado, la LSD1 en el contexto de Co-RESTO demethylates H3K4me1 / 2, pero cuando la LSD1
está complejado con el receptor de andrógenos, que demethylates H3K9. Esto tiene el efecto de cambiar
la actividad de LSD1 de una función represora a la de un coactivador (revisado en 33 , véase más
adelante).

En 2006, otra clase de demetilasa lisina fue descubierto 34 . Es importante destacar que, ciertas enzimas
en esta clase eran capaces de desmetilación de lisinas tri-metilado 35 . Se emplean un mecanismo distinto
catalítica de la utilizada por la LSD1, utilizando Fe (II) y α-cetoglutarato como co-factores, y un
mecanismo de ataque de los radicales. La primera enzima identificada como una lisina desmetilasa tri-
metil era JMJD2 que demethylates H3K9me3 y H3K36me3 35 . La actividad enzimática de JMJD2 reside
dentro de un dominio Jumonji JmjC. Muchos desmetilasas de lisina de histonas son ahora conocidos y,
excepto por la LSD1, todos ellos poseen un dominio catalítico Jumonji 36 . Al igual que con las
metiltransferasas de lisina, los desmetilasas poseen un alto nivel de especificidad de sustrato con respecto
a su objetivo lisina. Ellos también son sensibles al grado de metilación de la lisina; por ejemplo, algunas
de las enzimas sólo son capaces de sustratos mono-y di-metilo desmetilantes, mientras que otros pueden
demethylate los tres estados de la lisina metilado.

Otras modificaciones

Deiminación

Esta reacción implica la conversión de una arginina a un citrulina. En células de mamíferos, esta
reacción en las histonas es catalizada por la PADI4 deiminasa peptidil, que convierte argininas de
peptidilo a citrulina 29 , 30 . Un efecto obvio de esta reacción es que neutraliza eficazmente la carga
positiva de la arginina desde la citrulina es neutral. También hay pruebas de que PADI4 convierte
arginina mono-metil en citrulina, que funciona de esta manera efectivamente como un demetilasa arginina
29 , 30
. Sin embargo, a diferencia de un "verdadero" demetilasa, la reacción PADI4 no se regenera una
arginina sin modificar.

β-N-acetilglucosamina

Muchas proteínas no histonas están regulados a través de la modificación de sus serina y treonina cadenas
laterales con un solo β-N-acetilglucosamina (GlcNAc O-) residuos de azúcar. Recientemente, se
añadieron las histonas a la larga lista de proteínas modificadas-O-GlcNAc 37 . Curiosamente, en células
de mamífero, no parece haber sólo una única enzima, O-GlcNAc transferasa, que cataliza la transferencia
del azúcar a partir del sustrato donante, UDP-GlcNAc, a la proteína diana. Como la mayoría de los otros
PTM histonas, O-GlcNAc modificación parece ser altamente dinámico con altas tasas de rotación y,
como con la reacción hacia adelante, no parece haber sólo una única enzima capaz de eliminar el azúcar,
β-N-acetilglucosaminidasa (O -GlcNAcasa). Hasta ahora, las histonas H2A, H2B y H4 se han
demostrado para ser modificado por O-GlcNAc 37 .

Ribosilación de ADP

Las histonas son conocidos por ser mono-y poli-ADP ribosylated el glutamato y arginina residuos, pero
se sabe relativamente poco sobre la función de esta modificación 38 . Lo que sí sabemos es que una vez
más la modificación es reversible. Por ejemplo, poli-ADP-ribosilación de las histonas se lleva a cabo por
la polimerasa de poli-ADP-ribosa (PARP) de la familia de las enzimas y revertida por la familia de poli-
ADP-ribosa-glicohidrolasa de enzimas. Estas enzimas funcionan juntos para controlar los niveles de poli-
ADP ribosylated histonas que se han correlacionado con un estado de la cromatina relativamente relajado
38
. Presumiblemente, esto es una consecuencia, al menos en parte, de la carga negativa que la
modificación confiere a la histona. Además, sin embargo, se ha informado de que la activación de PARP-
1 conduce a niveles elevados de acetilación de las histonas del núcleo 39 . Por otra parte, ribosilación
PARP-1 mediada por la demetilasa KDM5B H3K4me3 inhibe la demetilasa y lo excluye de la cromatina,
y al mismo tiempo excluir H1, con lo objetivo de los promotores más accesible 40 .
Histona mono-ADP-ribosilación se lleva a cabo por los mono-ADP-ribosyltransferases y se ha detectado
en todos los cuatro histonas del núcleo, así como sobre la histona H1 enlazador. Cabe destacar que estas
modificaciones aumentan significativamente tras el daño del ADN que implican a la vía en la respuesta al
daño del ADN 38 .

Ubiquitylation y sumoylation

Todas las modificaciones de las histonas descritas anteriormente dan como resultado cambios
relativamente pequeños moleculares a cadenas laterales de aminoácidos. En contraste, los resultados
ubiquitylation en una modificación covalente mucho más grande. La ubiquitina en sí es un polipéptido de
76 aminoácidos que se une a las lisinas de las histonas a través de la acción secuencial de tres enzimas,
E1-activación, E2-de conjugación y enzimas E3-de ligadura 41 . Los complejos enzimáticos determinar
tanto la especificidad del sustrato (es decir, que la lisina está dirigida), así como el grado de
ubiquitinación (es decir, ya sea mono-o poli-ubiquitylated). Para las histonas, mono-ubiquitylation parece
más relevante, aunque los sitios exactos de modificación permanecen en gran medida difícil de alcanzar.
Sin embargo, dos sitios bien caracterizados se encuentran dentro de H2A y H2B. H2AK119ub1 está
implicada en el silenciamiento de genes 42 , mientras que H2BK123ub1 juega un papel importante en la
iniciación de la transcripción y el alargamiento 43 , 44 (ver más abajo). A pesar de que la ubiquitinación es
una gran modificación de este tipo, todavía es una altamente dinámico. La modificación se elimina a
través de la acción de isopeptidases llamada enzima de-ubiquitina y esta actividad es importante tanto
para la actividad de los genes y silenciar [ 3 y las referencias en él].
Sumoylation es una modificación relacionada con la ubiquitinación 45 , y consiste en la unión covalente
de pequeñas moléculas modificadoras-ubiquitina a lisinas de las histonas a través de la acción de enzimas
E1, E2 y E3. Sumoylation se ha detectado en todos los cuatro histonas del núcleo y parece funcionar
como antagonista de la acetilación y la ubiquitinación que de otro modo podrían producirse en la misma
cadena lateral de la lisina 46 , 47 . En consecuencia, sobre todo se ha asociado con funciones represivas,
pero más trabajo es claramente necesario para elucidar el mecanismo molecular (s) a través del cual la
sumoilación ejerce su efecto sobre la cromatina.
Recorte de la cola de la histona

Tal vez la forma más radical para eliminar las modificaciones de histonas es eliminar la cola de la histona
N-terminal en el que residen, un proceso conocido como el recorte de la cola. Se identificó por primera
vez en Tetrahymena en 1980 48 , donde se eliminan los primeros seis aminoácidos de H3. Sin embargo,
ahora es evidente que este tipo de actividad también existe en la levadura y los mamíferos (ratón) donde
se eliminan los primeros 21 aminoácidos de H3 49 , 50 . En la levadura, la enzima proteolítica sigue siendo
desconocido, pero el proceso de grapado se ha demostrado estar involucrados en la regulación de la
transcripción 49 . La enzima de ratón se identificó como la catepsina L, que escinde el extremo N-
terminal de H3 durante la diferenciación de células ES 50 .

Isomerización prolina histona

El ángulo diedro del enlace peptídico de una prolina peptidil interconvierte naturalmente entre las
conformaciones cis y trans, los estados que difieren en 180 º. Isomerases Proline facilitan esta
interconversión, que tiene el potencial de afectar de manera estable la configuración de péptidos. Una
isomerasa prolina demostrado que actúa en las histonas es la enzima de levadura scFpr4, que se isomeriza
H3P38 51 . Esta actividad está relacionada con la metilación de H3K36, presumiblemente por scFpr4 que
afecta el reconocimiento de K36 por la metiltransferasa scSet2 y la desmetilasa scJMJD2 aunque el
mecanismo exacto no está claro 51 , 52 . Sin embargo, este ejemplo pone de relieve el hecho de que la
isomerización prolina constituye una modificación importante de la cola de la histona. Es, sin embargo,
no una verdadera modificación covalente desde la enzima meramente 'voltea' el enlace peptídico por 180
°, generando de este modo isómeros químicos en lugar de productos modificados covalentemente.

Modo de acción de las modificaciones de histonas

Modificaciones de las histonas ejercen sus efectos a través de dos mecanismos principales. La primera
consiste en la modificación (s) que influyen directamente en la estructura general de la cromatina, ya sea
a través de distancias cortas o largas. La segunda implica la modificación de regulación (positiva o
negativamente) la unión de moléculas efectoras. Nuestra revisión se centra transcripcional, simplemente
refleja el hecho de que la mayoría de los estudios que implican modificaciones de las histonas también
han tenido este enfoque. Sin embargo, las modificaciones de histonas son tan relevantes en la regulación
de otros procesos, como la reparación del ADN, la replicación y la recombinación. De hecho, los
principios que se describen a continuación son pertinentes para cualquier proceso biológico que involucra
transacciones de ADN.

Perturbación estructural directo

Acetilación de histonas y la fosforilación de reducir eficazmente la carga positiva de las histonas, y esto
tiene el potencial de interrumpir las interacciones electrostáticas entre las histonas y el ADN. Se supone
que esto da lugar a una estructura de la cromatina menos compacta, facilitando así el acceso de ADN por
mecanismos de proteínas como los que participan en la transcripción. En particular, la acetilación se
produce en numerosas lisinas de la cola de la histona, incluyendo H3K9, H3K14, H3K18, H4K5, H4K8 y
H4K12 53 . Este elevado número de sitios potenciales proporciona una indicación de que en las regiones
hiper-acetilada del genoma, la carga en las colas de las histonas se puede neutralizar con eficacia, lo que
tendría efectos profundos en la estructura de la cromatina. La evidencia de esto se puede encontrar en el
locus β-globina donde los genes residen dentro de un entorno de cromatina hiper-acetilado y
transcripcionalmente competente que muestra la sensibilidad de DNasa, y por lo tanto la accesibilidad en
general 54 . Múltiples acetilaciones histonas también se enriquecen en elementos potenciadores y sobre
todo en los promotores de genes, donde presumiblemente nuevo faciliten el factor de transcripción de
acceso 55 . Sin embargo, múltiples acetilaciones histonas no son un requisito previo absoluto para inducir
el cambio estructural - histonas acetiladas específicamente a H4K16 tienen un efecto negativo
significativo en la formación de la fibra de 30 nm, al menos in vitro 56 .

Fosforilación de histonas tiende a ser muy específica del sitio y hay muchos menos sitios en comparación
con los sitios acetilados. Al igual que con H4K16ac, estas modificaciones de sitio único pueden ser
asociados con los cambios estructurales brutas dentro de la cromatina. Por ejemplo, la fosforilación de
H3S10 durante la mitosis se produce en todo el genoma y se asocia con la cromatina cada vez más
condensada 57 . Esto parece poco intuitivo ya que el grupo fosfato añade carga negativa de la cola de la
histona que se encuentra en las proximidades de la columna vertebral del ADN cargado negativamente.
Pero puede ser que el desplazamiento de la proteína heterocromatina 1 (HP1) de heterocromatina durante
la metafase por niveles uniformemente altos de H3S10ph 58 , 59 (ver más abajo) se requiere para promover
la separación de los cromosomas de los andamios interfase. Esto facilitaría la remodelación cromosómica
que es esencial para su unión al huso mitótico.

Ubiquitylation añade una molécula extremadamente grande para una histona. Parece muy probable que
esto inducir un cambio en la conformación global de la nucleosoma, que a su vez afectará a las
interacciones y / o interacciones intra-nucleosomal con otros complejos de cromatina determinada.
Recorte de la cola de la histona, lo que resulta en la pérdida de los primeros 21 aminoácidos de H3 tendrá
efectos similares. Por el contrario, es poco probable que perturbar directamente la estructura de la
cromatina modificaciones neutrales como la metilación de histonas, ya que estas modificaciones son
pequeñas y no alteran la carga de las histonas.

La regulación de la unión de los factores de la cromatina

Se ha demostrado que numerosos factores asociadas a la cromatina de interactuar específicamente con

histonas modificadas a través de muchos dominios distintos ( Figura 1 ) 3 . Hay un número cada vez
mayor de tales proteínas siguiendo el desarrollo y uso de las nuevas aproximaciones proteómicas 60 , 61 .
Estos grandes conjuntos de datos muestran que hay proteínas multivalentes y complejos que tienen
dominios específicos dentro de ellos que permiten el reconocimiento simultáneo de varias modificaciones
y otras características nucleosomal.
Dominios de unión a histonas modificadas. Ejemplos de proteínas con dominios que se unen específicamente a
histonas modificadas como se muestra (actualizado de la referencia 53 ).

En particular, hay más tipos de dominio diferentes que reconocen la metilación de la lisina que cualquier
otra modificación, quizás reflejando la importancia relativa de la modificación ( Figura 1 ). Estos
incluyen dedos PHD y "real" de la familia del llamado Tudor de dominios, que comprende
chromodomains, Tudor, PWWP y MBT dominios 62 , 63 , 64 . Dentro de este grupo de aglutinantes-metil
lisina, numerosos dominios pueden reconocer el mismo lisina histona modificada. Por ejemplo,
H3K4me3 - una marca asociada a la transcripción activa - es reconocido por un dedo PHD dentro de la
familia de proteínas de ING (ING1-5) (revisado en 62 ). Las proteínas de ING, a su vez reclutan
modificadores de la cromatina adicionales, tales como sombreros y las HDAC. Por ejemplo, ING2 ata la
represiva mSin3A-HDAC1 complejos HDAC a los genes-proliferación específica activos tras el daño del
ADN 65 . H3K4 tri-metilado también está obligado por las chromodomains tándem dentro CHD1, una
enzima dependiente de ATP remodelación capaz de nucleosomas reposicionamiento 66 , y por el tándem
dominios Tudor dentro JMJD2A, una desmetilasa histona 67 . En estos casos, H3K4me3 recluta
directamente la enzima de la cromatina modificadores.

Un ejemplo adicional de lisina metilada unión específica es proporcionada por el reconocimiento de HP1
H3K9me3 - una marca asociada con la heterocromatina represiva. HP1 se une a H3K9me3 a través de su
chromodomain N-terminal y esta interacción es importante para la estructura global de la heterocromatina
68 , 69
. Proteínas HP1 dimerise a través de sus dominios chromoshadow C-terminal para formar un
aglutinante cromatina bivalente. Curiosamente, HP1 también se une a H1.4K26 metilado a través de su
chromodomain 70 . Desde H1.4 también está involucrado en la arquitectura heterocromatina, es tentador
especular que los dímeros HP1 integrar esta información posicional (H3K9me y H1.4K26me) de una
manera que es importante para la compactación de la cromatina.
 La proteína L3MBTL1 es otro factor que integra la información de posición. Como HP1, L3MBTL1
dimeriza proporcionando de esta manera incluso más local contactos con la cromatina. Posee tres
dominios MBT, el primero de los cuales se une a H4K20me1 / 2 y H1bK26me1 / 2. Al hacerlo,
L3MBTL1 compacta nucleosomal arrays que llevan las dos modificaciones de las histonas 71 . Es
importante destacar que, asociados L3MBTL1 con HP1, y el complejo L3MBTL1/HP1, con su potencial
de unión multivalente de la cromatina-, se une la cromatina con una afinidad más alta que la de cualquiera
de las dos proteínas individuales solos.

Histona acetilada lisinas están obligados por bromodomains, que a menudo se encuentran en las HAT y
complejos de remodelación de la cromatina 72 . Por ejemplo, SWI2/SNF2 contiene una bromodomain que
se dirige a las histonas acetilados. A su vez, este recluta el complejo remodelador de SWI / SNF, que
funciona a la "abierta" la cromatina 73 . Recientemente, también se ha demostrado que los dedos PHD
son capaces de reconocer específicamente las histonas acetiladas. La proteína DPF3b es un componente
del complejo remodelador de la cromatina BAF y contiene dedos PHD tándem que son responsables de
reclutar el complejo BAF a las histonas acetilados 74 .

Inducción por mitógenos conduce a una rápida activación de genes tempranos inmediatos tales como c-
jun, que implica la fosforilación de H3S10 en el promotor del gen 75 . Esta modificación es reconocida
por la proteína 14-3-3ζ, un miembro de la familia de proteínas 14-3-3 76 . Además, los estudios en
Drosophila melanogaster han indicado que esta familia de proteínas está implicada en componentes de
reclutamiento del complejo de elongación a la cromatina 77 . Otro ejemplo de una proteína que se une
específicamente a las histonas fosforilados es MDC1, que está implicado en el proceso de reparación del
ADN y se reclutó a los sitios de roturas de doble hebra de ADN (OSD). MDC1 contiene dominios BRCT
tándem que se unen a γH2AX, la variante H2A fosforilada inducida OSD 78 .

Modificaciones de las histonas no sólo funcionan únicamente mediante la creación de plataformas de

enlace dinámico de varios factores. También pueden funcionar para interrumpir una interacción entre la
histona y un factor de la cromatina. Por ejemplo, H3K4me3 puede evitar que el complejo NuRD de la
unión a la cola H3 N-terminal de 79 , 80 . Este simple mecanismo parece tener sentido porque NuRD es un
represor transcripcional general y H3K4me3 es una marca de transcripción activa. Metilación H3K4
también interrumpe la unión del dedo PHD de DNMT3L a la cola H3 81 . De hecho, esta región muy N-
terminal de H3 parece ser importante en la regulación de estos tipos de interacción, aunque la regulación
no es únicamente a través de la modificación de K4. Por ejemplo, la fosforilación de H3T3 impide que el
INHAT complejo represor transcripcional de la unión a la cola H3 82 .

Modificación de las histonas diafonía

El gran número de posibles modificaciones de las histonas proporciona margen para el control estricto de
la estructura de la cromatina. Sin embargo, existe un nivel adicional de complejidad debido a la
interferencia entre diferentes modificaciones, que presumiblemente ayuda a afinar el control general (
Figura 2 ). Esta diafonía puede ocurrir a través de múltiples mecanismos 53 . (I) No puede haber
antagonismo competitivo entre las modificaciones si más de una vía de la modificación tiene como
objetivo el mismo sitio (s). Esto es particularmente cierto para las lisinas que pueden ser acetilados,
metilados o ubiquitylated. (II) Una modificación puede ser dependiente de otra. Un buen ejemplo de esta
trans-regulación proviene de la obra en Saccharomyces cerevisiae, la metilación de H3K4 por
scCOMPASS y de H3K79 por scDot1 es totalmente dependiente de la ubiquitinación de H2BK123 por
scRad6/Bre1 43 . Es importante destacar que este mecanismo se conserva en los mamíferos, incluyendo
los seres humanos 44 . (III) La unión de una proteína a una modificación particular puede ser
interrumpido por una modificación adyacente. Por ejemplo, como se discutió anteriormente, HP1 se une
a H3K9me2 / 3, pero durante la mitosis, la unión es interrumpido debido a la fosforilación de H3S10 59 .
Esta acción ha sido descrito como un "interruptor de fosfo '. Con el fin de regular la unión de esta
manera, los aminoácidos modificados no necesariamente tienen que ser directamente adyacentes entre sí.
Por ejemplo, en S. pombe, la acetilación de H3K4 inhibe la unión de spChp1 a H3K9me2 / 3 83 . (IV) la
actividad de una enzima puede verse afectada debido a la modificación de su sustrato. En la levadura, la
prolina isomerasa scFpr4 cataliza la interconversión del enlace peptídico H3P38 y esta actividad afecta a
la capacidad de la enzima scSet2 para metilar H3K36, que está vinculada a los efectos sobre la
transcripción del gen 51 . (V) Puede haber cooperación entre las modificaciones con el fin de reclutar
eficientemente factores específicos. Por ejemplo, PHF8 se une específicamente a H3K4me3 a través de
su dedo PHD, y esta interacción es más fuerte cuando H3K9 y H3K14 también son acetilados en la
misma cola de H3 60 . Sin embargo, esta estabilización de unión puede ser debido a factores adicionales
en un complejo con PHF8 en lugar de un efecto directo sobre sí misma PHF8.

Figura 2
Modificación de las histonas diafonía. Modificaciones de las histonas pueden afectar positiva o
negativamente a otras modificaciones. Un efecto positivo se indica mediante una punta de flecha y un
efecto negativo se indica con una cabeza plana (actualizado de la referencia 53 ).

También puede haber cooperación entre las modificaciones de histonas y la metilación del ADN. Por
ejemplo, la proteína UHRF1 se une a nucleosomas que llevan H3K9me3, pero esta unión se mejora
significativamente cuando el ADN nucleosomal es CpG metilado 61 . Por el contrario, la metilación del
ADN puede inhibir la proteína de unión a modificaciones de las histonas específicas. Un buen ejemplo es
KDM2A, que sólo se une a los nucleosomas que llevan H3K9me3 cuando el ADN no está metilado 61 .

Localización genómica de las modificaciones de histonas

Desde un punto de vista de la cromatina, genomas eucariotas generalmente se pueden dividir en dos
entornos distintos geográficamente 3 . El primero es un ambiente relativamente relajado, que contiene la
mayor parte de los genes activos y sometidos a cambios cíclicos durante el ciclo celular. Estas regiones
"abiertas" se conocen como eucromatina. En contraste, otras regiones genómicas, tales como
centrómeros y telómeros, son estructuras relativamente compactos que contienen genes mayormente
inactivos y son de refracción a-ciclo celular cambios cíclicos. Estas regiones más "compacto" se conocen
como heterocromatina. Esto es claramente una visión simplista, como el reciente trabajo en D.
melanogaster ha demostrado que hay cinco dominios genómicos de estructura de la cromatina sobre la
base de analizar el patrón de unión de muchas proteínas de la cromatina 84 . Sin embargo, dado que la
mayoría se sabe acerca de los dos dominios simples descritas anteriormente, las referencias a
continuación se definen a estos dos tipos de dominios genómicos.
Tanto heterocromatina y eucromatina se enriquecen, y de hecho también se agotan, de ciertas
modificaciones de las histonas característicos. Sin embargo, no parece haber reglas simples que regulan
la localización de tales modificaciones, y hay un alto grado de solapamiento entre las diferentes regiones
de la cromatina. Sin embargo, hay regiones de demarcación entre la heterocromatina y eucromatina.
Estos 'de elementos de borde están obligados por factores específicos como CTCF que juegan un papel en
el mantenimiento de los límites entre "tipos" distintos de la cromatina 85 . Sin estos factores, la
heterocromatina podría invadir y silenciar a las regiones eucromáticas del genoma. Elementos de
contorno se enriquecen de ciertas modificaciones como H3K9me1 y carecen de otras como la acetilación
de histonas 86 . Además, una variante de la histona específica, H2A.Z, es altamente enriquecido en estos
sitios 86 . Cómo todos estos factores trabajan juntos para mantener estos límites está nada claro, pero su
importancia es innegable.

La heterocromatina

Aunque generalmente represivo y carente de acetilaciones histonas, en los últimos años se ha hecho
evidente que no toda la heterocromatina es la misma. De hecho, en los organismos multicelulares, dos
ambientes heterocromáticas distintas han sido definidos: (a) facultativo y (b) la heterocromatina
constitutiva.
(A) heterocromatina facultativa se compone de regiones genómicas que contienen genes que se expresan
diferencialmente a través del desarrollo y / o la diferenciación y que luego se convierten silenciada. Un
ejemplo clásico de este tipo de heterocromatina es el cromosoma X inactivo presente en las células de
mamíferos hembra, que está fuertemente marcado por H3K27me3 y las represor complejos Polycomb
(PRC) 87 . Esta co-localización tiene sentido porque la H3K27 metiltransferasa EZH2 se encuentra dentro
del complejo PRC2 trimeric. De hecho, el reciente trabajo elegante ha arrojado luz sobre cómo
H3K27me3 y PRC2 están involucrados en el mantenimiento de posicionalmente heterocromatina
facultativa a través de la replicación del ADN 88 . Una vez establecido, parece que H3K27me3 recluta
PRC2 a los sitios de la replicación del ADN, facilitando el mantenimiento de H3K27me3 a través de la
acción de EZH2. De esta manera, la marca de histona se 'replica' en las histonas recién depositados y la
heterocromatina facultativa se mantiene.
(B) la heterocromatina constitutiva contiene genes silenciados de forma permanente en las regiones
genómicas como los centrómeros y telómeros. Se caracteriza por niveles relativamente altos de
H3K9me3 y HP1α / β 87 . Como se mencionó anteriormente, los dímeros HP1 unen a H3K9me2 / 3 a
través de sus chromodomains, pero lo importante es que también interactúan con SUV39, un importante
metiltransferasa H3K9. A medida que avanza la replicación del ADN, hay una redistribución de las
histonas modificadas existentes (que llevan H3K9me3), así como la deposición de las histonas recién
sintetizadas en la cromatina replicado. Desde HP1 une a SUV39, es tentador especular que las proteínas
generan un circuito de retroalimentación capaces de mantener el posicionamiento heterocromatina
después de la replicación del ADN 68 . En otras palabras, durante la replicación del ADN, HP1 se une a
nucleosomas que llevan H3K9me2 / 3, reclutando de este modo la metiltransferasa SUV39, que a su vez
methylates H3K9 en nucleosomas adyacentes que contienen H3 no modificada. Además, este mecanismo
de retroalimentación positiva ayuda a explicar, al menos en parte, la naturaleza altamente dinámica de la
heterocromatina, no menos importante su capacidad para invadir regiones euchromatic a menos que se
comprueba de hacerlo.

Eucromatina

En marcado contraste con la heterocromatina, eucromatina es un ambiente mucho más relajado que
contiene genes activos. Sin embargo, como con la heterocromatina, no todos eucromatina es la misma.
Ciertas regiones se enriquecen con ciertas modificaciones de las histonas, mientras que otras regiones
parecen relativamente desprovista de modificaciones. En general, existen modificación ricos "islas", que
tienden a ser las regiones que regulan la transcripción o son los sitios de transcripción activa 86 . Por
ejemplo, potenciadores de la transcripción activas contienen niveles relativamente altos de H3K4me1,
una característica predictivo fiable 89 . Sin embargo, los propios genes activos poseen un alto
enriquecimiento de H3K4me3, que marca el sitio de inicio de transcripción (TSS) 86 , 90 . Además,
H3K36me3 es altamente enriquecido a través de toda la región transcrita 91 . Los mecanismos por los que
H3K4me1 se prescriba en potenciadores se desconoce, pero el trabajo en la levadura ha proporcionado
detalles mecanicista de cómo se reclutan las metiltransferasas H3K4 y H3K36 a los genes, que a su vez
ayuda a explicar los patrones de distribución diferentes de estas dos modificaciones ( Figura 3 ). El
metiltransferasa scSet1 H3K4 se une a la serina fosforilados CTD 5 de RNAPII, la forma de iniciar la
polimerasa situado en el SAT 92 . En contraste, la metiltransferasa scSet2 H3K36 se une a la serina 2
fosforilados CTD de RNAPII, la forma de alargamiento de la transcripción de la polimerasa 93 . Por lo
tanto, las dos enzimas son reclutados a los genes a través de las interacciones con distintas formas de
RNAPII, por lo que es la ubicación de las diferentes formas de RNAPII que define donde las
modificaciones se establecen (revisado en referencia 3 ).

Figura 3
Interacción de factores en un gen activo en la levadura (adaptado de referencias 128 y 3 ).
Tomados en conjunto, estamos empezando a entender cómo se reclutan algunas enzimas a lugares
específicos, pero nuestro conocimiento está lejos de ser completa. Además, otra cuestión que debe
tenerse en cuenta se refiere a cómo las diferentes modificaciones de las histonas se integran con el fin de
regular los procesos de ADN como la transcripción. El permanecer con H3K4me3 en la levadura de
gemación como un ejemplo, se ha demostrado que H3K4me3 recluta scYng1, que se une a través de su
dedo PHD 94 . Esto a su vez estabiliza la interacción de la HAT scNuA3 conduce a hyperacetylation de
su sustrato, H3K14 ( Figura 3 ). Por lo tanto, la metilación en H3K4 está íntimamente ligada a la
acetilación en H3K14. En una manera similar, y de nuevo en la levadura, H3K36me3 se ha demostrado
para reclutar el complejo scRpd3S de HDAC, que deacetylates histonas detrás de la RNAPII alargamiento
( Figura 3 ). Esto es importante porque impide la iniciación de la transcripción críptico dentro de las
regiones de codificación 95 , 96 . En conjunto, estos ejemplos muestran cómo es importante en los genes
activos en la levadura la contratación de dos actividades enzimáticas opuestas (HAT y HDAC). Sin
embargo, no está claro si estos mecanismos están completamente conservadas en los mamíferos. Hay
pruebas para la contratación HAT H3K4me3 dependientes, 55 pero no existe ninguna evidencia de
reclutamiento de HDAC H3K36me3-dependiente.
En los mamíferos, los mecanismos de regulación que rigen la actividad de ciertos genes pueden incluir
componentes específicos más comúnmente asociados con los eventos heterocromáticas. Por ejemplo, la
represión del gen E por células dependiente del ciclo ciclina por el retinoblastoma RB producto del gen
implica la contratación de las HDAC, la actividad de metilación H3K9 y HP1β 97 , 98 . Por lo tanto, el
promotor del gen de la ciclina E reprimida parece adoptar una estructura localizada reminiscencia de
heterocromatina constitutiva, es decir, presencia de H3K9me2 / 3 y HP1. Sin embargo, a diferencia de la
verdadera heterocromatina, esta es una estructura transitoria que se pierde como la célula progresa de G1-
en la fase S cuando se activa el gen de la ciclina E. Por lo tanto, los componentes de la heterocromatina
se utilizan en un entorno eucromática para regular la actividad del gen.

Modificaciones de las histonas y el cáncer

Crudamente hablando, el cáncer en toda regla puede ser descrito como habiendo progresado a través de
dos etapas, la iniciación y la progresión. Como veremos más adelante, los cambios en las modificaciones
epigenéticas '' se pueden vincular a estas dos etapas. Sin embargo, antes de describir ejemplos
específicos, vamos a considerar los mecanismos por los que los perfiles aberrantes modificación de las
histonas, o de hecho la actividad desregulada de las enzimas asociadas, en realidad puede dar lugar al
cáncer. La evidencia actual indica que esto puede ocurrir a través de al menos dos mecanismos; (I)
mediante la alteración de los programas de expresión génica, incluyendo la regulación aberrante de
oncogenes y / o supresores de tumor, y (ii) en un nivel más global, modificaciones de las histonas pueden
afectar la integridad del genoma y / o la segregación cromosómica. A pesar de que está más allá del
alcance de esta revisión para discutir plenamente todas estas posibilidades, proporcionaremos algunos
ejemplos relevantes que destacan estos mecanismos.
Los modelos de ratón son herramientas muy valiosas para determinar si un determinado factor es capaz
de inducir o iniciar tumourigenesis. Un buen ejemplo es proporcionado por el análisis de la fusión MOZ-
TIF2 que está asociado con la leucemia mieloide aguda (LMA) 99 , 100 . La proteína es un MOZ HAT 101 y
TIF2 es un coactivador de receptores nucleares que se une a otra HAT, CBP 102 . Cuando la fusión MOZ-
TIF2 se transduce en células normales comprometidos murinas hematopoyéticas progenitoras, que
carecen de la capacidad de auto-renovación, la fusión confiere la capacidad de auto-renovación in vitro y
resultó en la LMA en vivo 103 . Por lo tanto, la proteína de fusión induce propiedades típicas de las células
madre leucémicas. Curiosamente, se requiere la actividad intrínseca HAT de MOZ para ni auto-
renovación ni transformación leucémica, pero su motivo de unión nucleosoma-es esencial tanto para 103 ,
104
. Es importante destacar que el dominio de interacción CBP dentro TIF2 también es esencial para
ambos procesos 103 , 104 . Por lo tanto, parece que tanto la auto-renovación y transformación leucémica
implican el reclutamiento aberrante de CBP a los sitios de unión a nucleosomas-MOZ. En consecuencia,
la capacidad transformadora de MOZ-TIF2 más probable implica un perfil de acetilación de histonas
errónea en sitios de unión MOZ-. Estos resultados proporcionan una clara indicación de que la función
de las enzimas histonas desregulada modificación puede estar vinculado a la etapa de iniciación del
desarrollo del cáncer.
Una mutación activadora en el no receptor tirosina quinasa JAK2 se cree que es un evento cancerígeno
que lleva al desarrollo de varias diversas neoplasias hematológicas, pero había pocas pistas sobre cómo
esto podría ocurrir 105 , 106 . Recientemente, sin embargo, JAK2 fue identificado como una quinasa H3,
que fosforila específicamente H3Y41 en células hematopoyéticas. Fosforilación de JAK2-mediada de
H3Y41 impide HP1α de unión, a través de su dominio chromoshadow, a esta región de H3 y de ese modo
alivia la represión de genes 14 . Este mecanismo antagónico se muestra para operar en el gen LMO2, un
oncogén hematopoyética tecla 14 , 107 , 108 .
En los seres humanos, extensa silenciamiento génico causado por la sobreexpresión de EZH2 se ha
relacionado con la progresión de múltiples tumores malignos sólidos, incluyendo los de mama, de vejiga
y de próstata 109 , 110 , 111 . Este proceso es casi seguro que implica elevados niveles generalizados de
H3K27me3, la marca establecida por EZH2. Sin embargo, también ha sido recientemente informado de
que EZH2 se inactiva en numerosas neoplasias mieloides, lo que sugiere que la EZH2 es una proteína
supresora de tumores 112 , 113 . Esto es claramente contraria a la situación en los tumores sólidos, donde la
actividad EZH2 elevada es coherente con una función oncogénica. Una posible explicación de esta
aparente dicotomía es que los niveles de H3K27me3 deben ser regulados cuidadosamente a fin de
mantener la homeostasis celular. En otras palabras, la perturbación aberrante del equilibrio controlar
H3K27me3 (en cualquier dirección) puede promover el desarrollo del cáncer. A este respecto, es de
destacar que las mutaciones en UTX (una desmetilasa H3K27me3) se han identificado en una variedad de
tumores 114 , apoyando la idea de que los niveles de H3K27me3 son un parámetro crítico para la
determinación de la identidad celular.
Por último, los cambios en las modificaciones de histonas se han vinculado a la inestabilidad del genoma,
los defectos de segregación de cromosomas y el cáncer. Por ejemplo, los embriones mutantes
homocigotos nulos para el gen PR-Set7 (un HMT H4K20me1) pantalla letalidad antes de tiempo debido a
los defectos del ciclo celular, el daño del ADN y masiva inadecuada cromosoma mitótico condensación
115
. Por otra parte, los ratones deficientes para la metiltransferasa SUV39 H3K9 muestran una
disminución de los niveles de heterocromatina H3K9me2 / 3 y que han deteriorado la estabilidad
genómica y mostrar un aumento del riesgo de desarrollar cáncer de 116 .
Ahora parece claro que los perfiles de modificación de las histonas aberrantes están íntimamente
relacionados con el cáncer. Fundamentalmente, sin embargo, a diferencia de las mutaciones del ADN, los
cambios en el epigenoma asociado con el cáncer son potencialmente reversibles, lo que abre la
posibilidad de que 'fármacos epigenéticos "pueden tener un impacto de gran alcance dentro de los
regímenes de tratamiento de varios tipos de cáncer. De hecho, los inhibidores de HDAC se han
encontrado para ser particularmente eficaz en la inhibición de crecimiento del tumor, la promoción de la
apoptosis y la inducción de la diferenciación (revisado en 117 ), al menos en parte a través de la
reactivación de ciertos genes supresores de tumores. Por otra parte, la Administración de Alimentos y
Medicamentos de los ha aprobado recientemente para uso terapéutico contra tipos específicos de cáncer,
tales como linfoma de células T cutáneo, y otros compuestos son actualmente en la fase II y III de
ensayos clínicos 118 .
Otros inhibidores de enzimas modificadoras de histonas, tales como inhibidores de HMT, están
actualmente en la fase de desarrollo. Pero antes de lanzarnos de cabeza en un programa de
descubrimiento completo para otros inhibidores, debemos tener en cuenta una serie de cuestiones
importantes relacionadas con el desarrollo de este tipo de iniciativas (véase 118 para la plena discusión).
En primer lugar, no entendemos completamente cómo los inhibidores de HDAC lograr su eficacia. ¿Es
que, por ejemplo, ejercen sus efectos a través de la modulación de la acetilación de las histonas o
sustratos no histonas? En segundo lugar, la mayoría de los inhibidores de HDAC no están enzima
específica, es decir, que inhiben una amplia gama de diferentes enzimas de HDAC. No se sabe si esto
promueve su eficacia o si sería terapéuticamente ventajoso desarrollar inhibidores capaces de dirigir las
HDAC específicos. Por lo tanto, en el desarrollo de nuevos inhibidores como los HMTs dirigidos,
tenemos que considerar si tenemos que luchar por los inhibidores de la enzima específica, inhibidores
específicos de enzimas de la subfamilia, o de manera similar a los inhibidores de HDAC, inhibidores de la
sartén. Sin embargo, el hecho de que estos fármacos son seguros y el hecho de que trabajan en absoluto,
dada la amplia especificidad de la diana, son muy alentadores. Así que la verdad es que a pesar de que
todavía hay mucho que aprender acerca de la cromatina como un objetivo, las drogas "epigenéticas"
muestran claramente una gran promesa.

Perspectivas de futuro

Hemos identificado muchas modificaciones de las histonas, pero sus funciones están recién comenzando
a ser descubierto. Sin duda, habrá más modificaciones para descubrir y que tendrán que identificar las
muchas funciones biológicas que regulan. Tal vez lo más importante es que hay tres áreas de
conocimiento incompleto que necesitan ser embellecido en el futuro.
La primera es la entrega y el control de las modificaciones de histonas por ARN. Existe un modelo
emergente que RNAs cortos y largos pueden regular la colocación precisa de modificaciones y pueden
hacerlo mediante la interacción con los complejos enzimáticos que establecen estas marcas 119 , 120 , 121 , 122
. Dada la gran proporción del genoma que se convierte en uncharacterised ARN 123 , 124 , no hay duda de
que este tipo de regulación es mucho más frecuente de lo que se considera en la actualidad.
La segunda área emergente de interés sigue el hallazgo de que quinasas que reciben señales de las
señales externas en el citoplasma pueden atravesar en el núcleo y modificar las histonas 14 , 125 . Esta
comunicación directa entre el medio extracelular y la regulación de la función de genes, así puede ser más
generalizada. Podría implicar muchas de las quinasas que se cree actualmente para regular la expresión
génica indirectamente a través de las cascadas de señalización. Tal señalización directa a la cromatina
puede cambiar muchas de nuestras suposiciones acerca de quinasas, como dianas de fármacos y puede
racionalizar aún más el uso de enzimas de cromatina modificadores como objetivos.
La tercera y tal vez mal definida la más proceso que será de interés es el de la herencia epigenética y la
influencia del medio ambiente en este proceso. Sabemos de muchos fenómenos biológicos que se
heredan de la madre a las células hijas, pero el mecanismo exacto de cómo sucede esto es claro 126 . No
modificaciones de las histonas juegan un papel importante en todo esto? La respuesta es sí, y por lo que
sabemos que son responsables de la perpetuación de estos eventos. Sin embargo, ¿cómo se inicia fuera de
la señal epigenética? Es la deposición de las modificaciones en el lugar correcto durante la replicación
suficiente para explicar el proceso? ¿O hay una "molécula de la memoria ', tal ARN, transmitido de
madre a hija de células 127 , que puede ofrecer modificaciones de las histonas en el lugar adecuado? Estas
son cuestiones fundamentales en el corazón de la "verdadera" investigación epigenética, y nos tomará un
poco más de tiempo para responder.
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